BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271N08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 148,840,479 - 149,011,657
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC130038G02Rik, LOC100041819
Upstream geneLnx2, Rpo1-3, Gsh1, Pdx1, Cdx2, EG231903, LOC622952, Flt3, Map1lc3-ps3, LOC384254, LOC100039805, Pan3, Flt1, LOC100039825, Pomp, Slc46a3
Downstream geneSlc7a1, LOC100041842, Ubl3, 2210417A02Rik, LOC100041869, Katnal1, 8430423G03Rik, 1810059H22Rik, LOC667386, LOC100039964, Hmgb1, EG667410, LOC100040006, Uspl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271N08.bB6Ng01-271N08.g
ACCGA073810GA073811
length941276
definitionB6Ng01-271N08.b B6Ng01-271N08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(148,840,479 - 148,841,400)(149,011,382 - 149,011,657)
sequence
gaattctgtaacagtaacagagtaagagaatatttcaaagggtttatcag
gcaaccacatttaacctgttatgcctgcttagttttcgaggtggttccga
gtgcccagtttctagcttatttgtggtctgggatgcccctgaggtacacc
tgagggtgtatctgacaacgtggttgctctgcagttcatagatggcattg
agcacttgcttctcatgaagccaccatgggctagatctagtgccattaac
ataaaaataaacctgcagatactgttaagtttcttgatggtcattgaggt
gcagtttcaattggcaggaacatgaggaggaagctgttactaagccagaa
ggacattagagcatcctagagacctgttagaaacttaggttataaaatag
aaactctgttattcctcctctcaagggtggctcctctaggacttgccaga
gacctgaagtaggggtggctctttgaaggtgagctgagactcctcacagt
gggggatatggagcctgaagtggccatctcctgtagccaggcaggactcc
cagtaaagggataaggacactaacccaacccacaaaacctttgacccaaa
atgtgtcctgccttcaggaaatacaggggcaaaggtggaacagagactga
gggaatagccaaccaatgactggctcaacttaggacccactctttgggta
agaaccaatccctgacactattaataatactctgttatacttgcaaatag
gaacctagcataactgtcccctgaaaggcttcacatagcagctggctgaa
acagatgctgaaacccacagacaaacactagacagagttcagggagtctt
gtggaaagggttgggagaaggactgaggaacctggaggggacagggactc
cacaggaagaccaatagagtcaactaacattgatccttggg
aggcagctagctgggactggccttaaacagccacccactttctgccaggc
cccacccactctggcctgggctttgtaggcagtttatccatctttcacct
caccacaggacagcagaacagcagcaaggtggagacttcacctcaccaca
ggatgcagacttggaggggtgcagacttggaggggacatccaaggcaagg
atgtcactgctcacacctgctacttccttgaactggcttcttcatccata
cgggggacaggggacggggggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_148840479_148841400
seq2: B6Ng01-271N08.b_47_969

seq1  GAATTCTGTAACAGTAACAGAGTAAGAGAATATTTCAAAGGGTTTATCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAACAGTAACAGAGTAAGAGAATATTTCAAAGGGTTTATCAG  50

seq1  GCAACCACATTTAACCTGTTATGCCTGCTTAGTTTTCGAGGTGGTTCCGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCACATTTAACCTGTTATGCCTGCTTAGTTTTCGAGGTGGTTCCGA  100

seq1  GTGCCCAGTTTCTAGCTTATTTGTGGTCTGGGATGCCCCTGAGGTACACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCAGTTTCTAGCTTATTTGTGGTCTGGGATGCCCCTGAGGTACACC  150

seq1  TGAGGGTGTATCTGACAACGTGGTTGCTCTGCAGTTCATAGATGGCATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGTGTATCTGACAACGTGGTTGCTCTGCAGTTCATAGATGGCATTG  200

seq1  AGCACTTGCTTCTCATGAAGCCACCATGGGCTAGATCTAGTGCCATTAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTGCTTCTCATGAAGCCACCATGGGCTAGATCTAGTGCCATTAAC  250

seq1  ATAAAAATAAACCTGCAGATACTGTTAAGTTTCTTGATGGTCATTGAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATAAACCTGCAGATACTGTTAAGTTTCTTGATGGTCATTGAGGT  300

seq1  GCAGTTTCAATTGGCAGGAACATGAGGAGGAAGCTGTTACTAAGCCAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTCAATTGGCAGGAACATGAGGAGGAAGCTGTTACTAAGCCAGAA  350

seq1  GGACATTAGAGCATCCTAGAGACCTGTTAGAAACTTAGGTTATAAAATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTAGAGCATCCTAGAGACCTGTTAGAAACTTAGGTTATAAAATAG  400

seq1  AAACTCTGTTATTCCTCCTCTCAAGGGTGGCTCCTCTAGGACTTGCCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCTGTTATTCCTCCTCTCAAGGGTGGCTCCTCTAGGACTTGCCAGA  450

seq1  GACCTGAAGTAGGGGTGGCTCTTTGAAGGTGAGCTGAGACTCCTCACAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGAAGTAGGGGTGGCTCTTTGAAGGTGAGCTGAGACTCCTCACAGT  500

seq1  GGGGGATATGGAGCCTGAAGTGGCCATCTCCTGTAGCCAGGCAGGACTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGATATGGAGCCTGAAGTGGCCATCTCCTGTAGCCAGGCAGGACTCC  550

seq1  CAGTAAAGGGATAAGGACACTAACCCAACCCACAAAACCTTTGACCCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAAGGGATAAGGACACTAACCCAACCCACAAAACCTTTGACCCAAA  600

seq1  ATGTGTCCTGCCTTCAGGAAATACAGGGGCAAAGGTGGAACAGAGACTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCCTGCCTTCAGGAAATACAGGGGCAAAGGTGGAACAGAGACTGA  650

seq1  GGGAATAGCCAACCAATGACTGGCTCAACTTAGGACCCACTCTTTGGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATAGCCAACCAATGACTGGCTCAACTTAGGACCCACTCTTTGGGTA  700

seq1  AGAACCAATCCCTGACACTATTAATAATACTCTGTTATACTTGCAAATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAATCCCTGACACTATTAATAATACTCTGTTATACTTGCAAATAG  750

seq1  GAACCTAGCATAACTGTCCCCTGAAAGGCTTCACATAGCAGCTGGCTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTAGCATAACTGTCCCCTGAAAGGCTTCACATAGCAGCTGGCTGAA  800

seq1  ACAGATGCTGAAACCCACAGACAAACACTAGACAGAGTTCAGGGAGTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGCTGAAACCCACAGACAAACACTAGACAGAGTTCAGGGAGTCTT  850

seq1  GTGG-AAGGGTTGGGAGAAGGACTGAGGAACCTGGAGGGGACAGGGACTC  899
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAAGGGTTGGGAGAAGGACTGAGGAACCTGGAGGGGACAGGGACTC  900

seq1  CACAGGAAGACCAATAGAGTCAA  922
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAAGACCAATAGAGTCAA  923

seq1: chr5_149011382_149011657
seq2: B6Ng01-271N08.g_73_348 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCCGTCCCCTGTCCCCCGTATGGATGAAGAAGCCAGTTCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCGTCCCCTGTCCCCCGTATGGATGAAGAAGCCAGTTCAAG  50

seq1  GAAGTAGCAGGTGTGAGCAGTGACATCCTTGCCTTGGATGTCCCCTCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGCAGGTGTGAGCAGTGACATCCTTGCCTTGGATGTCCCCTCCAA  100

seq1  GTCTGCACCCCTCCAAGTCTGCATCCTGTGGTGAGGTGAAGTCTCCACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCACCCCTCCAAGTCTGCATCCTGTGGTGAGGTGAAGTCTCCACCT  150

seq1  TGCTGCTGTTCTGCTGTCCTGTGGTGAGGTGAAAGATGGATAAACTGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGTTCTGCTGTCCTGTGGTGAGGTGAAAGATGGATAAACTGCCT  200

seq1  ACAAAGCCCAGGCCAGAGTGGGTGGGGCCTGGCAGAAAGTGGGTGGCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCCCAGGCCAGAGTGGGTGGGGCCTGGCAGAAAGTGGGTGGCTGT  250

seq1  TTAAGGCCAGTCCCAGCTAGCTGCCT  276
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCCAGTCCCAGCTAGCTGCCT  276