BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272H08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 66,813,350 - 66,955,463
singlet/doubletdoublet
Overlap geneApbb2
Upstream geneUgdh, 1110003E01Rik, 4930589O11Rik, Hip2, 9030416H16Rik, 1700022K14Rik, LOC384261, B3bp, LOC100041809, Rhoh, LOC626641, EG666827, Chrna9, 9130230L23Rik, BC013481, LOC626714, LOC666854, LOC100042394, Nsun7
Downstream geneUchl1, LOC100041876, 3732412D22Rik, LOC624662, Phox2b, Tmem33, Slc30a9, EG666938, C330024D21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272H08.bB6Ng01-272H08.g
ACCGA074279GA074280
length1,1111,078
definitionB6Ng01-272H08.b B6Ng01-272H08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,813,350 - 66,814,465)(66,954,383 - 66,955,463)
sequence
gaattctctccacaccctcttgtcaatacctctgggcgtccactgattag
acatagctttggcatgctgctttaactggccctggatgaccttgcttctc
attttgatgatcctggatttcaggaggtctgaggacagacacagcgccaa
gagggaggagctgctaccttcctaggccaggccaggctgatgaggggttg
aggctctcacatccctaagtaaatgtgtttcagaacacagccaaggagac
ctctcccctggtttctctaaaggcttctggccttccttcagcttccctcc
actggtctaattctgcctattttccgcaccacagtggctttctatgttga
acagtaagtgatcactgctaacagtgtctgaccatacgtttaaatactgt
cagactcttccagtagaactgtagctccttgaggctgtagccctcgtgga
cgttacttctagcacagtacttggaacatggtacctgttactgatacgcg
ttgtggtggtttgtatatgcttggcccagggagtggcactattgggagct
atggccttgttggagcaggtgtgtcactgtgggtatgggcttgaataccc
aactcctagctgtctagtatcttccactagcagccttcagatgaagatgt
agaactctcagctcctcctgcaccatgagggggatgctgccatgttcctt
tcttgatgataatggattgaacctctgaacctgtaagtcagccccaagta
aatgttgtccttataagagttgccttgctcatagtgtctgttcacagcac
taaaaccctaactaaaacaggcgtcttcagggttggcagcaacagtggtc
ccaagggtgctcaacagtgctgagttataactagggaggagtaaaatact
ctggtctgctgctgttcatacagtgatcacggataatccagggtagactg
cagaaagctttaaaaattttgtttgaatgcttttcccatatataaatgct
aatgtttaggcaaagaaaatcaaacattatgcaatgtttacatttatgac
agtacgtgtgtctcataaaatattgtacagtttctatgttctatgccatc
tggtaaataag
gaattcatagccactatgcctcaagatctccatgacaagatccaggtcag
aaactctatctcccagtcttcaaattagggtcactggttcattccagata
tagtcaagttgacaaccaagaatagccactacagtggggaaccaggtaaa
tggtttgccccacattatacggctgtaaatagcaaggggagggagatact
tagattctcggcctcaaactatctactctaaatgagtgtcctgtagatgt
cttaaacagttgaggaaaatgaaagtggaataggaaagtggtttatcacg
cctctggtgaaatgttgggtaaatggaacttaggagaaaaggaacactta
aaatcctgtgtaaaataaaagttaaagagggaaggaaaaatcagaattat
taccataagatggacattctgtttgctttcatatgtagggaggcagctgc
cttctaagacatgtatgtgatgagagaccatttggggatgctcttaggtt
aagaagaatcagcttctaacagtacagccttctgctggctcttcaaacat
gtggaattttgtttgtatgtgtctcaaagctagtgtcttgttagatttaa
aatcctgagaatactacagccattttagctactttaaagctaacatttaa
ggcagaatgagatactgttccacttgctcaggtatctgtactctgtaggg
ttttctgttgtttgagtttttccaagatacttattctagaaagtgtctga
aggcacttgggtttgtgctgtctggtaggaagagagacagtggtggtctc
ttaatttagaagaaaggcaacttgcaagcaaatctctcattagaaggagg
ctgatttgtgccctacgtcagcttcttagcaatttgtggtcctgatcata
atctataggcaaaccccacataccccctgagttcagaagtagagatggcc
ctgcaaactgctcactatctctccatagaggatgaaaggctacctttcct
ttatatggaatttcctctcacattcccttctttgaaacactatcgagtgt
tatgggctgctgtcgactatacgagtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_66813350_66814465
seq2: B6Ng01-272H08.b_46_1156

seq1  GAATTCTCTCCACACCCTCTTGTCAATACCTCTGGGCGTCCACTGATTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCCACACCCTCTTGTCAATACCTCTGGGCGTCCACTGATTAG  50

seq1  ACATAGCTTTGGCATGCTGCTTTAACTGGCCCTGGATGACCTTGCTTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCTTTGGCATGCTGCTTTAACTGGCCCTGGATGACCTTGCTTCTC  100

seq1  ATTTTGATGATCCTGGATTTCAGGAGGTCTGAGGACAGACACAGCGCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGATGATCCTGGATTTCAGGAGGTCTGAGGACAGACACAGCGCCAA  150

seq1  GAGGGAGGAGCTGCTACCTTCCTAGGCCAGGCCAGGCTGATGAGGGGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGGAGCTGCTACCTTCCTAGGCCAGGCCAGGCTGATGAGGGGTTG  200

seq1  AGGCTCTCACATCCCTAAGTAAATGTGTTTCAGAACACAGCCAAGGAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCTCACATCCCTAAGTAAATGTGTTTCAGAACACAGCCAAGGAGAC  250

seq1  CTCTCCCCTGGTTTCTCTAAAGGCTTCTGGCCTTCCTTCAGCTTCCCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCCTGGTTTCTCTAAAGGCTTCTGGCCTTCCTTCAGCTTCCCTCC  300

seq1  ACTGGTCTAATTCTGCCTATTTTCCGCACCACAGTGGCTTTCTATGTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTCTAATTCTGCCTATTTTCCGCACCACAGTGGCTTTCTATGTTGA  350

seq1  ACAGTAAGTGATCACTGCTAACAGTGTCTGACCATACGTTTAAATACTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAAGTGATCACTGCTAACAGTGTCTGACCATACGTTTAAATACTGT  400

seq1  CAGACTCTTCCAGTAGAACTGTAGCTCCTTGAGGCTGTAGCCCTCGTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCTTCCAGTAGAACTGTAGCTCCTTGAGGCTGTAGCCCTCGTGGA  450

seq1  CGTTACTTCTAGCACAGTACTTGGAACATGGTACCTGTTACTGATACGCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTACTTCTAGCACAGTACTTGGAACATGGTACCTGTTACTGATACGCG  500

seq1  TTGTGGTGGTTTGTATATGCTTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTGGGAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTGGTTTGTATATGCTTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTGGGAGCT  550

seq1  ATGGCCTTGTTGGAGCAGGTGTGTCACTGTGGGTATGGGCTTGAATACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTTGTTGGAGCAGGTGTGTCACTGTGGGTATGGGCTTGAATACCC  600

seq1  AACTCCTAGCTGTCTAGTATCTTCCACTAGCAGCCTTCAGATGAAGATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCTAGCTGTCTAGTATCTTCCACTAGCAGCCTTCAGATGAAGATGT  650

seq1  AGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACCATGAGGGGGATGCTGCCATGTTCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACCATGAGGGGGATGCTGCCATGTTCCTT  700

seq1  TCTTGATGATAATGGATTGAACCTCTGAACCTGTAAGTCAGCCCCAAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATGATAATGGATTGAACCTCTGAACCTGTAAGTCAGCCCCAAGTA  750

seq1  AATGTTGTCCTTATAAGAGTTGCCTTGCTCATAGTGTCTGTTCACAGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGTCCTTATAAGAGTTGCCTTGCTCATAGTGTCTGTTCACAGCAC  800

seq1  TAAAACCCTAACTAAAACAGGCGTCTTCAGGGTTGGCAGCAACAGTGGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCCTAACTAAAACAGGCGTCTTCAGGGTTGGCAGCAACAGTGGTC  850

seq1  CCAAGGGTGCTCAACAGTGCTGAGTTATAACTAGGGAGGAGTAAAATACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGGTGCTCAACAGTGCTGAGTTATAACTAGGGAGGAGTAAAATACT  900

seq1  CTGGTCTGCTGCTGTTCATACAGTGATCACGGATAATCCAGGGTAGACTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTGCTGCTGTTCATACAGTGATCACGGATAATCCAGGGTAGACTG  950

seq1  CAGAAAGC-TTAAAAATTTTGTTTGAATGCTTTTCCCCATATATAAATGC  999
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAGAAAGCTTTAAAAATTTTGTTTGAATGCTTTT-CCCATATATAAATGC  999

seq1  TAATTGTTTTAGGCAAAGAAAAATTCAAACATTATGCAATGTTTACATTT  1049
      ||||   |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAT--GTTTAGGCAAAGAAAA--TCAAACATTATGCAATGTTTACATTT  1045

seq1  ATTGACAGGTTACCTTGTGTCTCAT-AAATA-TGTACAGTTTCTATGTTC  1097
      | ||||||  || | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  A-TGACAG--TA-CGTGTGTCTCATAAAATATTGTACAGTTTCTATGTTC  1091

seq1  TATG-CATCTGTTAAATAAG  1116
      |||| |||||| ||||||||
seq2  TATGCCATCTGGTAAATAAG  1111

seq1: chr5_66954383_66955463
seq2: B6Ng01-272H08.g_66_1143 (reverse)

seq1  ACACTTCGTATTAAGTCGACAGCAGCCATAAACACTCGATAGTGTTTCAA  50
      |||| ||||||  ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  ACAC-TCGTAT--AGTCGACAGCAGCCCATAACACTCGATAGTGTTTCAA  47

seq1  AG-AGGGAATGTGGAGGAAGGAAATCCATTATAAAGGAAGGTTAGCCTTT  99
      || ||||||||| |||  ||||||| |  |||||||||| | ||||||||
seq2  AGAAGGGAATGT-GAG--AGGAAATTCCATATAAAGGAAAGGTAGCCTTT  94

seq1  CATCTCTTATGGAGAGATAGTGAGCAGTTTGCAGGGCCATCTCTACTTCT  149
      ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCTATGGAGAGATAGTGAGCAGTTTGCAGGGCCATCTCTACTTCT  144

seq1  GAACTCAGGGGGTATGTGGGGTTTGCCTATAGATTATGATCAGGACCACA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCAGGGGGTATGTGGGGTTTGCCTATAGATTATGATCAGGACCACA  194

seq1  AATTGCTAAGAAGCTGACGTAGGGCACAAATCAGCCTCCTTCTAATGAGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTAAGAAGCTGACGTAGGGCACAAATCAGCCTCCTTCTAATGAGA  244

seq1  GA-TTGCTTGCAAGTTGCCTTTCTTCT-AATTAAGAGACCACCACTGTCT  297
      || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGCTTGCAAGTTGCCTTTCTTCTAAATTAAGAGACCACCACTGTCT  294

seq1  CTCTTCCTACCAGACAGCACAAACCCAAGTGCCTTCAGACACTTTCTAGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCTACCAGACAGCACAAACCCAAGTGCCTTCAGACACTTTCTAGA  344

seq1  ATAAGTATCTTGGAAAAACTCAAACAACAGAAAACCCTACAGAGTACAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTATCTTGGAAAAACTCAAACAACAGAAAACCCTACAGAGTACAGA  394

seq1  TACCTGAGCAAGTGGAACAGTATCTCATTCTGCCTTAAATGTTAGCTTTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGAGCAAGTGGAACAGTATCTCATTCTGCCTTAAATGTTAGCTTTA  444

seq1  AAGTAGCTAAAATGGCTGTAGTATTCTCAGGATTTTAAATCTAACAAGAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGCTAAAATGGCTGTAGTATTCTCAGGATTTTAAATCTAACAAGAC  494

seq1  ACTAGCTTTGAGACACATACAAACAAAATTCCACATGTTTGAAGAGCCAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCTTTGAGACACATACAAACAAAATTCCACATGTTTGAAGAGCCAG  544

seq1  CAGAAGGCTGTACTGTTAGAAGCTGATTCTTCTTAACCTAAGAGCATCCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGCTGTACTGTTAGAAGCTGATTCTTCTTAACCTAAGAGCATCCC  594

seq1  CAAATGGTCTCTCATCACATACATGTCTTAGAAGGCAGCTGCCTCCCTAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGTCTCTCATCACATACATGTCTTAGAAGGCAGCTGCCTCCCTAC  644

seq1  ATATGAAAGCAAACAGAATGTCCATCTTATGGTAATAATTCTGATTTTTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAAGCAAACAGAATGTCCATCTTATGGTAATAATTCTGATTTTTC  694

seq1  CTTCCCTCTTTAACTTTTATTTTACACAGGATTTTAAGTGTTCCTTTTCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTCTTTAACTTTTATTTTACACAGGATTTTAAGTGTTCCTTTTCT  744

seq1  CCTAAGTTCCATTTACCCAACATTTCACCAGAGGCGTGATAAACCACTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGTTCCATTTACCCAACATTTCACCAGAGGCGTGATAAACCACTTT  794

seq1  CCTATTCCACTTTCATTTTCCTCAACTGTTTAAGACATCTACAGGACACT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTCCACTTTCATTTTCCTCAACTGTTTAAGACATCTACAGGACACT  844

seq1  CATTTAGAGTAGATAGTTTGAGGCCGAGAATCTAAGTATCTCCCTCCCCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGAGTAGATAGTTTGAGGCCGAGAATCTAAGTATCTCCCTCCCCT  894

seq1  TGCTATTTACAGCCGTATAATGTGGGGCAAACCATTTACCTGGTTCCCCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTTACAGCCGTATAATGTGGGGCAAACCATTTACCTGGTTCCCCA  944

seq1  CTGTAGTGGCTATTCTTGGTTGTCAACTTGACTATATCTGGAATGAACCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGTGGCTATTCTTGGTTGTCAACTTGACTATATCTGGAATGAACCA  994

seq1  GTGACCCTAATTTGAAGACTGGGAGATAGAGTTTCTGACCTGGATCTTGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCCTAATTTGAAGACTGGGAGATAGAGTTTCTGACCTGGATCTTGT  1044

seq1  CATGGAGATCTTGAGGCATAGTGGCTATGAATTC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGATCTTGAGGCATAGTGGCTATGAATTC  1078