BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-274F16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 82,737,596 - 82,896,558
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG433912
Upstream geneLphn3
Downstream geneLOC100039434, Srd5a2l2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-274F16.bB6Ng01-274F16.g
ACCGA075676GA075677
length1,0991,175
definitionB6Ng01-274F16.b B6Ng01-274F16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,895,458 - 82,896,558)(82,737,596 - 82,738,764)
sequence
gaattcctctacactggtgcccttcacaggaccaagaccctctcatccca
ttgatgccgttttcaataaatattgtcctttctttctttactgaaaatga
gaactttcaatttgctatagataaagtacttaaaacaactattaacatat
atatcttatgaaaaagaaaataatattactccaaaacattgcactgacag
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ttattatcactattattatcattatatgaaaaaaaaggtaaaaaataaag
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gtatcatgagtaagcttaacattatataaaacagctttccaaaatgttat
tatttttgaaaaaatactgattagtgtggagatgggaacatttaatacta
atattaagtatcttaaccatgcatgattggatgtaggagttgtggagaaa
aatctatatttactcaggagaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_82895458_82896558
seq2: B6Ng01-274F16.b_52_1150 (reverse)

seq1  TCGCGTGGATAAAATATCAG-TTTTATATATTAAATTTGTATTTGCAGGC  49
      |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCGT-GATAAAATATCAGTTTTTATATATTAAATTTGTATTTGCAGGC  49

seq1  ATGTTGATTCTTGGAGGGAAGAAATTTTAAATTTCCTTATTGGTTCTAGC  99
      ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATG-TGATTCTT-GAGGGAAGAAATTTTAAA-TTCCTTATTGGTTCTAGC  96

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      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGGAAACAGG-AACATTTAACCTGACCCAGGCCCATATCCTGGAT  145

seq1  GGATTTACAAACAGAAAGAAAGTTACTGGAACACAGAATTATGTACAGCC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTACAAACAGAAAGAAAGTTACTGGAACACAGAATTATGTACAGCC  195

seq1  ATTTGTGCTTTTGAAAA-TAAGAAATATTTCATTTTAAGTCACTATTGTT  247
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGCTTTTGAAAATTAAGAAATATTTCATTTTAAGTCACTATTGTT  245

seq1  TTAGGATGTACCTCTTTGGATGAATGGCTATATTTTAAAAAGTATGATTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGATGTACCTCTTTGGATGAATGGCTATATTTTAAAAAGTATGATTA  295

seq1  ATTTATGATTGTGTGTGTGTTCATGGGTGAGTTTATGTGCACCACCTATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGATTGTGTGTGTGTTCATGGGTGAGTTTATGTGCACCACCTATG  345

seq1  TTCAAGAGCCTGTGAAAGCCAGAAGTGTTGGAATTCATGGAGCGAGAGTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGAGCCTGTGAAAGCCAGAAGTGTTGGAATTCATGGAGCGAGAGTT  395

seq1  ACAAGAATCCATGATTCATATATGGTTTTGGAAACAGAACATGGATTCAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAATCCATGATTCATATATGGTTTTGGAAACAGAACATGGATTCAC  445

seq1  TGCAATAGTAGTAAGTGTTCTTAAACATTGAGACATCTTTCTATCCCCTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATAGTAGTAAGTGTTCTTAAACATTGAGACATCTTTCTATCCCCTA  495

seq1  AATCTCTATCTTTATATTGTTATCAAGCATTCCCACCATGGAACATTTTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTATCTTTATATTGTTATCAAGCATTCCCACCATGGAACATTTTA  545

seq1  TCCATAGGTGAGAAATGGATTGTATTTCACATGAGGGATTTTATTATGCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAGGTGAGAAATGGATTGTATTTCACATGAGGGATTTTATTATGCA  595

seq1  TTAAATTATGCACCTTGAATATTCCACATACAGAATAGTTATTTAGAAAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTATGCACCTTGAATATTCCACATACAGAATAGTTATTTAGAAAT  645

seq1  TGAATTTTATATTAAAAGAGAATGTTCTTACACAATTAAAAAATTCAGTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTTATATTAAAAGAGAATGTTCTTACACAATTAAAAAATTCAGTT  695

seq1  CCCTGTTACATATTTCTACTTTTGTGGCTATAGTGAGTTGATTTGATCTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTACATATTTCTACTTTTGTGGCTATAGTGAGTTGATTTGATCTT  745

seq1  TCAACAAGTTGATTAGCTATACAACAGCAATAGCAAGAAAGTAGAATAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAAGTTGATTAGCTATACAACAGCAATAGCAAGAAAGTAGAATAAA  795

seq1  ATAGTTACACATTTAAAATTATTATTTTGGCTAGAAATTCCAATTTTCTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTACACATTTAAAATTATTATTTTGGCTAGAAATTCCAATTTTCTT  845

seq1  GGCAGAATGCAGCTTATAATAATCCCAAGTATGGGAAATTTGACTTCTTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAATGCAGCTTATAATAATCCCAAGTATGGGAAATTTGACTTCTTG  895

seq1  TATTCTGTCAGTGCAATGTTTTGGAGTAATATTATTTTCTTTTTCATAAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGTCAGTGCAATGTTTTGGAGTAATATTATTTTCTTTTTCATAAG  945

seq1  ATATATATGTTAATAGTTGTTTTAAGTACTTTATCTATAGCAAATTGAAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATGTTAATAGTTGTTTTAAGTACTTTATCTATAGCAAATTGAAA  995

seq1  GTTCTCATTTTCAGTAAAGAAAGAAAGGACAATATTTATTGAAAACGGCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCATTTTCAGTAAAGAAAGAAAGGACAATATTTATTGAAAACGGCA  1045

seq1  TCAATGGGATGAGAGGGTCTTGGTCCTGTGAAGGGCACCAGTGTAGAGGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGGGATGAGAGGGTCTTGGTCCTGTGAAGGGCACCAGTGTAGAGGA  1095

seq1  ATTC  1101
      ||||
seq2  ATTC  1099

seq1: chr5_82737596_82738764
seq2: B6Ng01-274F16.g_64_1238

seq1  GAATTCAGAGGCAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACAGAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGGCAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACAGAACAA  50

seq1  TTCAGTGAAAAGCCTAGAGAAGCCAGTTTGACTCAGTCAGATTAGAGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGAAAAGCCTAGAGAAGCCAGTTTGACTCAGTCAGATTAGAGAGG  100

seq1  AGTTTGAACTAGAGCAACTGAGTTGGAACAGTCAGCTGGAGTTCAGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAACTAGAGCAACTGAGTTGGAACAGTCAGCTGGAGTTCAGAGAG  150

seq1  AACTAGAAAGAGTGAGCTTATTCAGCAGTAAGCCTCTGAGACAATAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGAAAGAGTGAGCTTATTCAGCAGTAAGCCTCTGAGACAATAATTA  200

seq1  CACCTGGTGAATAAAAGATACTTCTACATTCTCTAAGTCTATTCTTCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGTGAATAAAAGATACTTCTACATTCTCTAAGTCTATTCTTCTTT  250

seq1  CCAGTGGAAGGATATTTTACTTTTACAAAATTATTAGTAACATGTACAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGAAGGATATTTTACTTTTACAAAATTATTAGTAACATGTACAGG  300

seq1  GATTTTCTATATTTCTGTTTTTATGACAGTTATAAACAGAGTTTATTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTCTATATTTCTGTTTTTATGACAGTTATAAACAGAGTTTATTACT  350

seq1  GTAGATTTATATTATGAAATTGGATATAAAACCTCATTTTTGTTCTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTTATATTATGAAATTGGATATAAAACCTCATTTTTGTTCTCTTT  400

seq1  GTTTAATGCTAATTTGGTAATCCAGAGCCATTTCATGGTATAACCAAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATGCTAATTTGGTAATCCAGAGCCATTTCATGGTATAACCAAATT  450

seq1  TGAGTATCATGGGAAAACAGTTAATTATGTAAAATCAGTAAGTTATTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATCATGGGAAAACAGTTAATTATGTAAAATCAGTAAGTTATTTTA  500

seq1  AAGACATATTTTAGCAACATTAAATTTTAAAATTCATAAGCATGGAATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATATTTTAGCAACATTAAATTTTAAAATTCATAAGCATGGAATTA  550

seq1  TCTTTCCATTTGGCTGTGTCTACTTTAGTTTTTTTTAACTAAATTTTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCATTTGGCTGTGTCTACTTTAGTTTTTTTTAACTAAATTTTTGA  600

seq1  ATTTTCAGAATATAAATATTTCATATAAATTCCCATGTACAAATGCTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAGAATATAAATATTTCATATAAATTCCCATGTACAAATGCTGAC  650

seq1  TGGTGATGATGATTGACCAAGACACATCTGCAAATAAATTATAATAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGATGATGATTGACCAAGACACATCTGCAAATAAATTATAATAATAT  700

seq1  TATTTAGCAGCAATGGGTGTCAATTCATTTTACCTAAATAGATCTTTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGCAGCAATGGGTGTCAATTCATTTTACCTAAATAGATCTTTGTA  750

seq1  GATGTCATTCTAGGAAAGATTCTTAGTGCTCATTTTGAAAAATGAAAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCATTCTAGGAAAGATTCTTAGTGCTCATTTTGAAAAATGAAAAAT  800

seq1  GAAAAACCTATAATGTTTTTAAGTGCTTTTAAATTTTAATTACTTTATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACCTATAATGTTTTTAAGTGCTTTTAAATTTTAATTACTTTATTA  850

seq1  TTATTATCACTATTATTATCATTATATG-ATAAAAAGGTAAAAAATAAAG  899
      |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
seq2  TTATTATCACTATTATTATCATTATATGAAAAAAAAGGTAAAAAATAAAG  900

seq1  CCTAGAAATTTATTAATGTAATAAGGAACTATTAATATAAGAA-CCTTAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTAGAAATTTATTAATGTAATAAGGAACTATTAATATAAGAACCCTTAT  950

seq1  GAAGC-TGGTGAAAAAGGAATAAGAAAATGAGAAATGCTGATTAAACCTG  997
      ||||| ||||||||| |||   ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAAGCTTGGTGAAAAGGGA--TAGAAAATGAGAAATGCTGATT-AACCTG  997

seq1  CTAGTATCATGAGTAAGCTTAACA-TATAT-AAACAGCTTTTCAAAAATG  1045
      |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||   
seq2  CTAGTATCATGAGTAAGCTTAACATTATATAAAACAGCTTTCCAAAATGT  1047

seq1  TATTATTTTTG-AAAAATACTGAATAGTGT-GAGAATGGAACATTTAATA  1093
      ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||
seq2  TATTATTTTTGAAAAAATACTGATTAGTGTGGAGATGGGAACATTTAATA  1097

seq1  CCTAATATTTAAAGTATCTTA--CATGCATGTATGAAATGTTAGGAGTTG  1141
       ||||||||  ||||||||||  |||||||| ||   ||| |||||||||
seq2  -CTAATATT--AAGTATCTTAACCATGCATG-ATTGGATG-TAGGAGTTG  1142

seq1  TGAAGAAAAATC-ATA-TTAC---AGAGAAAGA  1169
      || ||||||||| ||| ||||    ||||||||
seq2  TGGAGAAAAATCTATATTTACTCAGGAGAAAGA  1175