BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-274J01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 5,152,576 - 5,315,137
singlet/doubletdoublet
Overlap genePftk1
Upstream geneENSMUSG00000053178, LOC100041073, Fzd1, LOC667678
Downstream gene1700015F17Rik, Cldn12, Gtpbp10, LOC667699, EG667705, A330021E22Rik, Steap2, Steap1, LOC727711, LOC546854
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-274J01.bB6Ng01-274J01.g
ACCGA075834GA075835
length1,152784
definitionB6Ng01-274J01.b B6Ng01-274J01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,313,978 - 5,315,137)(5,152,576 - 5,153,359)
sequence
gaattccatgtgcccaggttcttacacactaatggggaaacagtatgtac
tggtatatgtcagcatgtacaatgtgcacattttctcaaaaatcttcctt
actacattttggttgagaaaaattacctggacctctgctgctcttttaga
agcacactgagtacgaccgtgtagagcatacatccgatgggcacccttca
cagctgcttaatggagattgtgttcccccgaactgtgaagcacacagcca
cacatgaggtcttattcttgaattaaactatgtgttgtgcttttagagct
tgctattacaaagcctttagaatgtatcctggtcttattgatggaaattt
gaccttaaactggacggaatcttgagctcccaattttcaaataacctgca
tttaaccaagaaacgttgttcattgttactcaaactcccaccattcacac
acacccaggtcgttgtgacatacctctcagcatgagttacctagtgactg
gctagaaggatttctaaccatcatgtgcttggaaatttaagcctggcttg
cattaactaaagccgcagctgctggtagtgaccggtgagcctcctgatgt
ctcctgaaggaccatgaggttatgaaagtgttgatgctggagttaaggag
gctgttccagcaaggctggctgtgcagccagctgctccgggcagactttc
cagcaactccaacctgtgctgaggaggaggggagaattcgcctgcatgtt
tgaaagactaaatattctgcttgctgggctctctggcaggaatcttagaa
cagctcaaaaaggtacaaaagatattgaatttcaacaaaaggctaagaaa
attgacactatcctcgcgaggccacttcctttgggagaaaacgttataaa
gtatattgtttgctctaacccagtgctataggcgctttggagaaacacct
tcagcttgcgaatcgtaacagaaaagtgaaaatagaactctaatgtgggg
ggtgatggtgacttcacatgctgctatgtgaatttgtaaattggatgcca
ctgttacatgcaggcttattccactgcgttatgatagaaaatacagacct
gatatttcacgacagccatctggaacatcttgcgtttaccttcactggtg
at

gaattcaaggcagcaaaaagaaccaacagctgatctgggtcagcagtcat
gtttggttccaaggaccttctgaagctgggatgttcatttcagaaagtaa
caggcaatgcttatgatagacagagagacagacagaccccaccccaagag
acacatcaggaaaagaatgcagaagacagtcaccctggagtaacagtaac
ataccaaacccagaatcaatgaaccacaataactattcacaatgactatg
atcgaagcattcatgatgcctttgaaagtgaggagaaattagtcaacatc
tatgaaaatttaaaatactatgcatagccctttgaggcagtgtttctcca
aggacatacagggacagaaataaataggtatattaacaagaatgtttgca
ctaatgttattcataaatactggatgatctactttgcacttcattgtgta
ttgcctaataaagcatgacagtagatataacaaatattgtctagaaactt
aacagtgtgcaagagttctaaaagatgaagggacagactattgtgtctgc
tataaataaatcttacctgtgtggaaagagacagagagcaacggtggaaa
tgtggaagagtggggattgtctgcagtattcactgttttgttgttctaca
caatttttgcttatcaaatacagttaatagaatgttcatggagggaaaat
aacaccaaaggttgttagacaaaacctcaaggaatcacattattttatgg
ttacctaaacttgtttatatactctgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_5313978_5315137
seq2: B6Ng01-274J01.b_50_1201 (reverse)

seq1  ATCACCAGTGAAGTAAAAAGAAAAAAAATGTTCAAAATGCCTGTCGTGAA  50
      |||||||||||||  ||| |    || |||||| | ||| ||||||||||
seq2  ATCACCAGTGAAGGTAAACG---CAAGATGTTCCAGATGGCTGTCGTGAA  47

seq1  AATAATCAGGTCTGTATTTCTAATCAATAAACGCAGTGAAATAACCCTGC  100
      |   |||||||||||||||   ||||   ||||||||| ||||| |||||
seq2  A--TATCAGGTCTGTATTTTCTATCA--TAACGCAGTGGAATAAGCCTGC  93

seq1  ATGTAAACAGTTGGCATCCAATTTACAAATTCACATAAGCAGCATGTGAA  150
      |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATGT-AACAG-TGGCATCCAATTTACAAATTCACAT-AGCAGCATGTGAA  140

seq1  GTCACCATCA-CCCCCACATTAGAGTTCTATTTTCACCTTTCTGTTACGA  199
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTCACCATCACCCCCCACATTAGAGTTCTATTTTCACTTTTCTGTTACGA  190

seq1  TTCGCAAGCTGAAGGTG-TTCTCCAAAGCGCCTATAGCACTGGGTTAGAG  248
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGCAAGCTGAAGGTGTTTCTCCAAAGCGCCTATAGCACTGGGTTAGAG  240

seq1  CAAACAATATACTTTATAACGTTTTCTCCCAAAGGAAGTGGCCTCGCGAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAATATACTTTATAACGTTTTCTCCCAAAGGAAGTGGCCTCGCGAG  290

seq1  GATAGTGTCAATTTTCTTAGCCTTTTGTTGAAATTCAATATCTTTTGTAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTGTCAATTTTCTTAGCCTTTTGTTGAAATTCAATATCTTTTGTAC  340

seq1  CTTTTTGAGCTGTTCTAAGATTCCTGCCAGAGAGCCCAGCAAGCAGAATA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGAGCTGTTCTAAGATTCCTGCCAGAGAGCCCAGCAAGCAGAATA  390

seq1  TTTAGTCTTTCAAACATGCAGGCGAATTCTCCCCTCCTCCTCAGCACAGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTCTTTCAAACATGCAGGCGAATTCTCCCCTCCTCCTCAGCACAGG  440

seq1  TTGGAGTTGCTGGAAAGTCTGCCCGGAGCAGCTGGCTGCACAGCCAGCCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTTGCTGGAAAGTCTGCCCGGAGCAGCTGGCTGCACAGCCAGCCT  490

seq1  TGCTGGAACAGCCTCCTTAACTCCAGCATCAACACTTTCATAACCTCATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGAACAGCCTCCTTAACTCCAGCATCAACACTTTCATAACCTCATG  540

seq1  GTCCTTCAGGAGACATCAGGAGGCTCACCGGTCACTACCAGCAGCTGCGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTCAGGAGACATCAGGAGGCTCACCGGTCACTACCAGCAGCTGCGG  590

seq1  CTTTAGTTAATGCAAGCCAGGCTTAAATTTCCAAGCACATGATGGTTAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTTAATGCAAGCCAGGCTTAAATTTCCAAGCACATGATGGTTAGA  640

seq1  AATCCTTCTAGCCAGTCACTAGGTAACTCATGCTGAGAGGTATGTCACAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTTCTAGCCAGTCACTAGGTAACTCATGCTGAGAGGTATGTCACAA  690

seq1  CGACCTGGGTGTGTGTGAATGGTGGGAGTTTGAGTAACAATGAACAACGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACCTGGGTGTGTGTGAATGGTGGGAGTTTGAGTAACAATGAACAACGT  740

seq1  TTCTTGGTTAAATGCAGGTTATTTGAAAATTGGGAGCTCAAGATTCCGTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGTTAAATGCAGGTTATTTGAAAATTGGGAGCTCAAGATTCCGTC  790

seq1  CAGTTTAAGGTCAAATTTCCATCAATAAGACCAGGATACATTCTAAAGGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTAAGGTCAAATTTCCATCAATAAGACCAGGATACATTCTAAAGGC  840

seq1  TTTGTAATAGCAAGCTCTAAAAGCACAACACATAGTTTAATTCAAGAATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAATAGCAAGCTCTAAAAGCACAACACATAGTTTAATTCAAGAATA  890

seq1  AGACCTCATGTGTGGCTGTGTGCTTCACAGTTCGGGGGAACACAATCTCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTCATGTGTGGCTGTGTGCTTCACAGTTCGGGGGAACACAATCTCC  940

seq1  ATTAAGCAGCTGTGAAGGGTGCCCATCGGATGTATGCTCTACACGGTCGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGCAGCTGTGAAGGGTGCCCATCGGATGTATGCTCTACACGGTCGT  990

seq1  ACTCAGTGTGCTTCTAAAAGAGCAGCAGAGGTCCAGGTAATTTTTCTCAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTGTGCTTCTAAAAGAGCAGCAGAGGTCCAGGTAATTTTTCTCAA  1040

seq1  CCAAAATGTAGTAAGGAAGATTTTTGAGAAAATGTGCACATTGTACATGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATGTAGTAAGGAAGATTTTTGAGAAAATGTGCACATTGTACATGC  1090

seq1  TGACATATACCAGTACATACTGTTTCCCCATTAGTGTGTAAGAACCTGGG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATATACCAGTACATACTGTTTCCCCATTAGTGTGTAAGAACCTGGG  1140

seq1  CACATGGAATTC  1160
      ||||||||||||
seq2  CACATGGAATTC  1152


seq1: chr5_5152576_5153359
seq2: B6Ng01-274J01.g_65_848

seq1  GAATTCAAGGCAGCAAAAAGAACCAACAGCTGATCTGGGTCAGCAGTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCAGCAAAAAGAACCAACAGCTGATCTGGGTCAGCAGTCAT  50

seq1  GTTTGGTTCCAAGGACCTTCTGAAGCTGGGATGTTCATTTCAGAAAGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGTTCCAAGGACCTTCTGAAGCTGGGATGTTCATTTCAGAAAGTAA  100

seq1  CAGGCAATGCTTATGATAGACAGAGAGACAGACAGACCCCACCCCAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAATGCTTATGATAGACAGAGAGACAGACAGACCCCACCCCAAGAG  150

seq1  ACACATCAGGAAAAGAATGCAGAAGACAGTCACCCTGGAGTAACAGTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCAGGAAAAGAATGCAGAAGACAGTCACCCTGGAGTAACAGTAAC  200

seq1  ATACCAAACCCAGAATCAATGAACCACAATAACTATTCACAATGACTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAAACCCAGAATCAATGAACCACAATAACTATTCACAATGACTATG  250

seq1  ATCGAAGCATTCATGATGCCTTTGAAAGTGAGGAGAAATTAGTCAACATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGAAGCATTCATGATGCCTTTGAAAGTGAGGAGAAATTAGTCAACATC  300

seq1  TATGAAAATTTAAAATACTATGCATAGCCCTTTGAGGCAGTGTTTCTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAATTTAAAATACTATGCATAGCCCTTTGAGGCAGTGTTTCTCCA  350

seq1  AGGACATACAGGGACAGAAATAAATAGGTATATTAACAAGAATGTTTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATACAGGGACAGAAATAAATAGGTATATTAACAAGAATGTTTGCA  400

seq1  CTAATGTTATTCATAAATACTGGATGATCTACTTTGCACTTCATTGTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTTATTCATAAATACTGGATGATCTACTTTGCACTTCATTGTGTA  450

seq1  TTGCCTAATAAAGCATGACAGTAGATATAACAAATATTGTCTAGAAACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTAATAAAGCATGACAGTAGATATAACAAATATTGTCTAGAAACTT  500

seq1  AACAGTGTGCAAGAGTTCTAAAAGATGAAGGGACAGACTATTGTGTCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGTGCAAGAGTTCTAAAAGATGAAGGGACAGACTATTGTGTCTGC  550

seq1  TATAAATAAATCTTACCTGTGTGGAAAGAGACAGAGAGCAACGGTGGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATAAATCTTACCTGTGTGGAAAGAGACAGAGAGCAACGGTGGAAA  600

seq1  TGTGGAAGAGTGGGGATTGTCTGCAGTATTCACTGTTTTGTTGTTCTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAGAGTGGGGATTGTCTGCAGTATTCACTGTTTTGTTGTTCTACA  650

seq1  CAATTTTTGCTTATCAAATACAGTTAATAGAATGTTCATGGAGGGAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTTGCTTATCAAATACAGTTAATAGAATGTTCATGGAGGGAAAAT  700

seq1  AACACCAAAGGTTGTTAGACAAAACCTCAAGGAATCACATTATTTTATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCAAAGGTTGTTAGACAAAACCTCAAGGAATCACATTATTTTATGG  750

seq1  TTACCTAAACTTGTTTATATACTCTGTGTGTGTG  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTAAACTTGTTTATATACTCTGTGTGTGTG  784


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |