BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276P21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 18,841,356 - 18,940,934
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi2
Upstream geneGnai1, LOC100041818, LOC668167, 4921504A21Rik
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276P21.bB6Ng01-276P21.g
ACCGA077629GA077630
length8971,091
definitionB6Ng01-276P21.b B6Ng01-276P21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,841,356 - 18,842,252)(18,939,844 - 18,940,934)
sequence
gaattcttgagttggtgaaaggcacaaaacccaaaccagacaggaattgc
ctggagaggtggtcatgaatactaggtgtacaggaagttgataaatcctt
taaatatttgaaaatcctttccactaaagaggactcagatgtattctctt
tgacccaaggatagaactcgggctgatgacaggcaggtgccataagaaag
aagttaaccgcctttaagcccagcaatcaggaggcagaggcaagcagatt
tctgagttcaaggccagcctggtctataaagtgagttccaggacagccag
ggctacacagagaaaccctgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
aaaaaaaaaaaagaaagaaagaaagaaagaaaagaaaagaaaaaagaaaa
caagaaagaaagaagttaacctgaagacaaccttttaaagataggcttta
aaaaaaattaaaaaacaacactgcatccttcaaaaaaaaagcagctctaa
acatatatgtgaacttatgtatctctggaccttttttggatacacttggc
aatgttaacttctacaaatgagctactgtttagtgcacatgtattttcat
gttattacacaggcatgacccaacttagaaactcagcattttatgtacag
gacttggaaaatggtaatttgtgttcaaatgtatcttttccaataaaatc
tattaaagcataacttatgatgtttgtaagttatgtcctttggttttatc
ggtataattaattctttcattaagatcaagaatgattaataagtttctgt
atgcttagcatttataacatattatacacatgtacacactcatacacata
tgtatttatatgtgtgtatgtgtagatagatagatagatagatagat
gaattctttactctcattctggttggtctttattcactttggaggaatga
gctcccctaaagttctggatttcctgaagacatactctgttgctattgca
ttttatttggtttcttatggatttccacaacaccttcacagaaaaagtgc
ccttagttatttcaattatttctgaatgttagcccacaatcattatactg
ctttagatatctccctcatattagactgtttaggtctgtttaattacctc
actctgccaagcttcccgtgactatttcttttttcttttttgttttttta
gatatttagctcatttacatttccaatgctatcccaaaagtcttccatat
ccaccccccattacatttcccatttaatagttgtagtagtagtagtaaga
gagtgacagagggacagagggacagagagatagatatagaacacacatga
atgtgtcatggtatatgtgcagaaaggagtgcaatttagcattagatatg
gttcttttcagtgtgggttttgaggattaattcagaatgtcagtattgta
tggcaaatacttttagctattaggatatctcacagagtccaagttgattc
tttatagataaattagaaaacttcaattggttgaaatggtaaactttgtc
catctaatcaataatgaggaattggaacatatatgcaatcaggacagatc
ccccagaaggaatatggattggtgttacccaattaaaatactctttcttt
gaaagaatagaattgtttgtgaaaagtaaattaatttggaaatttgtgct
ctaccagagcatcttttttccctagtatagttaatcaacagctctctcaa
atcatagcacatttgactcaatgtcctcagttgcaattatatgatattca
cattcattataacttggaatatgtaattgctgggcatacctaagactttt
tagtctaaaatactgaatttcaatgaggaaatttttagaagacatacttt
tagttttacaaaaaacatgacatatgccgagtggtatgaaacaaatgcca
gaggtctttctgactataggcagtaatatttttacatgtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_18841356_18842252
seq2: B6Ng01-276P21.b_43_939

seq1  GAATTCTTGAGTTGGTGAAAGGCACAAAACCCAAACCAGACAGGAATTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAGTTGGTGAAAGGCACAAAACCCAAACCAGACAGGAATTGC  50

seq1  CTGGAGAGGTGGTCATGAATACTAGGTGTACAGGAAGTTGATAAATCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGAGGTGGTCATGAATACTAGGTGTACAGGAAGTTGATAAATCCTT  100

seq1  TAAATATTTGAAAATCCTTTCCACTAAAGAGGACTCAGATGTATTCTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTTGAAAATCCTTTCCACTAAAGAGGACTCAGATGTATTCTCTT  150

seq1  TGACCCAAGGATAGAACTCGGGCTGATGACAGGCAGGTGCCATAAGAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCAAGGATAGAACTCGGGCTGATGACAGGCAGGTGCCATAAGAAAG  200

seq1  AAGTTAACCGCCTTTAAGCCCAGCAATCAGGAGGCAGAGGCAAGCAGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAACCGCCTTTAAGCCCAGCAATCAGGAGGCAGAGGCAAGCAGATT  250

seq1  TCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTATAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTATAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAG  300

seq1  GGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  350

seq1  AAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAGAAAAGAAAAAAGAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAGAAAAGAAAAAAGAAAA  400

seq1  CAAGAAAGAAAGAAGTTAACCTGAAGACAACCTTTTAAAGATAGGCTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAGAAAGAAGTTAACCTGAAGACAACCTTTTAAAGATAGGCTTTA  450

seq1  AAAAAAATTAAAAAACAACACTGCATCCTTCAAAAAAAAAGCAGCTCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATTAAAAAACAACACTGCATCCTTCAAAAAAAAAGCAGCTCTAA  500

seq1  ACATATATGTGAACTTATGTATCTCTGGACCTTTTTTGGATACACTTGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATGTGAACTTATGTATCTCTGGACCTTTTTTGGATACACTTGGC  550

seq1  AATGTTAACTTCTACAAATGAGCTACTGTTTAGTGCACATGTATTTTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTAACTTCTACAAATGAGCTACTGTTTAGTGCACATGTATTTTCAT  600

seq1  GTTATTACACAGGCATGACCCAACTTAGAAACTCAGCATTTTATGTACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTACACAGGCATGACCCAACTTAGAAACTCAGCATTTTATGTACAG  650

seq1  GACTTGGAAAATGGTAATTTGTGTTCAAATGTATCTTTTCCAATAAAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGAAAATGGTAATTTGTGTTCAAATGTATCTTTTCCAATAAAATC  700

seq1  TATTAAAGCATAACTTATGATGTTTGTAAGTTATGTCCTTTGGTTTTATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAGCATAACTTATGATGTTTGTAAGTTATGTCCTTTGGTTTTATC  750

seq1  GGTATAATTAATTCTTTCATTAAGATCAAGAATGATTAATAAGTTTCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATAATTAATTCTTTCATTAAGATCAAGAATGATTAATAAGTTTCTGT  800

seq1  ATGCTTAGCATTTATAACATATTATACACATGTACACACTCATACACATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTAGCATTTATAACATATTATACACATGTACACACTCATACACATA  850

seq1  TGTATTTATATGTGTGTATGTGTAGATAGATAGATAGATAGATAGAT  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTATATGTGTGTATGTGTAGATAGATAGATAGATAGATAGAT  897

seq1: chr5_18939844_18940934
seq2: B6Ng01-276P21.g_65_1155 (reverse)

seq1  TCACATGTAAAAATATACTTGCTTATAGTCAG-AAGACCTCTGGCATTTG  49
      ||||||||||||||||   ||| ||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCACATGTAAAAATATTACTGCCTATAGTCAGAAAGACCTCTGGCATTTG  50

seq1  TTTCATACCACTC-GCATATGTCCATGTTTTTTGTAAAACTTAAAAGTAT  98
      ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  TTTCATACCACTCGGCATATGT-CATGTTTTTTGTAAAAC-TAAAAGTA-  97

seq1  TGTCTTCT-AAAATTTCCTCATTGAAATTCAGTATTTTAGACTAAAAAGT  147
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCTAAAAATTTCCTCATTGAAATTCAGTATTTTAGACTAAAAAGT  147

seq1  CTTAGGTATGCCCAGCAATTACATATTCCAAGTTATAATGAATGTGAATA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGTATGCCCAGCAATTACATATTCCAAGTTATAATGAATGTGAATA  197

seq1  TCATATAATTGCAACTGAGGACATTGAGTCAAATGTGCTATGATTTGAGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATAATTGCAACTGAGGACATTGAGTCAAATGTGCTATGATTTGAGA  247

seq1  GAGCTGTTGATTAACTATACTAGGGAAAAAAGATGCTCTGGTAGAGCACA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTTGATTAACTATACTAGGGAAAAAAGATGCTCTGGTAGAGCACA  297

seq1  AATTTCCAAATTAATTTACTTTTCACAAACAATTCTATTCTTTCAAAGAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCAAATTAATTTACTTTTCACAAACAATTCTATTCTTTCAAAGAA  347

seq1  AGAGTATTTTAATTGGGTAACACCAATCCATATTCCTTCTGGGGGATCTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTATTTTAATTGGGTAACACCAATCCATATTCCTTCTGGGGGATCTG  397

seq1  TCCTGATTGCATATATGTTCCAATTCCTCATTATTGATTAGATGGACAAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATTGCATATATGTTCCAATTCCTCATTATTGATTAGATGGACAAA  447

seq1  GTTTACCATTTCAACCAATTGAAGTTTTCTAATTTATCTATAAAGAATCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACCATTTCAACCAATTGAAGTTTTCTAATTTATCTATAAAGAATCA  497

seq1  ACTTGGACTCTGTGAGATATCCTAATAGCTAAAAGTATTTGCCATACAAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGACTCTGTGAGATATCCTAATAGCTAAAAGTATTTGCCATACAAT  547

seq1  ACTGACATTCTGAATTAATCCTCAAAACCCACACTGAAAAGAACCATATC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACATTCTGAATTAATCCTCAAAACCCACACTGAAAAGAACCATATC  597

seq1  TAATGCTAAATTGCACTCCTTTCTGCACATATACCATGACACATTCATGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTAAATTGCACTCCTTTCTGCACATATACCATGACACATTCATGT  647

seq1  GTGTTCTATATCTATCTCTCTGTCCCTCTGTCCCTCTGTCACTCTCTTAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTATATCTATCTCTCTGTCCCTCTGTCCCTCTGTCACTCTCTTAC  697

seq1  TACTACTACTACAACTATTAAATGGGAAATGTAATGGGGGGTGGATATGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACTACTACAACTATTAAATGGGAAATGTAATGGGGGGTGGATATGG  747

seq1  AAGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCTAAATATCTAAAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCTAAATATCTAAAAA  797

seq1  AACAAAAAAGAAAAAAGAAATAGTCACGGGAAGCTTGGCAGAGTGAGGTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAAAGAAAAAAGAAATAGTCACGGGAAGCTTGGCAGAGTGAGGTA  847

seq1  ATTAAACAGACCTAAACAGTCTAATATGAGGGAGATATCTAAAGCAGTAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACAGACCTAAACAGTCTAATATGAGGGAGATATCTAAAGCAGTAT  897

seq1  AATGATTGTGGGCTAACATTCAGAAATAATTGAAATAACTAAGGGCACTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTGTGGGCTAACATTCAGAAATAATTGAAATAACTAAGGGCACTT  947

seq1  TTTCTGTGAAGGTGTTGTGGAAATCCATAAGAAACCAAATAAAATGCAAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTGAAGGTGTTGTGGAAATCCATAAGAAACCAAATAAAATGCAAT  997

seq1  AGCAACAGAGTATGTCTTCAGGAAATCCAGAACTTTAGGGGAGCTCATTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAGAGTATGTCTTCAGGAAATCCAGAACTTTAGGGGAGCTCATTC  1047

seq1  CTCCAAAGTGAATAAAGACCAACCAGAATGAGAGTAAAGAATTC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAGTGAATAAAGACCAACCAGAATGAGAGTAAAGAATTC  1091