BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277P11
Chromosome5 (Build37)
Map Location 66,125,562 - 66,324,251
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700022K14Rik, LOC384261, B3bp, LOC100041809, Rhoh, LOC626641
Upstream geneKlf3, Tlr1, Tlr6, 9130005N14Rik, Tmem156, Klhl5, Wdr19, Rfc1, Klb, Rpl9, Lias, Ugdh, 1110003E01Rik, 4930589O11Rik, Hip2, 9030416H16Rik
Downstream geneEG666827, Chrna9, 9130230L23Rik, BC013481, LOC626714, LOC666854, LOC100042394, Nsun7, Apbb2, Uchl1, LOC100041876, 3732412D22Rik, LOC624662
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277P11.bB6Ng01-277P11.g
ACCGA078339GA078340
length1,102989
definitionB6Ng01-277P11.b B6Ng01-277P11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,323,198 - 66,324,251)(66,125,562 - 66,126,371)
sequence
gaattcctgtctttatgtcctctgtcctggaacttcagtatgtgccactg
tccttggtttactgaggatcaaacccaaggcttcatacatgttaggcaag
ctctttaccaactgaaacactaccctagcctcggagttcatttctctgat
ataagaatctaagcaaactttttacagatctggtggtggagatgatgacc
cagggtgatggagatccagtttctaccatcttttggctctgcaagtctca
atgtatagcttttgtcttgagatgtcaaacggctgctctggcttccacta
ttgtttctatagctcatctgacaagaagaagaaaaggagcaagaggtgac
attatacctttctttaaaaacattgctaaaggttccacacatcagttcca
ctgactaacaattagtcatatgtccatacctagctgcaagggagcctggg
aaatgtagtcctatctgggaagtcataaacctaaaactattgtgctaata
gaaggaaagaatgtactaatgggcaacaggtaacaatctctgcccaaaag
accagacaggaaggtaagtcagtgaatcctgcaaagtatgaaccataaag
catgggggaatcataacacataaaattacatgtatttatgtatcttctat
ttacccatgtacttattacatatgtgtatatgttggggcattggatacca
cagcatgtgtgtaggtcagggaacacttgtgagagttggctctttccttc
caccgtgtagaacttgagactcaaactcaggacattacacttggtagtat
gttcctttatccactgagccaccttgctggtccctagggactacatttta
aggggtacctctttcatcctggataatactgtgatgcaaagttgaggttt
tgtgcccacatctgctgatgttcaaaaataagtcggaaatcagcctttta
gcaaataagatctcctaattttaaaacattggtttaaaatattatttttt
tagagcaccattaaagctatatttgtggcttgaatacagcccagagttcc
cttggggctcttgtataggattatgatttgcatagaggcgctaacctgtg
ct
gaattctaggacaaccagggctatacagagaaacccagtctcaaaacgca
acaccaaaccaaaccaaaccaaaccaaaccaaaccaaaccaaaccaacca
accaaccaaccaatcaaataaacaaaaaagtggtagaaatatacagtggt
ccatttcactgattgcacagatatgtatcattagccaattacactttgaa
ttaaaggctggtagtaggacagtaaacaggtgtaagtcacctgtaacagc
atggtatgtgcagcataacatggagaagacagacccctaacacaaattct
ctgtgttaaacaactacttttcttaatgcttttacaaaatatcagtcaaa
agcaattggaagaaggaagggtttctgtttgtttgtttgtttgcttgtta
tgaaacagggtttctctgtgtagccctggctgtcttggaactcactttgt
agaccaggctggcctcgaactcagagatccgcctgcctctgcctcccaag
tgctgagattaaaagcatgtgccaccactgcccggttggaagggtttcta
atggctcttggttcgcaggtacaatctaccatgctgtggaaatgccgtaa
gagaggtgtgaggcagctggccacagctcttctatagtcaggagtcagag
gtgaatattgatgcttgccaaggaccggcctcaggttggagagatgttct
gaggaatgggtgttcgtgattggcaagaagaatgacttgaagtcaaattg
tgggtacaagctgacagtccatgttctgcttgagacagctttctgaagat
tgacagctcatcctgacagctcagctctcacagaccaaagcccagtcttt
tatttacctctcaattcagtcagccacccccagggtcccttttaacttat
cccaccaattcagattttttttgccctttatccctttgactcctaggaaa
agacagcagcattattttttctttaacattgcagatgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_66323198_66324251
seq2: B6Ng01-277P11.b_91_1145 (reverse)

seq1  AGCACA-GTTAGCGCCTCTATGCAAATCAT-ATCTTATAC-AGAGCCCCA  47
      |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||
seq2  AGCACAGGTTAGCGCCTCTATGCAAATCATAATCCTATACAAGAGCCCCA  50

seq1  AAGGGGAACTCTTGGGCTGTATCCAGCCCACAAATATTAGCTTTAATGGT  97
      |  |||||||| |||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||
seq2  A--GGGAACTC-TGGGCTGTATTCAAGCCACAAATA-TAGCTTTAATGGT  96

seq1  GCTCTAAAAATATA--TTTTTAAACCAATGTTTTAAAATTAGGAGATCTT  145
      |||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAAAAAAATAATATTTTAAACCAATGTTTTAAAATTAGGAGATCTT  146

seq1  ATTTGCTAAAAGGCTGATTTCCGACTTA-TTTTGAACATCAGCAGATGTG  194
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTAAAAGGCTGATTTCCGACTTATTTTTGAACATCAGCAGATGTG  196

seq1  GGCACAAAACCTCAACTTTTGCATCACAGTATTATCCAGGATGAAAGAGG  244
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAAAACCTCAAC-TTTGCATCACAGTATTATCCAGGATGAAAGAGG  245

seq1  TACCCCTTAAAATGTAGTCCCTAGGGACCAGCAAGGTGGCTCAGTGGATA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCTTAAAATGTAGTCCCTAGGGACCAGCAAGGTGGCTCAGTGGATA  295

seq1  AAGGAACATACTACCAAGTGTAATGTCCTGAGTTTGAGTCTCAAGTTCTA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACATACTACCAAGTGTAATGTCCTGAGTTTGAGTCTCAAGTTCTA  345

seq1  CACGGTGGAAGGAAAGAGCCAACTCTCACAAGTGTTCCCTGACCTACACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGTGGAAGGAAAGAGCCAACTCTCACAAGTGTTCCCTGACCTACACA  395

seq1  CATGCTGTGGTATCCAATGCCCCAACATATACACATATGTAATAAGTACA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGTGGTATCCAATGCCCCAACATATACACATATGTAATAAGTACA  445

seq1  TGGGTAAATAGAAGATACATAAATACATGTAATTTTATGTGTTATGATTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAAATAGAAGATACATAAATACATGTAATTTTATGTGTTATGATTC  495

seq1  CCCCATGCTTTATGGTTCATACTTTGCAGGATTCACTGACTTACCTTCCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGCTTTATGGTTCATACTTTGCAGGATTCACTGACTTACCTTCCT  545

seq1  GTCTGGTCTTTTGGGCAGAGATTGTTACCTGTTGCCCATTAGTACATTCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGTCTTTTGGGCAGAGATTGTTACCTGTTGCCCATTAGTACATTCT  595

seq1  TTCCTTCTATTAGCACAATAGTTTTAGGTTTATGACTTCCCAGATAGGAC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCTATTAGCACAATAGTTTTAGGTTTATGACTTCCCAGATAGGAC  645

seq1  TACATTTCCCAGGCTCCCTTGCAGCTAGGTATGGACATATGACTAATTGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTCCCAGGCTCCCTTGCAGCTAGGTATGGACATATGACTAATTGT  695

seq1  TAGTCAGTGGAACTGATGTGTGGAACCTTTAGCAATGTTTTTAAAGAAAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAGTGGAACTGATGTGTGGAACCTTTAGCAATGTTTTTAAAGAAAG  745

seq1  GTATAATGTCACCTCTTGCTCCTTTTCTTCTTCTTGTCAGATGAGCTATA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAATGTCACCTCTTGCTCCTTTTCTTCTTCTTGTCAGATGAGCTATA  795

seq1  GAAACAATAGTGGAAGCCAGAGCAGCCGTTTGACATCTCAAGACAAAAGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAATAGTGGAAGCCAGAGCAGCCGTTTGACATCTCAAGACAAAAGC  845

seq1  TATACATTGAGACTTGCAGAGCCAAAAGATGGTAGAAACTGGATCTCCAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATTGAGACTTGCAGAGCCAAAAGATGGTAGAAACTGGATCTCCAT  895

seq1  CACCCTGGGTCATCATCTCCACCACCAGATCTGTAAAAAGTTTGCTTAGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGGGTCATCATCTCCACCACCAGATCTGTAAAAAGTTTGCTTAGA  945

seq1  TTCTTATATCAGAGAAATGAACTCCGAGGCTAGGGTAGTGTTTCAGTTGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATATCAGAGAAATGAACTCCGAGGCTAGGGTAGTGTTTCAGTTGG  995

seq1  TAAAGAGCTTGCCTAACATGTATGAAGCCTTGGGTTTGATCCTCAGTAAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGCTTGCCTAACATGTATGAAGCCTTGGGTTTGATCCTCAGTAAA  1045

seq1  CCAAGGACAG  1054
      ||||||||||
seq2  CCAAGGACAG  1055

seq1: chr5_66125562_66126371
seq2: B6Ng01-277P11.g_68_877

seq1  GAATTCTAGGACAACCAGGGCTATACAGAGAAACCCAGTCTCAAAACGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGACAACCAGGGCTATACAGAGAAACCCAGTCTCAAAACGCA  50

seq1  ACACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAACCA  100

seq1  ACCAACCAACCAATCAAATAAACAAAAAAGTGGTAGAAATATACAGTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCAACCAATCAAATAAACAAAAAAGTGGTAGAAATATACAGTGGT  150

seq1  CCATTTCACTGATTGCACAGATATGTATCATTAGCCAATTACACTTTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCACTGATTGCACAGATATGTATCATTAGCCAATTACACTTTGAA  200

seq1  TTAAAGGCTGGTAGTAGGACAGTAAACAGGTGTAAGTCACCTGTAACAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGCTGGTAGTAGGACAGTAAACAGGTGTAAGTCACCTGTAACAGC  250

seq1  ATGGTATGTGCAGCATAACATGGAGAAGACAGACCCCTAACACAAATTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATGTGCAGCATAACATGGAGAAGACAGACCCCTAACACAAATTCT  300

seq1  CTGTGTTAAACAACTACTTTTCTTAATGCTTTTACAAAATATCAGTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTAAACAACTACTTTTCTTAATGCTTTTACAAAATATCAGTCAAA  350

seq1  AGCAATTGGAAGAAGGAAGGGTTTCTGTTTGTTTGTTTGTTTGCTTGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTGGAAGAAGGAAGGGTTTCTGTTTGTTTGTTTGTTTGCTTGTTA  400

seq1  TGAAACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCTTGGAACTCACTTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCTTGGAACTCACTTTGT  450

seq1  AGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAGATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAGATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAG  500

seq1  TGCTGAGATTAAAAGCATGTGCCACCACTGCCCGGTTGGAAGGGTTTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGATTAAAAGCATGTGCCACCACTGCCCGGTTGGAAGGGTTTCTA  550

seq1  ATGGCTCTTGGTTCGCAGGTACAATCTACCATGCTGTGGAAATGCCGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCTTGGTTCGCAGGTACAATCTACCATGCTGTGGAAATGCCGTAA  600

seq1  GAGAGGTGTGAGGCAGCTGGCCACAGCTCTTCTATAGTCAGGAGTCAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGTGTGAGGCAGCTGGCCACAGCTCTTCTATAGTCAGGAGTCAGAG  650

seq1  GTGAATATTGATGCTTGCCAAGGACCGGCCTCAGGTTGGAGAGATGTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATATTGATGCTTGCCAAGGACCGGCCTCAGGTTGGAGAGATGTTCT  700

seq1  GAGGAATGGGTGTTCGTGATTGGCAAGAAGAATGACTTGAAGTCAAATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATGGGTGTTCGTGATTGGCAAGAAGAATGACTTGAAGTCAAATTG  750

seq1  TGGGTACAAGCTGACAGTCCATGTTCTGCTTGAGACAGCTTTCTGAAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTACAAGCTGACAGTCCATGTTCTGCTTGAGACAGCTTTCTGAAGAT  800

seq1  TGACAGCTCA  810
      ||||||||||
seq2  TGACAGCTCA  810