BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279C22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 118,762,809 - 118,784,879
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039359, BC023744, LOC667175, Wsb2, Rfc5, Ksr2, Nos1, Fbxo21, Tesc, Fbxw8, Hrk, Tmem118, 2410131K14Rik
Downstream geneLOC665162, Thrap2, LOC100039488, EG665194
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279C22.bB6Ng01-279C22.g
ACCGA079229GA079230
length5491,098
definitionB6Ng01-279C22.b B6Ng01-279C22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,762,809 - 118,763,355)(118,783,771 - 118,784,879)
sequence
ctactttgtgggatttaataccccatgggtatggattctctcctggctgg
aagcagataggcttcgcatggaagaccaagggctgagaactccggtgggg
ctgaccagggactgctcgggtgggtttggactgggaccatgtcttcctgt
ttactgggggggggggttgctggaacgggggtcactaggactatctcctc
tggtttaaatgctatttgtggggatggcctcgggaaggtgaatgaacggc
gggccaccttgctgggtctgggttcagttgggaatgaggacccctgtcta
ggtgagacttgagaaggatggctgtcacaagatcacaagatcgtagctac
cttgtcaatcacaagacagctaaagctgggcgtggtggctcacgccttta
atcccagcatttgggaggcagaggcaggcggatttctgagttcgaggcca
gcctgctctacagagtgagttccaggacagccagggctacacacacaaaa
cctgtcttgaagaaatataagtaaacccaaaactaatatcaaaacaaac
gaattcacaggaccttgagcctaagaaccaagatatctctggagagcagg
attgctctgccagtactgtgtacgatttgaagcatttcctacagacccca
aactcctggcttcttgcatgtgcgcatgcacacatctgtgcgcttacata
aggaggccaaagaacaatttcaggtgttacccccttaagtgacatccact
ttttgcaagactgtcgctccctggcttgtaccaagtaggttaggttaaac
tacttcagcgtgtccctgagatccagctgtctcctctccgctagcgctag
acttatgagtgtgccccaccaccgcaggcttttttttttttttaaacatg
ggctcttggggcttgaactcaagtcctagtgtttgtaactgactgagcca
tctccgcagatcctggctttccacaaatctatcaacatcttccaagaagc
tggagctgagccagagcctctgtcactcccagacacctcccttttcatgt
gtctgaccttccagactctcatggtttgaatatgcttgggccaggaagca
gcactattagaaggtatgaccctgttagaatgggtgtggccttgtgaagt
gggtgtgccctgttggaggaggcgtggccttgttggagtgggtttggcct
tgttggagtaggtgtgtcatagagggcatgggctttaagatcctcatcct
tcctgcctagaagccagtcttctcctagcaaccttcagacaaagatgtag
aactcttagctcctcctgcaccatgcctgcgtggatgctaccatgcccct
gccttgatgataatggactgaacctctgaacctgtaagccagccccaatt
aatgttgtccttataagacttgccttggtcatggtgtctgttcacaacag
taaacactccctaagacacagaccttgaatcagtagttccttgtgtccac
cacatactgctcttgggcaaatgaggaaactgaggcctggaactgagtca
tgcagctgagttgtgcccctacagtccctacacctctatcccagctagga
gcccaattatagcctgcctcatcttatgtgggtgccactacttctggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_118762809_118763355
seq2: B6Ng01-279C22.b_45_599

seq1  GAATTCCTACTTTGTGGGATTTAATACCCCATGGGTATGGATTCTCTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACTTTGTGGGATTTAATACCCCATGGGTATGGATTCTCTCCT  50

seq1  GGCTGGAAGCAGATAGGCTTCGCATGGAAGACCAAGGGCTGAGAACTCCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGAAGCAGATAGGCTTCGCATGGAAGACCAAGGGCTGAGAACTCCG  100

seq1  GTGGGGCTGACCAGGGACTGCTCGGGTGGGTTTGGACTGGGACCATGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGCTGACCAGGGACTGCTCGGGTGGGTTTGGACTGGGACCATGTCT  150

seq1  TCCTGTTTACTGGGGGGGGGGGTTGCTGGAACGGGGGTCACTAGGACTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTTACTGGGGGGGGGGGTTGCTGGAACGGGGGTCACTAGGACTAT  200

seq1  CTCCTCTGGTTTAAATGCTATTTGTGGGGATGGCCTCGGGAAGGTGAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTGGTTTAAATGCTATTTGTGGGGATGGCCTCGGGAAGGTGAATG  250

seq1  AACGGCGGGCCACCTTGCTGGGTCTGGGTTCAGTTGGGAATGAGGACCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGCGGGCCACCTTGCTGGGTCTGGGTTCAGTTGGGAATGAGGACCCC  300

seq1  TGTCTAGGTGAGACTTGAGAAGGATGGCTGTCACAAGATCACAAGATCGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGGTGAGACTTGAGAAGGATGGCTGTCACAAGATCACAAGATCGT  350

seq1  AGCTACCTTGTCAATCACAAGACAGCTAAAGCTGGGCGTGGTGGCTCACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACCTTGTCAATCACAAGACAGCTAAAGCTGGGCGTGGTGGCTCACG  400

seq1  CCTTTAATCCCAGCATTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAATCCCAGCATTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCG  450

seq1  AGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAG  500
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGGCCAGCCTGCTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAC  500

seq1  AGAAAACCTGTCTTGAAAAAATAAAAAAAAACCCAAAAC--------AAA  542
      | ||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||        |||
seq2  ACAAAACCTGTCTTGAAGAAATATAAGTAAACCCAAAACTAATATCAAAA  550

seq1  CAAAC  547
      |||||
seq2  CAAAC  555

seq1: chr5_118783771_118784879
seq2: B6Ng01-279C22.g_62_1159 (reverse)

seq1  GCCAGAAGTTTAGTTGGCA-CCACATAAAGAAGGAAGCA-GCTATAAATT  48
      ||||||||  ||| ||||| ||||||||   | || ||| ||||| ||||
seq2  GCCAGAAG--TAG-TGGCACCCACATAA--GATGAGGCAGGCTAT-AATT  44

seq1  GGGCTCCTAGCTGGGATAGAGGTTGTAGGGACTGTAGGGGCCACAACTCA  98
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGGCTCCTAGCTGGGATAGAGG-TGTAGGGACTGTAGGGG-CACAACTCA  92

seq1  GCTGCATGACCTCAGTTTCCAGGCCTCAGTTTCCTCATTTGCCCAAGAGC  148
      ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATGA-CTCAG-TTCCAGGCCTCAGTTTCCTCATTTGCCCAAGAGC  140

seq1  AGTATGTGGTGGACACAAGGAACTACTGATTCAAAGGTCTGTGTCTTAGG  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGTATGTGGTGGACACAAGGAACTACTGATTC-AAGGTCTGTGTCTTAGG  189

seq1  GAGTGTTTTACTGTTGTGAACAGACACCATGACCAAGGCAAGTCTTATAA  248
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTG-TTTACTGTTGTGAACAGACACCATGACCAAGGCAAGTCTTATAA  238

seq1  GGACAACATTTAATTGGGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATT  298
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACA-TTAATTGGGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATT  287

seq1  ATCATCAAGGCAGGGGCATGGTAGCATCCACGCAGGCATGGTGCAGGAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCAAGGCAGGGGCATGGTAGCATCCACGCAGGCATGGTGCAGGAGG  337

seq1  AGCTAAGAGTTCTACATCTTTGTCTGAAGGTTGCTAGGAGAAGACTGGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGAGTTCTACATCTTTGTCTGAAGGTTGCTAGGAGAAGACTGGCT  387

seq1  TCTAGGCAGGAAGGATGAGGATCTTAAAGCCCATGCCCTCTATGACACAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGCAGGAAGGATGAGGATCTTAAAGCCCATGCCCTCTATGACACAC  437

seq1  CTACTCCAACAAGGCCAAACCCACTCCAACAAGGCCACGCCTCCTCCAAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCCAACAAGGCCAAACCCACTCCAACAAGGCCACGCCTCCTCCAAC  487

seq1  AGGGCACACCCACTTCACAAGGCCACACCCATTCTAACAGGGTCATACCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCACACCCACTTCACAAGGCCACACCCATTCTAACAGGGTCATACCT  537

seq1  TCTAATAGTGCTGCTTCCTGGCCCAAGCATATTCAAACCATGAGAGTCTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATAGTGCTGCTTCCTGGCCCAAGCATATTCAAACCATGAGAGTCTG  587

seq1  GAAGGTCAGACACATGAAAAGGGAGGTGTCTGGGAGTGACAGAGGCTCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCAGACACATGAAAAGGGAGGTGTCTGGGAGTGACAGAGGCTCTG  637

seq1  GCTCAGCTCCAGCTTCTTGGAAGATGTTGATAGATTTGTGGAAAGCCAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCTCCAGCTTCTTGGAAGATGTTGATAGATTTGTGGAAAGCCAGG  687

seq1  ATCTGCGGAGATGGCTCAGTCAGTTACAAACACTAGGACTTGAGTTCAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCGGAGATGGCTCAGTCAGTTACAAACACTAGGACTTGAGTTCAAG  737

seq1  CCCCAAGAGCCCATGTTTAAAAAAAAAAAAAAGCCTGCGGTGGTGGGGCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAGAGCCCATGTTTAAAAAAAAAAAAAAGCCTGCGGTGGTGGGGCA  787

seq1  CACTCATAAGTCTAGCGCTAGCGGAGAGGAGACAGCTGGATCTCAGGGAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCATAAGTCTAGCGCTAGCGGAGAGGAGACAGCTGGATCTCAGGGAC  837

seq1  ACGCTGAAGTAGTTTAACCTAACCTACTTGGTACAAGCCAGGGAGCGACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTGAAGTAGTTTAACCTAACCTACTTGGTACAAGCCAGGGAGCGACA  887

seq1  GTCTTGCAAAAAGTGGATGTCACTTAAGGGGGTAACACCTGAAATTGTTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGCAAAAAGTGGATGTCACTTAAGGGGGTAACACCTGAAATTGTTC  937

seq1  TTTGGCCTCCTTATGTAAGCGCACAGATGTGTGCATGCGCACATGCAAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCCTCCTTATGTAAGCGCACAGATGTGTGCATGCGCACATGCAAGA  987

seq1  AGCCAGGAGTTTGGGGTCTGTAGGAAATGCTTCAAATCGTACACAGTACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGAGTTTGGGGTCTGTAGGAAATGCTTCAAATCGTACACAGTACT  1037

seq1  GGCAGAGCAATCCTGCTCTCCAGAGATATCTTGGTTCTTAGGCTCAAGGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGCAATCCTGCTCTCCAGAGATATCTTGGTTCTTAGGCTCAAGGT  1087

seq1  CCTGTGAATTC  1109
      |||||||||||
seq2  CCTGTGAATTC  1098