BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279D17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 83,706,576 - 83,835,669
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSrd5a2l2
Upstream geneEG433912, LOC100039434
Downstream geneLOC100039608, LOC231368, Epha5, LOC100039489
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279D17.bB6Ng01-279D17.g
ACCGA079264GA079265
length1,1581,111
definitionB6Ng01-279D17.b B6Ng01-279D17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,706,576 - 83,707,746)(83,834,554 - 83,835,669)
sequence
gaattcatttatataactcattcttgaaaatattcatacaataaaaatta
ctaatgtttgtaaatatggcagcgtaaaatcatattacagtacagcatga
aaaaaaccaaacatattttaagaaagcagttgagttagactgtgaaccag
ttatgtgtatttgtatatatgtatgaatttatttttagaaaatgtctctt
cctattatcacaaatattataggcatataagctatcttaagtagccaaga
ctcttgagtgttggcactgtgagtatactcaagtggatagctcttcattg
tatatgggctcatgtatagaattataagctttctcacagtgaccctctct
tctactatatagatgcctatggggttccctaagtcttgactatataaatg
tttacatgtttagtcaattactgtgaaaattgtactatgtggagatgtta
taacaagtagagaattaattatagagcaaaattgaaatatcagcattctt
ctgagaaaccacacacctttccaaactggtagagtgatgtaatgacccca
aggaaagaaatcaattttgttattatcttgattccttttaatatattata
caaattttactttattttggcaccatattacaggtctttgtttcttgtta
aattcaagaatagaaattcttttttttttctggcaaaagtcattctaagt
tacttgtacattgattttgtaaataattccaagtatcattttgcagtttt
catgcatcatcactgaaaagtatttcaaaaataaagtgggcctgttagca
agaaatactgtctttgggactttctatactgaggctccttgaaaccaaca
gtaattataaagttctatatgaatcaggcataaatttaacttttaaacag
ccctttagaaactgaatttttaattattattgttatacacagatgggtac
aagtcatctaaagtacaagagtaactttaattgaaccctatacagcaaca
ttagcttatattctctttgaatatatgagaaaacccagaggattattttt
tatactttatgtgtaacatataatagaagaatcatattatattcagaatt
tttattccaggagcaaactggcttattgaaatcacgatagctgaattgac
ttgaactg

gaattctttgtttagctctgtaccccatttttaatagagttatttggttc
tctggagtccaacttcttgagttctttgtatatttttgatattagctctc
tatcagatgtagggttggtaaggatctttccccaatctgtagtttgctgt
tttgtactattgacagtgtcctttgcctacagaagcttttcaattttatg
acatgccatttgtcaatagttgatcttaaaccattggtgttctgttcaga
aaactgaagatcattgttgaaagaaattaagttatagtaaacaactttta
ctggtttaagttacttttatacacttaaattctcatagatatatttattt
ttatgaatatgaaaacataaaactttattattaaaaccatgaaactatca
aatagcatattcatttgatttgcttaaaatatcagtattgtaaaagaaac
agctagccgggcagtggtggtgcatgctttaatcccagcacttgggtggc
agaggcaggcggatttctgagttcaagtccagcctggtctacatagtgag
ttccaggacagccagggatacacaaagaaaccctgtctcgaaaaacaaaa
acaaacaaacaaaaaaccccaaacaaacaaacaaacaaaaacagctaaga
attaacaaaaggaattcatcaaaactctagataaaatatgttcaaaagta
attatataagattaaaataaacattatattttctccttgttatgactatt
ccccatgcctccttgcttgctctaacattgcatgttagtagctaaaatgt
atttcatgccaccctatctgttcttttaatatagggaatcattcataatc
caaatatggttctcccagagttataatttgcatacagatatgcactgtgt
tgggaagtgacagtcatcgtgctaatttaaaacaattaaatttgatacct
caatattctctagtcattcacattaaacagtatctgattattcacctttt
ggcagtactgacaactgctagaagaaacttagttttaaactgtaccctgg
agattcctcctgggaacatggacatagctacttgctcgtgaaacagtctg
ttttctaattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_83706576_83707746
seq2: B6Ng01-279D17.b_50_1207

seq1  GAATTCATTTATATAACTCATTCTTGAAAATATTCATACAATAAAAATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTATATAACTCATTCTTGAAAATATTCATACAATAAAAATTA  50

seq1  CTAATGTTTGTAAATATGGCAGCGTAAAATCATATTACAGTACAGCATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTTTGTAAATATGGCAGCGTAAAATCATATTACAGTACAGCATGA  100

seq1  AAAAAACCAAACATATTTTAAGAAAGCAGTTGAGTTAGACTGTGAACCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACCAAACATATTTTAAGAAAGCAGTTGAGTTAGACTGTGAACCAG  150

seq1  TTATGTGTATTTGTATATATGTATGAATTTATTTTTAGAAAATGTCTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGTATTTGTATATATGTATGAATTTATTTTTAGAAAATGTCTCTT  200

seq1  CCTATTATCACAAATATTATAGGCATATAAGCTATCTTAAGTAGCCAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTATCACAAATATTATAGGCATATAAGCTATCTTAAGTAGCCAAGA  250

seq1  CTCTTGAGTGTTGGCACTGTGAGTATACTCAAGTGGATAGCTCTTCATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAGTGTTGGCACTGTGAGTATACTCAAGTGGATAGCTCTTCATTG  300

seq1  TATATGGGCTCATGTATAGAATTATAAGCTTTCTCACAGTGACCCTCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGGCTCATGTATAGAATTATAAGCTTTCTCACAGTGACCCTCTCT  350

seq1  TCTACTATATAGATGCCTATGGGGTTCCCTAAGTCTTGACTATATAAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTATATAGATGCCTATGGGGTTCCCTAAGTCTTGACTATATAAATG  400

seq1  TTTACATGTTTAGTCAATTACTGTGAAAATTGTACTATGTGGAGATGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATGTTTAGTCAATTACTGTGAAAATTGTACTATGTGGAGATGTTA  450

seq1  TAACAAGTAGAGAATTAATTATAGAGCAAAATTGAAATATCAGCATTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAGTAGAGAATTAATTATAGAGCAAAATTGAAATATCAGCATTCTT  500

seq1  CTGAGAAACCACACACCTTTCCAAACTGGTAGAGTGATGTAATGACCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAACCACACACCTTTCCAAACTGGTAGAGTGATGTAATGACCCCA  550

seq1  AGGAAAGAAATCAATTTTGTTATTATCTTGATTCCTTTTAATATATTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAAATCAATTTTGTTATTATCTTGATTCCTTTTAATATATTATA  600

seq1  CAAATTTTACTTTATTTTGGCACCATATTACAGGTCTTTGTTTCTTGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTTACTTTATTTTGGCACCATATTACAGGTCTTTGTTTCTTGTTA  650

seq1  AATTCAAGAATAGAAATTCTTTTTTTTTTCTGGCAAAAGTCATTCTAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAGAATAGAAATTCTTTTTTTTTTCTGGCAAAAGTCATTCTAAGT  700

seq1  TACTTGTACATTGATTTTGTAAATAATTCCAAGTATCATTTTGCAGTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTACATTGATTTTGTAAATAATTCCAAGTATCATTTTGCAGTTTT  750

seq1  CATGCATCATCACTGAAAAGTATTTCAAAAATAAAGTGGGCCTGTTAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATCATCACTGAAAAGTATTTCAAAAATAAAGTGGGCCTGTTAGCA  800

seq1  AGAAATACTGTCTTTGGGACTTTCTATACTGAGGCTCCTTGAAACCAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATACTGTCTTTGGGACTTTCTATACTGAGGCTCCTTGAAACCAACA  850

seq1  GTAATTATAAAGTTCTATATGAATCAGGGCATAAA-TTAACTTTTAAACA  899
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  GTAATTATAAAGTTCTATATGAATCA-GGCATAAATTTAACTTTTAAACA  899

seq1  G-CCTTTAGAAACTGAATTTTTAATTATTATTGTTATACACAGAT-GGTA  947
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCCCTTTAGAAACTGAATTTTTAATTATTATTGTTATACACAGATGGGTA  949

seq1  CAAGTCATCTAAGGTACAAGAGTAACTTTAATTGAA-CCTATACAGCAAC  996
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAAGTCATCTAAAGTACAAGAGTAACTTTAATTGAACCCTATACAGCAAC  999

seq1  ATTAAGCTATATTCTCTTTGAATATATTGAGAAAA-CCAGAGGATTA--T  1043
      ||||   ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |
seq2  ATTAGCTTATATTCTCTTTGAATATA-TGAGAAAACCCAGAGGATTATTT  1048

seq1  TTTATACTTTTATGTTGTAAACAATATAAATAGAAGAATCATTATTATTA  1093
      ||||||| |||||| |||||   |||| ||||||||||||| ||||||  
seq2  TTTATAC-TTTATG-TGTAA--CATAT-AATAGAAGAATCA-TATTAT--  1090

seq1  ATTCAAGGAAAATTTTTATTTCAGGAGCAAACTTGGTATAATTGAAATAC  1143
      ||||    | |||||||||| ||||||||||||  |  | |||||||| |
seq2  ATTC----AGAATTTTTATTCCAGGAGCAAACT--GGCTTATTGAAAT-C  1133

seq1  ACCAATAGCTGAATTTTGACCTGAACTG  1171
      | | |||||||||  ||||| |||||||
seq2  A-CGATAGCTGAA--TTGACTTGAACTG  1158


seq1: chr5_83834554_83835669
seq2: B6Ng01-279D17.g_65_1175 (reverse)

seq1  AAATTAG--AACAGACTGTTTTCACGGAGCAAAGTAGCTTATGTCCATG-  47
      |||||||  ||||||||| |||||| |||| ||||||| |||||||||| 
seq2  AAATTAGAAAACAGACTG-TTTCAC-GAGC-AAGTAGC-TATGTCCATGT  46

seq1  TCCCAGGAGGAATCCTCCAGGTTACAGTTTTAAAACTAAGTTTCTCTTAG  97
      ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||
seq2  TCCCAGGAGGAAT-CTCCAGGGTACAG-TTTAAAACTAAGTTTCTTCTAG  94

seq1  CAGTTTGTCAAGTACTGCCAAAAAGGTGAATAATTCAGATACTGTTTAAT  147
      ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAG-TTGTC-AGTACTGCC-AAAAGGTGAATAA-TCAGATACTGTTTAAT  140

seq1  GTGAATGACTAGAGAATATTGAGGTATCAAATTTAATTGTTTT-AATTAG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTGAATGACTAGAGAATATTGAGGTATCAAATTTAATTGTTTTAAATTAG  190

seq1  CACGATGACTGTCACTTCCCAACACAGTGCATATCTGTATGC-AATTATA  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CACGATGACTGTCACTTCCCAACACAGTGCATATCTGTATGCAAATTATA  240

seq1  ACTCTGGGAGAACCATATTTGGATTATGAATGATTCCCTATATTAAAAGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGGAGAACCATATTTGGATTATGAATGATTCCCTATATTAAAAGA  290

seq1  ACAGATAGGGTGGCATGAAATACATTTTAGCTACTAACATGCAATGTTAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATAGGGTGGCATGAAATACATTTTAGCTACTAACATGCAATGTTAG  340

seq1  AGCAAGCAAGGAGGCATGGGGAATAGTCATAACAAGGAGAAAATATAATG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCAAGGAGGCATGGGGAATAGTCATAACAAGGAGAAAATATAATG  390

seq1  TTTATTTTAATCTTATATAATTACTTTTGAACATATTTTATCTAGAGTTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTAATCTTATATAATTACTTTTGAACATATTTTATCTAGAGTTT  440

seq1  TGATGAATTCCTTTTGTTAATTCTTAGCTGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAATTCCTTTTGTTAATTCTTAGCTGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTT  490

seq1  TGGGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTTTGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTTTGT  540

seq1  GTATCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTATGTAGACCAGGCTGGACTTGAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTATGTAGACCAGGCTGGACTTGAA  590

seq1  CTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCACCCAAGTGCTGGGATTAAAGCATGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCACCCAAGTGCTGGGATTAAAGCATGC  640

seq1  ACCACCACTGCCCGGCTAGCTGTTTCTTTTACAATACTGATATTTTAAGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCACTGCCCGGCTAGCTGTTTCTTTTACAATACTGATATTTTAAGC  690

seq1  AAATCAAATGAATATGCTATTTGATAGTTTCATGGTTTTAATAATAAAGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAATGAATATGCTATTTGATAGTTTCATGGTTTTAATAATAAAGT  740

seq1  TTTATGTTTTCATATTCATAAAAATAAATATATCTATGAGAATTTAAGTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTTTTCATATTCATAAAAATAAATATATCTATGAGAATTTAAGTG  790

seq1  TATAAAAGTAACTTAAACCAGTAAAAGTTGTTTACTATAACTTAATTTCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGTAACTTAAACCAGTAAAAGTTGTTTACTATAACTTAATTTCT  840

seq1  TTCAACAATGATCTTCAGTTTTCTGAACAGAACACCAATGGTTTAAGATC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACAATGATCTTCAGTTTTCTGAACAGAACACCAATGGTTTAAGATC  890

seq1  AACTATTGACAAATGGCATGTCATAAAATTGAAAAGCTTCTGTAGGCAAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTGACAAATGGCATGTCATAAAATTGAAAAGCTTCTGTAGGCAAA  940

seq1  GGACACTGTCAATAGTACAAAACAGCAAACTACAGATTGGGGAAAGATCC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACTGTCAATAGTACAAAACAGCAAACTACAGATTGGGGAAAGATCC  990

seq1  TTACCAACCCTACATCTGATAGAGAGCTAATATCAAAAATATACAAAGAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAACCCTACATCTGATAGAGAGCTAATATCAAAAATATACAAAGAA  1040

seq1  CTCAAGAAGTTGGACTCCAGAGAACCAAATAACTCTATTAAAAATGGGGT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGAAGTTGGACTCCAGAGAACCAAATAACTCTATTAAAAATGGGGT  1090

seq1  ACAGAGCTAAACAAAGAATTC  1116
      |||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCTAAACAAAGAATTC  1111


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |