BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279P07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 126,836,588 - 126,988,414
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneUbc, Dhx37, Bri3bp, Aacs, Tmem132b, EG231736, LOC100039178, LOC665760
Downstream geneLOC100040327, Tmem132c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279P07.bB6Ng01-279P07.g
ACCGA079805GA079806
length1,162971
definitionB6Ng01-279P07.b B6Ng01-279P07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(126,987,272 - 126,988,414)(126,836,588 - 126,837,549)
sequence
gaattcatgtcttgctttgtaaatccaggatgcaactgtcagtatccccc
actggtcgtcagtgatcagcctggaagctcaggtggacatacattcacat
ttttgtaactttaattgtgactcctcctgcatgcctgctcactgtccaat
atgggaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacctgcaacggtttcaaatcccagtcttcattctctgaataagcatgga
gtgtgagcatattgtctgtgaacatgttcattgccatgtagacccaatta
aggttactcatgagaagtggagaaaccctgccttttcaggtgggttccat
acaaccatggcattcttctgagtggatcaaagtgggagaaggagaacccg
gcatgatttagagtcaacttgattctgctgcatctggaagtaaggaaatg
aatgagctctaagctaagaaatgtgtggataccatgataacctcacaaaa
gtaaggacatccccaaacagtctcgaaaaaagacaaacaaacaaacaaac
aacaaaacagagctacatacagctttaatttaaatccagtgatgaatttc
agacctctgacctccaaaacttttttttacattacttagctcagtaattt
atttgatctgtgaaatactaataatgttagggtctgacccatagattgat
tcagaaagccaagggtggcttaaagggagaagtgccaacagcagcttttg
cataaggcagtgttgacagaacataatgcctctgtaaaagaaacaaggaa
acagctcatgctgagcccaaacatgaaaggaccacgaggctcaaggctca
agttgtctccgatcacatatctgtatcactgtaaaggggacctcaacctt
ttaaaggtgcagaagattaagaaattcataaatcaatacagcatggtttg
ggggagtctttttgaacaggttccaggtattatgtaccttcaacagcagt
cttagcttgttagggtttggtagtggcccagaggtcagctatgccttatt
tatgatcaagaaaccggactttcctgacattctagagctgctttgctgac
ggggcctgaatgtgaaaattccacgttcgaatatttaatggttcttagag
agactcacacat

gaattcacatctgtggatgatcatctcatttctatgtctgcttgcctaca
gtagcttcagacccagggcacccagtgcagttgctcacatgtgcaaaact
acagaagaacaggacagaggggctttgtgtgagggctcttagtagagttc
ttaaactctagagagaatcaggtcttgtttctctaatgatgtaccccctt
aagaaactccacttctgggagtcatgaggatacagatgactggtggatgt
tctttgactttcaaagttaacccttcaatttttaaaagtgtatttatttg
gggatgggtacatgtgtggagatagacctgtgtgtgccacagtgtttgtg
tggatgtcagactacaaacttgagaaagtcgattctctctttttgccatg
tgcatgccagggatcaaactcagcttgtcacacttggtggcaagcacctt
tactcactgtgccatcttgctggcctctgaagtaggcaatacactgtctt
tctattccctaaacccttgtctgcaacaggcagcaaattgctaagtccct
cacaatgttacaaagagtctagtaccaggtgcctgtatggtttaaaacag
agccagcgtcacgtgaaaaggtactgctgcaggaaaaccctcatacatga
tctacttaacattacagtgataccttgtgatttggggctagtacttagat
ctgaaacaaccaccccccaaagctttatgcattgaagacaatctccagat
tggggtactgcaaggaattgagcatttatgtgtgtatgtacgcgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgcacgtgctcgtgggtggcgcac
gcctataatcccaagcacttgaagagcagaagacagggaggatttctgag
ttcgaaggtcagcctgtgtctacaaaagtgagtttacatgacagccgggg
gctataacagagaatccatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_126987272_126988414
seq2: B6Ng01-279P07.b_48_1209 (reverse)

seq1  ATGTGTGAAGTTCTCTAAGAACATTTAATTAATCGAAAGTGG-ATTTTCA  49
      ||||||||   |||||||||||  |||| || ||||| |||| |||||||
seq2  ATGTGTGAGTCTCTCTAAGAACCATTAAATATTCGAACGTGGAATTTTCA  50

seq1  CCATCA-GCCCCTTCAGC-AAGCAGCTCTAG-ATGTCAGG-AAGTCCGTT  95
      |  ||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |
seq2  CATTCAGGCCCCGTCAGCAAAGCAGCTCTAGAATGTCAGGAAAGTCCGGT  100

seq1  TCTTTGATCAT-AATAA-GCATAGCTGACCTCT-GGCCACTACC-AACCC  141
      |  |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  TTCTTGATCATAAATAAGGCATAGCTGACCTCTGGGCCACTACCAAACCC  150

seq1  TA--CAGCTAAGACTGCTGTTG-AGGTACAT-ATACCTGGAACCTGTTC-  186
      ||   ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  TAACAAGCTAAGACTGCTGTTGAAGGTACATAATACCTGGAACCTGTTCA  200

seq1  AAAAGACTCCCCC-AACCATGCTGTATTGATTTATGATTTTCTT-ATCTT  234
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  AAAAGACTCCCCCAAACCATGCTGTATTGATTTATGAATTTCTTAATCTT  250

seq1  CTGCACCTTT-AAAGGTTGAGGTCCCCTTTACAGTGATACAGATATGTGA  283
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACCTTTAAAAGGTTGAGGTCCCCTTTACAGTGATACAGATATGTGA  300

seq1  TCGGAGACAACTTGAGCCTTGAGCCTCGTGGTCC-TTCATGTTT-GGCTC  331
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  TCGGAGACAACTTGAGCCTTGAGCCTCGTGGTCCTTTCATGTTTGGGCTC  350

seq1  AGCATGAGCTGTTTCCTTGTTTCTTTTACAGAGGCATTATGTTCTGTCAA  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAGCTGTTTCCTTGTTTCTTTTACAGAGGCATTATGTTCTGTCAA  400

seq1  CACTGCCTTATGCAAAAGCTGCTGTTGGCACTTCTCCCTTTAAGCCACCC  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCTTATGCAAAAGCTGCTGTTGGCACTTCTCCCTTTAAGCCACCC  450

seq1  TTGGCTTTCTGAATCAATCTATGGGTCAGACCCTAACATTATTAGTATTT  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTTCTGAATCAATCTATGGGTCAGACCCTAACATTATTAGTATTT  500

seq1  CACAGATCAAATAAATTACTGAGCTAAGTAATGTAAAAAAAAGTTTTGGA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATCAAATAAATTACTGAGCTAAGTAATGTAAAAAAAAGTTTTGGA  550

seq1  GGTCAGAGGTCTGAAATTCATCACTGGATTTAAATTAAAGCTGTATGTAG  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGAGGTCTGAAATTCATCACTGGATTTAAATTAAAGCTGTATGTAG  600

seq1  CTCTGTTTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTCTTTTTTCGAGACTGTTTGG  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTCTTTTTTCGAGACTGTTTGG  650

seq1  GGATGTCCTTACTTTTGTGAGGTTATCATGGTATCCACACATTTCTTAGC  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTCCTTACTTTTGTGAGGTTATCATGGTATCCACACATTTCTTAGC  700

seq1  TTAGAGCTCATTCATTTCCTTACTTCCAGATGCAGCAGAATCAAGTTGAC  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCTCATTCATTTCCTTACTTCCAGATGCAGCAGAATCAAGTTGAC  750

seq1  TCTAAATCATGCCGGGTTCTCCTTCTCCCACTTTGATCCACTCAGAAGAA  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATCATGCCGGGTTCTCCTTCTCCCACTTTGATCCACTCAGAAGAA  800

seq1  TGCCATGGTTGTATGGAACCCACCTGAAAAGGCAGGGTTTCTCCACTTCT  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGGTTGTATGGAACCCACCTGAAAAGGCAGGGTTTCTCCACTTCT  850

seq1  CATGAGTAACCTTAATTGGGTCTACATGGCAATGAACATGTTCACAGACA  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTAACCTTAATTGGGTCTACATGGCAATGAACATGTTCACAGACA  900

seq1  ATATGCTCACACTCCATGCTTATTCAGAGAATGAAGACTGGGATTTGAAA  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTCACACTCCATGCTTATTCAGAGAATGAAGACTGGGATTTGAAA  950

seq1  CCGTTGCAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTGCAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1000

seq1  TGTGTTTCCCATATTGGACAGTGAGCAGGCATGCAGGAGGAGTCACAATT  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTCCCATATTGGACAGTGAGCAGGCATGCAGGAGGAGTCACAATT  1050

seq1  AAAGTTACAAAAATGTGAATGTATGTCCACCTGAGCTTCCAGGCTGATCA  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTACAAAAATGTGAATGTATGTCCACCTGAGCTTCCAGGCTGATCA  1100

seq1  CTGACGACCAGTGGGGGATACTGACAGTTGCATCCTGGATTTACAAAGCA  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACGACCAGTGGGGGATACTGACAGTTGCATCCTGGATTTACAAAGCA  1150

seq1  AGACATGAATTC  1143
      ||||||||||||
seq2  AGACATGAATTC  1162


seq1: chr5_126836588_126837549
seq2: B6Ng01-279P07.g_67_1037

seq1  GAATTCACATCTGTGGATGATCATCTCATTTCTATGTCTGCTTGCCTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATCTGTGGATGATCATCTCATTTCTATGTCTGCTTGCCTACA  50

seq1  GTAGCTTCAGACCCAGGGCACCCAGTGCAGTTGCTCACATGTGCAAAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTCAGACCCAGGGCACCCAGTGCAGTTGCTCACATGTGCAAAACT  100

seq1  ACAGAAGAACAGGACAGAGGGGCTTTGTGTGAGGGCTCTTAGTAGAGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGAACAGGACAGAGGGGCTTTGTGTGAGGGCTCTTAGTAGAGTTC  150

seq1  TTAAACTCTAGAGAGAATCAGGTCTTGTTTCTCTAATGATGTACCCCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTCTAGAGAGAATCAGGTCTTGTTTCTCTAATGATGTACCCCCTT  200

seq1  AAGAAACTCCACTTCTGGGAGTCATGAGGATACAGATGACTGGTGGATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACTCCACTTCTGGGAGTCATGAGGATACAGATGACTGGTGGATGT  250

seq1  TCTTTGACTTTCAAAGTTAACCCTTCAATTTTTAAAAGTGTATTTATTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGACTTTCAAAGTTAACCCTTCAATTTTTAAAAGTGTATTTATTTG  300

seq1  GGGATGGGTACATGTGTGGAGATAGACCTGTGTGTGCCACAGTGTTTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGGTACATGTGTGGAGATAGACCTGTGTGTGCCACAGTGTTTGTG  350

seq1  TGGATGTCAGACTACAAACTTGAGAAAGTCGATTCTCTCTTTTTGCCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTCAGACTACAAACTTGAGAAAGTCGATTCTCTCTTTTTGCCATG  400

seq1  TGCATGCCAGGGATCAAACTCAGCTTGTCACACTTGGTGGCAAGCACCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCCAGGGATCAAACTCAGCTTGTCACACTTGGTGGCAAGCACCTT  450

seq1  TACTCACTGTGCCATCTTGCTGGCCTCTGAAGTAGGCAATACACTGTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCACTGTGCCATCTTGCTGGCCTCTGAAGTAGGCAATACACTGTCTT  500

seq1  TCTATTCCCTAAACCCTTGTCTGCAACAGGCAGCAAATTGCTAAGTCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCCCTAAACCCTTGTCTGCAACAGGCAGCAAATTGCTAAGTCCCT  550

seq1  CACAATGTTACAAAGAGTCTAGTACCAGGTGCCTGTATGGTTTAAAACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGTTACAAAGAGTCTAGTACCAGGTGCCTGTATGGTTTAAAACAG  600

seq1  AGCCAGCGTCACGTGAAAAGGTACTGCTGCAGGAAAACCCTCATACATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCGTCACGTGAAAAGGTACTGCTGCAGGAAAACCCTCATACATGA  650

seq1  TCTACTTAACATTACAGTGATACCTTGTGATTTGGGGCTAGTACTTAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTAACATTACAGTGATACCTTGTGATTTGGGGCTAGTACTTAGAT  700

seq1  CTGAAACAACCACCCCCCAAAGCTTTATGCATTGAAGACAATCTCCAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAACAACCACCCCCCAAAGCTTTATGCATTGAAGACAATCTCCAGAT  750

seq1  TGGGGTACTGCAAGGAATTGAGCATTTATGTGTGTATGTACGCGTGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTACTGCAAGGAATTGAGCATTTATGTGTGTATGTACGCGTGTGTG  800

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCACGTGCTCGGTGGTGGCGCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCACGTGCTCGTGGGTGGCGCAC  850

seq1  GCCTTTAATCCC-AGCACTTGAGAGGCAG-AGACA-GGAGGATTTCTGAG  897
      |||| ||||||| |||||||||   |||| ||||| ||||||||||||||
seq2  GCCTATAATCCCAAGCACTTGAAGAGCAGAAGACAGGGAGGATTTCTGAG  900

seq1  TTCG-AGGCCAGCCTGT-TCTAC-AAAGTGAGTTT-CAGGACAGCC-GGG  942
      |||| ||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||| |||
seq2  TTCGAAGGTCAGCCTGTGTCTACAAAAGTGAGTTTACATGACAGCCGGGG  950

seq1  GCTAT-ACAGAGAAACCATGT  962
      ||||| |||||||| ||||||
seq2  GCTATAACAGAGAATCCATGT  971


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |