BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280M07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 41,669,284 - 41,835,793
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC208522
Upstream geneLOC100040502
Downstream geneRab28, Bapx1, A230054D04Rik, LOC384308, LOC100040588
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280M07.bB6Ng01-280M07.g
ACCGA080413GA080414
length1,1771,199
definitionB6Ng01-280M07.b B6Ng01-280M07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,834,630 - 41,835,793)(41,669,284 - 41,670,497)
sequence
gaattccctgaggtcagatctagcagagaaacactccagttttctccttc
ctcttactttgcagatctccttgcttttttcagatctgagcatcacctgt
tctcacgcttatggtcttctgatctctcccttattgtctatcagccgttt
tggatttcgtggttccacagtaaagccgacagttttgaagcttttgctcc
cagtttggcttacttttagctcagttttgtcattttgaatcagttacttg
atcctcagttttactgcctgcagaggcagaatatcatatctcaacttggt
acaggtcaccatgtgcatgaccaaacaagagcccgtgaaatgctcacatg
tagtacatgctctatgagggacacttttaactgcacgtgacactgaagaa
aagactttaaatcccaagactgtgtttaggtgcatgccactctggcaagt
cacatttgacaactgtcttagcttctactttcctgtaacaagttacagaa
gcatatattgctttatagtttctgtggttcagatgcaagcatagattagc
agtatcctcatattttattatgagtcagccaggactgaagtcttatcgga
aagctccccaaaggaaggcgttacgtcctaattaatgtgactgtgggtag
aatcaaataatttgcaagtttctcaagactggatatctatttcctgttgg
cttttgtctggaagtcaaatttcgttcattgctatgaaagctttttcatg
ggtggtttgtttcatccaaactagcaaagagagagtttatcagcagttga
aagtcagattcttatgtgctccactcatggtagtgacagcctgccatatt
ttggtatttcattggtcaggaggatgcattccagaagtcaagatagtaca
aaggaaggtagaaatcactgctgggaggagaatctcacatcaactctttc
tcagaagtcatacacaagagcaactagagttgacattcagaaaagggtaa
tggcaatctagaacaacaaaacatgtaagatctgccatctacttggagga
tggatgcaaggatagcttataatgaggaaagatacctgggtggttccata
attttgtttggcatttaactggcaattgaatgtgtgccagggattctcct
gagaatggacaggggtctcactcttga

gaattctggttcttttcactgtgctgcctttgaaagttttctgctgactg
tcttggctttttctcaggtctctatctccatcttcctataagagtactga
agttacagatgcaagccactacatcccgatttttaaaatggacttcaaga
atcaaattataaatgataattagacttacatcacaaacacttgtatctgc
taagcaatttcacaggtgtaatgttaaagtctaatatgttagagtttatg
gaacaggtgggacaagaacatttaaagtttacgtgggtgagtgaaacaat
ttaagacactaagttaagcacacagagcagtgtagattatgtttgtgaaa
gaatgtgtgtgagaggagtccaaaaaagagcacatgtattttattccaaa
atcaatcagattatatatgcaatatattcttggaattacctcatgactag
gatagataaacatttaatcacaagaacttgctttgttggtatggaaatct
gaacatcaaatgaattctttacagctatctgggtttgttgcattttaagg
gtgtgaagatgaggggcatgtccttgtgtgcaaggaatgagtactaaaaa
ggtgatcatcaggaccaggagaagtctggagaaatcatggtgtttttagt
ccgagcctctcaagtaaaaatgttaaactaggttttagatttaaacttca
tgtgtctaaaacgatatggaaaatgcaaaaagaaatatggaaaatgtaga
ggcattttttttttcagaaaattatgatcttagtttaagaaagatgaaag
tttcgtcggagacccttgccagcgcacctcattgaggacacatgggaaca
agagcaaaacagcctgtcaggccatctctgccaggaaatgcacttttcaa
aaatatgttcatcgtttatcttggtaattacaatccaatactgcaggaca
ttgtaaatgtaagaaaacaccaacatgggccaggaattagaaaccatgtg
agtgtgttccctcattcttggctaaattatgtaacttaagaacttgtgtg
ccttggtctcttaccctacagaagaaaggcaaggaagtcagaaaggagaa
gaggtgggaatccatcctgcccttgtcctaagcgggggaggaatccaccc
ttagatcctctgtgtctcttcctgatagttctagagaggttaagagtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_41834630_41835793
seq2: B6Ng01-280M07.b_50_1226 (reverse)

seq1  TCAAGAGTGA-CGCCCTGTCCA-TCTCA-GAG-ATCCCTG--CCACATTC  44
      ||||||||||   ||||||||| ||||| ||| |||||||   |||||||
seq2  TCAAGAGTGAGACCCCTGTCCATTCTCAGGAGAATCCCTGGCACACATTC  50

seq1  AATTGCCAGCTAAATGCC-AACAAA--TATGGAACCACC--AGTATCCTT  89
      ||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||   ||||| ||
seq2  AATTGCCAGTTAAATGCCAAACAAAATTATGGAACCACCCAGGTATCTTT  100

seq1  CCTCAATATTAGCTATCCTTGCATCCATCCCTCAAGTAGATGGCAGATC-  138
      ||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| 
seq2  CCTCATTATAAGCTATCCTTGCATCCATCCTCCAAGTAGATGGCAGATCT  150

seq1  TACATG-TTTGTTGTCTTAGATTGCCATTACCCCTTTTCTGAATGTCAAC  187
      |||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TACATGTTTTGTTGTTCTAGATTGCCATTA-CCCTTTTCTGAATGTCAAC  199

seq1  TCTAGTTGCTCTTGTGTATGACTTCTGAG-AAGAGTTGATGTGAGATTCT  236
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTTGCTCTTGTGTATGACTTCTGAGAAAGAGTTGATGTGAGATTCT  249

seq1  CCTCCCAGCAGTGATTTCTACCTTCCTTTGTACTATCTTGACTTCTGGAA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAGCAGTGATTTCTACCTTCCTTTGTACTATCTTGACTTCTGGAA  299

seq1  TGCATCCTCCTGACCAATGAAATACCAAAATATGGCAGGCTGTCACTACC  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCCTCCTGACCAATGAAATACCAAAATATGGCAGGCTGTCACTACC  349

seq1  ATGAGTGGAGCACATAAGAATCTGACTTTCAACTGCTGATAAACTCTCTC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGGAGCACATAAGAATCTGACTTTCAACTGCTGATAAACTCTCTC  399

seq1  TTTGCTAGTTTGGATGAAACAAACCACCCATGAAAAAGCTTTCATAGCAA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTAGTTTGGATGAAACAAACCACCCATGAAAAAGCTTTCATAGCAA  449

seq1  TGAACGAAATTTGACTTCCAGACAAAAGCCAACAGGAAATAGATATCCAG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACGAAATTTGACTTCCAGACAAAAGCCAACAGGAAATAGATATCCAG  499

seq1  TCTTGAGAAACTTGCAAATTATTTGATTCTACCCACAGTCACATTAATTA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGAAACTTGCAAATTATTTGATTCTACCCACAGTCACATTAATTA  549

seq1  GGACGTAACGCCTTCCTTTGGGGAGCTTTCCGATAAGACTTCAGTCCTGG  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGTAACGCCTTCCTTTGGGGAGCTTTCCGATAAGACTTCAGTCCTGG  599

seq1  CTGACTCATAATAAAATATGAGGATACTGCTAATCTATGCTTGCATCTGA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCATAATAAAATATGAGGATACTGCTAATCTATGCTTGCATCTGA  649

seq1  ACCACAGAAACTATAAAGCAATATATGCTTCTGTAACTTGTTACAGGAAA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGAAACTATAAAGCAATATATGCTTCTGTAACTTGTTACAGGAAA  699

seq1  GTAGAAGCTAAGACAGTTGTCAAATGTGACTTGCCAGAGTGGCATGCACC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGCTAAGACAGTTGTCAAATGTGACTTGCCAGAGTGGCATGCACC  749

seq1  TAAACACAGTCTTGGGATTTAAAGTCTTTTCTTCAGTGTCACGTGCAGTT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACAGTCTTGGGATTTAAAGTCTTTTCTTCAGTGTCACGTGCAGTT  799

seq1  AAAAGTGTCCCTCATAGAGCATGTACTACATGTGAGCATTTCACGGGCTC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGTCCCTCATAGAGCATGTACTACATGTGAGCATTTCACGGGCTC  849

seq1  TTGTTTGGTCATGCACATGGTGACCTGTACCAAGTTGAGATATGATATTC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGGTCATGCACATGGTGACCTGTACCAAGTTGAGATATGATATTC  899

seq1  TGCCTCTGCAGGCAGTAAAACTGAGGATCAAGTAACTGATTCAAAATGAC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTGCAGGCAGTAAAACTGAGGATCAAGTAACTGATTCAAAATGAC  949

seq1  AAAACTGAGCTAAAAGTAAGCCAAACTGGGAGCAAAAGCTTCAAAACTGT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGAGCTAAAAGTAAGCCAAACTGGGAGCAAAAGCTTCAAAACTGT  999

seq1  CGGCTTTACTGTGGAACCACGAAATCCAAAACGGCTGATAGACAATAAGG  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTTTACTGTGGAACCACGAAATCCAAAACGGCTGATAGACAATAAGG  1049

seq1  GAGAGATCAGAAGACCATAAGCGTGAGAACAGGTGATGCTCAGATCTGAA  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATCAGAAGACCATAAGCGTGAGAACAGGTGATGCTCAGATCTGAA  1099

seq1  AAAAGCAAGGAGATCTGCAAAGTAAGAGGAAGGAGAAAACTGGAGTGTTT  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAGGAGATCTGCAAAGTAAGAGGAAGGAGAAAACTGGAGTGTTT  1149

seq1  CTCTGCTAGATCTGACCTCAGGGAATTC  1164
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTAGATCTGACCTCAGGGAATTC  1177


seq1: chr5_41669284_41670497
seq2: B6Ng01-280M07.g_70_1268

seq1  GAATTCTGGTTCTTTTCACTGTGCTGCCTTTGAAAGTTTTCTGCTGACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTTCTTTTCACTGTGCTGCCTTTGAAAGTTTTCTGCTGACTG  50

seq1  TCTTGGCTTTTTCTCAGGTCTCTATCTCCATCTTCCTATAAGAGTACTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGCTTTTTCTCAGGTCTCTATCTCCATCTTCCTATAAGAGTACTGA  100

seq1  AGTTACAGATGCAAGCCACTACATCCCGATTTTTAAAATGGACTTCAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAGATGCAAGCCACTACATCCCGATTTTTAAAATGGACTTCAAGA  150

seq1  ATCAAATTATAAATGATAATTAGACTTACATCACAAACACTTGTATCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATTATAAATGATAATTAGACTTACATCACAAACACTTGTATCTGC  200

seq1  TAAGCAATTTCACAGGTGTAATGTTAAAGTCTAATATGTTAGAGTTTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAATTTCACAGGTGTAATGTTAAAGTCTAATATGTTAGAGTTTATG  250

seq1  GAACAGGTGGGACAAGAACATTTAAAGTTTACGTGGGTGAGTGAAACAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGGTGGGACAAGAACATTTAAAGTTTACGTGGGTGAGTGAAACAAT  300

seq1  TTAAGACACTAAGTTAAGCACACAGAGCAGTGTAGATTATGTTTGTGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGACACTAAGTTAAGCACACAGAGCAGTGTAGATTATGTTTGTGAAA  350

seq1  GAATGTGTGTGAGAGGAGTCCAAAAAAGAGCACATGTATTTTATTCCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGTGTGAGAGGAGTCCAAAAAAGAGCACATGTATTTTATTCCAAA  400

seq1  ATCAATCAGATTATATATGCAATATATTCTTGGAATTACCTCATGACTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCAGATTATATATGCAATATATTCTTGGAATTACCTCATGACTAG  450

seq1  GATAGATAAACATTTAATCACAAGAACTTGCTTTGTTGGTATGGAAATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAAACATTTAATCACAAGAACTTGCTTTGTTGGTATGGAAATCT  500

seq1  GAACATCAAATGAATTCTTTACAGCTATCTGGGTTTGTTGCATTTTAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATCAAATGAATTCTTTACAGCTATCTGGGTTTGTTGCATTTTAAGG  550

seq1  GTGTGAAGATGAGGGGCATGTCCTTGTGTGCAAGGAATGAGTACTAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAGATGAGGGGCATGTCCTTGTGTGCAAGGAATGAGTACTAAAAA  600

seq1  GGTGATCATCAGGACCAGGAGAAGTCTGGAGAAATCATGGTGTTTTTAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATCATCAGGACCAGGAGAAGTCTGGAGAAATCATGGTGTTTTTAGT  650

seq1  CCGAGCCTCTCAAGTAAAAATGTTAAACTAGGTTTTAGATTTAAACTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGCCTCTCAAGTAAAAATGTTAAACTAGGTTTTAGATTTAAACTTCA  700

seq1  TGTGTCTAAAACGATATGGAAAATGCAAAAAGAAATATGGAAAATGTAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTAAAACGATATGGAAAATGCAAAAAGAAATATGGAAAATGTAGA  750

seq1  GGCA-TTTTTTTTTCAGAAAATTATGATCTTAGTTTAAGAAAGATGAAAG  799
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTTTTTTTTCAGAAAATTATGATCTTAGTTTAAGAAAGATGAAAG  800

seq1  TTTCGTCGGAGACCCTTGCCAGCGCACCTCATTGAGGACACAT-GGAACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTCGTCGGAGACCCTTGCCAGCGCACCTCATTGAGGACACATGGGAACA  850

seq1  AGAGCAAAACAGCCTGTCAGGCCATCTCTGCCAGGAAATGCACTTTTCAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAAACAGCCTGTCAGGCCATCTCTGCCAGGAAATGCACTTTTCAA  900

seq1  AAATATGTTCATCGTTTATCTTGGTAATTACAATCCAATACTGCAGGACA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGTTCATCGTTTATCTTGGTAATTACAATCCAATACTGCAGGACA  950

seq1  TTGTAAATGTTAG-AAACA-CAACATGGG-CAGGAA-TAGAAACCATGTG  994
      |||||||||| || ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  TTGTAAATGTAAGAAAACACCAACATGGGCCAGGAATTAGAAACCATGTG  1000

seq1  AGTGTGTTCCTTCA-TCTTTGCTAAATTATGTAACTTAAGAAC-TGTGGC  1042
      |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||  
seq2  AGTGTGTTCCCTCATTCTTGGCTAAATTATGTAACTTAAGAACTTGTGTG  1050

seq1  CCTTGGTCTC-TACCCTACAG-AGACA-GCAAGGAGGTCAGAA--GAG-A  1086
      |||||||||| |||||||||| ||| | ||||||| |||||||  ||| |
seq2  CCTTGGTCTCTTACCCTACAGAAGAAAGGCAAGGAAGTCAGAAAGGAGAA  1100

seq1  GAGGT-GGAATCCATCCTG-CCTTGTCCTAGGCGGGGGAGGGGATCAACC  1134
      ||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||| |||
seq2  GAGGTGGGAATCCATCCTGCCCTTGTCCTAAGCGGGGGA-GGAATCCACC  1149

seq1  TTTAAAGATCCTCTGTGTCTTCCTTCCTTAGTTAGTTTTCTAGAGGGGTT  1184
       ||  |||||||||||||||  ||||||  | |||  |||||||| ||||
seq2  CTT--AGATCCTCTGTGTCT--CTTCCT--GATAG--TTCTAGAGAGGTT  1191

seq1  TAGTGTTTCAAGAAAGAGGCTGAAGAGTGG  1214
                            ||||||||
seq2  ----------------------AAGAGTGG  1199


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |