BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280P24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 83,719,228 - 83,809,446
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSrd5a2l2
Upstream geneEG433912, LOC100039434
Downstream geneLOC100039608, LOC231368, Epha5, LOC100039489
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280P24.bB6Ng01-280P24.g
ACCGA080591GA080592
length1,0401,034
definitionB6Ng01-280P24.b B6Ng01-280P24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,808,420 - 83,809,446)(83,719,228 - 83,720,267)
sequence
gaattctttgtgctgtagtatcaaagtatgcagagtggtaaaatcaacta
atgatggtgtatgtgcaatccagctcttcattagatttatagtgcttttg
cttacggcagcaaagacaaatataaccattaattatgaagtcagactgcc
tatctgcagcatctgcctatttataggaaaatgaacttctaacagaaagc
ttcaaatataatcctaaagatcttataattaacaccaaaattaattttaa
cagttctttaacactgccgaacagcacaatgtctcaagaggaggtgtctc
actaactcaaagctaagaccacttactagaatttggtggccagaatataa
agatgcgtagttacttttaaatgttaaataaattaattaaattaaaagta
aaatgttattattgggaaagggatatgttacactatgtccagttttattt
tattaagtgttttcctcaattacatttgcaatgctatcccaaaagtcccc
cataccctcccccccactcccctacccacccattcccactttttggccct
ggtgttcccctgtactggggcatataaagtttgtgtgagcaatgggcctc
tctttccagtgatggccgactaggccatcttttgatacatatgcagctag
agacacgagctctggggtactggttagttcataatgttgttgcacctaca
gggttgcagatctctttagctccttggatactttctctagctcctccatt
ggggtccctgtgatccatccaatagctgactgtggatatccacttatgtg
tttgctatgcaatgagagatgtattcttttatggattgttttactttcat
acacaatgtgctattgaaatttgaacacaggatctacttagtgaactttc
cgcgttaacaatgtcaattgatgtcacttttttcatggtaggtatctcaa
aatgctattatttgtcactccaggcagaacgtccctattgacatttaata
cttacttccgcctctcacactctctctctctcacgtctct

gaattctttttgtttactcatatacttgacttcttgtatgctaatactat
gtagaaaacaaatggaacctaaaattttttgtataagcttttggaaagta
gagtgtatcttgctaaggtctcatttaactatacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacatatatatatatatatatggtcca
caaataacagcatgtatatatgttctttttcttgtttaacatggtaatga
aaaaaatcatatttctattattttgcactttttatatttcctatgctaat
tttacaaattttcagtgtactttgtattctcactgttataagaacttcat
aattatcattagaatgtgtacaagagaattggcatttatattttatatat
atatcatttgtaaacaggtgtattccaatcctatgttgttcaagtagagg
ttatacttgtatttctacataatacataatataaatacacacacacacac
acatatatgacatacatacacaaaatttcatacagaatgtatataatata
tttatacattgtatatgtgtatatatttctacattgtatatgtatatatg
tgtatatatatatacatatatatgtcacctatataagtcgatcagagtac
atttagtactgcttgtatgtacatgttcttaagactgatgacttaggatt
agataacctctcaaaggtttcattccttgggaaaactgattttacatttc
ttagcaaatataatgtggcagtgggtaagcctgttttatattttttatca
cttcactgtctattttttgacaattaactagtaattttcttagaatttct
agagaaaatatacatgtcagtaaaatgtagtcttttaagaccaaatgaaa
aattaaagattatgatacagatgaatttcaatttgacattgtcagtaaat
tctgttaatatagcattcccttatgtaaataagagctgacttgtttttag
catgggtttagtaaaaagaaatttgacgtacatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_83808420_83809446
seq2: B6Ng01-280P24.b_46_1085 (reverse)

seq1  --AGA---GAGAGAGAGAGAGAGAAAGAG--------AAGTATTAAATGT  37
        |||   ||||||||||||| |  ||||        |||||||||||||
seq2  AGAGACGTGAGAGAGAGAGAGTGTGAGAGGCGGAAGTAAGTATTAAATGT  50

seq1  AAATAGGAACGTTCTGCCCTGAGTGACAAATAATAGCATTTTGAGATACC  87
       |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGGGACGTTCTGCCTGGAGTGACAAATAATAGCATTTTGAGATACC  100

seq1  TACCATGAAAAAAGTGACATCAATTGACATTGTTAACGCGGAAAGTTCAC  137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGAAAAAAGTGACATCAATTGACATTGTTAACGCGGAAAGTTCAC  150

seq1  TAAGTAGATCCTGTGTTCAAATTTCAATAGCACATTGTGTATGAAAGTAA  187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGATCCTGTGTTCAAATTTCAATAGCACATTGTGTATGAAAGTAA  200

seq1  AACAATCCATAAAAGAATACATCTCTCATTGCATAGCAAACACATAAGTG  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCCATAAAAGAATACATCTCTCATTGCATAGCAAACACATAAGTG  250

seq1  GATATCCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGACCCCAATGGAGGAG  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGACCCCAATGGAGGAG  300

seq1  CTAGAGAAAGTATCCAAGGAGCTAAAGAGATCTGCAACCCTGTAGGTGCA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGAAAGTATCCAAGGAGCTAAAGAGATCTGCAACCCTGTAGGTGCA  350

seq1  ACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCAT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCAT  400

seq1  ATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATT  450

seq1  GCTCACACAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAAA  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACACAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAAA  500

seq1  AGTGGGAATGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGGGGAGGGTATGGGGGACTTTT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAATGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGGGGAGGGTATGGGGGACTTTT  550

seq1  GGGATAGCATTGCAAATGTAATTGAGGAAAACACTTAATAAAATAAAACT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAGCATTGCAAATGTAATTGAGGAAAACACTTAATAAAATAAAACT  600

seq1  GGACATAGTGTAACATATCCCTTTCCCAATAATAACATTTTACTTTTAAT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATAGTGTAACATATCCCTTTCCCAATAATAACATTTTACTTTTAAT  650

seq1  TTAATTAATTTATTTAACATTTAAAAGTAACTACGCATCTTTATATTCTG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAATTTATTTAACATTTAAAAGTAACTACGCATCTTTATATTCTG  700

seq1  GCCACCAAATTCTAGTAAGTGGTCTTAGCTTTGAGTTAGTGAGACACCTC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCAAATTCTAGTAAGTGGTCTTAGCTTTGAGTTAGTGAGACACCTC  750

seq1  CTCTTGAGACATTGTGCTGTTCGGCAGTGTTAAAGAACTGTTAAAATTAA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAGACATTGTGCTGTTCGGCAGTGTTAAAGAACTGTTAAAATTAA  800

seq1  TTTTGGTGTTAATTATAAGATCTTTAGGATTATATTTGAAGCTTTCTGTT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTGTTAATTATAAGATCTTTAGGATTATATTTGAAGCTTTCTGTT  850

seq1  AGAAGTTCATTTTCCTATAAATAGGCAGATGCTGCAGATAGGCAGTCTGA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTCATTTTCCTATAAATAGGCAGATGCTGCAGATAGGCAGTCTGA  900

seq1  CTTCATAATTAATGGTTATATTTGTCTTTGCTGCCGTAAGCAAAAGCACT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAATTAATGGTTATATTTGTCTTTGCTGCCGTAAGCAAAAGCACT  950

seq1  ATAAATCTAATGAAGAGCTGGATTGCACATACACCATCATTAGTTGATTT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCTAATGAAGAGCTGGATTGCACATACACCATCATTAGTTGATTT  1000

seq1  TACCACTCTGCATACTTTGATACTACAGCACAAAGAATTC  1027
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACTCTGCATACTTTGATACTACAGCACAAAGAATTC  1040


seq1: chr5_83719228_83720267
seq2: B6Ng01-280P24.g_67_1100

seq1  GAATTCTTTTTGTTTACTCATATACTTGACTTCTTGTATGCTAATACTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTGTTTACTCATATACTTGACTTCTTGTATGCTAATACTAT  50

seq1  GTAGAAAACAAATGGAACCTAAAATTTTTTGTATAAGCTTTTGGAAAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAACAAATGGAACCTAAAATTTTTTGTATAAGCTTTTGGAAAGTA  100

seq1  GAGTGTATCTTGCTAAGGTCTCATTTAACTATACACACACACACACACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTATCTTGCTAAGGTCTCATTTAACTATACACACACACACACACAC  150

seq1  ACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATATGGTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATATGGTCCA  200

seq1  CAAATAACAGCATGTATATATGTTCTTTTTCTTGTTTAACATGGTAATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAACAGCATGTATATATGTTCTTTTTCTTGTTTAACATGGTAATGA  250

seq1  AAAAAATCATATTTCTATTATTTTGCACTTTTTATATTTCCTATGCTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATCATATTTCTATTATTTTGCACTTTTTATATTTCCTATGCTAAT  300

seq1  TTTACAAATTTTCAGTGTACTTTGTATTCTCACTGTTATAAGAACTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAAATTTTCAGTGTACTTTGTATTCTCACTGTTATAAGAACTTCAT  350

seq1  AATTATCATTAGAATGTGTACAAGAGAATTGGCATTTATATTTTATATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATCATTAGAATGTGTACAAGAGAATTGGCATTTATATTTTATATAT  400

seq1  ATATCATTTGTAAACAGGTGTATTCCAATCCTATGTTGTTCAAGTAGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATTTGTAAACAGGTGTATTCCAATCCTATGTTGTTCAAGTAGAGG  450

seq1  TTATACTTGTATTTCTACATAATACATAATATAAATACACACACACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTTGTATTTCTACATAATACATAATATAAATACACACACACACAC  500

seq1  ACATATATGACATACATACACAAAATTTCATACAGAATGTATATAATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATGACATACATACACAAAATTTCATACAGAATGTATATAATATA  550

seq1  TTTATACATTGTATATGTGTATATATTTCTACATTGTATATGTATATATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACATTGTATATGTGTATATATTTCTACATTGTATATGTATATATG  600

seq1  TGTATATATATATACATATATATGTCACCTATATAAGTCGATCAGAGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATATATATACATATATATGTCACCTATATAAGTCGATCAGAGTAC  650

seq1  ATTTAGTACTGCTTGTATGTACATGTTCTTAAGACTGATGACTTAGGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTACTGCTTGTATGTACATGTTCTTAAGACTGATGACTTAGGATT  700

seq1  AGATAACCTCTCAAAGGTTTCATTCCTTGGGAAAACTGATTTTACATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACCTCTCAAAGGTTTCATTCCTTGGGAAAACTGATTTTACATTTC  750

seq1  TTAGCAAATATAATGTGGCAGTGGGTAAGCCTGTTTTATATTTTTTATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAAATATAATGTGGCAGTGGGTAAGCCTGTTTTATATTTTTTATCA  800

seq1  CTTCACTGTCTATTTTTTGACAATTAACTAGTAATTTTCTTAGAATTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTGTCTATTTTTTGACAATTAACTAGTAATTTTCTTAGAATTTCT  850

seq1  AGAGAAAATATACATGTCAGTAAAATGTAGTCTTTTAAGACCAAATGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAATATACATGTCAGTAAAATGTAGTCTTTTAAGACCAAATGAAA  900

seq1  AATTAAAGATTATGATACAGATGAAATTCAAATTTGACATTGTCAGTAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAGATTATGATACAGATGAATTTC-AATTTGACATTGTCAGTAAA  949

seq1  TTCTGTTAATTATAAGGCATTCCCTTATGTAAATAAGAGCTGAACTTGTT  1000
      ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  TTCTGTTAA-TATA--GCATTCCCTTATGTAAATAAGAGCTG-ACTTG-T  994

seq1  TTTTAGCATGGGTTTAGTAAAAAGAAATTGTACGTACATG  1040
      |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  TTTTAGCATGGGTTTAGTAAAAAGAAATTTGACGTACATG  1034


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |