BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281F11
Chromosome5 (Build37)
Map Location 41,169,955 - 41,279,542
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG665839, LOC100040502
Downstream geneLOC208522, Rab28, Bapx1, A230054D04Rik, LOC384308
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281F11.bB6Ng01-281F11.g
ACCGA080846GA080847
length1,177306
definitionB6Ng01-281F11.b B6Ng01-281F11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,278,375 - 41,279,542)(41,169,955 - 41,170,260)
sequence
gaattcaggaagactgctgaaatgtagctcttcttggatagtgccatgaa
ctcacagcagtggtgtctgcctacaggaagtcaacagtctagcacagatg
gagctcacaaggtcccactcatagctgagtgctattggaaaatgatggct
gctaagggaaaaagagttcatgttctccagggatatagcctctctcggct
tcatcactgaatgactttatacccatgcacatatggataggacagattgg
atacagtgagttataaaggaaaaagtaacaagaggataagatgccacgtg
tcagagcttctgtagaaatggaggaaaggagagtagatatgatccaaata
tatagtatagatgtatgaactagtcaaataataggcaaataaagtgaaat
taaataagggcagatataaatatgggactctaaacatacatatgatttta
ctggtaatgtattgttaaaatatattatttaaattttcttctctgtagtc
cattttctccttgttttacaaccaatacattgtttatactttcataaagt
tttgtagttaaataaattaacataatgctttatatgttactttcttgtct
ccttcctatattatttgtccttgtgttgaatacttaactttcttgaaaaa
tgtcactttataactatcattaactttataaaatttgtctaaccattcct
tctctttagaacctatttctcatatatgttataatacataacaacagaga
tattattattttaggtaaacttcagagtgttttggaataaaacacagttt
tattcatgatgagcagtatttatattttgaaaattaagacatgttactgc
tcttgggaaatagtccagtgtccatcaagacaattttaccatcaccctgg
agattatgaaatatccaatttacattttaattttatggtttcataatttc
tcctttgggagttactgtatttggcaccttggctctttttcttcatttgt
atgcactgagtgtactaggcttagtttcatagaccctgatccttgtaatt
gtttttctccagtttatttaaacaaaccagctttaggttttgccctcaca
ctgatgactttgcaagttccaccctcatgtctgattggccctcatgaaga
cctaaattaatcattgctgcttctctg

tgaaggctcttatctgcacattgtacaattctgaacaaagatcgagtccc
agtatgaagaggggatgtgtacataaagtcatacctctctactaaggagc
tatttgcagttggttgtttctggatatggaaagtcagttttccttaagag
cgttgcaactgctaagtccatcatactttagtggaaggctaacatccaaa
accatctgagtattacaaatttaaatttatgggcaaaacagaggacacaa
atgtaggtgtatagggaaacaggataaatgtgggaggtgttgtgagaggg
ggtaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_41278375_41279542
seq2: B6Ng01-281F11.b_46_1222 (reverse)

seq1  CAGAGAAGC----ATGAATTATTTAAGTCTTCATGAGG--CAATCAGACA  44
      |||||||||    |||| | ||||| ||||||||||||  ||||||||||
seq2  CAGAGAAGCAGCAATGATTAATTTAGGTCTTCATGAGGGCCAATCAGACA  50

seq1  TTGAGGTGGACTTTGCAAAGTCATCAGTGTGAGGGCAAAACCTAAAGCT-  93
      |   ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGAGGGTGGAACTTGCAAAGTCATCAGTGTGAGGGCAAAACCTAAAGCTG  100

seq1  GTTTGTTT-AATAAACTGGAG-AAAACATTTACAAGGATCA-GGTCTATG  140
      |||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  GTTTGTTTAAATAAACTGGAGAAAAACAATTACAAGGATCAGGGTCTATG  150

seq1  -AACTAAGCCCTAGTACACCTCAGTGCATACAAATGAAGAAAAAGAGCCA  189
       ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAG-CCTAGTACA-CTCAGTGCATACAAATGAAGAAAAAGAGCCA  198

seq1  AGGGTGCCAAATACAGTAACT-CCAAAGGAGAAATTATGAAACCATAAAA  238
      | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GGTGCCAAATACAGTAACTCCCAAAGGAGAAATTATGAAACCATAAAA  247

seq1  TTAAAATGTAAATTGGATATTTCATAATCTCCAGGGTGATGGTAAAATTG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGTAAATTGGATATTTCATAATCTCCAGGGTGATGGTAAAATTG  297

seq1  TCTTGATGGACACTGGACTATTTCCCAAGAGCAGTAACATGTCTTAATTT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATGGACACTGGACTATTTCCCAAGAGCAGTAACATGTCTTAATTT  347

seq1  TCAAAATATAAATACTGCTCATCATGAATAAAACTGTGTTTTATTCCAAA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATATAAATACTGCTCATCATGAATAAAACTGTGTTTTATTCCAAA  397

seq1  ACACTCTGAAGTTTACCTAAAATAATAATATCTCTGTTGTTATGTATTAT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTGAAGTTTACCTAAAATAATAATATCTCTGTTGTTATGTATTAT  447

seq1  AACATATATGAGAAATAGGTTCTAAAGAGAAGGAATGGTTAGACAAATTT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATATGAGAAATAGGTTCTAAAGAGAAGGAATGGTTAGACAAATTT  497

seq1  TATAAAGTTAATGATAGTTATAAAGTGACATTTTTCAAGAAAGTTAAGTA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGTTAATGATAGTTATAAAGTGACATTTTTCAAGAAAGTTAAGTA  547

seq1  TTCAACACAAGGACAAATAATATAGGAAGGAGACAAGAAAGTAACATATA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACACAAGGACAAATAATATAGGAAGGAGACAAGAAAGTAACATATA  597

seq1  AAGCATTATGTTAATTTATTTAACTACAAAACTTTATGAAAGTATAAACA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTATGTTAATTTATTTAACTACAAAACTTTATGAAAGTATAAACA  647

seq1  ATGTATTGGTTGTAAAACAAGGAGAAAATGGACTACAGAGAAGAAAATTT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTGGTTGTAAAACAAGGAGAAAATGGACTACAGAGAAGAAAATTT  697

seq1  AAATAATATATTTTAACAATACATTACCAGTAAAATCATATGTATGTTTA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATATATTTTAACAATACATTACCAGTAAAATCATATGTATGTTTA  747

seq1  GAGTCCCATATTTATATCTGCCCTTATTTAATTTCACTTTATTTGCCTAT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCATATTTATATCTGCCCTTATTTAATTTCACTTTATTTGCCTAT  797

seq1  TATTTGACTAGTTCATACATCTATACTATATATTTGGATCATATCTACTC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGACTAGTTCATACATCTATACTATATATTTGGATCATATCTACTC  847

seq1  TCCTTTCCTCCATTTCTACAGAAGCTCTGACACGTGGCATCTTATCCTCT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCCTCCATTTCTACAGAAGCTCTGACACGTGGCATCTTATCCTCT  897

seq1  TGTTACTTTTTCCTTTATAACTCACTGTATCCAATCTGTCCTATCCATAT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTTTTTCCTTTATAACTCACTGTATCCAATCTGTCCTATCCATAT  947

seq1  GTGCATGGGTATAAAGTCATTCAGTGATGAAGCCGAGAGAGGCTATATCC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGGGTATAAAGTCATTCAGTGATGAAGCCGAGAGAGGCTATATCC  997

seq1  CTGGAGAACATGAACTCTTTTTCCCTTAGCAGCCATCATTTTCCAATAGC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGAACATGAACTCTTTTTCCCTTAGCAGCCATCATTTTCCAATAGC  1047

seq1  ACTCAGCTATGAGTGGGACCTTGTGAGCTCCATCTGTGCTAGACTGTTGA  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCTATGAGTGGGACCTTGTGAGCTCCATCTGTGCTAGACTGTTGA  1097

seq1  CTTCCTGTAGGCAGACACCACTGCTGTGAGTTCATGGCACTATCCAAGAA  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTAGGCAGACACCACTGCTGTGAGTTCATGGCACTATCCAAGAA  1147

seq1  GAGCTACATTTCAGCAGTCTTCCTGAATTC  1168
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACATTTCAGCAGTCTTCCTGAATTC  1177


seq1: chr5_41169955_41170260
seq2: B6Ng01-281F11.g_70_375

seq1  TGAAGGCTCTTATCTGCACATTGTACAATTCTGAACAAAGATCGAGTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCTCTTATCTGCACATTGTACAATTCTGAACAAAGATCGAGTCCC  50

seq1  AGTATGAAGAGGGGATGTGTACATAAAGTCATACCTCTCTACTAAGGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGAAGAGGGGATGTGTACATAAAGTCATACCTCTCTACTAAGGAGC  100

seq1  TATTTGCAGTTGGTTGTTTCTGGATATGGAAAGTCAGTTTTCCTTAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGCAGTTGGTTGTTTCTGGATATGGAAAGTCAGTTTTCCTTAAGAG  150

seq1  CGTTGCAACTGCTAAGTCCATCATACTTTAGTGGAAGGCTAACATCCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGCAACTGCTAAGTCCATCATACTTTAGTGGAAGGCTAACATCCAAA  200

seq1  ACCATCTGAGTATTACAAATTTAAATTTATGGGCAAAACAGAGGACACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTGAGTATTACAAATTTAAATTTATGGGCAAAACAGAGGACACAA  250

seq1  ATGTAGGTGTATAGGGAAACAGGATAAATGTGGGAGGTGTTGTGAGAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGGTGTATAGGGAAACAGGATAAATGTGGGAGGTGTTGTGAGAGGG  300

seq1  GGTAAG  306
      ||||||
seq2  GGTAAG  306


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |