BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282I04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 113,997,224 - 114,126,178
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC530024P05Rik, Cmklr1
Upstream geneSez6l, Myo18b, Adrbk2, Crybb2, LOC100042920, Crybb3, 2900026A02Rik, Gm854, Rutbc2, Aym1
Downstream geneLOC381707, D5Ertd40e, Sart3, LOC100041786, Iscu, Tmem119, Selplg, Coro1c, Ssh1, Dao1, Svop, Usp30, Alkbh2, Ung, Acacb, Foxn4, Myo1h, Kctd10, Ube3b, Mmab, Mvk, BC057022, Trpv4, Gltp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282I04.bB6Ng01-282I04.g
ACCGA081708GA081709
length8431,123
definitionB6Ng01-282I04.b B6Ng01-282I04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,997,224 - 113,997,942)(114,125,058 - 114,126,178)
sequence
gaattcactgtgagaatcaaatcagagtgtgagtgtgcatgtgtatgaat
gtgcatgtgtgtacatgtatgaaggtgtgtgttgtgtgagtgtgtgaatg
cgaacgtatgaatatgcatattgtgagtatgtgagtgtacctgtgtctat
aaatgtgcatgtgagtgtgagcatgcatgtgtatgggtgtgcatgtgtgg
gaatgtgtgcatgtgtgagtatgtacatgtgtatatatgaatgtgcatgt
aagtatgaacatgagtgtgcaagtgtgaatgtgcatgagtatatatgtaa
gtttatgaatgcacatgagtttgaacatgcatggtatgagtgtgagtgtg
catatgtgagcatgtattgcatatatataagtgtacatgtaatgtgaatg
tccatgtgtataagtgtgcacatgtgtgaatgtgcatgtgagtatgtgtg
catacttacatacttacacatggagtgatgtgtgtaagtgcttattaaac
attattaatgtgaattgctgttctgtatcatgagatacatactcccaccc
tgggctttgtcattgtgtagccgatacagcagctatgtatgttttcctcc
ttggttccctaaaggcagaccatagatttacatagtcttgtgtccctcta
agttaaatttattatctatctatttgtgtgtgtgcacgcatgtgtgtgca
cacgcgcacacggggacatccataggattatgccgcagcaggcacatgga
gatcaatggacaacttttcagaaggccagatggacagatggtctgtcaca
gtttggatagaaaggatggatgagtggggtaaggtgtcctgga
gaattcctcctgatggagagaccttgccaggctttgccctcggtaccctc
cattgtccacagcggaagaacagtgcagcttgggtcccacgccctgggct
tcttatgggaacttggaactgggagctgggaaaaatctagaaccggacca
gccacacagtgcacaggcattgcttgatagattgttgtctcctgtttgtt
tctgacttgggtgaccagcttcatgccactattacaatctttattcatta
gacattggtgaagtgaagctggtgagagagatggctcagactcagtgagc
gaaggcatttgccaccgagaactggagttgcaggtggttgtgagctgccg
tgtgggtgctgattcctctgaagagcagccagttctttcaacactgagtc
tctctcaagccccttcatcctattacacatttcggaaggatttatttatt
tttatgtgtgtgagcgtttgcctgagtgtgtgtgaaccatgcatgtgcct
ggtacctaaagacagttgtgaaccaccacatggatgctagggacagaatc
caggtcctctgcaagagaagcaagctctcttaatcactgagccatctctt
caggaccctgccttagtattttaagataaaaatctctcactgaacctgga
gctcggttttttgcctctgctggtgcttcagtgaagacccaggacctgcc
tgtctctgtcttagccagcacggggttacatgcatttactgtcactacct
ggatttttatgtggggtctgggaatccagactcagagtctcaaagcttct
acagcacgcactttacctatggagccatttctgtagcccctaacccccgc
ttgttgaaggagttaacatgagggaagcagctggtgctgtcctgaaccgc
catctttttccacgtacccagaagggtgactagtgaagccctcaggaagg
aaaggactcaatttcctcttatagctcaaatccaggccttgtcttcccac
tgtgtctccctggccttgcaaaagatatgggcaacacggaagactctaca
gtcagttgtcagaagacagagggcgtggcagatggctggaatgtcttcga
gtatttattgggcttgttacatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_113997224_113997942
seq2: B6Ng01-282I04.b_164_886

seq1  TTGTGAGTATGTGAGTGTACCTGTGTCTATAAATGTGCATGTGAGTGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGTATGTGAGTGTACCTGTGTCTATAAATGTGCATGTGAGTGTGA  50

seq1  GCATGCATGTGTATGGGTGTGCATGTGTGGGAATGTGTGCATGTGTGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCATGTGTATGGGTGTGCATGTGTGGGAATGTGTGCATGTGTGAGT  100

seq1  ATGTACATGTGTATATATGAATGTGCATGTAAGTATGAACATGAGTGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACATGTGTATATATGAATGTGCATGTAAGTATGAACATGAGTGTGC  150

seq1  AAGTGTGAATGTGCATGAGTATATATGTAAGTTTATGAATGCACATGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGAATGTGCATGAGTATATATGTAAGTTTATGAATGCACATGAGT  200

seq1  TTGAACATGCATGGTATGAGTGTGAGTGTGCATATGTGAGCATGTATTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACATGCATGGTATGAGTGTGAGTGTGCATATGTGAGCATGTATTGC  250

seq1  ATATATATAAGTGTACATGTAATGTGAATGTCCATGTGTATAAGTGTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATAAGTGTACATGTAATGTGAATGTCCATGTGTATAAGTGTGCA  300

seq1  CATGTGTGAATGTGCATGTGAGTATGTGTGCATACTTACATACTTACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGAATGTGCATGTGAGTATGTGTGCATACTTACATACTTACACA  350

seq1  TGGAGTGATGTGTGTAAGTGCTTATTAAACATTATTAATGTGAATTGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTGATGTGTGTAAGTGCTTATTAAACATTATTAATGTGAATTGCTG  400

seq1  TTCTGTATCATGAGATACATACTCCCACCCTGGGCTTTGTCATTGTGTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTATCATGAGATACATACTCCCACCCTGGGCTTTGTCATTGTGTAG  450

seq1  CCGATACAGCAGCTATGTATGTTTTCCTCCTTGGTTCCCTAAAGGCAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATACAGCAGCTATGTATGTTTTCCTCCTTGGTTCCCTAAAGGCAGAC  500

seq1  CATAGA-TTACATAGTCTTGTGTCCCTCTAAGTTAAATTTATTATCTATC  549
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGATTTACATAGTCTTGTGTCCCTCTAAGTTAAATTTATTATCTATC  550

seq1  TATTTGTGTGTGTGCACGCATGTGTGTGCACACGCGCACACGGGGACATC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTGTGTGTGCACGCATGTGTGTGCACACGCGCACACGGGGACATC  600

seq1  CATAGGATTATGCCGCAGCAGGCACATGGAGATCAATGGACAACTTTCAG  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
seq2  CATAGGATTATGCCGCAGCAGGCACATGGAGATCAATGGACAACTTTTCA  650

seq1  GAAGGCCAGATGGACAGATGGTCTGTCACAGTTTGGATAG-AAGGATGGA  698
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAAGGCCAGATGGACAGATGGTCTGTCACAGTTTGGATAGAAAGGATGGA  700

seq1  TGAGTGGG--TAGGTGTCCTGAA  719
      ||||||||   |||||||||| |
seq2  TGAGTGGGGTAAGGTGTCCTGGA  723

seq1: chr5_114125058_114126178
seq2: B6Ng01-282I04.g_66_1188 (reverse)

seq1  CATGTAAACAGCCCCATAAATACTCCGGAAGGACATTCCAGCCATCTGCC  50
      |||||||  ||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||
seq2  CATGTAACAAGCCCAATAAATACTC--GAA-GACATTCCAGCCATCTGCC  47

seq1  ACGCCCTCTGTCCTCTGACAACTGACTGTAGGAGTCT--CGTGTTTGCCC  98
      |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||||
seq2  ACGCCCTCTGTCTTCTGACAACTGACTGTA-GAGTCTTCCGTG-TTGCCC  95

seq1  ATATC-TTTGCAAGGCCAGGGAGACACAGTGGG-AGAC-AGGCCTGGTTT  145
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||
seq2  ATATCTTTTGCAAGGCCAGGGAGACACAGTGGGAAGACAAGGCCTGGATT  145

seq1  TGAGCTAT-AGAGGAAATTGAGTCCTCTCCTCCCTGAGGGCTTCACTAGT  194
      |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTATAAGAGGAAATTGAGTCCTTTCCTTCCTGAGGGCTTCACTAGT  195

seq1  CACCCTTCTGGGTACGTGGAAAAAGATGGCGGTTCAGGACAGCACCAGCT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTTCTGGGTACGTGGAAAAAGATGGCGGTTCAGGACAGCACCAGCT  245

seq1  GCTTCCCTCATGTTAACTCCTTCAACAAGCGGGGGTTAGGGGCTACAGAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCTCATGTTAACTCCTTCAACAAGCGGGGGTTAGGGGCTACAGAA  295

seq1  ATGGCTCCATAGGTAAAGTGCGTGCTGTAGAAGC-TTGAGACTCTGAGTC  343
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGGCTCCATAGGTAAAGTGCGTGCTGTAGAAGCTTTGAGACTCTGAGTC  345

seq1  TGGATTCCCAGACCCCACATAAAAATCCAGGTAGTGACAGTAAATGCATG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCCCAGACCCCACATAAAAATCCAGGTAGTGACAGTAAATGCATG  395

seq1  TAACCCCGTGCTGGCTAAGACAGAGACAGGCAGGTCCTGGGTCTTCACTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCCGTGCTGGCTAAGACAGAGACAGGCAGGTCCTGGGTCTTCACTG  445

seq1  AAGCACCAGCAGAGGCAAAAAACCGAGCTCCAGGTTCAGTGAGAGATTTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACCAGCAGAGGCAAAAAACCGAGCTCCAGGTTCAGTGAGAGATTTT  495

seq1  TATCTTAAAATACTAAGGCAGGGTCCTGAAGAGATGGCTCAGTGATTAAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTAAAATACTAAGGCAGGGTCCTGAAGAGATGGCTCAGTGATTAAG  545

seq1  AGAGCTTGCTTCTCTTGCAGAGGACCTGGATTCTGTCCCTAGCATCCATG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTGCTTCTCTTGCAGAGGACCTGGATTCTGTCCCTAGCATCCATG  595

seq1  TGGTGGTTCACAACTGTCTTTAGGTACCAGGCACATGCATGGTTCACACA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTTCACAACTGTCTTTAGGTACCAGGCACATGCATGGTTCACACA  645

seq1  CACTCAGGCAAACGCTCACACACATAAAAATAAATAAATCCTTCCGAAAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGGCAAACGCTCACACACATAAAAATAAATAAATCCTTCCGAAAT  695

seq1  GTGTAATAGGATGAAGGGGCTTGAGAGAGACTCAGTGTTGAAAGAACTGG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAATAGGATGAAGGGGCTTGAGAGAGACTCAGTGTTGAAAGAACTGG  745

seq1  CTGCTCTTCAGAGGAATCAGCACCCACACGGCAGCTCACAACCACCTGCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTTCAGAGGAATCAGCACCCACACGGCAGCTCACAACCACCTGCA  795

seq1  ACTCCAGTTCTCGGTGGCAAATGCCTTCGCTCACTGAGTCTGAGCCATCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGTTCTCGGTGGCAAATGCCTTCGCTCACTGAGTCTGAGCCATCT  845

seq1  CTCTCACCAGCTTCACTTCACCAATGTCTAATGAATAAAGATTGTAATAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCACCAGCTTCACTTCACCAATGTCTAATGAATAAAGATTGTAATAG  895

seq1  TGGCATGAAGCTGGTCACCCAAGTCAGAAACAAACAGGAGACAACAATCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGAAGCTGGTCACCCAAGTCAGAAACAAACAGGAGACAACAATCT  945

seq1  ATCAAGCAATGCCTGTGCACTGTGTGGCTGGTCCGGTTCTAGATTTTTCC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGCAATGCCTGTGCACTGTGTGGCTGGTCCGGTTCTAGATTTTTCC  995

seq1  CAGCTCCCAGTTCCAAGTTCCCATAAGAAGCCCAGGGCGTGGGACCCAAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCCAGTTCCAAGTTCCCATAAGAAGCCCAGGGCGTGGGACCCAAG  1045

seq1  CTGCACTGTTCTTCCGCTGTGGACAATGGAGGGTACCGAGGGCAAAGCCT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTGTTCTTCCGCTGTGGACAATGGAGGGTACCGAGGGCAAAGCCT  1095

seq1  GGCAAGGTCTCTCCATCAGGAGGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGGTCTCTCCATCAGGAGGAATTC  1123