BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284C19
Chromosome5 (Build37)
Map Location 49,606,569 - 49,695,884
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSlit2, 4933428G09Rik, Kcnip4, LOC100041668
Downstream geneLOC100041659, EG433885, LOC666223, Gpr125, EG637307
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284C19.bB6Ng01-284C19.g
ACCGA082944GA082945
length1,139428
definitionB6Ng01-284C19.b B6Ng01-284C19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,694,742 - 49,695,884)(49,606,569 - 49,607,002)
sequence
gaattcctgggtgcctaatataattaggtctccctctgtctcctttaact
tcttggcttacactcttaaattacatcatgggcattgcatcttgtatgtg
gtttttagaattcccactcccaatgatcagcatctccagtagcaccaata
ctgaaaaattatttcttagtagatccttacttgtagtggcaattgtgttt
ttaagtctaatatgacatctctagatgtcttgcttgtaaacttgctactg
agtgttgtcaatctaaaaatgactaacatcatgtaaattgttgattatcc
tgtaaacaattagaaacctaacagagacaattattgacataacaaaaaaa
gagtgaactaatgttggcagagtagatactctaaatgagaattcatatgc
cagcaagattttgctgatagaaccctgatatagctgtctcctgtgaggct
atgacagttcctggcaaatacagaagtggatgctcacagtcatctattgg
atggaacacaggtcccccaatggaggagctagagaaagtactcaaggagc
tgaaggggtctgcaaccctatagaaggaacaacaatatgaactaaccagt
accctcagagctcatttcgctagctgcatatatagcagaagatggcctaa
tcggccatcattgggaggagaggcccttggtcttgcaaagattatattcc
acaatacaagggaatgccagggccaggaagcaggagtgggtgggttgggg
agcaggacggcagggagagtatagggggctttcaggacagcatttgaaat
gtaaatgaacaaaatatctaataaaaaataaaaacgatagtgtagaatgt
atgttatacatgtaaacagctatgcataggactgaaacatttcaattatg
attctatgtagatgcttcagtcaggaacagaaaacaccaatttttgtcta
ttatttatataatcattcatgtcatttgttttgcttgctttgaatactta
catataatatatttacaaatgtatatgtatataagtaccacaagagttcc
cttgttaaattgaaataggattttaattcggtagaaaaatgtgtaacttt
atctaaccaagctcaggaatattgacagcttatgttatt

caacctagatataggtaatggggaccagaaagtgattgtcaaaaggaaaa
atatttaagagagagaagatgaaacagatggaacaaataactaaaaacta
gggtagccactagggctatcatggaatgctttgttcttccaactagccct
caaagcctcttgaagtgaagtgggtttttaaagtatataattttggacac
tgactgctctgtaaaacctacttcttcaaactatatctttctgttcatcc
tttctccctgcctaaagttcagtattagtttcaagttattcttgcattta
aaatgtaatcctgttagataaaaccaatattcatgactatcaggaatttc
tgtgttttgtgctttttatactttattattattgaatattattgagaagt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgagagagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_49694742_49695884
seq2: B6Ng01-284C19.b_46_1184 (reverse)

seq1  AATAACATAAACTTTTTCACTATTCTTGAGCTGTGTTAGATAAATTTCCA  50
      |||||||||| |  | ||| ||||| ||||||  |||||||||| || ||
seq2  AATAACATAAGC--TGTCAATATTCCTGAGCTTGGTTAGATAAAGTTACA  48

seq1  CATTTTT-TACTTAAATTAAAAATCTATTTCAATTTAACAA-GGAACTCT  98
      ||||||| |||   ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CATTTTTCTAC-CGAATTAAAATCCTATTTCAATTTAACAAGGGAACTCT  97

seq1  TGT-GTACTTATATACATATACATTTGTAAATATATTATATGTAAGTTAT  147
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTGGTACTTATATACATATACATTTGTAAATATATTATATGTAAG-TAT  146

seq1  TCAAAGCAAGCAAAACAAATGAACATGAATGATTATATAAATAATAAGAC  197
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCAAAGCAAGCAAAACAAATG-ACATGAATGATTATATAAATAAT-AGAC  194

seq1  AAAAATTGGTGTTTTCTGTTCCTGACTGAAGCATCTACATAGAATCATAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTGGTGTTTTCTGTTCCTGACTGAAGCATCTACATAGAATCATAA  244

seq1  TTGAAATGTTTTCAGTCCTATGCATAGCTGTTTACATGTATAACATACAT  297
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATG-TTTCAGTCCTATGCATAGCTGTTTACATGTATAACATACAT  293

seq1  TCTACACTATCGTTTTTATTTTTTATTAGATATTTTGTTCATTTACATTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACACTATCGTTTTTATTTTTTATTAGATATTTTGTTCATTTACATTT  343

seq1  CAAATGCTGTCCTGAAAGCCCCCTATACTCTCCCTGCCGTCCTGCTCCCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCTGTCCTGAAAGCCCCCTATACTCTCCCTGCCGTCCTGCTCCCC  393

seq1  AACCCACCCACTCCTGCTTCCTGGCCCTGGCATTCCCTTGTATTGTGGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCACCCACTCCTGCTTCCTGGCCCTGGCATTCCCTTGTATTGTGGAA  443

seq1  TATAATCTTTGCAAGACCAAGGGCCTCTCCTCCCAATGATGGCCGATTAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCTTTGCAAGACCAAGGGCCTCTCCTCCCAATGATGGCCGATTAG  493

seq1  GCCATCTTCTGCTATATATGCAGCTAGCGAAATGAGCTCTGAGGGTACTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTTCTGCTATATATGCAGCTAGCGAAATGAGCTCTGAGGGTACTG  543

seq1  GTTAGTTCATATTGTTGTTCCTTCTATAGGGTTGCAGACCCCTTCAGCTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTTCATATTGTTGTTCCTTCTATAGGGTTGCAGACCCCTTCAGCTC  593

seq1  CTTGAGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGACCTGTGTTCCATCCAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGACCTGTGTTCCATCCAA  643

seq1  TAGATGACTGTGAGCATCCACTTCTGTATTTGCCAGGAACTGTCATAGCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGACTGTGAGCATCCACTTCTGTATTTGCCAGGAACTGTCATAGCC  693

seq1  TCACAGGAGACAGCTATATCAGGGTTCTATCAGCAAAATCTTGCTGGCAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGAGACAGCTATATCAGGGTTCTATCAGCAAAATCTTGCTGGCAT  743

seq1  ATGAATTCTCATTTAGAGTATCTACTCTGCCAACATTAGTTCACTCTTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTCTCATTTAGAGTATCTACTCTGCCAACATTAGTTCACTCTTTT  793

seq1  TTTGTTATGTCAATAATTGTCTCTGTTAGGTTTCTAATTGTTTACAGGAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTATGTCAATAATTGTCTCTGTTAGGTTTCTAATTGTTTACAGGAT  843

seq1  AATCAACAATTTACATGATGTTAGTCATTTTTAGATTGACAACACTCAGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAACAATTTACATGATGTTAGTCATTTTTAGATTGACAACACTCAGT  893

seq1  AGCAAGTTTACAAGCAAGACATCTAGAGATGTCATATTAGACTTAAAAAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTTTACAAGCAAGACATCTAGAGATGTCATATTAGACTTAAAAAC  943

seq1  ACAATTGCCACTACAAGTAAGGATCTACTAAGAAATAATTTTTCAGTATT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTGCCACTACAAGTAAGGATCTACTAAGAAATAATTTTTCAGTATT  993

seq1  GGTGCTACTGGAGATGCTGATCATTGGGAGTGGGAATTCTAAAAACCACA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTACTGGAGATGCTGATCATTGGGAGTGGGAATTCTAAAAACCACA  1043

seq1  TACAAGATGCAATGCCCATGATGTAATTTAAGAGTGTAAGCCAAGAAGTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGATGCAATGCCCATGATGTAATTTAAGAGTGTAAGCCAAGAAGTT  1093

seq1  AAAGGAGACAGAGGGAGACCTAATTATATTAGGCACCCAGGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGACAGAGGGAGACCTAATTATATTAGGCACCCAGGAATTC  1139


seq1: chr5_49606569_49607002
seq2: B6Ng01-284C19.g_66_499

seq1  GAATTCCAACCTAGATATAGGTAATGGGGACCAGAAAGTGATTGTCAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACCTAGATATAGGTAATGGGGACCAGAAAGTGATTGTCAAAA  50

seq1  GGAAAAATATTTAAGAGAGAGAAGATGAAACAGATGGAACAAATAACTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAATATTTAAGAGAGAGAAGATGAAACAGATGGAACAAATAACTAA  100

seq1  AAACTAGGGTAGCCACTAGGGCTATCATGGAATGCTTTGTTCTTCCAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAGGGTAGCCACTAGGGCTATCATGGAATGCTTTGTTCTTCCAACT  150

seq1  AGCCCTCAAAGCCTCTTGAAGTGAAGTGGGTTTTTAAAGTATATAATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCAAAGCCTCTTGAAGTGAAGTGGGTTTTTAAAGTATATAATTTT  200

seq1  GGACACTGACTGCTCTGTAAAACCTACTTCTTCAAACTATATCTTTCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACTGACTGCTCTGTAAAACCTACTTCTTCAAACTATATCTTTCTGT  250

seq1  TCATCCTTTCTCCCTGCCTAAAGTTCAGTATTAGTTTCAAGTTATTCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTTTCTCCCTGCCTAAAGTTCAGTATTAGTTTCAAGTTATTCTTG  300

seq1  CATTTAAAATGTAATCCTGTTAGATAAAACCAATATTCATGACTATCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAAATGTAATCCTGTTAGATAAAACCAATATTCATGACTATCAGG  350

seq1  AATTTCTGTGTTTTGTGCTTTTTATACTTTATTATTATTGAATATTATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTGTGTTTTGTGCTTTTTATACTTTATTATTATTGAATATTATTG  400

seq1  AGAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA  434


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |