BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284P21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 133,077,678 - 133,227,535
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAuts2, 4930563F08Rik
Downstream geneLOC100039731
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284P21.bB6Ng01-284P21.g
ACCGA083555GA083556
length968891
definitionB6Ng01-284P21.b B6Ng01-284P21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,077,678 - 133,078,456)(133,226,649 - 133,227,535)
sequence
gaattccaagtcagcctgggctacacagagagatcatgcctcaaaaacaa
aacaaacaaaccagcccccattaaaccccatatacctggtgcacctggct
atgttattatgctttagagtcatccaggttggtctatagatagctggttt
tccttgctttcaggcctgtgcgatgtgactatgctgaaatgcatcaatct
gtttgtcagggggtcactgcgacataataagtattcttcggcaggaatat
ttcactgctaacattaaaaagtgttcatgtactcctccactgctggtggg
attgcaagcttgtacaaccactctggaagtcagtctggaggttcctcaga
aaattggacataatactactggaagatccagcaatacctctcctgggcat
atacccagaagaagttccaacgggtaataagaacacatgctccactatgt
tcatagcagccttatttataatagccagaagctggaaagaacccagatgt
ccctcaacagaagaatggatacagaaaacgtggtacatttacacaatgga
gtactacacagctattaaaaataatggatttatgaaattcttggacaaat
ggatgtatctggaggatatcatccttagtgaggtaacccaatcacaaaag
aagtcattagatatgcacttactgataagtggatattagcccagaaactt
agaatacccaagctacaatttgcaaaacacaagaaaaatcaagaaggaag
accaacgcgtggatacttcattcctccttagaatagggaacaaaataccc
atagaaaggagttatagagacaaagtttggagctgagaacaaaggatgga
ccatctagagactgccccaaccggggatccattccataatcagccaccaa
acccagacactattgcatatgccagcaagattttgatgaaaggactctga
tatagctgtctcttgtgg

gaattcacctgagctcagaaggaagagctgagagtgtggttcagtggtaa
agcgaaacaaaaagtgactttgatatgacaatgttaatactattaagtaa
ctttggtctgaggatgtaactcagaagtaaagaattcacctgagctcaga
aggaagagctgagagtgtggttcagtggtaaagcccctgactagcctaac
cccagtaaggggctgggggcatggctcagtggtagagcccttgcctagaa
tctcccagggaggggctaagggtgtggctcagtggtagagcccctgccta
gaatctcccaggaaggggctggggtcgtggctcagtgggagagcccctgc
ctagaatcccccagggaggggctgggggcgtggctcagtgggagagcccc
tgcctagaatcccccagggaggggctgggggcgtggctcagtgggagagc
ctctgcctagaatcccccagggaggggctgggggcgtggctcagtgggag
agcccctgcctagaatcccccagggaggggctggtgtgtaggtcagagac
agagcacctgcttagtatgtacaaggcccttgattccatccccaatgctg
aaaaagtatgagggcagggagtgttgattaatttgcagcttctacaatga
gttcacagcagagatatgtagagctaagtctcctaattcctggttcaagg
ttctctacctcagactgtggcactttaatctggcagacactgttctttct
tccctcgcatcaacttgtccttccacgtctggggacagaggtaaatcaaa
gaaagcagcctgtttagcgtggcatttctctatttcaacttgaggatgca
gggagttcaaaagacaccgttccaggctgcagatttggaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_133077678_133078456
seq2: B6Ng01-284P21.b_48_826

seq1  GAATTCCAAGTCAGCCTGGGCTACACAGAGAGATCATGCCTCAAAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGTCAGCCTGGGCTACACAGAGAGATCATGCCTCAAAAACAA  50

seq1  AACAAACAAACCAGCCCCCATTAAACCCCATATACCTGGTGCACCTGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAACCAGCCCCCATTAAACCCCATATACCTGGTGCACCTGGCT  100

seq1  ATGTTATTATGCTTTAGAGTCATCCAGGTTGGTCTATAGATAGCTGGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATTATGCTTTAGAGTCATCCAGGTTGGTCTATAGATAGCTGGTTT  150

seq1  TCCTTGCTTTCAGGCCTGTGCGATGTGACTATGCTGAAATGCATCAATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCTTTCAGGCCTGTGCGATGTGACTATGCTGAAATGCATCAATCT  200

seq1  GTTTGTCAGGGGGTCACTGCGACATAATAAGTATTCTTCGGCAGGAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCAGGGGGTCACTGCGACATAATAAGTATTCTTCGGCAGGAATAT  250

seq1  TTCACTGCTAACATTAAAAAGTGTTCATGTACTCCTCCACTGCTGGTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGCTAACATTAAAAAGTGTTCATGTACTCCTCCACTGCTGGTGGG  300

seq1  ATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAGTCAGTCTGGAGGTTCCTCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAGTCAGTCTGGAGGTTCCTCAGA  350

seq1  AAATTGGACATAATACTACTGGAAGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGGACATAATACTACTGGAAGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCAT  400

seq1  ATACCCAGAAGAAGTTCCAACGGGTAATAAGAACACATGCTCCACTATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCAGAAGAAGTTCCAACGGGTAATAAGAACACATGCTCCACTATGT  450

seq1  TCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGT  500

seq1  CCCTCAACAGAAGAATGGATACAGAAAACGTGGTACATTTACACAATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAACAGAAGAATGGATACAGAAAACGTGGTACATTTACACAATGGA  550

seq1  GTACTACACAGCTATTAAAAATAATGGATTTATGAAATTCTTGGACAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTACACAGCTATTAAAAATAATGGATTTATGAAATTCTTGGACAAAT  600

seq1  GGATGTATCTGGAGGATATCATCCTTAGTGAGGTAACCCAATCACAAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTATCTGGAGGATATCATCCTTAGTGAGGTAACCCAATCACAAAAG  650

seq1  AAGTCATTAGATATGCACTTACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATTAGATATGCACTTACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTT  700

seq1  AGAATACCCAAGCTACAATTTGCAAAACACAAGAAAAATCAAGAAGGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACCCAAGCTACAATTTGCAAAACACAAGAAAAATCAAGAAGGAAG  750

seq1  ACCAACGCGTGGATACTTCATTCCTCCTT  779
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACGCGTGGATACTTCATTCCTCCTT  779


seq1: chr5_133226649_133227535
seq2: B6Ng01-284P21.g_67_957 (reverse)

seq1  ATTCCAAATC-GCAG-CTGGAACGTTGTCTTGTGAACTTCCTGCATCCTC  48
      |||||||||| |||| |||||||| |||||| |||||| |||||||||||
seq2  ATTCCAAATCTGCAGCCTGGAACGGTGTCTTTTGAACTCCCTGCATCCTC  50

seq1  -AGTTGAAATAGAGAAATGCCACGCTAAACAGGCTGCTTTCTTTGTTTTA  97
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGTTGAAATAGAGAAATGCCACGCTAAACAGGCTGCTTTCTTTGATTTA  100

seq1  CCTCTGTCCCCAGACGTGG-AGGACAAGTTGTTGCTGAGGGAAGAAAGAA  146
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  CCTCTGTCCCCAGACGTGGAAGGACAAGTTGATGC-GAGGGAAGAAAGAA  149

seq1  CAGTGTCTGCCAGATT-AAGTGCCACAGTCTGAGGTAGAGAACCTTGAAC  195
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCTGCCAGATTAAAGTGCCACAGTCTGAGGTAGAGAACCTTGAAC  199

seq1  CAGGAATTAGGAGACTTAGCTCTACATATCTCTGCTGTGAACTCATTGTA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATTAGGAGACTTAGCTCTACATATCTCTGCTGTGAACTCATTGTA  249

seq1  GAAGCTGCAAATTAATCAACACTCCCTGCCCTCATACTTTTTCAGCATTG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGCAAATTAATCAACACTCCCTGCCCTCATACTTTTTCAGCATTG  299

seq1  GGGATGGAATCAAGGGCCTTGTACATACTAAGCAGGTGCTCTGTCTCTGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGAATCAAGGGCCTTGTACATACTAAGCAGGTGCTCTGTCTCTGA  349

seq1  CCTACACACCAGCCCCTCCCTGGGGGATTCTAGGCAGGGGCTCTCCCACT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACACACCAGCCCCTCCCTGGGGGATTCTAGGCAGGGGCTCTCCCACT  399

seq1  GAGCCACGCCCCCAGCCCCTCCCTGGGGGATTCTAGGCAGAGGCTCTCCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACGCCCCCAGCCCCTCCCTGGGGGATTCTAGGCAGAGGCTCTCCC  449

seq1  ACTGAGCCACGCCCCCAGCCCCTCCCTGGGGGATTCTAGGCAGGGGCTCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCCACGCCCCCAGCCCCTCCCTGGGGGATTCTAGGCAGGGGCTCT  499

seq1  CCCACTGAGCCACGCCCCCAGCCCCTCCCTGGGGGATTCTAGGCAGGGGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGAGCCACGCCCCCAGCCCCTCCCTGGGGGATTCTAGGCAGGGGC  549

seq1  TCTCCCACTGAGCCACGACCCCAGCCCCTTCCTGGGAGATTCTAGGCAGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCACTGAGCCACGACCCCAGCCCCTTCCTGGGAGATTCTAGGCAGG  599

seq1  GGCTCTACCACTGAGCCACACCCTTAGCCCCTCCCTGGGAGATTCTAGGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTACCACTGAGCCACACCCTTAGCCCCTCCCTGGGAGATTCTAGGC  649

seq1  AAGGGCTCTACCACTGAGCCATGCCCCCAGCCCCTTACTGGGGTTAGGCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCTCTACCACTGAGCCATGCCCCCAGCCCCTTACTGGGGTTAGGCT  699

seq1  AGTCAGGGGCTTTACCACTGAACCACACTCTCAGCTCTTCCTTCTGAGCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGGGCTTTACCACTGAACCACACTCTCAGCTCTTCCTTCTGAGCT  749

seq1  CAGGTGAATTCTTTACTTCTGAGTTACATCCTCAGACCAAAGTTACTTAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAATTCTTTACTTCTGAGTTACATCCTCAGACCAAAGTTACTTAA  799

seq1  TAGTATTAACATTGTCATATCAAAGTCACTTTTTGTTTCGCTTTACCACT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATTAACATTGTCATATCAAAGTCACTTTTTGTTTCGCTTTACCACT  849

seq1  GAACCACACTCTCAGCTCTTCCTTCTGAGCTCAGGTGAATTC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACACTCTCAGCTCTTCCTTCTGAGCTCAGGTGAATTC  891


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |