BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285J01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 99,303,476 - 99,398,918
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBmp3, Prkg2
Upstream geneAntxr2, EG435856, LOC666315, LOC666320, LOC666326, Prdm8, Fgf5, 1700007G11Rik
Downstream geneLOC100041680, Rasgef1b, A930011G23Rik, LOC100040738, LOC666364, LOC100040763, LOC100040774, Hnrpd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285J01.bB6Ng01-285J01.g
ACCGA083982GA083983
length1,1311,114
definitionB6Ng01-285J01.b B6Ng01-285J01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,397,787 - 99,398,918)(99,303,476 - 99,304,600)
sequence
gaattctcctatggggtcttgggtaggagtttccaattgcttctatccta
aggaaaccttgctaaggtgctcacatacatgctgatgtgcatgtgtgtgt
attataaaatagttgcagctaatgtagaatttgggaaggaggaaacaaga
agctgcccaggatgggtggatgttaaacctctgcagggaaggcatttggg
tacacacagttaccaaagggggacatacctggtcctagaagttcaaagct
ctaaagtgaccatctcctgataattattcctttttgttctgtacctgtta
gaagcttggaggagatactatttaggccatcaccctctttacttgcatat
tcataggtcaccaatataaaccattttaaattttcatttacttcttaaca
atccctaagtgtagtttcggcgacttctggtaatgtgcagcctataggaa
aggccaaataggtgtgccatggggcatctagcctgggctccagctccaga
gcccacactctgaaatgctctgactagcatggtactaactatgtggcccg
agatgaccatgaactcacagaaacctttctgctcttgaacgtcacggtta
caaacgtgtgccaccatggccagcttctagagagatgacttactgcagtc
gccatgttgtgcatcatcggttctcccagctgcttccttctgggtgtggt
gcaaccaaggaaagggtcagcaccctcctctctgcctctcccctcctacc
attccattcccattcttctcctcctctcctctcattcttccttctttact
tttattttatgtgtatgaatatctgcctgcatgtatgtatgtgtactaca
tggatggctagtgtccacccaggccaaaaagagggagatggaattgtcat
tatagacaaatgtgagctgccacgtgggtactgggaactgaacctacatc
ttttctgaaagcagcaagtggtgagccatctctccatccactaaaacagg
ttcttcttgacactgagcacctgaaaatattacaccagtgttaatgtggc
acactgtccagaacacacccactgcagatctgagccttggagtatggagc
ctgttagccactgcaatctctgtcccttctc
gaattcagggctgtgtcacatgccctatcttgttggaagaatcatgaagg
accttcactgctcagacaaaatgtgttcaactggggtgacacttagaatc
ttgggtgtaaccaagatggtgactgtacaaaacagagatgtgtcctattt
gacagtgtggcttgctttgtgacactgagaagcaggggttgtaatccaaa
gctgacctcatgtcagagtacctgattttaggtaggtcgtaggacttgtc
caagtaacctccttcccttagccccatgagatgaagttcttctgggtagt
ttaaacaaacaaacaaaaaaaaatgtcttgttccttcctcactccaatct
ccaggctccagagaccacacaggtgtagatgctcggtcctttcgcttctg
gatgcttccacctctctctagtctttcctgacttgtggccatcgacttcc
ttgtacttccttttgctctttatgagcccactgtctcttcataagaactt
gactgtggttcctagtgatgagaaggaatcatccctagaagtttccaggg
gaccacagagttaagaaccacagagatgaatttagggaaagacagacgtt
agagcattcacagaattaactaataatgcttggtcctaagtggaagtcaa
acagcttgggatcctgttaatacgtagaatctgacactgtgcgtgtgaag
tggaggctgcagaggactctgcatctaacagtgcccaaggttaacctgct
ggttcacaagtctgtttggaacagcaaagtaattagttccttttgacttg
gatgttggttccacaggactaaacaacaatggccccttagattaagtcga
taaaactttctacatgttaattttttttcttcaacacaggaaagacatga
aacagtagaggcagcctacatgggaatggggtactctgtaactgtctgct
gtgatctaatgagtagccactgagagaccaagtggcatagtagagttact
agctgatgtctagaggctctgtgcagtaggcagagtgtcaggaaggcagg
cagtcaacaagcaggaaagttgtaaaattcagcccctgttcaaacttcaa
aacctggaaaagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_99397787_99398918
seq2: B6Ng01-285J01.b_44_1174 (reverse)

seq1  GAGAA-GGACAGAGA-TGCAGTGCTTAACAGGCCTCCATACTCCAAGCCT  48
      ||||| ||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||| ||
seq2  GAGAAGGGACAGAGATTGCAGTGGCTAACAGG-CTCCATACTCCAAGGCT  49

seq1  CAGATCTGCAGT-GGTGTG-TCTGGACAGTGTGCCACATTTAACACTTGG  96
      |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  CAGATCTGCAGTGGGTGTGTTCTGGACAGTGTGCCACA-TTAACAC-TGG  97

seq1  TGTTAATATTTTCAGGTGCTCAGTGTTCAAGAAGAACCTGTTTTAGTGGA  146
      || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TG-TAATATTTTCAGGTGCTCAGTG-TCAAGAAGAACCTGTTTTAGTGGA  145

seq1  TGGAGAGATGGCTCACCACTTGCTGCTTTCAGAAAAGATGTAGGTTCAGT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGATGGCTCACCACTTGCTGCTTTCAGAAAAGATGTAGGTTCAGT  195

seq1  TCCCAGTACCCACGTGGCAGCTCACATTTGTCTATAATGACAATTCCATC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTACCCACGTGGCAGCTCACATTTGTCTATAATGACAATTCCATC  245

seq1  TCCCTCTTTTTGGCCTGGGTGGACACTAGCCATCCATGTAGTACACATAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTTTTTGGCCTGGGTGGACACTAGCCATCCATGTAGTACACATAC  295

seq1  ATACATGCAGGCAGATATTCATACACATAAAATAAAAGTAAAGAAGGAAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGCAGGCAGATATTCATACACATAAAATAAAAGTAAAGAAGGAAG  345

seq1  AATGAGAGGAGAGGAGGAGAAGAATGGGAATGGAATGGTAGGAGGGGAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAGGAGAGGAGGAGAAGAATGGGAATGGAATGGTAGGAGGGGAGA  395

seq1  GGCAGAGAGGAGGGTGCTGACCCTTTCCTTGGTTGCACCACACCCAGAAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGAGGAGGGTGCTGACCCTTTCCTTGGTTGCACCACACCCAGAAG  445

seq1  GAAGCAGCTGGGAGAACCGATGATGCACAACATGGCGACTGCAGTAAGTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGCTGGGAGAACCGATGATGCACAACATGGCGACTGCAGTAAGTC  495

seq1  ATCTCTCTAGAAGCTGGCCATGGTGGCACACGTTTGTAACCGTGACGTTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCTAGAAGCTGGCCATGGTGGCACACGTTTGTAACCGTGACGTTC  545

seq1  AAGAGCAGAAAGGTTTCTGTGAGTTCATGGTCATCTCGGGCCACATAGTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAGAAAGGTTTCTGTGAGTTCATGGTCATCTCGGGCCACATAGTT  595

seq1  AGTACCATGCTAGTCAGAGCATTTCAGAGTGTGGGCTCTGGAGCTGGAGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCATGCTAGTCAGAGCATTTCAGAGTGTGGGCTCTGGAGCTGGAGC  645

seq1  CCAGGCTAGATGCCCCATGGCACACCTATTTGGCCTTTCCTATAGGCTGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTAGATGCCCCATGGCACACCTATTTGGCCTTTCCTATAGGCTGC  695

seq1  ACATTACCAGAAGTCGCCGAAACTACACTTAGGGATTGTTAAGAAGTAAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTACCAGAAGTCGCCGAAACTACACTTAGGGATTGTTAAGAAGTAAA  745

seq1  TGAAAATTTAAAATGGTTTATATTGGTGACCTATGAATATGCAAGTAAAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATTTAAAATGGTTTATATTGGTGACCTATGAATATGCAAGTAAAG  795

seq1  AGGGTGATGGCCTAAATAGTATCTCCTCCAAGCTTCTAACAGGTACAGAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGATGGCCTAAATAGTATCTCCTCCAAGCTTCTAACAGGTACAGAA  845

seq1  CAAAAAGGAATAATTATCAGGAGATGGTCACTTTAGAGCTTTGAACTTCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGGAATAATTATCAGGAGATGGTCACTTTAGAGCTTTGAACTTCT  895

seq1  AGGACCAGGTATGTCCCCCTTTGGTAACTGTGTGTACCCAAATGCCTTCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCAGGTATGTCCCCCTTTGGTAACTGTGTGTACCCAAATGCCTTCC  945

seq1  CTGCAGAGGTTTAACATCCACCCATCCTGGGCAGCTTCTTGTTTCCTCCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAGGTTTAACATCCACCCATCCTGGGCAGCTTCTTGTTTCCTCCT  995

seq1  TCCCAAATTCTACATTAGCTGCAACTATTTTATAATACACACACATGCAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAATTCTACATTAGCTGCAACTATTTTATAATACACACACATGCAC  1045

seq1  ATCAGCATGTATGTGAGCACCTTAGCAAGGTTTCCTTAGGATAGAAGCAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCATGTATGTGAGCACCTTAGCAAGGTTTCCTTAGGATAGAAGCAA  1095

seq1  TTGGAAACTCCTACCCAAGACCCCATAGGAGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAACTCCTACCCAAGACCCCATAGGAGAATTC  1131

seq1: chr5_99303476_99304600
seq2: B6Ng01-285J01.g_65_1178

seq1  GAATTCAGGGCTGTGTCACATGCCCTATCTTGTTGGAAGAATCATGAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGCTGTGTCACATGCCCTATCTTGTTGGAAGAATCATGAAGG  50

seq1  ACCTTCACTGCTCAGACAAAATGTGTTCAACTGGGGTGACACTTAGAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCACTGCTCAGACAAAATGTGTTCAACTGGGGTGACACTTAGAATC  100

seq1  TTGGGTGTAACCAAGATGGTGACTGTACAAAACAGAGATGTGTCCTATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGTAACCAAGATGGTGACTGTACAAAACAGAGATGTGTCCTATTT  150

seq1  GACAGTGTGGCTTGCTTTGTGACACTGAGAAGCAGGGGTTGTAATCCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGTGGCTTGCTTTGTGACACTGAGAAGCAGGGGTTGTAATCCAAA  200

seq1  GCTGACCTCATGTCAGAGTACCTGATTTTAGGTAGGTCGTAGGACTTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACCTCATGTCAGAGTACCTGATTTTAGGTAGGTCGTAGGACTTGTC  250

seq1  CAAGTAACCTCCTTCCCTTAGCCCCATGAGATGAAGTTCTTCTGGGTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAACCTCCTTCCCTTAGCCCCATGAGATGAAGTTCTTCTGGGTAGT  300

seq1  TTAAACAAACAAACAAAAAAAAATGTCTTGTTCCTTCCTCACTCCAATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACAAACAAACAAAAAAAAATGTCTTGTTCCTTCCTCACTCCAATCT  350

seq1  CCAGGCTCCAGAGACCACACAGGTGTAGATGCTCGGTCCTTTCGCTTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTCCAGAGACCACACAGGTGTAGATGCTCGGTCCTTTCGCTTCTG  400

seq1  GATGCTTCCACCTCTCTCTAGTCTTTCCTGACTTGTGGCCATCGACTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTTCCACCTCTCTCTAGTCTTTCCTGACTTGTGGCCATCGACTTCC  450

seq1  TTGTACTTCCTTTTGCTCTTTATGAGCCCACTGTCTCTTCATAAGAACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTTCCTTTTGCTCTTTATGAGCCCACTGTCTCTTCATAAGAACTT  500

seq1  GACTGTGGTTCCTAGTGATGAGAAGGAATCATCCCTAGAAGTTTCCAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGGTTCCTAGTGATGAGAAGGAATCATCCCTAGAAGTTTCCAGGG  550

seq1  GACCACAGAGTTAAGAACCACAGAGATGAATTTAGGGAAAGACAGACGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACAGAGTTAAGAACCACAGAGATGAATTTAGGGAAAGACAGACGTT  600

seq1  AGAGCATTCACAGAATTAACTAATAATGCTTGGTCCTAAGTGGAAGTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATTCACAGAATTAACTAATAATGCTTGGTCCTAAGTGGAAGTCAA  650

seq1  ACAGCTTGGGATCCTGTTAATACGTAGAATCTGACACTGTGCGTGTGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTGGGATCCTGTTAATACGTAGAATCTGACACTGTGCGTGTGAAG  700

seq1  TGGAGGCTGCAGAGGACTCTGCATCTAACAGTGCCCAAGGTTAACCTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCTGCAGAGGACTCTGCATCTAACAGTGCCCAAGGTTAACCTGCT  750

seq1  GGTTCACAAGTCTGTTTGGAACAGCAAAGTAATTAGTTCCTTTTGACTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCACAAGTCTGTTTGGAACAGCAAAGTAATTAGTTCCTTTTGACTTG  800

seq1  GATGTTGGTTCCACAGGACTAAACAACAATGGCCCCTTAGATTAAGTCGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTGGTTCCACAGGACTAAACAACAATGGCCCCTTAGATTAAGTCGA  850

seq1  TAAAACTTTCTACATGTTAA-TTTTTTTCTTCAACACAGGAAAGACATGA  899
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTTTCTACATGTTAATTTTTTTTCTTCAACACAGGAAAGACATGA  900

seq1  AACAGTAGA-GCAGCCTACAT-GGAAT-GGGTACTCTGTAACTGTCTGCT  946
      ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAGAGGCAGCCTACATGGGAATGGGGTACTCTGTAACTGTCTGCT  950

seq1  GTTGATCTAATGAGTAGCCACTGAGGAGACCAAGTGGCATAGTAGAGTTA  996
      | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| 
seq2  G-TGATCTAATGAGTAGCCACTGA-GAGACCAAGTGGCATAGTAGAGTT-  997

seq1  ACTAAGCTGATGTCTAAGGAAGCTCTGTGCAGGGAAGGCAAGAGTGTCAG  1046
      ||| ||||||||||||  || ||||||||||  | |||| ||||||||||
seq2  ACT-AGCTGATGTCTA--GAGGCTCTGTGCA--GTAGGC-AGAGTGTCAG  1041

seq1  GAGGCAAGGAAAGTCACCAGGCAAGAAAGGTTTTGTAAAAATTTCAGCCC  1096
      || |  |||  ||||| || ||| |||||   ||||||||  ||||||||
seq2  GAAGGCAGG-CAGTCAACAAGCAGGAAAG---TTGTAAAA--TTCAGCCC  1085

seq1  CTGTTCAAACATCACAAAACT-GAAAAGAG  1125
      |||||||||| ||| ||| || ||||||||
seq2  CTGTTCAAACTTCA-AAACCTGGAAAAGAG  1114