BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-286K22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 119,170,205 - 119,296,532
singlet/doubletdoublet
Overlap geneThrap2
Upstream geneNos1, Fbxo21, Tesc, Fbxw8, Hrk, Tmem118, 2410131K14Rik, LOC665162
Downstream geneLOC100039488, EG665194, LOC100039529, LOC100039542, Tbx3, EG433945, Tbx5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-286K22.bB6Ng01-286K22.g
ACCGA084813GA084814
length1,1241,100
definitionB6Ng01-286K22.b B6Ng01-286K22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,295,411 - 119,296,532)(119,170,205 - 119,171,307)
sequence
gaattcacattccctctgcctcaacctactgagtgctgagattacagata
agcagaaagaaatacacccggctttcttttaattacctgcctacctttac
ttaggcatagaaacatgcatccagggtgatttgcatatgggcacggtcca
ttttttgaaaagggcaaaacaaaaatatgatccaagtcccttggtgcaaa
agcaaggttgcttctgtagcgaattatacatttgtcccccaaaagcaatt
cataatacaccttgggaacagctgtgttcataagatggcctgtgcctgca
tttctcaggaacccatagggaggaaaatagcatgatgttgggggcagtga
ctagggtgaaggaggaacaacttcagagcatttttgatggtttccctcct
gaggagatgtaaaggtgatccttaatcttcccctgggtttaattccaccg
caggatttgcttgatgctttctctctctttaggatgactttgatgatcca
gaaataagtgtacccccattagccccaaggtatttcaaacccaggagctt
ccaaaggcagacagaccaccaccgcaagcaaagttggcatgagcgcctgg
gcagtcaaccacgtctcttaccttctctgactctggtttgtgaatcgaga
ggcagggtaaaggtaagacatttttaggctgggtcactcagggacctgac
agctaaagttccatagctactggtgcaatggcttagttggtacagtgttt
gccacttgagggcttgagtttcatccccagggccaacttaaaaaaaaaaa
agccacctgcaatggtgtgtgctcctgattccagtgcagaagaggcagag
acatccctagggatcattgggtcaatgtggtgggtttgaatatagggagg
tatggccttgttgaaaggaacctgtgtcactatggggtgggctttgagac
cctccttttagctgcctggagacagtcttcttgtttgccttggatgaaga
tgtagagctctcagctctccagatccatgtctgcctgatgctgctatgct
accacctgatgattatggacttgagccttctgaactataagcagccccaa
tttaatgctgtcctttataagaat
gaattccaggtcagagtggattagagataactttggctatgtgagatttg
tctcagaaagccaaaagggaggcgggggagattggctcagttagtgcagt
gcttgctccccagcatcagagcctaagtttgttttccagcatcaggtcag
agctggatatgacataacctatgtcctcagttctggggctctgagcctgg
caaattcctggggctttctggccagcgggcagtctagccaggtctgtggg
ctttgtattctgtgagacaccttgtctctcctgcaatggtggagctccag
gaaggtggcccagcggggaagtttccccagataagcactcaagtgctaga
acagacttctgcagaccgtcctcttacctccatatttggacacacaaatt
aatttaaaagacaaagatgcagagaggaagacctctgacattaatcctgg
tctccagactcacaggcacacacatgtgtgcacgtagactgcacacatac
atgcagtgcacacacaaagctacagggaaatggggcacttcccactctga
gttgtctagtcccctagaaaggattattccgaagacttgttcacagggcc
acagtgtaagtgccatggtagcctagcttgcttctaactccaccaaaaca
accttggcttcaaagactgcaggaagcagaactagtgtcagctccatact
ggagttcacacggcctgagcatgctcatcatgcatccctgaagatgcacg
tcatgctctgggcattaagatctgctagtaggcgtttattgttgttatta
tatactctatattacctattatactctgatttattgcatgtgtagggttc
tcaggatccacatcagtgctgagtgccatataggcctgggtccatgccca
tgttgatcagccattatccatacatagtcatgaattttaatgtgtagttg
atttataaagtatatatgatagatttaaaagtgttatggtatcccaactt
gatattttagaaaattggatgtaatttaaatacatataatattctaaagt
aaattttgaaaccacactgtgaaagactttagatataatcaaacgcatga

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_119295411_119296532
seq2: B6Ng01-286K22.b_44_1167 (reverse)

seq1  ATTCTTATAAAGGACAGCATTTAATTGGGGCTGGCTTATAGGTTCAG-AG  49
      ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||
seq2  ATTCTTATAAAGGACAGCATTAAATTGGGGCT-GCTTATA-GTTCAGAAG  48

seq1  GCTC-AGTCCATTATCATCAAGGTGGTAGCATAGCAGCATCCAGGCAGAC  98
      |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCTCAAGTCCATAATCATC-AGGTGGTAGCATAGCAGCAT-CAGGCAGAC  96

seq1  ATGGATCTGGAGGAGCTGAGAGCTCTACATCTTCATCCAAAGGCAAAC-A  147
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  ATGGATCTGGA-GAGCTGAGAGCTCTACATCTTCATCC-AAGGCAAACAA  144

seq1  GAAGACTGTCTCCAGGCAGCTAAAAGGAGGGTCTCAAAGCCCACCCCATA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTGTCTCCAGGCAGCTAAAAGGAGGGTCTCAAAGCCCACCCCATA  194

seq1  GTGACACA-GTTCC-TTCAACAAGGCCATACCTCCCTATATTCAAA-CCA  244
      |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTGACACAGGTTCCTTTCAACAAGGCCATACCTCCCTATATTCAAACCCA  244

seq1  CCACATTGA-CCAATGATCCCTAGGGATGTCTCTGCCTCTTCTGCACTGG  293
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTGACCCAATGATCCCTAGGGATGTCTCTGCCTCTTCTGCACTGG  294

seq1  AATCAGGAGCACACACCATTGCAGGTGGC-TTTTTTTTTTTAAGTTGGCC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGGAGCACACACCATTGCAGGTGGCTTTTTTTTTTTTAAGTTGGCC  344

seq1  CTGGGGATGAAACTCAAGCCCTCAAGTGGCAAACACTGTACCAACTAAGC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGATGAAACTCAAGCCCTCAAGTGGCAAACACTGTACCAACTAAGC  394

seq1  CATTGCACCAGTAGCTATGGAACTTTAGCTGTCAGGTCCCTGAGTGACCC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCACCAGTAGCTATGGAACTTTAGCTGTCAGGTCCCTGAGTGACCC  444

seq1  AGCCTAAAAATGTCTTACCTTTACCCTGCCTCTCGATTCACAAACCAGAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAAAAATGTCTTACCTTTACCCTGCCTCTCGATTCACAAACCAGAG  494

seq1  TCAGAGAAGGTAAGAGACGTGGTTGACTGCCCAGGCGCTCATGCCAACTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAAGGTAAGAGACGTGGTTGACTGCCCAGGCGCTCATGCCAACTT  544

seq1  TGCTTGCGGTGGTGGTCTGTCTGCCTTTGGAAGCTCCTGGGTTTGAAATA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCGGTGGTGGTCTGTCTGCCTTTGGAAGCTCCTGGGTTTGAAATA  594

seq1  CCTTGGGGCTAATGGGGGTACACTTATTTCTGGATCATCAAAGTCATCCT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGGCTAATGGGGGTACACTTATTTCTGGATCATCAAAGTCATCCT  644

seq1  AAAGAGAGAGAAAGCATCAAGCAAATCCTGCGGTGGAATTAAACCCAGGG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGAGAAAGCATCAAGCAAATCCTGCGGTGGAATTAAACCCAGGG  694

seq1  GAAGATTAAGGATCACCTTTACATCTCCTCAGGAGGGAAACCATCAAAAA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTAAGGATCACCTTTACATCTCCTCAGGAGGGAAACCATCAAAAA  744

seq1  TGCTCTGAAGTTGTTCCTCCTTCACCCTAGTCACTGCCCCCAACATCATG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGAAGTTGTTCCTCCTTCACCCTAGTCACTGCCCCCAACATCATG  794

seq1  CTATTTTCCTCCCTATGGGTTCCTGAGAAATGCAGGCACAGGCCATCTTA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTCCTCCCTATGGGTTCCTGAGAAATGCAGGCACAGGCCATCTTA  844

seq1  TGAACACAGCTGTTCCCAAGGTGTATTATGAATTGCTTTTGGGGGACAAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACAGCTGTTCCCAAGGTGTATTATGAATTGCTTTTGGGGGACAAA  894

seq1  TGTATAATTCGCTACAGAAGCAACCTTGCTTTTGCACCAAGGGACTTGGA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAATTCGCTACAGAAGCAACCTTGCTTTTGCACCAAGGGACTTGGA  944

seq1  TCATATTTTTGTTTTGCCCTTTTCAAAAAATGGACCGTGCCCATATGCAA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTTTTGTTTTGCCCTTTTCAAAAAATGGACCGTGCCCATATGCAA  994

seq1  ATCACCCTGGATGCATGTTTCTATGCCTAAGTAAAGGTAGGCAGGTAATT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCCTGGATGCATGTTTCTATGCCTAAGTAAAGGTAGGCAGGTAATT  1044

seq1  AAAAGAAAGCCGGGTGTATTTCTTTCTGCTTATCTGTAATCTCAGCACTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAGCCGGGTGTATTTCTTTCTGCTTATCTGTAATCTCAGCACTC  1094

seq1  AGTAGGTTGAGGCAGAGGGAATGTGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTTGAGGCAGAGGGAATGTGAATTC  1124

seq1: chr5_119170205_119171307
seq2: B6Ng01-286K22.g_65_1164

seq1  GAATTCCAGGTCAGAGTGGATTAGAGATAACTTTGGCTATGTGAGATTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTCAGAGTGGATTAGAGATAACTTTGGCTATGTGAGATTTG  50

seq1  TCTCAGAAAGCCAAAAGGGAGGCGGGGGAGATTGGCTCAGTTAGTGCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAAAGCCAAAAGGGAGGCGGGGGAGATTGGCTCAGTTAGTGCAGT  100

seq1  GCTTGCTCCCCAGCATCAGAGCCTAAGTTTGTTTTCCAGCATCAGGTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTCCCCAGCATCAGAGCCTAAGTTTGTTTTCCAGCATCAGGTCAG  150

seq1  AGCTGGATATGACATAACCTATGTCCTCAGTTCTGGGGCTCTGAGCCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGATATGACATAACCTATGTCCTCAGTTCTGGGGCTCTGAGCCTGG  200

seq1  CAAATTCCTGGGGCTTTCTGGCCAGCGGGCAGTCTAGCCAGGTCTGTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCCTGGGGCTTTCTGGCCAGCGGGCAGTCTAGCCAGGTCTGTGGG  250

seq1  CTTTGTATTCTGTGAGACACCTTGTCTCTCCTGCAATGGTGGAGCTCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTATTCTGTGAGACACCTTGTCTCTCCTGCAATGGTGGAGCTCCAG  300

seq1  GAAGGTGGCCCAGCGGGGAAGTTTCCCCAGATAAGCACTCAAGTGCTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGGCCCAGCGGGGAAGTTTCCCCAGATAAGCACTCAAGTGCTAGA  350

seq1  ACAGACTTCTGCAGACCGTCCTCTTACCTCCATATTTGGACACACAAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTTCTGCAGACCGTCCTCTTACCTCCATATTTGGACACACAAATT  400

seq1  AATTTAAAAGACAAAGATGCAGAGAGGAAGACCTCTGACATTAATCCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAAAGACAAAGATGCAGAGAGGAAGACCTCTGACATTAATCCTGG  450

seq1  TCTCCAGACTCACAGGCACACACATGTGTGCACGTAGACTGCACACATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGACTCACAGGCACACACATGTGTGCACGTAGACTGCACACATAC  500

seq1  ATGCAGTGCACACACAAAGCTACAGGGAAATGGGGCACTTCCCACTCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTGCACACACAAAGCTACAGGGAAATGGGGCACTTCCCACTCTGA  550

seq1  GTTGTCTAGTCCCCTAGAAAGGATTATTCCGAAGACTTGTTCACAGGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCTAGTCCCCTAGAAAGGATTATTCCGAAGACTTGTTCACAGGGCC  600

seq1  ACAGTGTAAGTGCCATGGTAGCCTAGCTTGCTTCTAACTCCACCAAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTAAGTGCCATGGTAGCCTAGCTTGCTTCTAACTCCACCAAAACA  650

seq1  ACCTTGGCTTCAAAGACTGCAGGAAGCAGAACTAGTGTCAGCTCCATACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGGCTTCAAAGACTGCAGGAAGCAGAACTAGTGTCAGCTCCATACT  700

seq1  GGAGTTCACACGGCCTGAGCATGCTCATCATGCATCCCTGAAGATGCACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTCACACGGCCTGAGCATGCTCATCATGCATCCCTGAAGATGCACG  750

seq1  TCATGCTCTGGGCATTAAGATCTGCTAGTAGGCGTTTATTGTTGTTATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTCTGGGCATTAAGATCTGCTAGTAGGCGTTTATTGTTGTTATTA  800

seq1  TATACTCTATATTACCTATTATACTCTGA-TTATTGCATGTGTAGGGTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TATACTCTATATTACCTATTATACTCTGATTTATTGCATGTGTAGGGTTC  850

seq1  TCAGGATCCACATCAGTGCTGAGTGCCATATAGGCCTGGGTCCATGCCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATCCACATCAGTGCTGAGTGCCATATAGGCCTGGGTCCATGCCCA  900

seq1  TGTTGATCAGCCATTATCCATACATAGTCATGAATTTTAATGTGTAGTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATCAGCCATTATCCATACATAGTCATGAATTTTAATGTGTAGTTG  950

seq1  ATTTATAAAGTATATAATGATAGAATTAAAAGTGTAATGGTATCCCAACT  999
      ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATTTATAAAGTATAT-ATGATAGATTTAAAAGTGTTATGGTATCCCAACT  999

seq1  TGATATTTTAGAAAATT-GATGTAATTAAAATACATATAAATAATTCTAA  1048
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||   |||||||
seq2  TGATATTTTAGAAAATTGGATGTAATTTAAATACATATAA--TATTCTAA  1047

seq1  AGTAAATTTTGAAACCACACTGTGAAAGACTTAGGATATAAATCAAAGGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||  |
seq2  AGTAAATTTTGAAACCACACTGTGAAAGACTTTAGATAT-AATCAAA-CG  1095

seq1  CATGA  1103
      |||||
seq2  CATGA  1100