BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-286M22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 121,375,899 - 121,531,838
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOas1i, Rph3a
Upstream geneRbm19, LOC100039609, Lhx5, Sdsl, Sds, 1300012G16Rik, Slc24a6, Tpcn1, Iqcd, 1110008J03Rik, Ddx54, LOC546886, Rasal1, Dtx1, Oas2, Oas3, Oas1e, Oas1c, Oas1b, Oas1f, Oas1h, Oas1g, Oas1a, Oas1d
Downstream geneLOC665299, Ptpn11, Rpl6, LOC100039686, EG545802, AU042671, Trafd1, C330023M02Rik, Erp29, Tmem116, Adam1b, Adam1a, Mapkapk5, Aldh2, 9330129D05Rik, Acad10, Brap, Atxn2, Sh2b3, A230106M15Rik, Cutl2, LOC100042693
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-286M22.bB6Ng01-286M22.g
ACCGA084907GA084908
length1,1611,170
definitionB6Ng01-286M22.b B6Ng01-286M22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,375,899 - 121,377,067)(121,530,662 - 121,531,838)
sequence
gaattcctgtctcaagtttatgtgcaagaagagacctggaaggatcccag
gctacctgatgtcaaaagttgtatcagtttggttctgctctgtccaccac
tgaggacttgatgctgggacccacaaggagaatgtaataagtgcagctac
ttgaccatgaatacgcagatacagagagagagacacacacagaaagacaa
acacacatacatacacagatgcacatacatacaccctcctacacacacat
gcacagacacacagagacacacctacatatatagaaacacacatatcctc
atacacacacatgcacatacacacacacacacacactcacacacacacaa
acacctgtacttcaatagccctgttcctcagagttcacacaccctcatgg
ctctctgtgatttattattgtgcatcagacattggacagaacctcccaac
aggtggacaggtggaagtcaagcttgagttcctgcctccccttctgaatt
ctgaatctctcgtctcccagaggacactgttggtggataaggcagataaa
gcaggctgcgaagaaggctatctgtgataggacaggatgcaggggtgaga
aggcaggggtcagaagcctggagtctgatcacaggttggaccctcactga
ctggggccttgggcaacttcctgtcctctctgggtcaagggcctgcagca
gagcaggacatgcccctgactctggagcctcctgggcaggtcccactggg
ctcacaggaaaacacatgcccagttcttgtccacttaaaggatggagggg
aggcagggcacagcaggtgtatgctgcagtcatgccagcgctaaggcagg
aggattaccatatacaggccagtctgagctatacacaagaagccctccaa
aatatgaaaagaaacaaaaccaaaaaatagatagaaattacaaaaagggt
gattctccttggcatagcacatagcacaacctccgtctttaacagaaaac
acatcgtgtcaggagcccacatacttactggaatgggaatgccaaatgag
cctgaagtaggtctggtgacaggccacttgggccctttgatcaggtgctg
agaagtgacagttaggccaacaaggtcaggcttgagatttatagagctct
ccatgaagcca
gaattcaatccatagtcataatttcacctaactccaggtgaaataagcag
gaaatactgaaccagaacaaaactttcgatctagtttaaacatggacact
taatgggttaacactcttaagccgtacttacaatagctgtgtgtataacc
cgatctggaaaaagcataaaggtggaccttgaggtgtgcagaacactttc
tctactgggacaggaagtgagttccactctcttcgtgtctcttttccttc
tgtcagactccctctattcaggaatccctcaccagctctggttagcccag
ggcacggagtgtgtcatgcagaactgactgagtggtatggcaatgtaagc
atcgattgtcttgctcatagacctgcaacttgggtagcatttggggaggt
gccatctttgttcctttagtatcatgaagggcagtttggctggaagctaa
gaatgaaccttacgggcggtacaatggtatggtgggcacgctggtctcag
ctgttggactgcagcgcagccagccatacctcagcagagtcttacacaga
actctgagagctgtttggcttcctcacgatatggcagctgggttcaaaga
gtgcttgctccagtaaagcaagatggaagccatattaaactttcagaagt
ggcctcgtagcacctagtgcctgtaatctagatgccaaagaagcagagat
tttagaatccctggccagctgttttagatgaaccagtgagctcccagttc
attgagagattctgtctcaaaaaaataaaatggagagtgtttgggaagat
gtcttatgccagcccccactcagaaaattttatgcttattactttgaaac
acagtaagtaaatagactatacatgtttttaaaatttcttccttcttata
tttactttatgtgcataggtgctttgtctgtgcctatgtctgtgcaccac
attcatgcctagtgcccatggaggacagaaaagggctttcagtttctgaa
gttaaagatggctatgagtgagtgttgaagaactgaaccttggtctctgg
aagagcagccagtgctcctaactgctgagcccctgcctattccctgttaa
gtaaatagtacaaacttttggggaccaaggtgctatggaaagaacagtta
gattctggtgggggaagaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_121375899_121377067
seq2: B6Ng01-286M22.b_48_1208

seq1  GAATTCCTGTCTCAAGTTTATGTGCAAGAAGAGACCTGGAAGGATCCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTCTCAAGTTTATGTGCAAGAAGAGACCTGGAAGGATCCCAG  50

seq1  GCTACCTGATGTCAAAAGTTGTATCAGTTTGGTTCTGCTCTGTCCACCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTGATGTCAAAAGTTGTATCAGTTTGGTTCTGCTCTGTCCACCAC  100

seq1  TGAGGACTTGATGCTGGGACCCACAAGGAGAATGTAATAAGTGCAGCTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGACTTGATGCTGGGACCCACAAGGAGAATGTAATAAGTGCAGCTAC  150

seq1  TTGACCATGAATACGCAGATACAGAGAGAGAGACACACACAGAAAGACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCATGAATACGCAGATACAGAGAGAGAGACACACACAGAAAGACAA  200

seq1  ACACACATACATACACAGATGCACATACATACACCCTCCTACACACACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATACATACACAGATGCACATACATACACCCTCCTACACACACAT  250

seq1  GCACAGACACACAGAGACACACCTACATATATAGAAACACACATATCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGACACACAGAGACACACCTACATATATAGAAACACACATATCCTC  300

seq1  ATACACACACATGCACATACACACACACACACACACTCACACACACACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACACATGCACATACACACACACACACACACTCACACACACACAA  350

seq1  ACACCTGTACTTCAATAGCCCTGTTCCTCAGAGTTCACACACCCTCATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGTACTTCAATAGCCCTGTTCCTCAGAGTTCACACACCCTCATGG  400

seq1  CTCTCTGTGATTTATTATTGTGCATCAGACATTGGACAGAACCTCCCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGTGATTTATTATTGTGCATCAGACATTGGACAGAACCTCCCAAC  450

seq1  AGGTGGACAGGTGGAAGTCAAGCTTGAGTTCCTGCCTCCCCTTCTGAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGACAGGTGGAAGTCAAGCTTGAGTTCCTGCCTCCCCTTCTGAATT  500

seq1  CTGAATCTCTCGTCTCCCAGAGGACACTGTTGGTGGATAAGGCAGATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCTCTCGTCTCCCAGAGGACACTGTTGGTGGATAAGGCAGATAAA  550

seq1  GCAGGCTGCGAAGAAGGCTATCTGTGATAGGACAGGATGCAGGGGTGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTGCGAAGAAGGCTATCTGTGATAGGACAGGATGCAGGGGTGAGA  600

seq1  AGGCAGGGGTCAGAAGCCTGGAGTCTGATCACAGGTTGGACCCTCACTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGGTCAGAAGCCTGGAGTCTGATCACAGGTTGGACCCTCACTGA  650

seq1  CTGGGGCCTTGGGCAACTTCCTGTCCTCTCTGGGTCAAGGGCCTGCAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCCTTGGGCAACTTCCTGTCCTCTCTGGGTCAAGGGCCTGCAGCA  700

seq1  GAGCAGGACATGCCCCTGACTCTGGAGCCTCCTGGGCAGGTCCCACTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGACATGCCCCTGACTCTGGAGCCTCCTGGGCAGGTCCCACTGGG  750

seq1  CTCACAGGAAAACACATGCCCAGTTCTTGTCCACTT-AAGGATGGAGGGG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCACAGGAAAACACATGCCCAGTTCTTGTCCACTTAAAGGATGGAGGGG  800

seq1  AGGCAGGGCACAGCAGGTGTATGCTGCAGTCATGCCAGCGCTAAGGCAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGCACAGCAGGTGTATGCTGCAGTCATGCCAGCGCTAAGGCAGG  850

seq1  AGGATTACCATATACAGGCCAGTCTGAGCTATACACAAGAAGCCCTCCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTACCATATACAGGCCAGTCTGAGCTATACACAAGAAGCCCTCCAA  900

seq1  AATATGAAAAGAAACAAAAACAAAAAATAGATAGAAATTACAAAAAGGGT  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAAAAGAAACAAAACCAAAAAATAGATAGAAATTACAAAAAGGGT  950

seq1  GATTCTCC-TGGCATAGCACATAGCACAACCTCCGTCTTTAACAGAAAAC  998
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCCTTGGCATAGCACATAGCACAACCTCCGTCTTTAACAGAAAAC  1000

seq1  ACCATCGTGTCAGGAGCCCACATACTTACTGGAATGGGAATG-CAAATGA  1047
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  A-CATCGTGTCAGGAGCCCACATACTTACTGGAATGGGAATGCCAAATGA  1049

seq1  GCCCTGAAGGTAAGTTCTGTGACAGGCCACCTGGGCCCCTTGGTCAGGTT  1097
      | |||||| ||| ||   |||||||||||| ||||||| ||| ||||| |
seq2  G-CCTGAA-GTAGGTCTGGTGACAGGCCACTTGGGCCCTTTGATCAGG-T  1096

seq1  GCTGAGAAGGTGACCAGTAGGCCAAACAAGGGTCAGGCCCTTGAGGATAT  1147
      |||||||| |||||   |||||| ||||| |||||||  ||||| ||| |
seq2  GCTGAGAA-GTGACAGTTAGGCC-AACAA-GGTCAGG--CTTGA-GATTT  1140

seq1  ATAGAGCTCTTCCCTGAAGCCA  1169
      ||||||||| ||| ||||||||
seq2  ATAGAGCTC-TCCATGAAGCCA  1161

seq1: chr5_121530662_121531838
seq2: B6Ng01-286M22.g_69_1238 (reverse)

seq1  ATTCTCTCCCCCA-CAG-ATCT-ACTGTTCTTTTTCCCCATAGCAACCTC  47
      ||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||    ||||||| |||| 
seq2  ATTCT-TCCCCCACCAGAATCTAACTGTTCTTT----CCATAGC-ACCT-  43

seq1  TGCTCCCCAAAAGTTTGTAACTTATTTACTT-ACAGGG-ATAGGCAGGGG  95
      || ||||||||||||||||   ||||||||| |||||| ||||||| |||
seq2  TGGTCCCCAAAAGTTTGTA--CTATTTACTTAACAGGGAATAGGCA-GGG  90

seq1  GCTCAGCAGTTAGGAGCACTGGCTGCTCTTCCAGAGGACCCAGGTTCAGT  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  GCTCAGCAGTTAGGAGCACTGGCTGCTCTTCCAGA-GACCAAGGTTCAGT  139

seq1  TC-TCAACACTCACTCATAGCCATCTGTAACTTCAGAAACCTGAAGCCCT  194
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||
seq2  TCTTCAACACTCACTCATAGCCATCTTTAACTTCAGAAACTGAAAGCCCT  189

seq1  TTTCTGTCCTCCATGGGCACTAGGCATGAATGTGGTGCACAGACATAGGC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTCCTCCATGGGCACTAGGCATGAATGTGGTGCACAGACATAGGC  239

seq1  ACAGACAAAGCACCTATGCACATAAAGTAAATAATAAGAAGGAAGAAATT  294
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  ACAGACAAAGCACCTATGCACATAAAGTAAAT-ATAAGAAGGAAGAAA-T  287

seq1  TTTAAAAACATGTATAGTCTATTTACTTACTGTGTTTCAAAGTAATAAGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAACATGTATAGTCTATTTACTTACTGTGTTTCAAAGTAATAAGC  337

seq1  ATAAAATTTTCTGAGTGGGGGCTGGCATAAGACATCTTCCCAAACACTCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATTTTCTGAGTGGGGGCTGGCATAAGACATCTTCCCAAACACTCT  387

seq1  CCATTTTATTTTTTTGAGACAGAATCTCTCAATGAACTGGGAGCTCACTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTATTTTTTTGAGACAGAATCTCTCAATGAACTGGGAGCTCACTG  437

seq1  GTTCATCTAAAACAGCTGGCCAGGGATTCTAAAATCTCTGCTTCTTTGGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATCTAAAACAGCTGGCCAGGGATTCTAAAATCTCTGCTTCTTTGGC  487

seq1  ATCTAGATTACAGGCACTAGGTGCTACGAGGCCACTTCTGAAAGTTTAAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGATTACAGGCACTAGGTGCTACGAGGCCACTTCTGAAAGTTTAAT  537

seq1  ATGGCTTCCATCTTGCTTTACTGGAGCAAGCACTCTTTGAACCCAGCTGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTCCATCTTGCTTTACTGGAGCAAGCACTCTTTGAACCCAGCTGC  587

seq1  CATATCGTGAGGAAGCCAAACAGCTCTCAGAGTTCTGTGTAAGACTCTGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCGTGAGGAAGCCAAACAGCTCTCAGAGTTCTGTGTAAGACTCTGC  637

seq1  TGAGGTATGGCTGGCTGCGCTGCAGTCCAACAGCTGAGACCAGCGTGCCC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTATGGCTGGCTGCGCTGCAGTCCAACAGCTGAGACCAGCGTGCCC  687

seq1  ACCATACCATTGTACCGCCCGTAAGGTTCATTCTTAGCTTCCAGCCAAAC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACCATTGTACCGCCCGTAAGGTTCATTCTTAGCTTCCAGCCAAAC  737

seq1  TGCCCTTCATGATACTAAAGGAACAAAGATGGCACCTCCCCAAATGCTAC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTCATGATACTAAAGGAACAAAGATGGCACCTCCCCAAATGCTAC  787

seq1  CCAAGTTGCAGGTCTATGAGCAAGACAATCGATGCTTACATTGCCATACC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTGCAGGTCTATGAGCAAGACAATCGATGCTTACATTGCCATACC  837

seq1  ACTCAGTCAGTTCTGCATGACACACTCCGTGCCCTGGGCTAACCAGAGCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTCAGTTCTGCATGACACACTCCGTGCCCTGGGCTAACCAGAGCT  887

seq1  GGTGAGGGATTCCTGAATAGAGGGAGTCTGACAGAAGGAAAAGAGACACG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGGATTCCTGAATAGAGGGAGTCTGACAGAAGGAAAAGAGACACG  937

seq1  AAGAGAGTGGAACTCACTTCCTGTCCCAGTAGAGAAAGTGTTCTGCACAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGTGGAACTCACTTCCTGTCCCAGTAGAGAAAGTGTTCTGCACAC  987

seq1  CTCAAGGTCCACCTTTATGCTTTTTCCAGATCGGGTTATACACACAGCTA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGTCCACCTTTATGCTTTTTCCAGATCGGGTTATACACACAGCTA  1037

seq1  TTGTAAGTACGGCTTAAGAGTGTTAACCCATTAAGTGTCCATGTTTAAAC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGTACGGCTTAAGAGTGTTAACCCATTAAGTGTCCATGTTTAAAC  1087

seq1  TAGATCGAAAGTTTTGTTCTGGTTCAGTATTTCCTGCTTATTTCACCTGG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCGAAAGTTTTGTTCTGGTTCAGTATTTCCTGCTTATTTCACCTGG  1137

seq1  AGTTAGGTGAAATTATGACTATGGATTGAATTC  1177
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGTGAAATTATGACTATGGATTGAATTC  1170