BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288J18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 83,673,274 - 83,809,446
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSrd5a2l2
Upstream geneEG433912, LOC100039434
Downstream geneLOC100039608, LOC231368, Epha5, LOC100039489
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288J18.bB6Ng01-288J18.g
ACCGA086229GA086230
length1,1321,038
definitionB6Ng01-288J18.b B6Ng01-288J18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,673,274 - 83,674,404)(83,808,412 - 83,809,446)
sequence
gaattcattacacctgaattttatttgacgtgtgcaaagtgaatgtaatt
ctttctagatcaatcatttgaaaaaaaaaatctccaaagagtgtgaatat
atagcccagtgaaactcatacgattcaaagcatgttttcattcacctgtg
ggattactgaacaaattataaatactcttctgatttgcagcataagaatt
acctagaaagtaatgcagagaatgctcatgaaattgtcacatcacaattg
gctaaatgctattagttttccataatagaggctggctttattactaatga
tacttattcatatgactgagaaaaggcatgtttgtattgattctaagcag
tttaccagtgaagagtgcagaatagagaatggcccctcagatgatagaga
aatgaactaaagggctacatgtaactaagagaaccgggaccagtgtaaca
ggcaaagctccccagaagaatgaagcaagacattcattatgcatatctat
agatccatttgtattcatttttatatccatctctccatctgtctatatag
ctatggtttagtagatttgtttacatgagcaggaatcgaataacctaata
atggccctcggttatttggagcactaaagtaactacttagtctgagatgc
tagaagctgtagagcaatacagaccaataagtcagtttaggtttaatcta
agtcctagtgactgaaatatatgccacccttatagacctactgaggaaaa
tacaaatataaaatatcaggaacccccaaacccaggcccaaccatagtag
taagtaacccagctgctacagaatagctgagcacacaaaggaggttctac
tttcttcttgtttgccccaattgctgtatcagcaatttaatcatatggac
tcactgcactgcactgatctatgggaaccatataatccctaatacttggg
acactaactaggcttagctgtgtagtgttagcaagtctctgaataataag
actcattacagtcttatttagggttacttctcatttcaaggagacagagt
gcattagtgcccaacccagtcataacttgggattagttatgcatcttgag
cagctgacactttccgcatttacataaccctg

gaattctttgtgctgtagtatcaaagtatgcagagtggtaaaatcaacta
atgatggtgtatgtgcaatccagctcttcattagatttatagtgcttttg
cttacggcagcaaagacaaatataaccattaattatgaagtcagactgcc
tatctgcagcatctgcctatttataggaaaatgaacttctaacagaaagc
ttcaaatataatcctaaagatcttataattaacaccaaaattaattttaa
cagttctttaacactgccgaacagcacaatgtctcaagaggaggtgtctc
actaactcaaagctaagaccacttactagaatttggtggccagaatataa
agatgcgtagttacttttaaatgttaaataaattaattaaattaaaagta
aaatgttattattgggaaagggatatgttacactatgtccagttttattt
tattaagtgttttcctcaattacatttgcaatgctatcccaaaagtcccc
cataccctcccccccactcccctacccacccattcccactttttggccct
ggtgttcccctgtactggggcatataaagtttgtgtgagcaatgggcctc
tctttccagtgatggccgactaggccatcttttgatacatatgcagctag
agacacgagctctggggtactggttagttcataatgttgttgcacctaca
gggttgcagatctctttagctccttggatactttctctagctcctccatt
ggggtccctgtgatccatccaatagctgactgtggatatccacttatgtg
tttgctatgcaatgagagatgtattcttttatggattgttttactttcat
acacaatgtgctattgaaatttgaacacaggatctactttagtgaacttt
ccgcgttaacaatgtcaattgatgtcactttttttcatggtaggtatctc
aaaatgctattatttgtcactcaggcagaacgttcctaatttacatttaa
tactctctttctctctctctctctctctcctgctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_83673274_83674404
seq2: B6Ng01-288J18.b_43_1174

seq1  GAATTCATTACACCTGAATTTTATTTGACGTGTGCAAAGTGAATGTAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTACACCTGAATTTTATTTGACGTGTGCAAAGTGAATGTAATT  50

seq1  CTTTCTAGATCAATCATTTGAAAAAAAAAATCTCCAAAGAGTGTGAATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTAGATCAATCATTTGAAAAAAAAAATCTCCAAAGAGTGTGAATAT  100

seq1  ATAGCCCAGTGAAACTCATACGATTCAAAGCATGTTTTCATTCACCTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCCAGTGAAACTCATACGATTCAAAGCATGTTTTCATTCACCTGTG  150

seq1  GGATTACTGAACAAATTATAAATACTCTTCTGATTTGCAGCATAAGAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTACTGAACAAATTATAAATACTCTTCTGATTTGCAGCATAAGAATT  200

seq1  ACCTAGAAAGTAATGCAGAGAATGCTCATGAAATTGTCACATCACAATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGAAAGTAATGCAGAGAATGCTCATGAAATTGTCACATCACAATTG  250

seq1  GCTAAATGCTATTAGTTTTCCATAATAGAGGCTGGCTTTATTACTAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATGCTATTAGTTTTCCATAATAGAGGCTGGCTTTATTACTAATGA  300

seq1  TACTTATTCATATGACTGAGAAAAGGCATGTTTGTATTGATTCTAAGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATTCATATGACTGAGAAAAGGCATGTTTGTATTGATTCTAAGCAG  350

seq1  TTTACCAGTGAAGAGTGCAGAATAGAGAATGGCCCCTCAGATGATAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCAGTGAAGAGTGCAGAATAGAGAATGGCCCCTCAGATGATAGAGA  400

seq1  AATGAACTAAAGGGCTACATGTAACTAAGAGAACCGGGACCAGTGTAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAACTAAAGGGCTACATGTAACTAAGAGAACCGGGACCAGTGTAACA  450

seq1  GGCAAAGCTCCCCAGAAGAATGAAGCAAGACATTCATTATGCATATCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGCTCCCCAGAAGAATGAAGCAAGACATTCATTATGCATATCTAT  500

seq1  AGATCCATTTGTATTCATTTTTATATCCATCTCTCCATCTGTCTATATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCATTTGTATTCATTTTTATATCCATCTCTCCATCTGTCTATATAG  550

seq1  CTATGGTTTAGTAGATTTGTTTACATGAGCAGGAATCGAATAACCTAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGTTTAGTAGATTTGTTTACATGAGCAGGAATCGAATAACCTAATA  600

seq1  ATGGCCCTCGGTTATTTGGAGCACTAAAGTAACTACTTAGTCTGAGATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCCTCGGTTATTTGGAGCACTAAAGTAACTACTTAGTCTGAGATGC  650

seq1  TAGAAGCTGTAGAGCAATACAGACCAATAAGTCAGTTTAGGTTTAATCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCTGTAGAGCAATACAGACCAATAAGTCAGTTTAGGTTTAATCTA  700

seq1  AGTCCTAGTGACTGAAATATATGCCACCCTTATAGACCTACTGAGGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTAGTGACTGAAATATATGCCACCCTTATAGACCTACTGAGGAAAA  750

seq1  TACAAATATAAAATATCAGGAACCCCCAAACCCAGGCCCAACCATAGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATATAAAATATCAGGAACCCCCAAACCCAGGCCCAACCATAGTAG  800

seq1  TAAGTAACCCAGCTGCTACAGAATAGCTGAGCACACAAAGGAGGTTCTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAACCCAGCTGCTACAGAATAGCTGAGCACACAAAGGAGGTTCTAC  850

seq1  TTTCTTCTTGTTTGCCCCAATTGCTGTATCAGCAATTTAATCATATGGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTTGTTTGCCCCAATTGCTGTATCAGCAATTTAATCATATGGAC  900

seq1  TCACTGCACTGCACTGATCTATGGGAACCATATAATCCCTAATACTT-GG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCACTGCACTGCACTGATCTATGGGAACCATATAATCCCTAATACTTGGG  950

seq1  ACACTAACTAGGCTTAGCTGTGTAGTGTTAGCAAGTCTCTGAAT-ATAAG  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACACTAACTAGGCTTAGCTGTGTAGTGTTAGCAAGTCTCTGAATAATAAG  1000

seq1  ACTCATTACAGTCTTATTTAGGGTTTACTTCTCA-TTCAAGGAGACAGGA  1047
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||
seq2  ACTCATTACAGTCTTATTTAGGG-TTACTTCTCATTTCAAGGAGACA-GA  1048

seq1  GTGCATTTAGTGCCCAACCCAGTCAT-ACTTGGATTTAGTTTATGCATC-  1095
      ||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||||||| 
seq2  GTGCA-TTAGTGCCCAACCCAGTCATAACTTGGGATTAG-TTATGCATCT  1096

seq1  TGAGCAGCTGACACCTTCCGCATTTACATAAACCTG  1131
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  TGAGCAGCTGACACTTTCCGCATTTACATAACCCTG  1132


seq1: chr5_83808412_83809446
seq2: B6Ng01-288J18.g_65_1102 (reverse)

seq1  AGAGAG--AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAGTATTAAATGTAAA  48
      ||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGAGAGCAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAG-AGTATTAAATGTAAA  49

seq1  -TAGGAACGTTCTGCCCTGAGTGACAAATAATAGCATTTTGAGATACCTA  97
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAACGTTCTG-CCTGAGTGACAAATAATAGCATTTTGAGATACCTA  98

seq1  CCATG-AAAAAAGTGACATCAATTGACATTGTTAACGCGGAAAGTTCACT  146
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAAAAAAAGTGACATCAATTGACATTGTTAACGCGGAAAGTTCACT  148

seq1  -AAGTAGATCCTGTGTTCAAATTTCAATAGCACATTGTGTATGAAAGTAA  195
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGATCCTGTGTTCAAATTTCAATAGCACATTGTGTATGAAAGTAA  198

seq1  AACAATCCATAAAAGAATACATCTCTCATTGCATAGCAAACACATAAGTG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCCATAAAAGAATACATCTCTCATTGCATAGCAAACACATAAGTG  248

seq1  GATATCCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGACCCCAATGGAGGAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGACCCCAATGGAGGAG  298

seq1  CTAGAGAAAGTATCCAAGGAGCTAAAGAGATCTGCAACCCTGTAGGTGCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGAAAGTATCCAAGGAGCTAAAGAGATCTGCAACCCTGTAGGTGCA  348

seq1  ACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCAT  398

seq1  ATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATT  448

seq1  GCTCACACAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACACAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAAA  498

seq1  AGTGGGAATGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGGGGAGGGTATGGGGGACTTTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAATGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGGGGAGGGTATGGGGGACTTTT  548

seq1  GGGATAGCATTGCAAATGTAATTGAGGAAAACACTTAATAAAATAAAACT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAGCATTGCAAATGTAATTGAGGAAAACACTTAATAAAATAAAACT  598

seq1  GGACATAGTGTAACATATCCCTTTCCCAATAATAACATTTTACTTTTAAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATAGTGTAACATATCCCTTTCCCAATAATAACATTTTACTTTTAAT  648

seq1  TTAATTAATTTATTTAACATTTAAAAGTAACTACGCATCTTTATATTCTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAATTTATTTAACATTTAAAAGTAACTACGCATCTTTATATTCTG  698

seq1  GCCACCAAATTCTAGTAAGTGGTCTTAGCTTTGAGTTAGTGAGACACCTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCAAATTCTAGTAAGTGGTCTTAGCTTTGAGTTAGTGAGACACCTC  748

seq1  CTCTTGAGACATTGTGCTGTTCGGCAGTGTTAAAGAACTGTTAAAATTAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAGACATTGTGCTGTTCGGCAGTGTTAAAGAACTGTTAAAATTAA  798

seq1  TTTTGGTGTTAATTATAAGATCTTTAGGATTATATTTGAAGCTTTCTGTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTGTTAATTATAAGATCTTTAGGATTATATTTGAAGCTTTCTGTT  848

seq1  AGAAGTTCATTTTCCTATAAATAGGCAGATGCTGCAGATAGGCAGTCTGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTCATTTTCCTATAAATAGGCAGATGCTGCAGATAGGCAGTCTGA  898

seq1  CTTCATAATTAATGGTTATATTTGTCTTTGCTGCCGTAAGCAAAAGCACT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAATTAATGGTTATATTTGTCTTTGCTGCCGTAAGCAAAAGCACT  948

seq1  ATAAATCTAATGAAGAGCTGGATTGCACATACACCATCATTAGTTGATTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCTAATGAAGAGCTGGATTGCACATACACCATCATTAGTTGATTT  998

seq1  TACCACTCTGCATACTTTGATACTACAGCACAAAGAATTC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACTCTGCATACTTTGATACTACAGCACAAAGAATTC  1038


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |