BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288L02
Chromosome5 (Build37)
Map Location 84,754,183 - 84,834,373
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEpha5
Upstream geneSrd5a2l2, LOC100039608, LOC231368, LOC100039489
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288L02.bB6Ng01-288L02.g
ACCGA086292GA086293
length1,1481,149
definitionB6Ng01-288L02.b B6Ng01-288L02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,754,183 - 84,755,333)(84,833,222 - 84,834,373)
sequence
gaattcctaaggcttccactgggtgagatcaaagagcctgctaaaatcct
ccctgacatctctgacccacattctcactcccatcatctcataagtatct
gactaaaaacattaatgacaatgttgaaaatatggcttagaatgaaaggg
aacaaaaagcaaggacaatattctgtaaaactattgtagaactccaaacc
cccagtagagcatggtttaagctgaaagaaccaaaactcatctattttta
ttatccttatgtgtcatacaggaaaataaacatgagggatgagctagtta
attgccagttcatggtgtttcctcctatctgaagggtatgtgcacatgta
tacacacacacaatcatgaacatacatacatggatacatagagcgcatac
atacctgcaaacacaggtgcaaaaattcataaacacctgcatacatacat
atgaatacacatgcatgcatacatgcacatatccacccatgaatatacag
tcacacacacaaaaaccactttcattttatacttgtataactcctaacat
tggctgaaattttaaaattaagattagtttcttattgttgaataaaatag
cattcttattgttgagtaaaatagaaccaacagttcaatttctttgatgt
tttttggtaatgtgcctaattaaaaataactaggctccccaatgaataat
tacaggaacacctaatatgctatacttccagccacttttttgtgcatcaa
aaatatgagccagaaatatgaatgatcaccatattgttccctgctgtatc
tgaactctttctgaatctaagctctttcctgagttgggtattttcacttt
tccttgctgcgcaatcatctcccagttggacaattaacaagagcttttcc
tccacagcccttgagggcaacatgctttaccctgtattttagcacgcact
atataccttcttcactccaactggttttggcagtgacccacaatctaaat
ctcttttccccatttaatagaagtgaaaccataattatgtaggctattca
aattactactcattccacctccacagtgatgagataagtggtctggctct
gcatcctgagttatgccagccaaacacaagcactggagtactccaggc
gaattcatttctgttatagaaggatctgaattaagaaaatattatttaat
tttaaatgctggataatataaaatgctaacagtttttacccaaaatgagt
tccaaattatggatgtgttatgcagcagtgaggacacaggctccagactt
gggctcagacatttgaagctatgaaccttaggcaaactagacaactcttc
tgcatctacttctggtctgtaaataggaatgttattataatacagtttag
gattgctcaattgagttcatgtctttaaagtgctctgtaaaattgtatgt
cttacaatacgacagtgttacatattacatgttcagaaaccttgggttgg
cattctaacattgaacggggcattaattagtgagtattgtctttatttgt
tgaaaatgaagatgctaaagagtccttatttactcccttggcaaaacttt
tcaacagacctccagaagccataggttacaaatctaaccctaattatgag
tgcacagtagtcactgctttgcttcaggaccatagctcctgtcagtttcc
catcactaagctatggaaggagagtggtttcctcatccttggttacctgg
attctttaaacacaatcagtcacaccccacattatggctagatttttatc
ctgtctctatagatagatttcctcaagtttgagttttcctttccattcct
ggtgtggcctgtcacttgaaattatattttcacttgttcatgcctttctg
atctttatgaagaatggaaaaactttgaaaatacaagttaatcagggaag
cattgctctgaatttggatttgagtacaaacagagaccttatgatttccc
aacgaaaacagtttaattccaacaaactgacagtagaatgtcttatattt
tgcatttctttgatgcatcactgtggagaaagcattatctgtctgggaag
cacattgagagccagatctgaacgtaattctccatctgggaacatcagga
agtacattgcactctataaatctatgctgagattgcatactatggagtta
aatttctttaagtgattgaagctactattttaacagcaatttcctttcac
cattctattccattctgagatgccaatataactctttttcttaagccgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_84754183_84755333
seq2: B6Ng01-288L02.b_46_1193

seq1  GAATTCCTAAGGCTTCCACTGGGTGAGATCAAAGAGCCTGCTAAAATCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAGGCTTCCACTGGGTGAGATCAAAGAGCCTGCTAAAATCCT  50

seq1  CCCTGACATCTCTGACCCACATTCTCACTCCCATCATCTCATAAGTATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGACATCTCTGACCCACATTCTCACTCCCATCATCTCATAAGTATCT  100

seq1  GACTAAAAACATTAATGACAATGTTGAAAATATGGCTTAGAATGAAAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAAAACATTAATGACAATGTTGAAAATATGGCTTAGAATGAAAGGG  150

seq1  AACAAAAAGCAAGGACAATATTCTGTAAAACTATTGTAGAACTCCAAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAAGCAAGGACAATATTCTGTAAAACTATTGTAGAACTCCAAACC  200

seq1  CCCAGTAGAGCATGGTTTAAGCTGAAAGAACCAAAACTCATCTATTTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTAGAGCATGGTTTAAGCTGAAAGAACCAAAACTCATCTATTTTTA  250

seq1  TTATCCTTATGTGTCATACAGGAAAATAAACATGAGGGATGAGCTAGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCTTATGTGTCATACAGGAAAATAAACATGAGGGATGAGCTAGTTA  300

seq1  ATTGCCAGTTCATGGTGTTTCCTCCTATCTGAAGGGTATGTGCACATGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCAGTTCATGGTGTTTCCTCCTATCTGAAGGGTATGTGCACATGTA  350

seq1  TACACACACACAATCATGAACATACATACATGGATACATAGAGCGCATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACACAATCATGAACATACATACATGGATACATAGAGCGCATAC  400

seq1  ATACCTGCAAACACAGGTGCAAAAATTCATAAACACCTGCATACATACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGCAAACACAGGTGCAAAAATTCATAAACACCTGCATACATACAT  450

seq1  ATGAATACACATGCATGCATACATGCACATATCCACCCATGAATATACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATACACATGCATGCATACATGCACATATCCACCCATGAATATACAG  500

seq1  TCACACACACAAAAACCACTTTCATTTTATACTTGTATAACTCCTAACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACACACAAAAACCACTTTCATTTTATACTTGTATAACTCCTAACAT  550

seq1  TGGCTGAAATTTTAAAATTAAGATTAGTTTCTTATTGTTGAATAAAATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGAAATTTTAAAATTAAGATTAGTTTCTTATTGTTGAATAAAATAG  600

seq1  CATTCTTATTGTTGAGTAAAATAGAACCAACAGTTCAATTTCTTTGATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTATTGTTGAGTAAAATAGAACCAACAGTTCAATTTCTTTGATGT  650

seq1  TTTTTGGTAATGTGCCTAATTAAAAATAACTAGGCTCCCCAATGAATAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGGTAATGTGCCTAATTAAAAATAACTAGGCTCCCCAATGAATAAT  700

seq1  TACAGGAACACCTAATATGCTATACTTCCAGCCACTTTTTTGTGCATCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGAACACCTAATATGCTATACTTCCAGCCACTTTTTTGTGCATCAA  750

seq1  AAATATGAGCCAGAAATATGAATGATCACCATATTGTTCCCTGCTGTATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGAGCCAGAAATATGAATGATCACCATATTGTTCCCTGCTGTATC  800

seq1  TGAACTCTTTCTGAATCTAAGCTCTTTCCTGAGTTGGGTATTTTCACTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCTTTCTGAATCTAAGCTCTTTCCTGAGTTGGGTATTTTCACTTT  850

seq1  TCCTTGCTGCGCAATCATCTCCCAGTTGGACAATTAACAAGAGCTTTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCTGCGCAATCATCTCCCAGTTGGACAATTAACAAGAGCTTTTCC  900

seq1  TCCACAGCCCTTGAGGGGCAACATGCTTTACCCTGTATTTTAGCACGCAC  950
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGCCCTTGA-GGGCAACATGCTTTACCCTGTATTTTAGCACGCAC  949

seq1  TATATACCTTCTTCACTCCAACTGGTTTTGGCAGTGACCCACAATCTAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACCTTCTTCACTCCAACTGGTTTTGGCAGTGACCCACAATCTAAA  999

seq1  TCTCTTTTCCCCATTTAATAGAAGTGAAACCATAATTATGTAGGGCTAAT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  
seq2  TCTCTTTTCCCCATTTAATAGAAGTGAAACCATAATTATGTA-GGCTA--  1046

seq1  TTCAAATTACTACTTCATTCCA-CTCACAAGTGATGAAGATTAGTGGTCT  1099
      ||||||||||||| |||||||| |||   ||||||| |||| ||||||||
seq2  TTCAAATTACTAC-TCATTCCACCTCCACAGTGATG-AGATAAGTGGTCT  1094

seq1  TGCTCTGCAT-CTGAG-TATGCCAGC--AACACAAGCACGGGAGAACTCA  1145
       ||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||| |||| |||| 
seq2  GGCTCTGCATCCTGAGTTATGCCAGCCAAACACAAGCACTGGAGTACTC-  1143

seq1  GCAGGC  1151
       |||||
seq2  -CAGGC  1148

seq1: chr5_84833222_84834373
seq2: B6Ng01-288L02.g_66_1214 (reverse)

seq1  ACGGCTTTAAGAAAAGAGTTATATTGGCATCCTCAAGAATGGAATAGGAT  50
      ||||||| |  ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||
seq2  ACGGCTTAAGAAAAAGAGTTATATTGGCAT-CTC-AGAATGGAATAGAAT  48

seq1  GGTGAAA-GAAATTGCTGTTAAAAATAGTAGCTTTAAATCACTTAAAGAA  99
      ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||
seq2  GGTGAAAGGAAATTGCTGTT-AAAATAGTAGC-TTCAATCACTTAAAGAA  96

seq1  --TTTACTCCATAGTATGCATTCCTCAAGCATAGATTTATAGAGTGCAAT  147
        || ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAACTCCATAGTATGCAAT-CTC-AGCATAGATTTATAGAGTGCAAT  144

seq1  GTACTTCCCTGATGTT-CCAGATGGAGAATTACGTTTCAGATCTGGCTCT  196
      |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTACTT-CCTGATGTTCCCAGATGGAGAATTACG-TTCAGATCTGGCTCT  192

seq1  CAATGTGCTT-CCAGACAGATAATGCTTTCTCCACAGTGATGCATCAAAG  245
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGCTTCCCAGACAGATAATGCTTTCTCCACAGTGATGCATCAAAG  242

seq1  AAATGCAAAATATAAGACATTCTACTGTCAGTTTGTTGGAATTAAACTGT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCAAAATATAAGACATTCTACTGTCAGTTTGTTGGAATTAAACTGT  292

seq1  TTTCGTTGGGAAATCATAAGGTCTCTGTTTGTACTCAAATCCAAATTCAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGTTGGGAAATCATAAGGTCTCTGTTTGTACTCAAATCCAAATTCAG  342

seq1  AGCAATGCTTCCCTGATTAACTTGTATTTTCAAAGTTTTTCCATTCTTCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGCTTCCCTGATTAACTTGTATTTTCAAAGTTTTTCCATTCTTCA  392

seq1  TAAAGATCAGAAAGGCATGAACAAGTGAAAATATAATTTCAAGTGACAGG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATCAGAAAGGCATGAACAAGTGAAAATATAATTTCAAGTGACAGG  442

seq1  CCACACCAGGAATGGAAAGGAAAACTCAAACTTGAGGAAATCTATCTATA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCAGGAATGGAAAGGAAAACTCAAACTTGAGGAAATCTATCTATA  492

seq1  GAGACAGGATAAAAATCTAGCCATAATGTGGGGTGTGACTGATTGTGTTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGGATAAAAATCTAGCCATAATGTGGGGTGTGACTGATTGTGTTT  542

seq1  AAAGAATCCAGGTAACCAAGGATGAGGAAACCACTCTCCTTCCATAGCTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATCCAGGTAACCAAGGATGAGGAAACCACTCTCCTTCCATAGCTT  592

seq1  AGTGATGGGAAACTGACAGGAGCTATGGTCCTGAAGCAAAGCAGTGACTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGGGAAACTGACAGGAGCTATGGTCCTGAAGCAAAGCAGTGACTA  642

seq1  CTGTGCACTCATAATTAGGGTTAGATTTGTAACCTATGGCTTCTGGAGGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCACTCATAATTAGGGTTAGATTTGTAACCTATGGCTTCTGGAGGT  692

seq1  CTGTTGAAAAGTTTTGCCAAGGGAGTAAATAAGGACTCTTTAGCATCTTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAAAAGTTTTGCCAAGGGAGTAAATAAGGACTCTTTAGCATCTTC  742

seq1  ATTTTCAACAAATAAAGACAATACTCACTAATTAATGCCCCGTTCAATGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAACAAATAAAGACAATACTCACTAATTAATGCCCCGTTCAATGT  792

seq1  TAGAATGCCAACCCAAGGTTTCTGAACATGTAATATGTAACACTGTCGTA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGCCAACCCAAGGTTTCTGAACATGTAATATGTAACACTGTCGTA  842

seq1  TTGTAAGACATACAATTTTACAGAGCACTTTAAAGACATGAACTCAATTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGACATACAATTTTACAGAGCACTTTAAAGACATGAACTCAATTG  892

seq1  AGCAATCCTAAACTGTATTATAATAACATTCCTATTTACAGACCAGAAGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATCCTAAACTGTATTATAATAACATTCCTATTTACAGACCAGAAGT  942

seq1  AGATGCAGAAGAGTTGTCTAGTTTGCCTAAGGTTCATAGCTTCAAATGTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCAGAAGAGTTGTCTAGTTTGCCTAAGGTTCATAGCTTCAAATGTC  992

seq1  TGAGCCCAAGTCTGGAGCCTGTGTCCTCACTGCTGCATAACACATCCATA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCCAAGTCTGGAGCCTGTGTCCTCACTGCTGCATAACACATCCATA  1042

seq1  ATTTGGAACTCATTTTGGGTAAAAACTGTTAGCATTTTATATTATCCAGC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAACTCATTTTGGGTAAAAACTGTTAGCATTTTATATTATCCAGC  1092

seq1  ATTTAAAATTAAATAATATTTTCTTAATTCAGATCCTTCTATAACAGAAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAATTAAATAATATTTTCTTAATTCAGATCCTTCTATAACAGAAA  1142

seq1  TGAATTC  1152
      |||||||
seq2  TGAATTC  1149