BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288O11
Chromosome5 (Build37)
Map Location 16,296,071 - 16,446,584
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4930519H02Rik, LOC100041781, Cacna2d1, LOC668121, Hgf, EG668131
Downstream geneLOC626390, LOC668142, LOC100041749, LOC100041832, Speer4f, EG630927, Sema3c, Cd36
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288O11.bB6Ng01-288O11.g
ACCGA086448GA086449
length1,1751,079
definitionB6Ng01-288O11.b B6Ng01-288O11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,296,071 - 16,297,229)(16,445,503 - 16,446,584)
sequence
gaattcttaaccactaagccatttctctagctccattctataaattttgg
cctcagatatgaacatataaaaatattaattagttaaaataacacttata
agcaggggttaggtgactattgtgtattcagctctaatggatcatgtatg
aagagtactatgaaatgctgcatggttaactgaacacgatcaagtacagg
taacattccagcagatagcattcattgtcctcagtgaattatgaaagaga
gagggagagagaggaagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagaggtgccatgaaggaaaagagatatacaggatgtgtttgggacaagc
cagagtagggaatggaaagccgagtgctcatataatctaagtcaattttc
acttgtatctaactgttaaaaatattatgttaaatataaacatcttactt
tttattgtaatgtttattaatttttcaatctaagtattttaaggaatatg
acgaatcatacacttttgtattctatatagtatatatgtatctaataaat
gtttagtaggtaaaattcttcatgtacagataatgggcaaaattgaaatg
agtttttaaagaaatattatctgctttttatttacttcactcttcatctc
attaatactaaaaaaaataatagttcacattagaaaataaatcattttaa
atagttgggagacagaaaacattttagtgtgccatatttacatacctttc
aatgtatttccatacataattgtctaacaatgtaatataatacttaaaaa
attatatcactcttttaaacttattcaagttctagtgtataattcaaaat
gataccaaattgcatatgaataatttataaatatataaacacataatact
gagaagagtaaacaaatccttttataatgagatgactgtcagaaaacttg
tttcctataaaggtttttaacataatgttccctctctgaggattttctct
ccttaagttaactttcctaacctaagttttttctgcattttatttgacca
tacttctgctctgggtggttagaagctaccttttattccactcttttttt
gtttgctaaggtataagataacctagggggtggggtcctttgttctttcc
ttgtaatcaacctcagcaactgtag

gaattccagagcaagctgggaaacttaaccagtgccttaaggacatcaaa
acaggttattaattgcggtcctgtgtaaggggaactactgttcaacgagt
ctttgggtatcaaggagcatgtgtacatgtgattaaagaagtacacttat
taagcagatgctacatggaaactaacaaagtaaaactttaagtgtgattt
ttaaatgtataatttaaaacaaattagcagacacgtgaaacgagaagaca
gaaaaagtttcacagtactcaaatattgtgaagctgaagctactataaat
gtatatcatagttcatatctatggatgaacatgaattattaattcctatg
atccactttcccagttattccaagaacttgctgcagcgtctcctttgtgg
ccataattgctcctgttgagtcaagtagaagaaaactcatctttatgatg
cttctactgcacacacataatttctttaaagtataaatagggattagtgt
ttgaaactaatctccagctcatccctgtatgatttgttggtttggcttcc
cgcacagaattaggaggcttggaatatggagtcaacatttctgcatggca
ctagctctaggaagtgcatatgccacgtcctctagcctagccaagatctc
agcatgctctactctttcagcactgcttcacatacctaagttgatggcct
gactattgatattaaatgcatcttcttaatctaatctaatgccactctac
tctggcaatctattcatatgaaccaagtgtaatcaagtcactcctgctat
cagagagccagaaacctggcctcctttcctctcttaccatttctttcctg
gacagtctttttctacaattcttctttctttcattattcttttctagatt
acaagacacatagaccctaaccttcctatcatatagacttatgatagcat
atgtaccagcatctgtgcttcactgcttaaaggcatcttagttggtgtta
ctgttgggatatgttagtgaaggaaccaaataaccttttacttgagttga
ggaaagaatggagggatacaagtaattta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_16296071_16297229
seq2: B6Ng01-288O11.b_51_1225

seq1  GAATTCTTAACCACTAAGCCATTTCTCTAGCTCCATTCTATAAATTTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAACCACTAAGCCATTTCTCTAGCTCCATTCTATAAATTTTGG  50

seq1  CCTCAGATATGAACATATAAAAATATTAATTAGTTAAAATAACACTTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGATATGAACATATAAAAATATTAATTAGTTAAAATAACACTTATA  100

seq1  AGCAGGGGTTAGGTGACTATTGTGTATTCAGCTCTAATGGATCATGTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGGTTAGGTGACTATTGTGTATTCAGCTCTAATGGATCATGTATG  150

seq1  AAGAGTACTATGAAATGCTGCATGGTTAACTGAACACGATCAAGTACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTACTATGAAATGCTGCATGGTTAACTGAACACGATCAAGTACAGG  200

seq1  TAACATTCCAGCAGATAGCATTCATTGTCCTCAGTGAATTATGAAAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTCCAGCAGATAGCATTCATTGTCCTCAGTGAATTATGAAAGAGA  250

seq1  GAGGGAGAGAGAGGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGAGAGAGGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  300

seq1  GAGAGGTGCCATGAAGGAAAAGAGATATACAGGATGTGTTTGGGACAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGTGCCATGAAGGAAAAGAGATATACAGGATGTGTTTGGGACAAGC  350

seq1  CAGAGTAGGGAATGGAAAGCCGAGTGCTCATATAATCTAAGTCAATTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTAGGGAATGGAAAGCCGAGTGCTCATATAATCTAAGTCAATTTTC  400

seq1  ACTTGTATCTAACTGTTAAAAATATTATGTTAAATATAAACATCTTACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTATCTAACTGTTAAAAATATTATGTTAAATATAAACATCTTACTT  450

seq1  TTTATTGTAATGTTTATTAATTTTTCAATCTAAGTATTTTAAGGAATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGTAATGTTTATTAATTTTTCAATCTAAGTATTTTAAGGAATATG  500

seq1  ACGAATCATACACTTTTGTATTCTATATAGTATATATGTATCTAATAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAATCATACACTTTTGTATTCTATATAGTATATATGTATCTAATAAAT  550

seq1  GTTTAGTAGGTAAAATTCTTCATGTACAGATAATGGGCAAAATTGAAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGTAGGTAAAATTCTTCATGTACAGATAATGGGCAAAATTGAAATG  600

seq1  AGTTTTTAAAGAAATATTATCTGCTTTTTATTTACTTCACTCTTCATCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTAAAGAAATATTATCTGCTTTTTATTTACTTCACTCTTCATCTC  650

seq1  ATTAATACTAAAAAAAATAATAGTTCACATTAGAAAATAAATCATTTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATACTAAAAAAAATAATAGTTCACATTAGAAAATAAATCATTTTAA  700

seq1  ATAGTTGGGAGACAGAAAACATTTTAGTGTGCCATATTTACATACCTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTGGGAGACAGAAAACATTTTAGTGTGCCATATTTACATACCTTTC  750

seq1  AATGTATTTCCATACATAATTGTCTAACAATGTAATATAATACTTAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATTTCCATACATAATTGTCTAACAATGTAATATAATACTTAAAAA  800

seq1  ATTATATCACTCTTTTAAACTTATTCAAGTTCTAGTGTATAATTCAAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATCACTCTTTTAAACTTATTCAAGTTCTAGTGTATAATTCAAAAT  850

seq1  GATACCAAATTGCATATGAATAATTTATAAATATATAAACACATAAATAC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GATACCAAATTGCATATGAATAATTTATAAATATATAAACACAT-AATAC  899

seq1  TGAGAAGAGTAAACAAATCCTTTTATAATGAGATGACTGTCAGAAAACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGAGTAAACAAATCCTTTTATAATGAGATGACTGTCAGAAAACTT  949

seq1  GTTTCCTATAAAGGTTTTT-ACATAATGTTCCCTCTCTGAGGATTTTCTC  999
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTATAAAGGTTTTTAACATAATGTTCCCTCTCTGAGGATTTTCTC  999

seq1  TCCTT-AGTTAACTTT-CTAACCTAAG-TTTTTCTGCATTTTTATTGACC  1046
      ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||| |
seq2  TCCTTAAGTTAACTTTCCTAACCTAAGTTTTTTCTGCATTTTATTTGA-C  1048

seq1  CATACTTCTGCTCTGGGT-GTTAG-AGCTA-CTTTTA-TCCACTC--TTT  1090
      |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||  |||
seq2  CATACTTCTGCTCTGGGTGGTTAGAAGCTACCTTTTATTCCACTCTTTTT  1098

seq1  TTGTTTGCTAGGTTATAAGAT-ACCTAGGGG--TGGGTC--TTGTTCTTT  1135
      |||||||||| | |||||||| |||||||||   |||||  |||||||||
seq2  TTGTTTGCTAAGGTATAAGATAACCTAGGGGGTGGGGTCCTTTGTTCTTT  1148

seq1  -CTTGTAACTA--CTCAGCAACTGTAG  1159
       |||||||  |  ||||||||||||||
seq2  CCTTGTAATCAACCTCAGCAACTGTAG  1175


seq1: chr5_16445503_16446584
seq2: B6Ng01-288O11.g_71_1149 (reverse)

seq1  TAAATTACTTTGTATCCTCCCATTTGGTTTCCTCACTTCAAGTAAA--GT  48
      |||||||| ||||||||  |||||   ||||||||  |||||||||  ||
seq2  TAAATTAC-TTGTATCCCTCCATT--CTTTCCTCAACTCAAGTAAAAGGT  47

seq1  TATTTGGGTTTCCTCACTAACATATCCCCAACAGTAACACCAACTAAGAT  98
      ||||| |||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTT-GGTTCCTTCACTAACATAT-CCCAACAGTAACACCAACTAAGAT  95

seq1  GCCTTTAAGCAGTGAAGCACAGATGCTGGTACATATGCTATCATAAGTCT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTAAGCAGTGAAGCACAGATGCTGGTACATATGCTATCATAAGTCT  145

seq1  ATATGATAGGAAGGTTAGGGTCTATGTGTCTTGTAATCTAGAAAAGAATA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATAGGAAGGTTAGGGTCTATGTGTCTTGTAATCTAGAAAAGAATA  195

seq1  ATGAAAGAAAGAAGAATTGTAGAAAAAGACTGTCCAGGAAAGAAATGGTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGAAAGAAGAATTGTAGAAAAAGACTGTCCAGGAAAGAAATGGTA  245

seq1  AGAGAGGAAAGGAGGCCAGGTTTCTGGCTCTCTGATAGCAGGAGTGACTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGAAAGGAGGCCAGGTTTCTGGCTCTCTGATAGCAGGAGTGACTT  295

seq1  GATTACACTTGGTTCATATGAATAGATTGCCAGAGTAGAGTGGCATTAGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACACTTGGTTCATATGAATAGATTGCCAGAGTAGAGTGGCATTAGA  345

seq1  TTAGATTAAGAAGATGCATTTAATATCAATAGTCAGGCCATCAACTTAGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATTAAGAAGATGCATTTAATATCAATAGTCAGGCCATCAACTTAGG  395

seq1  TATGTGAAGCAGTGCTGAAAGAGTAGAGCATGCTGAGATCTTGGCTAGGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGAAGCAGTGCTGAAAGAGTAGAGCATGCTGAGATCTTGGCTAGGC  445

seq1  TAGAGGACGTGGCATATGCACTTCCTAGAGCTAGTGCCATGCAGAAATGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGACGTGGCATATGCACTTCCTAGAGCTAGTGCCATGCAGAAATGT  495

seq1  TGACTCCATATTCCAAGCCTCCTAATTCTGTGCGGGAAGCCAAACCAACA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCATATTCCAAGCCTCCTAATTCTGTGCGGGAAGCCAAACCAACA  545

seq1  AATCATACAGGGATGAGCTGGAGATTAGTTTCAAACACTAATCCCTATTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATACAGGGATGAGCTGGAGATTAGTTTCAAACACTAATCCCTATTT  595

seq1  ATACTTTAAAGAAATTATGTGTGTGCAGTAGAAGCATCATAAAGATGAGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTAAAGAAATTATGTGTGTGCAGTAGAAGCATCATAAAGATGAGT  645

seq1  TTTCTTCTACTTGACTCAACAGGAGCAATTATGGCCACAAAGGAGACGCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTACTTGACTCAACAGGAGCAATTATGGCCACAAAGGAGACGCT  695

seq1  GCAGCAAGTTCTTGGAATAACTGGGAAAGTGGATCATAGGAATTAATAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAAGTTCTTGGAATAACTGGGAAAGTGGATCATAGGAATTAATAAT  745

seq1  TCATGTTCATCCATAGATATGAACTATGATATACATTTATAGTAGCTTCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTCATCCATAGATATGAACTATGATATACATTTATAGTAGCTTCA  795

seq1  GCTTCACAATATTTGAGTACTGTGAAACTTTTTCTGTCTTCTCGTTTCAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCACAATATTTGAGTACTGTGAAACTTTTTCTGTCTTCTCGTTTCAC  845

seq1  GTGTCTGCTAATTTGTTTTAAATTATACATTTAAAAATCACACTTAAAGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGCTAATTTGTTTTAAATTATACATTTAAAAATCACACTTAAAGT  895

seq1  TTTACTTTGTTAGTTTCCATGTAGCATCTGCTTAATAAGTGTACTTCTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTTGTTAGTTTCCATGTAGCATCTGCTTAATAAGTGTACTTCTTT  945

seq1  AATCACATGTACACATGCTCCTTGATACCCAAAGACTCGTTGAACAGTAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACATGTACACATGCTCCTTGATACCCAAAGACTCGTTGAACAGTAG  995

seq1  TTCCCCTTACACAGGACCGCAATTAATAACCTGTTTTGATGTCCTTAAGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTTACACAGGACCGCAATTAATAACCTGTTTTGATGTCCTTAAGG  1045

seq1  CACTGGTTAAGTTTCCCAGCTTGCTCTGGAATTC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGTTAAGTTTCCCAGCTTGCTCTGGAATTC  1079


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |