BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292N05
Chromosome5 (Build37)
Map Location 86,262,991 - 86,424,071
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneCenpc1, LOC100039521, AI586015, Ube1l2, Gnrhr, Tmprss11c, Tmprss11d, Tmprss11a, 9930032O22Rik, Tmprss11f, Tmprss11b, Tmprss11e, A730098D12Rik, LOC622056, Ugt2b34, Ugt2b1, LOC665424
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292N05.bB6Ng01-292N05.g
ACCGA089364GA089365
length1,084977
definitionB6Ng01-292N05.b B6Ng01-292N05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,262,991 - 86,264,087)(86,423,106 - 86,424,071)
sequence
gaattccaagtattctctctcaagacctctgtggccctcaggtggaagct
tatgcgtaactcactattggatccttcccagcagtctcaccagtctgaga
tggcatgcggggaagacaacagttgttgattccaatcatttctctttaag
tattgagttgattataaatttaaaaaaaaatctaaacaaaatgctgcttg
attgattgacttccatcattcgactcatgtagtttaagaagtgttctgcg
cacactgtcttcacattctcatgaatgagaaccatttctatatttcagta
gagtgcttaaattatctgctgtatccttggcttcaccattcacccttaaa
cataacattattcccaatcggcatgtctctttaatgtgttgaactctttg
ggtgtctgatgtgagttacagagttagtggaataaagtgaatatagaaaa
aaaaaaactgagtgtcacaagtcatttgcctccattattcctaatggctt
ttaaaacaatgaaattatttttgatcaatgcatattgaaaatttgtacag
tttagaagccatttgattttcacatactctatattttaacatttaacagt
gtgacagccacaaaaatggcacactgtcaacttgaaaatcactttaaaat
tcctgaggtactgaactaagtgtagggtagaccatatgcaattatcttca
gaattacagggcaatgtgggacctcaaggacttagatgacaatatcatga
tcatatgacccatataactttcatattacttttcttaaagtgcaaacttt
ttatgaaatgtatttcattcaaaccaaaattttgaaaatgaagttgtttc
tttagaaataatcacagcttttaatctaattccttagtatctagctgtcc
accatgattcagtcattattttcctgtgtctttcttcaactaaaatgacc
ttagtttctcaattttttttaagactggaactaccgagggtcactggagt
gatacaaaatacattcttctaggacagaagacgagattacaagactcaga
atatttggagaagagcatgtattccgatatgatc
gaattccgaagagctatgcagatttcagccctgtatatacacagctgtct
cacataacttacaaacaaatgtatgggaaacattcctttttttttttttt
aagaaggttatagagatataacatttgggcatctggcatttgaaaacaaa
atgcaatcatcttttaagtattagtgttgcatacacatacaaatttacat
acaaatattgtaaactaacatagctatacaacgtacacctcccagctttt
atagaaacacattttacagtaacacattgcagtgtgagaattaaaccaca
agatggcagaacaagatttctaaggaaaaagaaaaagtttttgcttgctt
gcttttcttttgcctaaagtagaagtgcaattaaccctgacattcattca
ttgcaaggattaattagctagacataaaataccatttccaaaattatttt
agctttctaataatttgcattttatttttgtccaagaggagccaggattg
agaatttaccttggcaaaaataaatctacattttatttatttattcatct
atctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctat
tggtttaaagacttgactttaacattcaatgcctattgcagaggtcagtt
atactaagatgactggaaatcaaaggaagatacatatcttatgtttttgc
tcctaaagttaatctaggaagaacagatttaggtaaatgaagcctctttt
gctgagtgagtggaaaatgtgattatccagttcaaattatggcagaggca
ggtttaggttaatgtaggaaggagggcaggaagaggagtgattgaccata
ttacatgaaccagagacttgcttgatggcattttttgtggtcttcctgta
ccaccatctcttaattgtcttctgaattgagtgggatacctcttgttacc
atcttttggattctttgaatgaactca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_86262991_86264087
seq2: B6Ng01-292N05.b_45_1128

seq1  GAATTCCAAGTATTCTCTCTCAAGACCTCTGTGGCCCTCAGGTGGAAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGTATTCTCTCTCAAGACCTCTGTGGCCCTCAGGTGGAAGCT  50

seq1  TATGCGTAACTCACTATTGGATCCTTCCCAGCAGTCTCACCAGTCTGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCGTAACTCACTATTGGATCCTTCCCAGCAGTCTCACCAGTCTGAGA  100

seq1  TGGCATGCGGGGAAGACAACAGTTGTTGATTCCAATCATTTCTCTTTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGCGGGGAAGACAACAGTTGTTGATTCCAATCATTTCTCTTTAAG  150

seq1  TATTGAGTTGATTATAAATTTAAAAAAAAATCTAAACAAAATGCTGCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGTTGATTATAAATTTAAAAAAAAATCTAAACAAAATGCTGCTTG  200

seq1  ATTGATTGACTTCCATCATTCGACTCATGTAGTTTAAGAAGTGTTCTGCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTGACTTCCATCATTCGACTCATGTAGTTTAAGAAGTGTTCTGCG  250

seq1  CACACTGTCTTCACATTCTCATGAATGAGAACCATTTCTATATTTCAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGTCTTCACATTCTCATGAATGAGAACCATTTCTATATTTCAGTA  300

seq1  GAGTGCTTAAATTATCTGCTGTATCCTTGGCTTCACCATTCACCCTTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTTAAATTATCTGCTGTATCCTTGGCTTCACCATTCACCCTTAAA  350

seq1  CATAACATTATTCCCAATCGGCATGTCTCTTTAATGTGTTGAACTCTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACATTATTCCCAATCGGCATGTCTCTTTAATGTGTTGAACTCTTTG  400

seq1  GGTGTCTGATGTGAGTTACAGAGTTAGTGGAATAAAGTGAATATAGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCTGATGTGAGTTACAGAGTTAGTGGAATAAAGTGAATATAGAAAA  450

seq1  AAAAAAACTGAGTGTCACAAGTCATTTGCCTCCATTATTCCTAATGGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACTGAGTGTCACAAGTCATTTGCCTCCATTATTCCTAATGGCTT  500

seq1  TTAAAACAATGAAATTATTTTTGATCAATGCATATTGAAAATTTGTACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACAATGAAATTATTTTTGATCAATGCATATTGAAAATTTGTACAG  550

seq1  TTTAGAAGCCATTTGATTTTCACATACTCTATATTTTAACATTTAACAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAGCCATTTGATTTTCACATACTCTATATTTTAACATTTAACAGT  600

seq1  GTGACAGCCACAAAAATGGCACACTGTCAACTTGAAAATCACTTTAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGCCACAAAAATGGCACACTGTCAACTTGAAAATCACTTTAAAAT  650

seq1  TCCTGAGGTACTGAACTAAGTGTAGGGTAGACCATATGCAATTATCTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGGTACTGAACTAAGTGTAGGGTAGACCATATGCAATTATCTTCA  700

seq1  GAATTACAGGGCAATGTGGGACCTCAAGGACTTAGATGACAATATCATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTACAGGGCAATGTGGGACCTCAAGGACTTAGATGACAATATCATGA  750

seq1  TCATATGACCCATATAACTTTCATATTACTTTTCTTAAAGTGCAAACTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGACCCATATAACTTTCATATTACTTTTCTTAAAGTGCAAACTTT  800

seq1  TTATGAAATGTATTTCATTCAAACCAAAATTTTGAAAATGAAGTTGTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAAATGTATTTCATTCAAACCAAAATTTTGAAAATGAAGTTGTTTC  850

seq1  TTTAGAAATAATCACAGCTTTTAATCTAATTCCTTAGTATCTAGCTGTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAATAATCACAGCTTTTAATCTAATTCCTTAGTATCTAGCTGTCC  900

seq1  ACCATGATTCAAGTCATTATTTTCCTGTGTCTTTCTTCAAACTAAAATGA  950
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACCATGATTC-AGTCATTATTTTCCTGTGTCTTTCTTC-AACTAAAATGA  948

seq1  CCTTAGTTTCTCAATTTTTTTTAAGAACTGGAACTACCGAGGGTCACTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGTTTCTCAATTTTTTTTAAG-ACTGGAACTACCGAGGGTCACTGG  997

seq1  AAGTGATACAAAATACATTCTTCTAGGAACAAGAAAGACGAGATACAAAG  1050
       |||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||   |||
seq2  -AGTGATACAAAATACATTCTTCTAGG-ACA--GAAGACGAGATTACAAG  1043

seq1  AACCTCAAGAATATTTGGAGAAGGAGCAATGTATTCAGATAATGATC  1097
      |  ||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||
seq2  A--CTC-AGAATATTTGGAGAA-GAGC-ATGTATTCCGAT-ATGATC  1084

seq1: chr5_86423106_86424071
seq2: B6Ng01-292N05.g_69_1045 (reverse)

seq1  TGAGTTC--TACAAGAATCC-AAAGATGGTAACAAGAGTTATCCC-CTCA  46
      |||||||  |  |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  TGAGTTCATTCAAAGAATCCAAAAGATGGTAACAAGAGGTATCCCACTCA  50

seq1  AATCAGAGGAC-ATTAAGAGATGGT-GTACAAGAAGACCAC-AAAAATG-  92
      | ||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| 
seq2  ATTCAGAAGACAATTAAGAGATGGTGGTACAGGAAGACCACAAAAAATGC  100

seq1  CATC-AGCAAGTCTCTGGTTCATGTATTCT-GTCAATCACTCCTCTTCCT  140
      |||| ||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||
seq2  CATCAAGCAAGTCTCTGGTTCATGTAATATGGTCAATCACTCCTCTTCCT  150

seq1  GCCCTCCTTCCTACATTAACCT-AACCTGCCTCTGCCATAATTTGAACTG  189
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCCTTCCTACATTAACCTAAACCTGCCTCTGCCATAATTTGAACTG  200

seq1  GATAATCACATTTTCCACTCACTCAGCAAAAGAGGCTTCATTTACCTAAA  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATCACATTTTCCACTCACTCAGCAAAAGAGGCTTCATTTACCTAAA  250

seq1  TCTGTTCTTCCTAGATTAACTTTAGGAGCAAAAACATAAGATATGTATCT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCTTCCTAGATTAACTTTAGGAGCAAAAACATAAGATATGTATCT  300

seq1  TCCTTTGATTTCCAGTCATCTTAGTATAACTGACCTCTGCAATAGGCATT  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGATTTCCAGTCATCTTAGTATAACTGACCTCTGCAATAGGCATT  350

seq1  GAATGTTAAAGTCAAGTCTTTAAACCAATAGATAGATAGATAGATAGATA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTAAAGTCAAGTCTTTAAACCAATAGATAGATAGATAGATAGATA  400

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGAATAAATAAATAAAATGT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGAATAAATAAATAAAATGT  450

seq1  AGATTTATTTTTGCCAAGGTAAATTCTCAATCCTGGCTCCTCTTGGACAA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTATTTTTGCCAAGGTAAATTCTCAATCCTGGCTCCTCTTGGACAA  500

seq1  AAATAAAATGCAAATTATTAGAAAGCTAAAATAATTTTGGAAATGGTATT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAATGCAAATTATTAGAAAGCTAAAATAATTTTGGAAATGGTATT  550

seq1  TTATGTCTAGCTAATTAATCCTTGCAATGAATGAATGTCAGGGTTAATTG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCTAGCTAATTAATCCTTGCAATGAATGAATGTCAGGGTTAATTG  600

seq1  CACTTCTACTTTAGGCAAAAGAAAAGCAAGCAAGCAAAAACTTTTTCTTT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTACTTTAGGCAAAAGAAAAGCAAGCAAGCAAAAACTTTTTCTTT  650

seq1  TTCCTTAGAAATCTTGTTCTGCCATCTTGTGGTTTAATTCTCACACTGCA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAGAAATCTTGTTCTGCCATCTTGTGGTTTAATTCTCACACTGCA  700

seq1  ATGTGTTACTGTAAAATGTGTTTCTATAAAAGCTGGGAGGTGTACGTTGT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTACTGTAAAATGTGTTTCTATAAAAGCTGGGAGGTGTACGTTGT  750

seq1  ATAGCTATGTTAGTTTACAATATTTGTATGTAAATTTGTATGTGTATGCA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTATGTTAGTTTACAATATTTGTATGTAAATTTGTATGTGTATGCA  800

seq1  ACACTAATACTTAAAAGATGATTGCATTTTGTTTTCAAATGCCAGATGCC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAATACTTAAAAGATGATTGCATTTTGTTTTCAAATGCCAGATGCC  850

seq1  CAAATGTTATATCTCTATAACCTTCTTAAAAAAAAAAAAAAGGAATGTTT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTTATATCTCTATAACCTTCTTAAAAAAAAAAAAAAGGAATGTTT  900

seq1  CCCATACATTTGTTTGTAAGTTATGTGAGACAGCTGTGTATATACAGGGC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATACATTTGTTTGTAAGTTATGTGAGACAGCTGTGTATATACAGGGC  950

seq1  TGAAATCTGCATAGCTCTTCGGAATTC  966
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCTGCATAGCTCTTCGGAATTC  977