BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293E03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 35,756,518 - 35,917,126
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCpz, Plk-ps1, 2310079F23Rik
Upstream geneBC037112, LOC100040480, Tnip2, Sh3bp2, Add1, 0610009O03Rik, Nol14, Gprk2l, Hdh, A930005I04Rik, Rgs12, Hgfac, Dok7, Lrpap1, Adra2c, Hmx1
Downstream geneAcox3, Htra3, Sh3tc1, Ablim2, Afap1, LOC100040209, Sorcs2, 2310020A21Rik, Grpel1, Ccdc96, Tbc1d14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293E03.bB6Ng01-293E03.g
ACCGA089684GA089685
length1,177781
definitionB6Ng01-293E03.b B6Ng01-293E03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,915,954 - 35,917,126)(35,756,518 - 35,757,290)
sequence
ctatgtagaacaggctggcctcgaactcacagagatacacccgcctcagc
cttccaagtactgggattaaaggagcgccacaccacccaccacccagctc
tggccttgtattgtctaagtgctagctataatggtgtgtccaaagtgtag
agccctctccccagtgctggacagccactaaggactggaaagcattactc
tcctgtccatcgctgctcagttctacttccaagggatccgtttagagcag
ttatgacctgatagccttgtctttccccctcagatgtctccagtgggagt
gtcacctttttgcccttggaagaagataatgaggggaatttggaggttaa
aacgagcaacgtgtatcaactccatctccatcacaacgaaggagaatggt
aagagctggacgctgctgttgcaccactatgtgatgcccatcccggatgt
cctatcagcagtcaactggaagattctggggtacagaagagccaaggtct
tgtgttggttggctgatctcagatgtatactatagtcaccactctgctgg
ttcctggcgctggtactggattggggatcacaatgtagccagagtccttg
atctctatattccatatgccggtaggggtgtacagcaactagctggggta
ctctgttagtcagctttctgttgcataatacccaagggagtcaacttaag
gatgcttgagggccagtgagatgactgtgcataaaggtgctcgtttcaaa
tcttacaagctgagtttgatccctagagcccacatgttctgtgagctgtc
ctctgtcttttaaacacacacacacacacacacacacacacacagatata
gatgtatgtgtataattttaaacgggtatcatattttagtttgtgatcat
tccctctttggtttggggcctgtagtgaggaactaggagcataagggacc
atggacaaaatctgccctttaaaagcccaccgccacacaactccctgctt
actccaacaaaacctcactcacccctctaagtcccacccaccgccaatgt
ccctttaagctgagtgtatctacgaagttagccctgttgattgaagatgt
cctgtcaatgtccaagtccaccctctcccaagttccactttaaactcagc
ctgaattggactgaccttccaacatag
gaattcaccacagaggctggtacagtctggtcgttggcagtgtggtcaga
tgccctgatgaggaggtaggaaggcacctgagagcctatcagctcagcca
cccctcagtcgccttgcccagacctgctaggctgcaagtactcagacctc
caagctctgcgatgcgagtggctccatgctcgccctctccctgtgctgga
cagtccttccccaagcccgatgtggccgcggcagcgctggcctccatgga
gcttgtaaggagccaggcagactctaaacaacccttatttcatcatctgc
ttctctgtgctctgttgagcaggccttgcacctacgaccacccaaggctg
tgtcatgactagcagactatagtgggggctatcactacagcctagaaagt
aggaggtcaactgtttggtgcttctgggaagactgcctgaaggaggcttc
accacagagactccgagttataaactggagcttgctagatgcgcaggggg
tggctccggtggtccatgatcccagtggaaggagagctagtcagaggttt
ggatggagaggattgtgtgggcctccaaggcccagttataaaagtctagg
gcaagcaggaatgaagaaaagatagagatctggtcattcccctttttgtg
cagctctctacccagagtttaaaggctgggggacaggtgatcagggacaa
gtcttttgcggtcccagtagtcaggaacagctagtaactacagattgtac
gagaatgggcagtgggggttcttagtgcctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_35915954_35917126
seq2: B6Ng01-293E03.b_54_1230 (reverse)

seq1  CTATGTTGAAGGCTCAGTCCCCAATTCA-GCTGAGTTTAAAAGTGGAACC  49
      |||||||| | | |||||  |||||||| ||||||||| |||||||||| 
seq2  CTATGTTGGAAGGTCAGT--CCAATTCAGGCTGAGTTT-AAAGTGGAACT  47

seq1  TTGGGGAGG--TGAC-TGGACCATGACAGGACCAACCTC-ATCAACA-GG  94
      | || ||||   ||| |||||  |||||||| || | || ||||||| ||
seq2  TGGGAGAGGGTGGACTTGGACATTGACAGGA-CATCTTCAATCAACAGGG  96

seq1  CTAAC-TCGTAGATACACTCAGCTT-AAGGGACATTGGCGGTGGTGGGGA  142
      ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||
seq2  CTAACTTCGTAGATACACTCAGCTTAAAGGGACATTGGCGGTGGGTGGGA  146

seq1  CTTAGA-GGGTGAGTGAGGTTTTGTTGGAGTAAGCAGGGAGTTGTGTTGG  191
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTTAGAGGGGTGAGTGAGGTTTTGTTGGAGTAAGCAGGGAGTTGTG-TGG  195

seq1  CGGTGGGCTTTT-AAGGGCAGATTTTGTCCATGGTCCCTTATGCTCCTAG  240
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGGGCTTTTAAAGGGCAGATTTTGTCCATGGTCCCTTATGCTCCTAG  245

seq1  TTCCTCACTACAGGCCCCAAAACCAAAGAGGGAATGATCACAAACTAAAA  290
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCACTACAGGCCCC-AAACCAAAGAGGGAATGATCACAAACTAAAA  294

seq1  TATGATACCCGTTTAAAATTATACACATACATCTATATCTGTGTGTGTGT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATACCCGTTTAAAATTATACACATACATCTATATCTGTGTGTGTGT  344

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAAAAGACAGAGGACAGCTCACAGAACAT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAAAAGACAGAGGACAGCTCACAGAACAT  394

seq1  GTGGGCTCTAGGGATCAAACTCAGCTTGTAAGATTTGAAACGAGCACCTT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTCTAGGGATCAAACTCAGCTTGTAAGATTTGAAACGAGCACCTT  444

seq1  TATGCACAGTCATCTCACTGGCCCTCAAGCATCCTTAAGTTGACTCCCTT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACAGTCATCTCACTGGCCCTCAAGCATCCTTAAGTTGACTCCCTT  494

seq1  GGGTATTATGCAACAGAAAGCTGACTAACAGAGTACCCCAGCTAGTTGCT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATTATGCAACAGAAAGCTGACTAACAGAGTACCCCAGCTAGTTGCT  544

seq1  GTACACCCCTACCGGCATATGGAATATAGAGATCAAGGACTCTGGCTACA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACCCCTACCGGCATATGGAATATAGAGATCAAGGACTCTGGCTACA  594

seq1  TTGTGATCCCCAATCCAGTACCAGCGCCAGGAACCAGCAGAGTGGTGACT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATCCCCAATCCAGTACCAGCGCCAGGAACCAGCAGAGTGGTGACT  644

seq1  ATAGTATACATCTGAGATCAGCCAACCAACACAAGACCTTGGCTCTTCTG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATACATCTGAGATCAGCCAACCAACACAAGACCTTGGCTCTTCTG  694

seq1  TACCCCAGAATCTTCCAGTTGACTGCTGATAGGACATCCGGGATGGGCAT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCAGAATCTTCCAGTTGACTGCTGATAGGACATCCGGGATGGGCAT  744

seq1  CACATAGTGGTGCAACAGCAGCGTCCAGCTCTTACCATTCTCCTTCGTTG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGTGGTGCAACAGCAGCGTCCAGCTCTTACCATTCTCCTTCGTTG  794

seq1  TGATGGAGATGGAGTTGATACACGTTGCTCGTTTTAACCTCCAAATTCCC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGAGATGGAGTTGATACACGTTGCTCGTTTTAACCTCCAAATTCCC  844

seq1  CTCATTATCTTCTTCCAAGGGCAAAAAGGTGACACTCCCACTGGAGACAT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTATCTTCTTCCAAGGGCAAAAAGGTGACACTCCCACTGGAGACAT  894

seq1  CTGAGGGGGAAAGACAAGGCTATCAGGTCATAACTGCTCTAAACGGATCC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGGGAAAGACAAGGCTATCAGGTCATAACTGCTCTAAACGGATCC  944

seq1  CTTGGAAGTAGAACTGAGCAGCGATGGACAGGAGAGTAATGCTTTCCAGT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAGTAGAACTGAGCAGCGATGGACAGGAGAGTAATGCTTTCCAGT  994

seq1  CCTTAGTGGCTGTCCAGCACTGGGGAGAGGGCTCTACACTTTGGACACAC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGTGGCTGTCCAGCACTGGGGAGAGGGCTCTACACTTTGGACACAC  1044

seq1  CATTATAGCTAGCACTTAGACAATACAAGGCCAGAGCTGGGTGGTGGGTG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATAGCTAGCACTTAGACAATACAAGGCCAGAGCTGGGTGGTGGGTG  1094

seq1  GTGTGGCGCTCCTTTAATCCCAGTACTTGGAAGGCTGAGGCGGGTGTATC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCGCTCCTTTAATCCCAGTACTTGGAAGGCTGAGGCGGGTGTATC  1144

seq1  TCTGTGAGTTCGAGGCCAGCCTGTTCTACATAG  1173
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAGTTCGAGGCCAGCCTGTTCTACATAG  1177

seq1: chr5_35756518_35757290
seq2: B6Ng01-293E03.g_69_849

seq1  GAATTCACCACAGAGGCTGGTACAGTCTGGTCGTTGGCAGTGTGGTCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCACAGAGGCTGGTACAGTCTGGTCGTTGGCAGTGTGGTCAGA  50

seq1  TGCCCTGATGAGGAGGTAGGAAGGCACCTGAGAGCCTATCAGCTCAGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGATGAGGAGGTAGGAAGGCACCTGAGAGCCTATCAGCTCAGCCA  100

seq1  CCCCTCAGTCGCCTTGCCCAGACCTGCTAGGCTGCAAGTACTCAGACCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCAGTCGCCTTGCCCAGACCTGCTAGGCTGCAAGTACTCAGACCTC  150

seq1  CAAGCTCTGCGATGCGAGTGGCTCCATGCTCGCCCTCTCCCTGTGCTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCTGCGATGCGAGTGGCTCCATGCTCGCCCTCTCCCTGTGCTGGA  200

seq1  CAGTCCTTCCCCAAGCCCGATGTGGCCGCGGCAGCGCTGGCCTCCATGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTTCCCCAAGCCCGATGTGGCCGCGGCAGCGCTGGCCTCCATGGA  250

seq1  GCTTGTAAGGAGCCAGGCAGACTCTAAACAACCCTTATTTCATCATCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTAAGGAGCCAGGCAGACTCTAAACAACCCTTATTTCATCATCTGC  300

seq1  TTCTCTGTGCTCTGTTGAGCAGGCCTTGCACCTACGACCACCCAAGGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGTGCTCTGTTGAGCAGGCCTTGCACCTACGACCACCCAAGGCTG  350

seq1  TGTCATGACTAGCAGACTATAGTGGGGGCTATCACTACAGCCTAGAAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGACTAGCAGACTATAGTGGGGGCTATCACTACAGCCTAGAAAGT  400

seq1  AGGAGGTCAACTGTTTGGTGCTTCTGGGAAGACTGCCTGAAGGAGGCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTCAACTGTTTGGTGCTTCTGGGAAGACTGCCTGAAGGAGGCTTC  450

seq1  ACCACAGAGACTCCGAGTTATAAACTGGAGCTTGCTAGATGCGCAGGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGAGACTCCGAGTTATAAACTGGAGCTTGCTAGATGCGCAGGGGG  500

seq1  TGGCTCCGGTGGTCCATGATCCCAGTGGAAGGAGAGCTAGTCAGAGGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCGGTGGTCCATGATCCCAGTGGAAGGAGAGCTAGTCAGAGGTTT  550

seq1  GGATGGAGAGGATTGTGTGGGCCTCCAAGGCCCAGTTATAAAAGTCTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAGAGGATTGTGTGGGCCTCCAAGGCCCAGTTATAAAAGTCTAGG  600

seq1  GCAAGCAGGAATGAAGAAAAGATAGAGATCTGGTCATT-CCCTTTTTGTG  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCAAGCAGGAATGAAGAAAAGATAGAGATCTGGTCATTCCCCTTTTTGTG  650

seq1  CAGCTCTCTA-CCAGAGTTTAAAGGCT-GGGGACAGGTGATCAGGGACAA  697
      |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTCTACCCAGAGTTTAAAGGCTGGGGGACAGGTGATCAGGGACAA  700

seq1  GTC-TTTGCGGTCCCAGTAGTCAGGAACAGC-AGTAACTACAGA-TGTAC  744
      ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  GTCTTTTGCGGTCCCAGTAGTCAGGAACAGCTAGTAACTACAGATTGTAC  750

seq1  GAG-ATGGGCAGT-GGGGTTCTTAGTGCTTT  773
      ||| ||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  GAGAATGGGCAGTGGGGGTTCTTAGTGCCTT  781