BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293M07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 90,476,950 - 90,588,398
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665733
Upstream geneSlc4a4, Gc, LOC622870, Npffr2, LOC631105, Adamts3
Downstream geneCox18, Ankrd17, Alb1, Afp, Afm, LOC100040105, LOC622307, Rassf6, Cxcl5, Ppbp, Cxcl4, Gm1960, Cxcl15, Cxcl1, Cxcl2, 1110019K23Rik, Epgn, Ereg, Areg
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293M07.bB6Ng01-293M07.g
ACCGA090068GA090069
length7271,149
definitionB6Ng01-293M07.b B6Ng01-293M07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,587,672 - 90,588,398)(90,476,950 - 90,478,089)
sequence
gaattctggagacatgggcttgggacagagaggcagcaacatggaactcc
tgtggataattaactgattttggcagttgtgtttacatgatgctcccaca
aggttaggattgatgagtcacttgtcaatagacattgctgggaaatgaac
aggggcccaactgatgcgactggttccaaaggatcaagagaagacaaaga
cgcacgtgtgaggctctgaagttctcttacctctgatggaactgcaaact
ttccctcatccaaccagacactagactgcagaggagactggcagagcagg
tagcctacaaggatagagcacacttttaagtaggaagagatggagccatc
cttccttggcagaagggattaggtcaatgttaaaaaagaatcagcacttt
tcttctctagatctgagtgtgaagtttggggcatgacctcgtactgtatg
cattttcattacatcgcattaagtgtatgatctaggtaattctttctcgc
atgtgacctaatcagaggaagtcacatggaggtaaaggaaggatggctca
gcagaaagccagagtcaagaatcacatgcagtgggctcatgcatccaccc
actgagcacagatctttgaggagaagaggcagcttctgtgactcttagta
gttttgttttgtttgcctgtctatggctgtgtggtgtatgttcttgtgtg
tgagtatgttaatgtgtgtgtgtggga
gaattcaaccaactctagtgtgggagacaattgtggagtgaaaggacgag
attccgacaagccacaaagtacagttggcaagagatttggccaggcagcg
tggtgctaagataagggggcattttgctgtctggacggagcagagctcat
tgactgaggatgattctggaggttgatagcctcaagcttgaatgaagtca
gcagccagcagaggctcctgacacagatttttacaaatgaagcaactaaa
gcgacacataggacacttgtcccatacagtatcagcacgagcataaatca
caagatgaaaattcacgggtcaaagtaataccacaatgcctgagtgtact
taatgcccctgattctcaaagacccagagtgaaaacactttaacttcagc
atctccttttggatacatggtgtattagtcagggttctctagagtcacag
aacttatggatagtctctagatagtaaaggaatttattgatgacttacag
tcggcagctcaattcccaacaattgttcagtcgcagctgtgaatggaagt
ccaaggatctagcagttattcagtctcacgcagcaagcaggcgaaggagc
aagagcaagagctagactcccttcttccaatgtccttatattgtctccag
cagaaggtgtagcccagattaaaggtgtgttccaccacacctttaatccc
agatgaaaggcatagcccagattaaaggtgtgttccttaaactcagagat
tcaatcttctggaatccatagccactatggctcaagatctccataccaag
atcctgataaggatctccaagcctccagataaagggtcactggtgagcct
tccaattccggattgtagttcattccaaatattgtcaagttgacaaccag
gaaatagccactacacatggcaacacaaaaaagaatgaatttcatgggca
ggatcagaagaagaaataagagctaaggaaaggaatttttattgtgttca
tacagttagagcagcaattgtttttagttccttgataggagacaaaagga
acaacaataataatcaagcattccagaaaaaacatccaaaactcaataaa
tcaaggcatcactcagcacaatctaaaatataaattggtccaactcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_90587672_90588398
seq2: B6Ng01-293M07.b_48_774 (reverse)

seq1  TCCCACACACACACATTAACATACTCACACACAAGAACATACACCACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACACACACACATTAACATACTCACACACAAGAACATACACCACACA  50

seq1  GCCATAGACAGGCAAACAAAACAAAACTACTAAGAGTCACAGAAGCTGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAGACAGGCAAACAAAACAAAACTACTAAGAGTCACAGAAGCTGCC  100

seq1  TCTTCTCCTCAAAGATCTGTGCTCAGTGGGTGGATGCATGAGCCCACTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCCTCAAAGATCTGTGCTCAGTGGGTGGATGCATGAGCCCACTGC  150

seq1  ATGTGATTCTTGACTCTGGCTTTCTGCTGAGCCATCCTTCCTTTACCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATTCTTGACTCTGGCTTTCTGCTGAGCCATCCTTCCTTTACCTCC  200

seq1  ATGTGACTTCCTCTGATTAGGTCACATGCGAGAAAGAATTACCTAGATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACTTCCTCTGATTAGGTCACATGCGAGAAAGAATTACCTAGATCA  250

seq1  TACACTTAATGCGATGTAATGAAAATGCATACAGTACGAGGTCATGCCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTAATGCGATGTAATGAAAATGCATACAGTACGAGGTCATGCCCC  300

seq1  AAACTTCACACTCAGATCTAGAGAAGAAAAGTGCTGATTCTTTTTTAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCACACTCAGATCTAGAGAAGAAAAGTGCTGATTCTTTTTTAACA  350

seq1  TTGACCTAATCCCTTCTGCCAAGGAAGGATGGCTCCATCTCTTCCTACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCTAATCCCTTCTGCCAAGGAAGGATGGCTCCATCTCTTCCTACTT  400

seq1  AAAAGTGTGCTCTATCCTTGTAGGCTACCTGCTCTGCCAGTCTCCTCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGTGCTCTATCCTTGTAGGCTACCTGCTCTGCCAGTCTCCTCTGC  450

seq1  AGTCTAGTGTCTGGTTGGATGAGGGAAAGTTTGCAGTTCCATCAGAGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAGTGTCTGGTTGGATGAGGGAAAGTTTGCAGTTCCATCAGAGGTA  500

seq1  AGAGAACTTCAGAGCCTCACACGTGCGTCTTTGTCTTCTCTTGATCCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACTTCAGAGCCTCACACGTGCGTCTTTGTCTTCTCTTGATCCTTT  550

seq1  GGAACCAGTCGCATCAGTTGGGCCCCTGTTCATTTCCCAGCAATGTCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCAGTCGCATCAGTTGGGCCCCTGTTCATTTCCCAGCAATGTCTAT  600

seq1  TGACAAGTGACTCATCAATCCTAACCTTGTGGGAGCATCATGTAAACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGTGACTCATCAATCCTAACCTTGTGGGAGCATCATGTAAACACA  650

seq1  ACTGCCAAAATCAGTTAATTATCCACAGGAGTTCCATGTTGCTGCCTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCAAAATCAGTTAATTATCCACAGGAGTTCCATGTTGCTGCCTCTC  700

seq1  TGTCCCAAGCCCATGTCTCCAGAATTC  727
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCAAGCCCATGTCTCCAGAATTC  727

seq1: chr5_90476950_90478089
seq2: B6Ng01-293M07.g_69_1217

seq1  GAATTCAACCAACTCTAGTGTGGGAGACAATTGTGGAGTGAAAGGACGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCAACTCTAGTGTGGGAGACAATTGTGGAGTGAAAGGACGAG  50

seq1  ATTCCGACAAGCCACAAAGTACAGTTGGCAAGAGATTTGGCCAGGCAGCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCGACAAGCCACAAAGTACAGTTGGCAAGAGATTTGGCCAGGCAGCG  100

seq1  TGGTGCTAAGATAAGGGGGCATTTTGCTGTCTGGACGGAGCAGAGCTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTAAGATAAGGGGGCATTTTGCTGTCTGGACGGAGCAGAGCTCAT  150

seq1  TGACTGAGGATGATTCTGGAGGTTGATAGCCTCAAGCTTGAATGAAGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGAGGATGATTCTGGAGGTTGATAGCCTCAAGCTTGAATGAAGTCA  200

seq1  GCAGCCAGCAGAGGCTCCTGACACAGATTTTTACAAATGAAGCAACTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCAGCAGAGGCTCCTGACACAGATTTTTACAAATGAAGCAACTAAA  250

seq1  GCGACACATAGGACACTTGTCCCATACAGTATCAGCACGAGCATAAATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGACACATAGGACACTTGTCCCATACAGTATCAGCACGAGCATAAATCA  300

seq1  CAAGATGAAAATTCACGGGTCAAAGTAATACCACAATGCCTGAGTGTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGAAAATTCACGGGTCAAAGTAATACCACAATGCCTGAGTGTACT  350

seq1  TAATGCCCCTGATTCTCAAAGACCCAGAGTGAAAACACTTTAACTTCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCCCCTGATTCTCAAAGACCCAGAGTGAAAACACTTTAACTTCAGC  400

seq1  ATCTCCTTTTGGATACATGGTGTATTAGTCAGGGTTCTCTAGAGTCACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTTTTGGATACATGGTGTATTAGTCAGGGTTCTCTAGAGTCACAG  450

seq1  AACTTATGGATAGTCTCTAGATAGTAAAGGAATTTATTGATGACTTACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATGGATAGTCTCTAGATAGTAAAGGAATTTATTGATGACTTACAG  500

seq1  TCGGCAGCTCAATTCCCAACAATTGTTCAGTCGCAGCTGTGAATGGAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCAGCTCAATTCCCAACAATTGTTCAGTCGCAGCTGTGAATGGAAGT  550

seq1  CCAAGGATCTAGCAGTTATTCAGTCTCACGCAGCAAGCAGGCGAAGGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGATCTAGCAGTTATTCAGTCTCACGCAGCAAGCAGGCGAAGGAGC  600

seq1  AAGAGCAAGAGCTAGACTCCCTTCTTCCAATGTCCTTATATTGTCTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAAGAGCTAGACTCCCTTCTTCCAATGTCCTTATATTGTCTCCAG  650

seq1  CAGAAGGTGTAGCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCACCACACCTTTAATCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGTGTAGCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCACCACACCTTTAATCCC  700

seq1  AGATGAAAGGCATAGCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCTTAAACTCAGAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAAGGCATAGCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCTTAAACTCAGAGAT  750

seq1  TCAATCTTCTGGAATCCATAGCCACTATGGCTCAAGATCTCCATACCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTTCTGGAATCCATAGCCACTATGGCTCAAGATCTCCATACCAAG  800

seq1  ATCCTGATAAGGATCTCCAAGCCTCCAGAT-AAGGGTCACTGGTGAGCCT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGATAAGGATCTCCAAGCCTCCAGATAAAGGGTCACTGGTGAGCCT  850

seq1  TCCAATTCCGGATTGTAGTTCATTCCAAATATTGTCAAGTTGACAACCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTCCGGATTGTAGTTCATTCCAAATATTGTCAAGTTGACAACCAG  900

seq1  G-AATAGCCACTACACATGGCAACACAAAAAAGAATGAATTTCAT-GGCA  947
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAATAGCCACTACACATGGCAACACAAAAAAGAATGAATTTCATGGGCA  950

seq1  GGATCAGAAGAAGAAATAAGAGCTA--GGAAGGAA--TTTATTGTGTTCA  993
      |||||||||||||||||||||||||  | ||||||  |||||||||||| 
seq2  GGATCAGAAGAAGAAATAAGAGCTAAGGAAAGGAATTTTTATTGTGTTC-  999

seq1  ATACAG-TAGAGCAGCAAT--GTTTTAGT--CCTGATAGGAGACAAAGGG  1038
      |||||| ||||||||||||   |||||||  | |||||||||||||| ||
seq2  ATACAGTTAGAGCAGCAATTGTTTTTAGTTCCTTGATAGGAGACAAAAGG  1049

seq1  AACAACAAATAATAAATCAGGCA-TCCAG-AAAAACAATCAAAATTCAAT  1086
      |||||| |||||| ||||| ||| ||||| |||||||  ||||| |||||
seq2  AACAAC-AATAAT-AATCAAGCATTCCAGAAAAAACATCCAAAACTCAAT  1097

seq1  AAATTGGAAGCATCACTCAGCAACAACCTTAAATATAAATGGCCCCAACT  1136
      ||| |  | |||||||||||| |||| || |||||||||| |  ||||||
seq2  AAA-TCAAGGCATCACTCAGC-ACAATCTAAAATATAAATTGGTCCAACT  1145

seq1  CAGA  1140
      ||||
seq2  CAGA  1149