BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294L24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 53,207,570 - 53,355,375
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZcchc4, Anapc4
Upstream geneDhx15, Sod3, Gm447, LOC100041805, Lgi2, LOC545750, D5Ertd135e, Pi4k2b
Downstream geneSlc34a2, 2310045A20Rik, 1810013D10Rik, LOC100041198, LOC100041911, Rbpj, Cckar, Tbc1d19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294L24.bB6Ng01-294L24.g
ACCGA090797GA090798
length7011,099
definitionB6Ng01-294L24.b B6Ng01-294L24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,207,570 - 53,208,268)(53,354,275 - 53,355,375)
sequence
gaattcatgtgtattatttccacctaaccttaatacagtagtattttatt
ctaattacaaattcagcaggcttttaaaaggaatcttattttgtgcatga
aagttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcatgtgtgtgtg
agtaggcacatgtgagccatggcacacgtatggaggtcagagaataacat
acaagagacagtggtcttcctttcaccatatgggttctgtgaatccaatt
tgggtcatcaggcttggtgatggatgcctttactactgagctatctctcc
agcccgaaaacaggctttttaaagtacttaatttctttcatcaccgtaaa
tagctatttcaatcattttcatatggtacttacgaagagtgtttcaaata
aggcactaagtgctgaatttatatgtctgttaagagtaaaattatgatgt
ttcaaaatcaggctttggaccattagatgccattgctgttctgatgaagg
aatggttagcaacatgcactgtgcacgttttatgttgctagccttgtttc
taagagtttgcatgggttatcaaacacatttagtccccaaaatagcccct
gaggtaggcatggttactctctgctctcttacagccgctgcagatcaagg
gatcctgcctcctgttgatgggtttggctcttgtgctttttcctaagagc
c
gaattctttgctgtttttctaccctggacactaggctagctgtcccctca
gtcttgtggggcttctcccatctgcacagtctgtctcctgtctccctgta
gaagcaccagggttatagaggctcatgctctgccttttaccaagtctgaa
agttccaactccactaaggcagattttattcctttaagtcatctctccag
agctacttctgttttgagacaatgtctcctgcagccaggctgacctcgaa
cttgatttgtaactgagggtgaccttgatttcctaatcctcttgtctcta
cctcccaagttctgggtttacagatgtgtgccatctcctctaacaaaatc
caatctctccaacactgttaccatggcagtaacatttccacaggagtttg
ataggtgtcttagtcagggtttctattcctgcacaaaacaccatgactga
gaagcaagttggggaggaaagggtttattcagcttacacttccacattgc
cgttcatcaccaaaggaagtcaggactggatctctcacatggcaggaacc
tggaagcaggagctgatgcagaggccatggagggtgctgcctactggctt
gcttctcctgacttgctcagcttgctttcttatagaacccaagactacta
gaccggggatggcatcacccacaataggccttcccggagtaaccactaat
tgagaaaaagccttacagctggatctcatggaggattctcagggaggctc
ctttctctgtgataactccagccagcttgtgtcaagttgacacaaaacca
gctggtataggagggaaccagtatccagaacattgcagctttctctttgc
cttggtgttttctaactcagagcttaggacagggcagagggcacatgaaa
aggccccagtgaaaggatctctgatttgctagttcccaagaatctccaag
ttctggctcaacatcacctcacatgcctctcccatgacccctacagaatg
gttctagtggttccctggacatccggaccaatcaattctcagagctcttc
cacaaggcctctgttggagttcttaatcagctcttgccttgtcctgacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_53207570_53208268
seq2: B6Ng01-294L24.b_45_745

seq1  GAATTCATGTGTATTATTTCCACCTAACCTTAATACAGTAGTATTTTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTGTATTATTTCCACCTAACCTTAATACAGTAGTATTTTATT  50

seq1  CTAATTACAAATTCAGCAGGCTTTTAAAAGGAATCTTATTTTGTGCATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTACAAATTCAGCAGGCTTTTAAAAGGAATCTTATTTTGTGCATGA  100

seq1  AAGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGTG  150

seq1  AGTAGGCACATGTGAGCCATGGCACACGTATGGAGGTCAGAGAATAACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGCACATGTGAGCCATGGCACACGTATGGAGGTCAGAGAATAACAT  200

seq1  ACAAGAGACAGTGGTC-TCCTTTCACCATATGGGTTCTGTGAATCCAATT  249
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGACAGTGGTCTTCCTTTCACCATATGGGTTCTGTGAATCCAATT  250

seq1  TGGGTCATCAGGCTTGGTGATGGATGCCTTTACTACTGAGCTATCTCTCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCATCAGGCTTGGTGATGGATGCCTTTACTACTGAGCTATCTCTCC  300

seq1  AGCCCGAAAACAGGCTTTTTAAAGTACTTAATTTCTTTCATCACCGTAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCGAAAACAGGCTTTTTAAAGTACTTAATTTCTTTCATCACCGTAAA  350

seq1  TAGCTATTTCAATCATTTTCATATGGTACTTACGAAGAGTGTTTCAAATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATTTCAATCATTTTCATATGGTACTTACGAAGAGTGTTTCAAATA  400

seq1  AGGCACTAAGTGCTGAATTTATATGTCTGTTAAGAGTAAAATTATGATGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACTAAGTGCTGAATTTATATGTCTGTTAAGAGTAAAATTATGATGT  450

seq1  TTC-AAATCAGGCTTTGGACCATTAGATGCCATTGCTGTTCTGATGAAGG  498
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAATCAGGCTTTGGACCATTAGATGCCATTGCTGTTCTGATGAAGG  500

seq1  AATGGTTAGTAACATGCACTGTGCACGTTTTATG-TGCTAGCCTTGTTTC  547
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATGGTTAGCAACATGCACTGTGCACGTTTTATGTTGCTAGCCTTGTTTC  550

seq1  TAAGAGTTTTGCATGGGTTAACAAACACATTTAGTCCCCAAAATAGCCCC  597
      |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAG-TTTGCATGGGTTATCAAACACATTTAGTCCCCAAAATAGCCCC  599

seq1  TGAGGTAGGCATGGTTACTCTCTGCTCTCTTACAGCCGCTGCAGAACAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGAGGTAGGCATGGTTACTCTCTGCTCTCTTACAGCCGCTGCAGATCAAG  649

seq1  GGATCCTGCCTCCTGTTGATGGGTTTGGCTCTTGTGCTTTTTCCTAAGAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCTGCCTCCTGTTGATGGGTTTGGCTCTTGTGCTTTTTCCTAAGAG  699

seq1  CC  699
      ||
seq2  CC  701

seq1: chr5_53354275_53355375
seq2: B6Ng01-294L24.g_72_1169 (reverse)

seq1  GTCA-GACAAGGCAAGAGCTG-TTAAGAACTCC-ACAGAGGCC-TGTGGA  46
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  GTCAGGACAAGGCAAGAGCTGATTAAGAACTCCAACAGAGGCCTTGTGGA  50

seq1  AGAGCTCTGAGAAATGATGGGTC--GGTGTCCAGGGGAACAACTAAGGAC  94
      ||||||||||||| |||| ||||  | |||||| |||||| ||||  || 
seq2  AGAGCTCTGAGAATTGATTGGTCCGGATGTCCA-GGGAACCACTA--GAA  97

seq1  CAATTCTGTAGGGGTCATGGGAGGAGGCCATGTTGAGGTGATGTTGAGCC  144
      | |||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||
seq2  CCATTCTGTAGGGGTCATGGGA-GAGG-CATG-TGAGGTGATGTTGAGCC  144

seq1  AGAACTTTGGAGATTCTTGGGAAACTAGCAAATTCAGAGATCC-TTCACT  193
      ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  AGAAC-TTGGAGATTCTTGGG-AACTAGCAAA-TCAGAGATCCTTTCACT  191

seq1  GGGGCCTTTTCATGTGCCCTCTGCCCTGTCCTAAGCTCTGAGTTTAGAAA  243
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGGGCCTTTTCATGTGCCCTCTGCCCTGTCCTAAGCTCTGAG-TTAGAAA  240

seq1  ACACCAAGGCAAAGAGAAAGCTGCAATGTTCTGGATACTGGTTCCCTCCT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAGGCAAAGAGAAAGCTGCAATGTTCTGGATACTGGTTCCCTCCT  290

seq1  ATACCAGCTGGTTTTGTGTCAACTTGACACAAGCTGGCTGGAGTTATCAC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAGCTGGTTTTGTGTCAACTTGACACAAGCTGGCTGGAGTTATCAC  340

seq1  AGAGAAAGGAGCCTCCCTGAGAATCCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGGAGCCTCCCTGAGAATCCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCT  390

seq1  TTTTCTCAATTAGTGGTTACTCCGGGAAGGCCTATTGTGGGTGATGCCAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCAATTAGTGGTTACTCCGGGAAGGCCTATTGTGGGTGATGCCAT  440

seq1  CCCCGGTCTAGTAGTCTTGGGTTCTATAAGAAAGCAAGCTGAGCAAGTCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGGTCTAGTAGTCTTGGGTTCTATAAGAAAGCAAGCTGAGCAAGTCA  490

seq1  GGAGAAGCAAGCCAGTAGGCAGCACCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGCAAGCCAGTAGGCAGCACCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCC  540

seq1  TGCTTCCAGGTTCCTGCCATGTGAGAGATCCAGTCCTGACTTCCTTTGGT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCAGGTTCCTGCCATGTGAGAGATCCAGTCCTGACTTCCTTTGGT  590

seq1  GATGAACGGCAATGTGGAAGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAACGGCAATGTGGAAGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAA  640

seq1  CTTGCTTCTCAGTCATGGTGTTTTGTGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTCTCAGTCATGGTGTTTTGTGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAG  690

seq1  ACACCTATCAAACTCCTGTGGAAATGTTACTGCCATGGTAACAGTGTTGG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTATCAAACTCCTGTGGAAATGTTACTGCCATGGTAACAGTGTTGG  740

seq1  AGAGATTGGATTTTGTTAGAGGAGATGGCACACATCTGTAAACCCAGAAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTGGATTTTGTTAGAGGAGATGGCACACATCTGTAAACCCAGAAC  790

seq1  TTGGGAGGTAGAGACAAGAGGATTAGGAAATCAAGGTCACCCTCAGTTAC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGGTAGAGACAAGAGGATTAGGAAATCAAGGTCACCCTCAGTTAC  840

seq1  AAATCAAGTTCGAGGTCAGCCTGGCTGCAGGAGACATTGTCTCAAAACAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAGTTCGAGGTCAGCCTGGCTGCAGGAGACATTGTCTCAAAACAG  890

seq1  AAGTAGCTCTGGAGAGATGACTTAAAGGAATAAAATCTGCCTTAGTGGAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGCTCTGGAGAGATGACTTAAAGGAATAAAATCTGCCTTAGTGGAG  940

seq1  TTGGAACTTTCAGACTTGGTAAAAGGCAGAGCATGAGCCTCTATAACCCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACTTTCAGACTTGGTAAAAGGCAGAGCATGAGCCTCTATAACCCT  990

seq1  GGTGCTTCTACAGGGAGACAGGAGACAGACTGTGCAGATGGGAGAAGCCC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTCTACAGGGAGACAGGAGACAGACTGTGCAGATGGGAGAAGCCC  1040

seq1  CACAAGACTGAGGGGACAGCTAGCCTAGTGTCCAGGGTAGAAAAACAGCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGACTGAGGGGACAGCTAGCCTAGTGTCCAGGGTAGAAAAACAGCA  1090

seq1  AAGAATTC  1101
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  1098