BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295J20
Chromosome5 (Build37)
Map Location 51,329,996 - 51,471,299
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666265
Upstream geneGpr125, EG637307, LOC100041015, LOC242987, EG624734
Downstream geneLOC100041059, Ppargc1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295J20.bB6Ng01-295J20.g
ACCGA091436GA091437
length1,0971,111
definitionB6Ng01-295J20.b B6Ng01-295J20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,329,996 - 51,331,093)(51,470,165 - 51,471,299)
sequence
gaattcattttaaataactccttgaacttcaagagaccagatagtagtgc
caaaaggtatagtcaaaagaagatattaaacatacttgtgggtgtctaaa
tctgtcctatttgggaattcatagatccatgtttcttttaaaatgttgat
attacttttgcttttctaaaaagcacataaataatttaggtaattgaaag
tgactgcctttcatttaatgatcttagacacagtgaatatagtgtatgga
aataatgaacatgatcagcaggtagcaaagtgtctcgttattccggtttg
agtggctgtctttcagactaagtctccaaaaattaaaggaaaacaaaaca
caaaacaaaacaaacaaaaacaaaaacaaaacaacaacaaaaacaaaaac
cctagcatagagccaagaacaatgatgcatacagacacatatgataccct
taatccaaatttacttgttcttgtcattacaagttcagagctatatatgc
cttgatgcttcaaatacaataataataatagtcatattagtcatggcaac
atgttacaatatgaatcaaatttacatctctacatttcttttacctattg
cagtaaaggtactagactaagacagtgtacacctttggattttagaagtt
ctgttggtaggattctacttccctatatgttacagccttcaaagagaaga
agaaaatgtagaattcaagaaattcacaggaaaacaatatgtataagttt
atgatttgcctaaatgttaatacaatgactttgaatatttacacaacagg
taagtaacattttttttaaaaaatatgatgctatgaaatgataatgaaat
aatgagtacaaaatgagttcaataaacatgcatgtagtaacactgaggca
ggcaagagatacaatgttacacatcaagaaataataaactctatagtaga
aaaattccagaaaactagaaagctgacatgtagaaaagttaaaataagat
agttggtctatcttgaagtaaactctaagaaatgaaaagaaaatgagata
agagattcatatcatgcctttaagagaacaaatataaaagaacattg

gaattcaagaaggtggactccagaaaatcaaataacccattaaaaaatgg
ggctcagagctaaacaaagaattctcacctgaggaatacctaatggctga
gaagcacctgaaaaaaatgttcaacatccttaatcatcaagcaaatgcaa
attaaaacaaccctgagattccacctcactctggtcttgtatattttgta
ggagcttgggttcattccctaacagagcataaaagttaagcagcataatt
attacccacccaggttaccaccgtcaaatattactaaagactttattttc
attagaagttacagacaagtgtaaagtctagttcagctgctcatccctgc
aatcacagaacttggaggctgaagcagcctagactatggtatcttacccc
tcaattctctaaaaaatagtcttgtttctattgtaaaagctactgcttat
ataaaatatctcagagaaattatagatggaaacactctttttatgagcta
aaaagataattgattaatatccaagcctagcaaggataataatggaaaat
ataaagaccaatcagaatcacagttaatatttcaagaacactatgcatta
acataacttatccagagcttggaaaaagctgggtatcagtaaatcttgtt
aagtaccccaaaaccaaaagtatttctaatatctcttacctatatttaac
agatattaaaataagaaacaagacaaactatgttttacaactatcgccat
tcagtactgaaccccctgtaatccacttaagtaataaataatgtttaaag
aaaaggagagaatatgtgagtcagtatgattgcaaaaacaaaatctgata
ttattcaagcttaggaatgctcccaattctctctcttcaagagaatcttc
acaatgcatgagatcttttcttgtatttttaggtatttgacagtgtattg
taaaatgcccatattttctactatttgtattttgtatctttagtcatatc
tttctaatagagatgcttaactcatacatacatatacaatagtgcaaaga
atacacatatcttgctctacatagctatgcaattcatagtttcttagtta
agcatgatgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_51329996_51331093
seq2: B6Ng01-295J20.b_47_1143

seq1  GAATTCATTTTAAATAACTCCTTGAACTTCAAGAGACCAGATAGTAGTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTAAATAACTCCTTGAACTTCAAGAGACCAGATAGTAGTGC  50

seq1  CAAAAGGTATAGTCAAAAGAAGATATTAAACATACTTGTGGGTGTCTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGTATAGTCAAAAGAAGATATTAAACATACTTGTGGGTGTCTAAA  100

seq1  TCTGTCCTATTTGGGAATTCATAGATCCATGTTTCTTTTAAAATGTTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTATTTGGGAATTCATAGATCCATGTTTCTTTTAAAATGTTGAT  150

seq1  ATTACTTTTGCTTTTCTAAAAAGCACATAAATAATTTAGGTAATTGAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTTTGCTTTTCTAAAAAGCACATAAATAATTTAGGTAATTGAAAG  200

seq1  TGACTGCCTTTCATTTAATGATCTTAGACACAGTGAATATAGTGTATGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCCTTTCATTTAATGATCTTAGACACAGTGAATATAGTGTATGGA  250

seq1  AATAATGAACATGATCAGCAGGTAGCAAAGTGTCTCGTTATTCCGGTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGAACATGATCAGCAGGTAGCAAAGTGTCTCGTTATTCCGGTTTG  300

seq1  AGTGGCTGTCTTTCAGACTAAGTCTCCAAAAATTAAAGGAAAACAAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTGTCTTTCAGACTAAGTCTCCAAAAATTAAAGGAAAACAAAACA  350

seq1  CAAAACAAAACAAACAAAAACAAAAACAAAACAACAACAAAAACAAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAACAAACAAAAACAAAAACAAAACAACAACAAAAACAAAAAC  400

seq1  CCTAGCATAGAGCCAAGAACAATGATGCATACAGACACATATGATACCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCATAGAGCCAAGAACAATGATGCATACAGACACATATGATACCCT  450

seq1  TAATCCAAATTTACTTGTTCTTGTCATTACAAGTTCAGAGCTATATATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCAAATTTACTTGTTCTTGTCATTACAAGTTCAGAGCTATATATGC  500

seq1  CTTGATGCTTCAAATACAATAATAATAATAGTCATATTAGTCATGGCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGCTTCAAATACAATAATAATAATAGTCATATTAGTCATGGCAAC  550

seq1  ATGTTACAATATGAATCAAATTTACATCTCTACATTTCTTTTACCTATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACAATATGAATCAAATTTACATCTCTACATTTCTTTTACCTATTG  600

seq1  CAGTAAAGGTACTAGACTAAGACAGTGTACACCTTTGGATTTTAGAAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAAGGTACTAGACTAAGACAGTGTACACCTTTGGATTTTAGAAGTT  650

seq1  CTGTTGGTAGGATTCTACTTCCCTATATGTTACAGCCTTCAAAGAGAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGTAGGATTCTACTTCCCTATATGTTACAGCCTTCAAAGAGAAGA  700

seq1  AGAAAATGTAGAATTCAAGAAATTCACAGGAAAACAATATGTATAAGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGTAGAATTCAAGAAATTCACAGGAAAACAATATGTATAAGTTT  750

seq1  ATGATTTGCCTAAATGTTAATACAATGACTTTGAATATTTACACAACAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTGCCTAAATGTTAATACAATGACTTTGAATATTTACACAACAGG  800

seq1  TAAGTAACA-TTTTTTTAAAAAATATGATGCTATGAAATGATAATGAAAT  849
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAACATTTTTTTTAAAAAATATGATGCTATGAAATGATAATGAAAT  850

seq1  AATGAGTACAAAATGAGTTCAATAAACATGCATGTAGTAACACTGAGGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTACAAAATGAGTTCAATAAACATGCATGTAGTAACACTGAGGCA  900

seq1  GGCAAGAGATACAATGTTACACATCAAGAAATAATAAACTCTATAGTAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGAGATACAATGTTACACATCAAGAAATAATAAACTCTATAGTAGA  950

seq1  AAAATTCCAGAAAACTAG-AAGCTGACATGTAGAAAAGTTAAAATAAGAT  998
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCCAGAAAACTAGAAAGCTGACATGTAGAAAAGTTAAAATAAGAT  1000

seq1  AGTTGGTCTATCTTGAAGTAAACTCT-AGAAATGAAAAGAAAATGAGATA  1047
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  AGTTGGTCTATCTTGAAGTAAACTCTAAGAAATGAAAAGAAAATGAGAT-  1049

seq1  AAGAGAATTCATATCATGCCCTTTAAAGAGAAACAAATATAAAAG-ACAT  1096
      ||||| ||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||| ||||
seq2  AAGAG-ATTCATATCATGCC--TTTAAGAG-AACAAATATAAAAGAACAT  1095

seq1  TG  1098
      ||
seq2  TG  1097


seq1: chr5_51470165_51471299
seq2: B6Ng01-295J20.g_66_1176 (reverse)

seq1  GACATCATGCTTAACTAAGAAACTATTGGAAATGCATACCTTAATGTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||  |||||||
seq2  GACATCATGCTTAACTAAGAAACTAT--GAATTGCATAGCT--ATGTAGA  46

seq1  GCAAGATATGTGTAATTCTTTGCACTATTGTTATATGTAATTGTTATTGA  100
      ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  || |||   
seq2  GCAAGATATGTGT-ATTCTTTGCACTATTG-TATATGTA--TG-TAT--G  89

seq1  AGTTTAAAGCATCTCTATTAGGAAAGATTAATGAACTAAAGATACAAAAA  150
      ||||  |||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||| 
seq2  AGTT--AAGCATCTCTATTA-GAAAGAT--ATG-ACTAAAGATACAAAA-  132

seq1  TTACAAAATAGGTAGAAAAATTATGGGCATTTTACAATAACACTGTCAAA  200
       ||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  -TAC-AAATA-GTAGAAAA--TATGGGCATTTTACAAT-ACACTGTCAAA  176

seq1  TACCTAAAAATACAAGAAAAGATCTCATGCATTGTGAAGATTCTCTTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAAAAATACAAGAAAAGATCTCATGCATTGTGAAGATTCTCTTGAA  226

seq1  GAGAGAGAATTGGGAGCATTCCTAAGCTTGAATAATATCAGATTTTGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAATTGGGAGCATTCCTAAGCTTGAATAATATCAGATTTTGTTT  276

seq1  TTGCAATCATACTGACTCACATATTCTCTCCTTTTCTTTAAACATTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAATCATACTGACTCACATATTCTCTCCTTTTCTTTAAACATTATTT  326

seq1  ATTACTTAAGTGGATTACAGGGGGTTCAGTACTGAATGGCGATAGTTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTAAGTGGATTACAGGGGGTTCAGTACTGAATGGCGATAGTTGTA  376

seq1  AAACATAGTTTGTCTTGTTTCTTATTTTAATATCTGTTAAATATAGGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATAGTTTGTCTTGTTTCTTATTTTAATATCTGTTAAATATAGGTAA  426

seq1  GAGATATTAGAAATACTTTTGGTTTTGGGGTACTTAACAAGATTTACTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATATTAGAAATACTTTTGGTTTTGGGGTACTTAACAAGATTTACTGA  476

seq1  TACCCAGCTTTTTCCAAGCTCTGGATAAGTTATGTTAATGCATAGTGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAGCTTTTTCCAAGCTCTGGATAAGTTATGTTAATGCATAGTGTTC  526

seq1  TTGAAATATTAACTGTGATTCTGATTGGTCTTTATATTTTCCATTATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATATTAACTGTGATTCTGATTGGTCTTTATATTTTCCATTATTAT  576

seq1  CCTTGCTAGGCTTGGATATTAATCAATTATCTTTTTAGCTCATAAAAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTAGGCTTGGATATTAATCAATTATCTTTTTAGCTCATAAAAAGA  626

seq1  GTGTTTCCATCTATAATTTCTCTGAGATATTTTATATAAGCAGTAGCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCCATCTATAATTTCTCTGAGATATTTTATATAAGCAGTAGCTTT  676

seq1  TACAATAGAAACAAGACTATTTTTTAGAGAATTGAGGGGTAAGATACCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATAGAAACAAGACTATTTTTTAGAGAATTGAGGGGTAAGATACCAT  726

seq1  AGTCTAGGCTGCTTCAGCCTCCAAGTTCTGTGATTGCAGGGATGAGCAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAGGCTGCTTCAGCCTCCAAGTTCTGTGATTGCAGGGATGAGCAGC  776

seq1  TGAACTAGACTTTACACTTGTCTGTAACTTCTAATGAAAATAAAGTCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTAGACTTTACACTTGTCTGTAACTTCTAATGAAAATAAAGTCTTT  826

seq1  AGTAATATTTGACGGTGGTAACCTGGGTGGGTAATAATTATGCTGCTTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATATTTGACGGTGGTAACCTGGGTGGGTAATAATTATGCTGCTTAA  876

seq1  CTTTTATGCTCTGTTAGGGAATGAACCCAAGCTCCTACAAAATATACAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATGCTCTGTTAGGGAATGAACCCAAGCTCCTACAAAATATACAAG  926

seq1  ACCAGAGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTAATTTGCATTTGCTTGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTAATTTGCATTTGCTTGAT  976

seq1  GATTAAGGATGTTGAACATTTTTTTCAGGTGCTTCTCAGCCATTAGGTAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAGGATGTTGAACATTTTTTTCAGGTGCTTCTCAGCCATTAGGTAT  1026

seq1  TCCTCAGGTGAGAATTCTTTGTTTAGCTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGGTGAGAATTCTTTGTTTAGCTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGG  1076

seq1  TTATTTGATTTTCTGGAGTCCACCTTCTTGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGATTTTCTGGAGTCCACCTTCTTGAATTC  1111


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |