BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298A21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 31,457,632 - 31,580,261
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGtf3c2, Eif2b4, Snx17, Zfp513, Ppm1g, ENSMUSG00000055424, Nrbp1, Krtcap3, Ift172
Upstream geneHadha, Hadhb, Gpr113, EG384325, D5Wsu178e, Gm1060, Otof, 1700001C02Rik, 1700041E20Rik, Kcnk3, 4930471M23Rik, Cenpa, Dpysl5, Mapre3, 1110039B18Rik, 9430057O19Rik, 2310016E02Rik, Emilin1, Khk, Cgref1, Abhd1, Preb, Tcf23, Slc5a6, 0610007C21Rik, Cad, Slc30a3, Dnajc5g, Trim54, Ucn, Mpv17
Downstream geneFndc4, Gckr, Zfp512, 4930548H24Rik, Xab1, Supt7l, Slc4a1ap, Mrpl33, Rbks, LOC100040000, Bre, Fosl2, LOC672217, Plb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298A21.bB6Ng01-298A21.g
ACCGA093263GA093264
length1,1881,151
definitionB6Ng01-298A21.b B6Ng01-298A21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,579,062 - 31,580,261)(31,457,632 - 31,458,790)
sequence
gaattcctgatcctcctgcctcagacccttgagtattgggattacagata
gaagccacaatgcccagtgtcataatctctatgtctccaaagttaagact
accgcataactagtctgcacgctggctggtctccagttggtcgccttcct
gactcggcctttctgcctttgtccaaagtctgattgtgagccactgagct
cgctgaccctggctgactcgaggcttccttctcctgctctatctgtgtgc
ccctccactcttcgatgctcatttccccttgagcactccatcactcaggt
gtatgtcatacacttggagtatgacatcaccaaggccgtttcagtcatca
gttatctctggaactcaggaccacattcaactgttttcaactgattgttt
caagtcagggtcagatgaggtagctggagctgacctacatagaaggggct
agccacaaactccctctctttgtgccttagctttctgggggctgggatga
tagccatgtacctcccataagaccttttagttagctgcaaagtcaagtaa
aactatctgtaattctagataagtttcttaactttcttgtatgtgtcttt
gtgtctgcggctgcatctagcctgggctagactcaaacttgctctgtgac
tgattttgaactgatcttccagccttcacctcctaaattctgggactata
gacatggaataaatattatgtggcaagacctagtttttgaagcattctag
aaaaattgttctgtattggttttttgaagtcctcactgatacccctggac
tgatgaaatgttcttaaagtccagcctgttttaagaccagagttgtacag
accaactgtagccttccacatggctggagtcaccttcttaccctgtcttc
ttcgcagtggatctgattggtggctacaacattggtactatcagtcacga
aagccgggtgattggctagaacttaacgagactggacacagcttcttctt
tagagacgaaactcaggtgagagggttacctcgtctttaggcatagattg
gtccgaagggtgtgaaataagctgtttaccagaactggtggtggccaatg
cagaactagtcttgattctcttgttaccatagccagccgaagaacaaaga
cagtccgtatcttacactgttctgtgcactggccaaga
gaattcaggggaattagattcttgtgtacagaacatgctaaaagaatttc
actagtagacataataagggagtccaaatgtgcaagattggaaggtgttt
ttaagcgatatggattcaagccttattcagattgcttaacctctcagaac
ctaattgtcattacataaaatagtacctaccccatggagctcaggggtat
atgaaaagcaccccaaaccgagaaaatgcttaatatcatttatctatcct
cccttctctcccactagagaaatataaaagtcccttagtgaggtttgacc
tgggagtttctggaggggagaagataccaggagggaagtgagcccaggat
cttgcacacacactaagtccatgctcttccattgagctacatcccagccg
agatgagatcttgaaggacacataggtttaggtgttggtgtcaaaggcaa
cagaataagctaaggcacacaggaagaagagcaagaaccaagaacagcta
cactgggaaggaagatagggaagaaaggactgaggagaaaaggcttgtgg
gagaggagaaagaacagaacagaaaatattgcccccacagttacttctca
gctcaagcgtgaatcaacaccaggagcagggtcgctggcacagcctttag
tcccccccccaggttccaccttctctaacgctggaagtagggaaatacag
atgtgctgtatggatgggttgctctgcaggacaagccaagctcctctgca
atggaaggcacttctttattagttcaaaaagcaagcccgacaccgcctga
gctggatcacaacagagtgctataacacttggctcctaacactaatgcag
ttatgggcccttctgctgtgtaaggaccttactgtcctagaggtctgctt
cctctctgtataggaaaggggactcactactgggctctcttctaaagact
tctggcgtttgacaaatcttctacactactcaggtagaaaaactgtttcc
agatataacagaccaatctgagtgctctaagtctaggtttgttccaggca
atactaatgtaactgcatcatccagaggaaacaggcctacctggtctatt
cctaagaaatgtcataactactgctgccacacttcaggcctgtaactcca
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_31579062_31580261
seq2: B6Ng01-298A21.b_45_1232 (reverse)

seq1  TCTTGTCCAGTGCACAGGACAGGTGGTGATAGAATACAGACTGTCCTTTG  50
      ||||| ||||||||||| |||    ||| ||  |||| |||||| |||||
seq2  TCTTGGCCAGTGCACAGAACA----GTG-TAAGATACGGACTGT-CTTTG  44

seq1  TTCCTCTGCTATGCTAATGGTA--CAGAGAACCAAGAACCTAGTTCTGCA  98
      ||| || |||  ||| ||||||   |||||| |||||  |||||||||||
seq2  TTCTTCGGCT-GGCT-ATGGTAACAAGAGAATCAAGA--CTAGTTCTGCA  90

seq1  TTGCCCACCA-CAGTCCTTGGTAACAGCTTATTTCACACCCTCTGGACCA  147
      ||| |||||| |||| || |  ||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  TTGGCCACCACCAGTTCTGGTAAACAGCTTATTTCACACCCTTCGGACCA  140

seq1  TCCTATGCCTAAAGACCGAGTAACCCTTCTCACCCGAAGTTTCCGGTCTC  197
        ||||||||||||||   ||||||| ||||||| | ||||||  |||||
seq2  ATCTATGCCTAAAGACGAGGTAACCC-TCTCACCTG-AGTTTC--GTCTC  186

seq1  TAAAG-AGAAGCTTGTGTCCAGTCTCGTTAAGTTCTAGCCAATCCACCCG  246
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAAAGAAGAAGC-TGTGTCCAGTCTCGTTAAGTTCTAGCCAAT-CACCCG  234

seq1  GCTTTCGTGACTGATAGTACCAATGTTGTAGCCACCAATCAGATCCACTG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCGTGACTGATAGTACCAATGTTGTAGCCACCAATCAGATCCACTG  284

seq1  CGAAGAAGACAGGGTAAGAAGGTGACTCCAGCCATGTGGAAGGCTACAGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGAAGACAGGGTAAGAAGGTGACTCCAGCCATGTGGAAGGCTACAGT  334

seq1  TGGTCTGTACAACTCTGGTCTTAAAACAGGCTGGACTTTAAGAACATTTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTGTACAACTCTGGTCTTAAAACAGGCTGGACTTTAAGAACATTTC  384

seq1  ATCAGTCCAGGGGTATCAGTGAGGACTTCAAAAAACCAATACAGAACAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCCAGGGGTATCAGTGAGGACTTCAAAAAACCAATACAGAACAAT  434

seq1  TTTTCTAGAATGCTTCAAAAACTAGGTCTTGCCACATAATATTTATTCCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAGAATGCTTCAAAAACTAGGTCTTGCCACATAATATTTATTCCA  484

seq1  TGTCTATAGTCCCAGAATTTAGGAGGTGAAGGCTGGAAGATCAGTTCAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATAGTCCCAGAATTTAGGAGGTGAAGGCTGGAAGATCAGTTCAAA  534

seq1  ATCAGTCACAGAGCAAGTTTGAGTCTAGCCCAGGCTAGATGCAGCCGCAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCACAGAGCAAGTTTGAGTCTAGCCCAGGCTAGATGCAGCCGCAG  584

seq1  ACACAAAGACACATACAAGAAAGTTAAGAAACTTATCTAGAATTACAGAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAGACACATACAAGAAAGTTAAGAAACTTATCTAGAATTACAGAT  634

seq1  AGTTTTACTTGACTTTGCAGCTAACTAAAAGGTCTTATGGGAGGTACATG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTACTTGACTTTGCAGCTAACTAAAAGGTCTTATGGGAGGTACATG  684

seq1  GCTATCATCCCAGCCCCCAGAAAGCTAAGGCACAAAGAGAGGGAGTTTGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCATCCCAGCCCCCAGAAAGCTAAGGCACAAAGAGAGGGAGTTTGT  734

seq1  GGCTAGCCCCTTCTATGTAGGTCAGCTCCAGCTACCTCATCTGACCCTGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGCCCCTTCTATGTAGGTCAGCTCCAGCTACCTCATCTGACCCTGA  784

seq1  CTTGAAACAATCAGTTGAAAACAGTTGAATGTGGTCCTGAGTTCCAGAGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAACAATCAGTTGAAAACAGTTGAATGTGGTCCTGAGTTCCAGAGA  834

seq1  TAACTGATGACTGAAACGGCCTTGGTGATGTCATACTCCAAGTGTATGAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGATGACTGAAACGGCCTTGGTGATGTCATACTCCAAGTGTATGAC  884

seq1  ATACACCTGAGTGATGGAGTGCTCAAGGGGAAATGAGCATCGAAGAGTGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACCTGAGTGATGGAGTGCTCAAGGGGAAATGAGCATCGAAGAGTGG  934

seq1  AGGGGCACACAGATAGAGCAGGAGAAGGAAGCCTCGAGTCAGCCAGGGTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCACACAGATAGAGCAGGAGAAGGAAGCCTCGAGTCAGCCAGGGTC  984

seq1  AGCGAGCTCAGTGGCTCACAATCAGACTTTGGACAAAGGCAGAAAGGCCG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAGCTCAGTGGCTCACAATCAGACTTTGGACAAAGGCAGAAAGGCCG  1034

seq1  AGTCAGGAAGGCGACCAACTGGAGACCAGCCAGCGTGCAGACTAGTTATG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGAAGGCGACCAACTGGAGACCAGCCAGCGTGCAGACTAGTTATG  1084

seq1  CGGTAGTCTTAACTTTGGAGACATAGAGATTATGACACTGGGCATTGTGG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTAGTCTTAACTTTGGAGACATAGAGATTATGACACTGGGCATTGTGG  1134

seq1  CTTCTATCTGTAATCCCAATACTCAAGGGTCTGAGGCAGGAGGATCAGGA  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATCTGTAATCCCAATACTCAAGGGTCTGAGGCAGGAGGATCAGGA  1184

seq1  ATTC  1200
      ||||
seq2  ATTC  1188

seq1: chr5_31457632_31458790
seq2: B6Ng01-298A21.g_68_1218

seq1  GAATTCAGGGGAATTAGATTCTTGTGTACAGAACATGCTAAAAGAATTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGGAATTAGATTCTTGTGTACAGAACATGCTAAAAGAATTTC  50

seq1  ACTAGTAGACATAATAAGGGAGTCCAAATGTGCAAGATTGGAAGGTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTAGACATAATAAGGGAGTCCAAATGTGCAAGATTGGAAGGTGTTT  100

seq1  TTAAGCGATATGGATTCAAGCCTTATTCAGATTGCTTAACCTCTCAGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCGATATGGATTCAAGCCTTATTCAGATTGCTTAACCTCTCAGAAC  150

seq1  CTAATTGTCATTACATAAAATAGTACCTACCCCATGGAGCTCAGGGGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTGTCATTACATAAAATAGTACCTACCCCATGGAGCTCAGGGGTAT  200

seq1  ATGAAAAGCACCCCAAACCGAGAAAATGCTTAATATCATTTATCTATCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAGCACCCCAAACCGAGAAAATGCTTAATATCATTTATCTATCCT  250

seq1  CCCTTCTCTCCCACTAGAGAAATATAAAAGTCCCTTAGTGAGGTTTGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTCTCCCACTAGAGAAATATAAAAGTCCCTTAGTGAGGTTTGACC  300

seq1  TGGGAGTTTCTGGAGGGGAGAAGATACCAGGAGGGAAGTGAGCCCAGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTTTCTGGAGGGGAGAAGATACCAGGAGGGAAGTGAGCCCAGGAT  350

seq1  CTTGCACACACACTAAGTCCATGCTCTTCCATTGAGCTACATCCCAGCCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCACACACACTAAGTCCATGCTCTTCCATTGAGCTACATCCCAGCCG  400

seq1  AGATGAGATCTTGAAGGACACATAGGTTTAGGTGTTGGTGTCAAAGGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGATCTTGAAGGACACATAGGTTTAGGTGTTGGTGTCAAAGGCAA  450

seq1  CAGAATAAGCTAAGGCACACAGGAAGAAGAGCAAGAACCAAGAACAGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATAAGCTAAGGCACACAGGAAGAAGAGCAAGAACCAAGAACAGCTA  500

seq1  CACTGGGAAGGAAGATAGGGAAGAAAGGACTGAGGAGAAAAGGCTTGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGAAGGAAGATAGGGAAGAAAGGACTGAGGAGAAAAGGCTTGTGG  550

seq1  GAGAGGAGAAAGAACAGAACAGAAAATATTGCCCCCACAGTTACTTCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAGAAAGAACAGAACAGAAAATATTGCCCCCACAGTTACTTCTCA  600

seq1  GCTCAAGCGTGAATCAACACCAGGAGCAGGGTCGCTGGCACAGCCTTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAGCGTGAATCAACACCAGGAGCAGGGTCGCTGGCACAGCCTTTAG  650

seq1  TCCCCCCCCCAGGTTCCACCTTCTCTAACGCTGGAAGTAGGGAAATACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCCCCAGGTTCCACCTTCTCTAACGCTGGAAGTAGGGAAATACAG  700

seq1  ATGTGCTGTATGGATGGGTTGCTCTGCAGGACAAGCCAAGCTCCTCTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTGTATGGATGGGTTGCTCTGCAGGACAAGCCAAGCTCCTCTGCA  750

seq1  ATGGAAGGCACTTCTTTATTAGTTCAAAAAGCAAGCCCGACACCGCCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGGCACTTCTTTATTAGTTCAAAAAGCAAGCCCGACACCGCCTGA  800

seq1  GCTGGATCACAACAGAGTGCTATAACACTTGGCTCCTAACACTAATGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGATCACAACAGAGTGCTATAACACTTGGCTCCTAACACTAATGCAG  850

seq1  TTATGGGCCCTTCTGCTGTGTAAGGACCTTACTGTCCTAGAGGTCTGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGCCCTTCTGCTGTGTAAGGACCTTACTGTCCTAGAGGTCTGCTT  900

seq1  CCTCTTCTGTATAGG-AAGGGGACTCACTACTTGGCTCTCTTCTTAAAGA  949
      |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  CCTC-TCTGTATAGGAAAGGGGACTCACTACTGGGCTCTCTTC-TAAAGA  948

seq1  CTTCTGGCGTTTGACAAATCTTCTACACTACTCAGGTAG-AAAACTGTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTCTGGCGTTTGACAAATCTTCTACACTACTCAGGTAGAAAAACTGTTT  998

seq1  CCAGATATAACAGACCAATCTTGAGTGCTCTAAAGTCTAGGTTTTGTTTC  1048
      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| |
seq2  CCAGATATAACAGACCAATC-TGAGTGCTCT-AAGTCTAGG-TTTGTTCC  1045

seq1  AGGCAATACTAATGTAAACTGCATCCCATCCAAGAGGAAACAGG-CTACC  1097
      ||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||| |||||
seq2  AGGCAATACTAATGT-AACTGCAT--CATCC-AGAGGAAACAGGCCTACC  1091

seq1  TGTTTCCTATTTCCTAAG--ATGGTCTAACTACTTCCTTCCACACTTCA-  1144
      || |  ||| ||||||||  |||   ||||||| | || |||||||||| 
seq2  TGGT--CTA-TTCCTAAGAAATGTCATAACTAC-TGCTGCCACACTTCAG  1137

seq1  GCCTGTATACTCCAA  1159
      ||||||| |||||||
seq2  GCCTGTA-ACTCCAA  1151