BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298L17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 139,971,872 - 140,133,086
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUncx4.1, LOC100041200, LOC100041209
Upstream geneEG666533, 1700123K08Rik, Zfp68, LOC665882, A430033K04Rik, BC004044, EG384244, Pdgfa, Prkar1b, Heatr2, Unc84a, 1110007L15Rik, Centa1, Cox19, Cyp2w1, 3110082I17Rik, D830046C22Rik, Gpr146, C130050O18Rik, Gpr30, Zfand2a
Downstream geneLOC100041217, Micall2, Ints1, Mafk, BC019731, 1810042K04Rik, A930017N06Rik, LOC100041270, Mad1l1, Ftsj2, Nudt1, Snx8, Eif3s9, LOC100041291, EG231836, Chst12, Grifin, Lfng, Ttyh3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298L17.bB6Ng01-298L17.g
ACCGA093763GA093764
length7021,128
definitionB6Ng01-298L17.b B6Ng01-298L17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,971,872 - 139,972,573)(140,131,980 - 140,133,086)
sequence
gaattcttgtctcttggtggtcttttgactgaaaggataaagtacttggt
cccccactgccaccccttactcttaaagacatattccaagacctgagaat
agctgtccaaaatggagcatagatagtatgaagtcttaaggtaggtttat
ttttttccttctatatgtaccagtagggtttggatgtaaaaagttccccc
atagacttatgggggggcacttagtgcccagctggtagtgctgttttggg
gggttgtggaaccctcaggaggtgatcgggacctcgatggagggagagga
tgagggaggactgttactcccagccccagctgtctccggaaccaccaagt
gtgaagcagtgctcccagctcctgccaccgtggagtgagcggcacatgca
gtgagccttccttccacgatggccggatagtccattgctatcacgtgcta
cctaagctagttcaaagcaaaccatgggagcagggaggccctccctcgtc
tcctccaaacccctgtattctgggtcatgttggccttctgtctccataat
gaggaggcgtgggaaacagcaaagaacaaagggtattaaaagtccctgtg
tgggtcagctgagtgtctctgagtgtaggtaaaagttgcctgctgccaag
cctgacagtctgagttccatccctgggatccacatgatggggggtggggg
ta
gaattcattccccaatgctctgaaaaattaaaagccaacagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagagaactgctctaatggttgatactcatctagatttgtggggtctatg
ctttgcctctgttttaattctttccgggttacttcatctccatcctcctc
ctccttgtcatcttattatcttcactatcactatcactatcaccatcacc
accatcaccattatcttagttagggtttctattcctgcacaaacatcatg
accaagaggcaagttgaggaggaaagggtttattcagcttacacttccac
attgctgttcatcaccacagaagtcaggactggaactcaagcagggcaga
gagcaggagctgatgcagaagctatggagggatgttacttactggcttgc
ttcccctggcttgctcagcctgctctcttatagaaccaagactaccagcc
cagagatggcaccacccataaggggacctcccctcttgatcactaattga
gaaaatgtcttgcagctggatctcgtggaggcacttccccaactgaagct
cctttctctgtgataactccagctgtgtcaagttgacacaaaaactagcc
agtacaaccatcatcaccatcacctcttttaagaataaacttcagacaga
atgaccaccactgcagttcaacatatattctccaaaaaacaaggataatc
tttttttctttttctttaagacggggtcttattatgtagtcctgactagc
ctacaactccacatggagaccaggctggcctcaaactcgcagatcccttt
acctcagccctctctgggtgctaggattaacgatgtgcaccaccatgcct
agccagaacattctttttatcaattctcattatactggttcccattcagg
aactgggggagagggggcttcctgacagcctcggagtctgtccctgggaa
ccttaccagaaggtgaaaggagagaacagatttcataaggttgtccctct
gacctccacattctggccctctggcatttggggtgccatatatacactca
aatgtgacacattagggcaccacacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_139971872_139972573
seq2: B6Ng01-298L17.b_47_748

seq1  GAATTCTTGTCTCTTGGTGGTCTTTTGACTGAAAGGATAAAGTACTTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTCTCTTGGTGGTCTTTTGACTGAAAGGATAAAGTACTTGGT  50

seq1  CCCCCACTGCCACCCCTTACTCTTAAAGACATATTCCAAGACCTGAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACTGCCACCCCTTACTCTTAAAGACATATTCCAAGACCTGAGAAT  100

seq1  AGCTGTCCAAAATGGAGCATAGATAGTATGAAGTCTTAAGGTAGGTTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCCAAAATGGAGCATAGATAGTATGAAGTCTTAAGGTAGGTTTAT  150

seq1  TTTTTTCCTTCTATATGTACCAGTAGGGTTTGGATGTAAAAAGTTCCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCCTTCTATATGTACCAGTAGGGTTTGGATGTAAAAAGTTCCCCC  200

seq1  ATAGACTTATGGGGGGGCACTTAGTGCCCAGCTGGTAGTGCTGTTTTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTTATGGGGGGGCACTTAGTGCCCAGCTGGTAGTGCTGTTTTGGG  250

seq1  GGGTTGTGGAACCCTCAGGAGGTGATCGGGACCTCGATGGAGGGAGAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGTGGAACCCTCAGGAGGTGATCGGGACCTCGATGGAGGGAGAGGA  300

seq1  TGAGGGAGGACTGTTACTCCCAGCCCCAGCTGTCTCCGGAACCACCAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGAGGACTGTTACTCCCAGCCCCAGCTGTCTCCGGAACCACCAAGT  350

seq1  GTGAAGCAGTGCTCCCAGCTCCTGCCACCGTGGAGTGAGCGGCACATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGCAGTGCTCCCAGCTCCTGCCACCGTGGAGTGAGCGGCACATGCA  400

seq1  GTGAGCCTTCCTTCCACGATGGCCGGATAGTCCATTGCTATCACGTGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCTTCCTTCCACGATGGCCGGATAGTCCATTGCTATCACGTGCTA  450

seq1  CCTAAGCTAGTTCAAAGCAAACCATGGGAGCAGGGAGGCCCTCCCTCGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGCTAGTTCAAAGCAAACCATGGGAGCAGGGAGGCCCTCCCTCGTC  500

seq1  TCCTCCAAACCCCTGTATTCTGGGTCATGTTGGCCTTCTGTCTCCATAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCAAACCCCTGTATTCTGGGTCATGTTGGCCTTCTGTCTCCATAAT  550

seq1  GAGGAGGCGTGGGAAACAGCAAAGAACAAAGGGTATTAAAAGTCCCTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGCGTGGGAAACAGCAAAGAACAAAGGGTATTAAAAGTCCCTGTG  600

seq1  TGGGTCAGCTGAGTGTCTCTGAGTGTAGGTAAAAGTTGCCTGCTGCCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCAGCTGAGTGTCTCTGAGTGTAGGTAAAAGTTGCCTGCTGCCAAG  650

seq1  CCTGACAGTCTGAGTTCCATCCCTGGGATCCACATGATGGGGGGTGGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACAGTCTGAGTTCCATCCCTGGGATCCACATGATGGGGGGTGGGGG  700

seq1  TA  702
      ||
seq2  TA  702

seq1: chr5_140131980_140133086
seq2: B6Ng01-298L17.g_73_1200 (reverse)

seq1  TGTGTGTGTGTGCCC--ATGTGT--CATGTG-GTGTATAT-GGGCA-CAC  43
      |||||||| ||||||  ||||||  ||| || ||||||||  |||| | |
seq2  TGTGTGTG-GTGCCCTAATGTGTCACATTTGAGTGTATATATGGCACCCC  49

seq1  AAATGCCAGAGGG-CAG-ATGTGGAGGTCAGAGGG-CAACCTTATGAAAT  90
      ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAATGCCAGAGGGCCAGAATGTGGAGGTCAGAGGGACAACCTTATGAAAT  99

seq1  CTGTTCTCTCCTTTCACC-TCTGTGTAGGTT-CCAAGGACAGACCTCGA-  137
      |||||||||||||||||| ||||   ||||| ||| ||||||||  ||| 
seq2  CTGTTCTCTCCTTTCACCTTCTGGTAAGGTTCCCAGGGACAGACTCCGAG  149

seq1  GCTGTCAGGA--GCCCCTCT-CCCCAGTTCCTGAATGGG-ACCAGTATAT  183
      ||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  GCTGTCAGGAAGCCCCCTCTCCCCCAGTTCCTGAATGGGAACCAGTATAA  199

seq1  TGAGAATTGATAAAAAGAATGTTCTGGCTAGGCATGGTGGTGCACATCGT  233
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATTGATAAAAAGAATGTTCTGGCTAGGCATGGTGGTGCACATCGT  249

seq1  TAATCCTAGCA-CCAGAGA-GGCTGAGGTAAATGGATCTGCGAGTTTGAG  281
      ||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TAATCCTAGCACCCAGAGAGGGCTGAGGTAAAGGGATCTGCGAGTTTGAG  299

seq1  GCCAGCCTGGTCTCCATGTGGAGTTGTAGGCTAGTCAGGACTACATAATA  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCTGGTCTCCATGTGGAGTTGTAGGCTAGTCAGGACTACATAATA  349

seq1  AGACCCCGTCTTAAAGAAAAAGAAAAAAAGATTATCCTTGTTTTTTGGAG  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCCGTCTTAAAGAAAAAGAAAAAAAGATTATCCTTGTTTTTTGGAG  399

seq1  AATATATGTTGAACTGCAGTGGTGGTCATTCTGTCTGAAGTTTATTCTTA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATGTTGAACTGCAGTGGTGGTCATTCTGTCTGAAGTTTATTCTTA  449

seq1  AAAGAGGTGATGGTGATGATGGTTGTACTGGCTAG-TTTTGTGTCAACTT  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAAGAGGTGATGGTGATGATGGTTGTACTGGCTAGTTTTTGTGTCAACTT  499

seq1  GACACAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGGGGAAGTGCC  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGGGGAAGTGCC  549

seq1  TCCACGAGATCCAGCTGCAAGACATTTTCTCAATTAGTGATCAAGAGGGG  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGAGATCCAGCTGCAAGACATTTTCTCAATTAGTGATCAAGAGGGG  599

seq1  AGGTCCCCTTATGGGTGGTGCCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTAT  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCCCTTATGGGTGGTGCCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTAT  649

seq1  AAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGTAACATCC  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGTAACATCC  699

seq1  CTCCATAGCTTCTGCATCAGCTCCTGCTCTCTGCCCTGCTTGAGTTCCAG  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATAGCTTCTGCATCAGCTCCTGCTCTCTGCCCTGCTTGAGTTCCAG  749

seq1  TCCTGACTTCTGTGGTGATGAACAGCAATGTGGAAGTGTAAGCTGAATAA  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACTTCTGTGGTGATGAACAGCAATGTGGAAGTGTAAGCTGAATAA  799

seq1  ACCCTTTCCTCCTCAACTTGCCTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATA  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTCCTCCTCAACTTGCCTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATA  849

seq1  GAAACCCTAACTAAGATAATGGTGATGGTGGTGATGGTGATAGTGATAGT  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCTAACTAAGATAATGGTGATGGTGGTGATGGTGATAGTGATAGT  899

seq1  GATAGTGAAGATAATAAGATGACAAGGAGGAGGAGGATGGAGATGAAGTA  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTGAAGATAATAAGATGACAAGGAGGAGGAGGATGGAGATGAAGTA  949

seq1  ACCCGGAAAGAATTAAAACAGAGGCAAAGCATAGACCCCACAAATCTAGA  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGGAAAGAATTAAAACAGAGGCAAAGCATAGACCCCACAAATCTAGA  999

seq1  TGAGTATCAACCATTAGAGCAGT--TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  1028
      |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATCAACCATTAGAGCAGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  1049

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTGGCTTTT  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTGGCTTTT  1099

seq1  AATTTTTCAGAGCATTGGGGAATGAATTC  1107
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTCAGAGCATTGGGGAATGAATTC  1128