BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300F09
Chromosome5 (Build37)
Map Location 136,717,322 - 136,850,646
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSh2b2, Cutl1
Upstream geneBaz1b, Fzd9, Fkbp6, Trim50, Nsun5, Pom121, Hip1, Ccl26l, Ccl24, Rhbdd2, Por, 2010310D06Rik, Styxl1, Mdh2, 2900083I11Rik, Hspb1, Ywhag, Srcrb4d, Zp3, Dtx2, Upk3b, 2310043J07Rik, Rasa4, Polr2j, 1200011O22Rik, Alkbh4, Tmem142b, Prkrip1, LOC269718
Downstream geneMylc2pl, Emid2, LOC677021, Rabl5, Fis1, Cldn15, Znhit1, Plod3, LOC639992, Vgf, Ap1s1, Serpine1, Trim56, Muc3, LOC100040941, Ache, 2700038N03Rik, Ars2, Trip6, Slc12a9, Ephb4, Zan
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300F09.bB6Ng01-300F09.g
ACCGA094939GA094940
length1,1751,039
definitionB6Ng01-300F09.b B6Ng01-300F09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,849,466 - 136,850,646)(136,717,322 - 136,718,356)
sequence
gaattccacctgtctccactgcactactgggattaccaatgcccacactt
ggctgcttatgtgggtgctggggactcagaaccatctcccagccccaaaa
tcattttctttgtccacaaggcctcccaagacttgtccagatgttctttt
gctctctgtattctaatggggaacttggtgcctttcctagctggctggcc
acaggcctgctatgggggtgatactgtgcttttataggtgcccctacttc
ttagaactagcagctagcttcatgcctctgattgttcttagcacccagca
ttagtaaaggaccatcatgctacagatagagttggggatagaccttccac
agacttcaacaagcacaaagcgctgatgcacacggctctggatttaatac
acaacagcacatgatctaaatgtggtgttacctctagtcctagcacctga
gaaatgaaggcaggcggatcagaaattcaaggccagcatggtttacatga
gcctctgcctcaaaaagtaaagtaaaataaagaaaagacaagggcatgga
cttacagagccctagggcactttcctttctccaagagtttccatgtatat
atagaatggtgatcacctggagtcagcaggcttagttcagctttctacca
gtcaaccaggtaaacccaggctagctcttccttctcccttaactttagtg
cctcttctgtagttagtgccattgtgagacttctaagaaagtgctgtcca
tacaagtgttctgtggcctgagcaactcactcagttccaggtcctggact
tcctggactcatttaatgtagatgcaccttttcatggaccagaatccccc
agagaagtctctgtaaataagataggctgctctgaggcctccttccttcc
actcagtacgcctgtgttgctatttctgaccagtaaatgaaaatccttta
agaatcccaaccaccagagttggcaaatcccagtgagttctgttgttcat
tccatttccacacgtttaggattcttgggactgagtggcccagtgccata
gagctattgaaggggatctagtccttagagatctccagagaatgacttct
gtatactgtctagattgccagttatgtactggatgtgctcagaaggttcc
aaacctactggactcctggttatga
gaattcataccgaggatacacttgccgtccctggggacagaacacagccg
taaaaagacgcagttaggtgagatcgaaagagactccattagaagctggg
tctgtggcagcccctgtaaccccacatggacagtcagagacagacagcga
ggcaggctcgaagactaattaaatctccccccatggggactgcagcctgg
aggttcacgacacctgaaaaccctcccttatactttgccagggttcaggg
gaccatgcgagaaataagaatcagctttgggcgtggcagtgcacacccca
acagttaggaggtggagtcatgagctcctggagttcagccttggtaacag
agggagatgttcagggctgcacaaggctcttatctcgaaacaaataagaa
caccagctggtgatagcagtgcacaccgttgatcccagcactcaggaggc
agaggcaggaggatctctgggagtactagggcagcctggtctacaaagtg
agttccaggatagacagggctacacagagaaaccctgactcaaaacaaaa
acaaaacaaaacaaaacaaaacaaaaaaaaaaccaagggctattaaaatg
acttcgtaggtaaaggtgtttgccaccaagtctgatgaccctagtggcat
ccccaggacccacatggtggaaggagaaagctgacttccaaagttgtctt
ctgatgtccacatgtatgccacagcagggcatgcccgtaacacacacaca
caaataaatgttataaaaattacaacaacaacaacaacaaaaattacaac
aacaacaacaacatcagagcttaagctcttgcccaggggaagtggcttgg
gagtctctgatctggggactgagtgactttgggcaaatcattctacgtcc
cctaatttgttttgtgacaatgctcaaaagtttggcacaggtcaagctga
gatcaagttagttagcccttgggaggcagagactccactggctagctgtc
ccttaccttcagcacttcctcttccctctcccttccccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_136849466_136850646
seq2: B6Ng01-300F09.b_48_1222 (reverse)

seq1  TCATAACCAGGGGAGTCCAAGTAGGTGTTGTACC-TCTGAGCCACATCCA  49
      |||||||||  ||||||| ||||||| | | ||| |||||| ||||||||
seq2  TCATAACCA--GGAGTCC-AGTAGGTTTGGAACCTTCTGAG-CACATCCA  46

seq1  GTCCCTTACTGGCAATTCTAGACCAGTATACAGAAGTCATCTCCTGGAGA  99
      || | | |||||||| |||||| |||||||||||||||||   |||||||
seq2  GTACATAACTGGCAA-TCTAGA-CAGTATACAGAAGTCATTCTCTGGAGA  94

seq1  TTCTCTTAGGGCCTAGATTCCCCTTTCATAGCCTCTATGGCCACT-GGCC  148
       |||| || || ||||| |||||||  |||| |||||||| |||| ||||
seq2  -TCTC-TAAGGACTAGA-TCCCCTTCAATAG-CTCTATGG-CACTGGGCC  139

seq1  ACTCAGT-CCAAG-ATCCTTAACGTGTGGAAATGGAATG-ACAACAGAAC  195
      ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACTCAGTCCCAAGAATCCTAAACGTGTGGAAATGGAATGAACAACAGAAC  189

seq1  TCACTGGGATTTGCCAACTCTGGTGGTTGGGATTCTTTAAGGATTTTCAT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCACTGGGATTTGCCAACTCTGGTGGTTGGGATTCTTAAAGGATTTTCAT  239

seq1  TTACTGGTCAGAAATAGCAACACAGGCGTACTGAGTGGAAGGAAGGAGGC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGGTCAGAAATAGCAACACAGGCGTACTGAGTGGAAGGAAGGAGGC  289

seq1  CTCAGAGCAGCCTATCTTATTTACAGAGACTTCTCTGGGGGATTCTGGTC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGCAGCCTATCTTATTTACAGAGACTTCTCTGGGGGATTCTGGTC  339

seq1  CATGAAAAGGTGCATCTACATTAAATGAGTCCAGGAAGTCCAGGACCTGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAAGGTGCATCTACATTAAATGAGTCCAGGAAGTCCAGGACCTGG  389

seq1  AACTGAGTGAGTTGCTCAGGCCACAGAACACTTGTATGGACAGCACTTTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGTGAGTTGCTCAGGCCACAGAACACTTGTATGGACAGCACTTTC  439

seq1  TTAGAAGTCTCACAATGGCACTAACTACAGAAGAGGCACTAAAGTTAAGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGTCTCACAATGGCACTAACTACAGAAGAGGCACTAAAGTTAAGG  489

seq1  GAGAAGGAAGAGCTAGCCTGGGTTTACCTGGTTGACTGGTAGAAAGCTGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGAAGAGCTAGCCTGGGTTTACCTGGTTGACTGGTAGAAAGCTGA  539

seq1  ACTAAGCCTGCTGACTCCAGGTGATCACCATTCTATATATACATGGAAAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGCCTGCTGACTCCAGGTGATCACCATTCTATATATACATGGAAAC  589

seq1  TCTTGGAGAAAGGAAAGTGCCCTAGGGCTCTGTAAGTCCATGCCCTTGTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGAGAAAGGAAAGTGCCCTAGGGCTCTGTAAGTCCATGCCCTTGTC  639

seq1  TTTTCTTTATTTTACTTTACTTTTTGAGGCAGAGGCTCATGTAAACCATG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTATTTTACTTTACTTTTTGAGGCAGAGGCTCATGTAAACCATG  689

seq1  CTGGCCTTGAATTTCTGATCCGCCTGCCTTCATTTCTCAGGTGCTAGGAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTTGAATTTCTGATCCGCCTGCCTTCATTTCTCAGGTGCTAGGAC  739

seq1  TAGAGGTAACACCACATTTAGATCATGTGCTGTTGTGTATTAAATCCAGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTAACACCACATTTAGATCATGTGCTGTTGTGTATTAAATCCAGA  789

seq1  GCCGTGTGCATCAGCGCTTTGTGCTTGTTGAAGTCTGTGGAAGGTCTATC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGTGCATCAGCGCTTTGTGCTTGTTGAAGTCTGTGGAAGGTCTATC  839

seq1  CCCAACTCTATCTGTAGCATGATGGTCCTTTACTAATGCTGGGTGCTAAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACTCTATCTGTAGCATGATGGTCCTTTACTAATGCTGGGTGCTAAG  889

seq1  AACAATCAGAGGCATGAAGCTAGCTGCTAGTTCTAAGAAGTAGGGGCACC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCAGAGGCATGAAGCTAGCTGCTAGTTCTAAGAAGTAGGGGCACC  939

seq1  TATAAAAGCACAGTATCACCCCCATAGCAGGCCTGTGGCCAGCCAGCTAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGCACAGTATCACCCCCATAGCAGGCCTGTGGCCAGCCAGCTAG  989

seq1  GAAAGGCACCAAGTTCCCCATTAGAATACAGAGAGCAAAAGAACATCTGG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCACCAAGTTCCCCATTAGAATACAGAGAGCAAAAGAACATCTGG  1039

seq1  ACAAGTCTTGGGAGGCCTTGTGGACAAAGAAAATGATTTTGGGGCTGGGA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTCTTGGGAGGCCTTGTGGACAAAGAAAATGATTTTGGGGCTGGGA  1089

seq1  GATGGTTCTGAGTCCCCAGCACCCACATAAGCAGCCAAGTGTGGGCATTG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTCTGAGTCCCCAGCACCCACATAAGCAGCCAAGTGTGGGCATTG  1139

seq1  GTAATCCCAGTAGTGCAGTGGAGACAGGTGGAATTC  1181
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCCCAGTAGTGCAGTGGAGACAGGTGGAATTC  1175

seq1: chr5_136717322_136718356
seq2: B6Ng01-300F09.g_70_1108

seq1  GAATTCATACCGAGGATACACTTGCCGTCCCTGGGGACAGAACACAGCCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACCGAGGATACACTTGCCGTCCCTGGGGACAGAACACAGCCG  50

seq1  TAAAAAGACGCAGTTAGGTGAGATCGAAAGAGACTCCATTAGAAGCTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGACGCAGTTAGGTGAGATCGAAAGAGACTCCATTAGAAGCTGGG  100

seq1  TCTGTGGCAGCCCCTGTAACCCCACATGGACAGTCAGAGACAGACAGCGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGCAGCCCCTGTAACCCCACATGGACAGTCAGAGACAGACAGCGA  150

seq1  GGCAGGCTCGAAGACTAATTAAATCTCCCCCCATGGGGACTGCAGCCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGCTCGAAGACTAATTAAATCTCCCCCCATGGGGACTGCAGCCTGG  200

seq1  AGGTTCACGACACCTGAAAACCCTCCCTTATACTTTGCCAGGGTTCAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCACGACACCTGAAAACCCTCCCTTATACTTTGCCAGGGTTCAGGG  250

seq1  GACCATGCGAGAAATAAGAATCAGCTTTGGGCGTGGCAGTGCACACCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGCGAGAAATAAGAATCAGCTTTGGGCGTGGCAGTGCACACCCCA  300

seq1  ACAGTTAGGAGGTGGAGTCATGAGCTCCTGGAGTTCAGCCTTGGTAACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAGGAGGTGGAGTCATGAGCTCCTGGAGTTCAGCCTTGGTAACAG  350

seq1  AGGGAGATGTTCAGGGCTGCACAAGGCTCTTATCTCGAAACAAATAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGATGTTCAGGGCTGCACAAGGCTCTTATCTCGAAACAAATAAGAA  400

seq1  CACCAGCTGGTGATAGCAGTGCACACCGTTGATCCCAGCACTCAGGAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCTGGTGATAGCAGTGCACACCGTTGATCCCAGCACTCAGGAGGC  450

seq1  AGAGGCAGGAGGATCTCTGGGAGTACTAGGGCAGCCTGGTCTACAAAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAGGAGGATCTCTGGGAGTACTAGGGCAGCCTGGTCTACAAAGTG  500

seq1  AGTTCCAGGATAGACAGGGCTACACAGAGAAACCCTGACTCAAAACAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAGGATAGACAGGGCTACACAGAGAAACCCTGACTCAAAACAAAA  550

seq1  ACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAAAAAAACCAAGGGCTATTAAAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAAAAAAACCAAGGGCTATTAAAATG  600

seq1  ACTTCGTAGGTAAAGGTGTTTGCCACCAAGTCTGATGACCCTAGTGGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCGTAGGTAAAGGTGTTTGCCACCAAGTCTGATGACCCTAGTGGCAT  650

seq1  CCCCAGGACCCACATGGTGGAAGGAGAAAGCTGACTTCCAAAGTTGTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGACCCACATGGTGGAAGGAGAAAGCTGACTTCCAAAGTTGTCTT  700

seq1  CTGATGTCCACATGTATGCCACAGCAGGGCATGCCCGTAACACACACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTCCACATGTATGCCACAGCAGGGCATGCCCGTAACACACACACA  750

seq1  CAAATAAATGTTATAAAAATTACAACAACAACAACAACAAAAATTACAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAATGTTATAAAAATTACAACAACAACAACAACAAAAATTACAAC  800

seq1  AACAACAACAACATCAGAGCTTAAGCTCTTGCCCAGGGGAAGTGGCTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAACAACATCAGAGCTTAAGCTCTTGCCCAGGGGAAGTGGCTTGG  850

seq1  GAGTCTCTGATCTGGGGACTGAGTGACTTTGGGCAAATCATTCTACGTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCTGATCTGGGGACTGAGTGACTTTGGGCAAATCATTCTACGTCC  900

seq1  CCTAAATTTGTTTTGTGACAATGCTC-AGAGTTTGGCACAGGTC-AGCTG  948
      ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||
seq2  CCT-AATTTGTTTTGTGACAATGCTCAAAAGTTTGGCACAGGTCAAGCTG  949

seq1  AGATCAAGTTAGTTAGCCC-TGGGAGGCAGAGACTCCACTGGCTAGCTGT  997
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAGTTAGTTAGCCCTTGGGAGGCAGAGACTCCACTGGCTAGCTGT  999

seq1  CCCTTACCTTCAGCAC-TCCTC-TCCCTCTCCCCTCCCCC  1035
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||
seq2  CCCTTACCTTCAGCACTTCCTCTTCCCTCTCCCTTCCCCC  1039