BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-302B23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 18,957,277 - 19,091,408
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi2
Upstream geneLOC668167, 4921504A21Rik
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302B23.bB6Ng01-302B23.g
ACCGA096256GA096257
length1,1691,012
definitionB6Ng01-302B23.b B6Ng01-302B23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,957,277 - 18,958,455)(19,090,378 - 19,091,408)
sequence
gaattcccttaaaagctgtgctcccaatcaccttcccacctctcactagg
tcctcccacatgatgtctccaccagtgacctttagcatcaagctgtggac
cagttctttaatactgagactttgaagagacaattaagatccaaactata
acagtaactcttgaggacagttagtgaggaaaatggaaagcatgtcttaa
tttgaagctatataatttctcgctatgtgccataggtattccacatactt
taataatcattaaatgttgtagatgtttaaatttatatggcatttgaatt
catactaacatgtattattatgggaaatgttgttgattatgtattgggcc
atgtgatatcctttgggcagttatatataattagagatgttgatggattt
tattttgtcacattaagccaatattagtgaaaagatgaaatgcaagagca
gaggctgttgcacccctggagtactgaaaaataaataaagatcagtatga
atgagaaatggagagattttaagaaaggtaggagtctagtagctgttgag
agttgccccttcccctctagcttccttcttggccacctgtgatcggctat
taatctccatgatgtttatagttctacaatgaactatgagcacattttga
gctcttattcattaacatttattataataaagctcttgaattctcttttt
tatctcactgtttttccagttgtacctgctttttgtttgtgtgatagttt
ataaaacaaacacccaaggacaagaattctattttgcccttgtgtaaatc
ttggatgagatctgatatagaaaatactgagcattcagttgggcttattg
agttagacagttcattagggacatgaatattaatttctttgatagaaggc
agctcattatcttttatcattgagctacaatttgttatcaaaataaagtt
cttagaactaacatctttttattttgtaaaattttcattttaaatacttt
cttactgttaacacactaattatctacagagctttattctgtggttaaca
tactcaccttcattttatatatctaccttatgatgaattcatttcaaggt
gtcatgcaactcaaaatatattagccttaaaattaattactggaattgct
ggtaatcactttttaaaaa

gaattccacctgctcatgatgtgtgttctattaccttccccactgcacat
gtaagtctcctcccaatactgattttccagtttttatccatacccactca
taccgaagtacatatacaaaagaaaaaaatctaccactaccaccaccacc
accaccaccaccaccaaaaccaccaccaccaccacaatcaccaccaccac
caccaacaacaacaaaaaaccccagaagctagggtattattgaacaatac
atagttggtttttttttatttttttttctggatctcagttacatcacata
atacatttttttagtcccatctcctttcttacaaatttcttgactatgtc
tttccttatggctaaataaaattctattgtttatatataccacatttcca
ttacacattaatttgttaatgggcatctagactaattctattctttgatg
ttatgaatagagtagcaataactaccaatacacaggaatctcagagataa
catatagatccacttaggtatataaacaggagtggtacaatggacctcag
agtagtcccattttcagttagttttgatttgtttgagaaatgtgtgcact
catttccatagtggctccatcagcactgacaagcagtttaaagactctca
atgctagtgtttcaatgtttaagatcttcttccccttaaaactctgtctc
ctttcccaactcctgcactccttgcagaagtaccagattagagctttagt
agacagggtctgcactgaactcctgaagtctctgctacagcacattttac
cagtgctagtgtatttcacagagctacccgggtctatcttgttcttgtat
ccttagactcccatactttcttctttgtgaaggatatctctttataagtt
gatctctttttgcattttaaaattttattgcttttttgttatttacattc
aaatggtatccccttctgttctctcaaaactccatcaacccccttcctgc
tcagagggtgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_18957277_18958455
seq2: B6Ng01-302B23.b_45_1213

seq1  GAATTCCCTTAAAAGCTGTGCTCCCAATCACCTTCCCACCTCTCACTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTAAAAGCTGTGCTCCCAATCACCTTCCCACCTCTCACTAGG  50

seq1  TCCTCCCACATGATGTCTCCACCAGTGACCTTTAGCATCAAGCTGTGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCACATGATGTCTCCACCAGTGACCTTTAGCATCAAGCTGTGGAC  100

seq1  CAGTTCTTTAATACTGAGACTTTGAAGAGACAATTAAGATCCAAACTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTTTAATACTGAGACTTTGAAGAGACAATTAAGATCCAAACTATA  150

seq1  ACAGTAACTCTTGAGGACAGTTAGTGAGGAAAATGGAAAGCATGTCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAACTCTTGAGGACAGTTAGTGAGGAAAATGGAAAGCATGTCTTAA  200

seq1  TTTGAAGCTATATAATTTCTCGCTATGTGCCATAGGTATTCCACATACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGCTATATAATTTCTCGCTATGTGCCATAGGTATTCCACATACTT  250

seq1  TAATAATCATTAAATGTTGTAGATGTTTAAATTTATATGGCATTTGAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATCATTAAATGTTGTAGATGTTTAAATTTATATGGCATTTGAATT  300

seq1  CATACTAACATGTATTATTATGGGAAATGTTGTTGATTATGTATTGGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTAACATGTATTATTATGGGAAATGTTGTTGATTATGTATTGGGCC  350

seq1  ATGTGATATCCTTTGGGCAGTTATATATAATTAGAGATGTTGATGGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATATCCTTTGGGCAGTTATATATAATTAGAGATGTTGATGGATTT  400

seq1  TATTTTGTCACATTAAGCCAATATTAGTGAAAAGATGAAATGCAAGAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTCACATTAAGCCAATATTAGTGAAAAGATGAAATGCAAGAGCA  450

seq1  GAGGCTGTTGCACCCCTGGAGTACTGAAAAATAAATAAAGATCAGTATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGTTGCACCCCTGGAGTACTGAAAAATAAATAAAGATCAGTATGA  500

seq1  ATGAGAAATGGAGAGATTTTAAGAAAGGTAGGAGTCTAGTAGCTGTTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAATGGAGAGATTTTAAGAAAGGTAGGAGTCTAGTAGCTGTTGAG  550

seq1  AGTTGCCCCTTCCCCTCTAGCTTCCTTCTTGGCCACCTGTGATCGGCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCCCTTCCCCTCTAGCTTCCTTCTTGGCCACCTGTGATCGGCTAT  600

seq1  TAATCTCCATGATGTTTATAGTTCTACAATGAACTATGAGCACATTTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTCCATGATGTTTATAGTTCTACAATGAACTATGAGCACATTTTGA  650

seq1  GCTCTTATTCATTAACATTTATTATAATAAAGCTCTTGAATTCTCTTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTATTCATTAACATTTATTATAATAAAGCTCTTGAATTCTCTTTTT  700

seq1  TATCTCACTGTTTTTCCAGTTGTACCTGCTTTTTGTTTGTGTGATAGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCACTGTTTTTCCAGTTGTACCTGCTTTTTGTTTGTGTGATAGTTT  750

seq1  ATAAAACAAACACCCAAGGACAAGAATTCTATTTTGCCCTTGTGTAAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACAAACACCCAAGGACAAGAATTCTATTTTGCCCTTGTGTAAATC  800

seq1  TTGGATGAGATCTGATATAGAAAATACTGAGCATTCAGTTGGGCTTATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATGAGATCTGATATAGAAAATACTGAGCATTCAGTTGGGCTTATTG  850

seq1  AGTTAGACAGTTCATTAGGGACATGAATATTAATTTCTTTGATAGAAGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGACAGTTCATTAGGGACATGAATATTAATTTCTTTGATAGAAGGC  900

seq1  AGCTCATTATCTTTTTATCATTGAGCTACAATTTGTTATCAAAATAAAGT  950
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCATTATC-TTTTATCATTGAGCTACAATTTGTTATCAAAATAAAGT  949

seq1  TCTTAGAACTAACATCTTTTTATTTTGTAAAATTTTCATTTTTAAATACT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCTTAGAACTAACATCTTTTTATTTTGTAAAATTTTCA-TTTTAAATACT  998

seq1  TTCTTACTGTTAACACACTAATTATCTACAGAGCTTTA-TCTGTGGTTAA  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  TTCTTACTGTTAACACACTAATTATCTACAGAGCTTTATTCTGTGGTT-A  1047

seq1  ACATACTCACTTCCATTTAATATAATCTACTTATTGATGAAATCCATTTC  1099
      |||||||||| | ||||| |||| |||||| |  ||||| ||| ||||| 
seq2  ACATACTCACCTTCATTTTATAT-ATCTACCTTATGATG-AATTCATTT-  1094

seq1  CAAAGTGTCATGCAACCCCAAAATATATTAGCCATAAAAAATAAAATAAA  1149
      ||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |  ||||| || ||  
seq2  CAAGGTGTCATGCAA-CTCAAAATATATTAGCCTT--AAAATTAATTACT  1141

seq1  ATGATTGTCTTGTAATCACTTTTATAAAAA  1179
         |||| || |||||||||||| ||||||
seq2  GGAATTG-CTGGTAATCACTTTT-TAAAAA  1169


seq1: chr5_19090378_19091408
seq2: B6Ng01-302B23.g_65_1076 (reverse)

seq1  AGCACCCTCTTGGAGGCAGGGAAAGGGGGTTGGATGGGAGTTTTTGGAGA  50
      ||||||||||  || |||||  ||||||||| ||| ||||||||  ||||
seq2  AGCACCCTCT--GA-GCAGG--AAGGGGGTT-GAT-GGAGTTTT--GAGA  41

seq1  GGAAACCAGGAAGGGGGATACCATTTGAAATGTAAATAAACAAAAAAGCA  100
      |   | |||  | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  G---AACAG--AAGGGGATACCATTTG-AATGTAAAT-AACAAAAAAGCA  84

seq1  ATAAAAATTTTTAAAAATGCAAAAAGAGATCAACTTATAAAGAGATATCC  150
      ||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAA---TTTTAAAATGCAAAAAGAGATCAACTTATAAAGAGATATCC  131

seq1  TTCACAAAGAAGAAAGTATGGGAGTCTAAGGATACAAGAACAAGATAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAAAGAAGAAAGTATGGGAGTCTAAGGATACAAGAACAAGATAGAC  181

seq1  CCGGGTAGCTCTGTGAAATACACTAGCACTGGTAAAATGTGCTGTAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGTAGCTCTGTGAAATACACTAGCACTGGTAAAATGTGCTGTAGCAG  231

seq1  AGACTTCAGGAGTTCAGTGCAGACCCTGTCTACTAAAGCTCTAATCTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCAGGAGTTCAGTGCAGACCCTGTCTACTAAAGCTCTAATCTGGT  281

seq1  ACTTCTGCAAGGAGTGCAGGAGTTGGGAAAGGAGACAGAGTTTTAAGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGCAAGGAGTGCAGGAGTTGGGAAAGGAGACAGAGTTTTAAGGGG  331

seq1  AAGAAGATCTTAAACATTGAAACACTAGCATTGAGAGTCTTTAAACTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGATCTTAAACATTGAAACACTAGCATTGAGAGTCTTTAAACTGCT  381

seq1  TGTCAGTGCTGATGGAGCCACTATGGAAATGAGTGCACACATTTCTCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTGCTGATGGAGCCACTATGGAAATGAGTGCACACATTTCTCAAA  431

seq1  CAAATCAAAACTAACTGAAAATGGGACTACTCTGAGGTCCATTGTACCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCAAAACTAACTGAAAATGGGACTACTCTGAGGTCCATTGTACCAC  481

seq1  TCCTGTTTATATACCTAAGTGGATCTATATGTTATCTCTGAGATTCCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTTATATACCTAAGTGGATCTATATGTTATCTCTGAGATTCCTGT  531

seq1  GTATTGGTAGTTATTGCTACTCTATTCATAACATCAAAGAATAGAATTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGGTAGTTATTGCTACTCTATTCATAACATCAAAGAATAGAATTAG  581

seq1  TCTAGATGCCCATTAACAAATTAATGTGTAATGGAAATGTGGTATATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATGCCCATTAACAAATTAATGTGTAATGGAAATGTGGTATATATA  631

seq1  AACAATAGAATTTTATTTAGCCATAAGGAAAGACATAGTCAAGAAATTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAGAATTTTATTTAGCCATAAGGAAAGACATAGTCAAGAAATTTG  681

seq1  TAAGAAAGGAGATGGGACTAAAAAAATGTATTATGTGATGTAACTGAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAGGAGATGGGACTAAAAAAATGTATTATGTGATGTAACTGAGAT  731

seq1  CCAGAAAAAAAAATAAAAAAAAACCAACTATGTATTGTTCAATAATACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAAAAAAAATAAAAAAAAACCAACTATGTATTGTTCAATAATACCC  781

seq1  TAGCTTCTGGGGTTTTTTGTTGTTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGATTGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCTGGGGTTTTTTGTTGTTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGATTGTGG  831

seq1  TGGTGGTGGTGGTTTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTGGTGGTTTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTA  881

seq1  GATTTTTTTCTTTTGTATATGTACTTCGGTATGAGTGGGTATGGATAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTTTCTTTTGTATATGTACTTCGGTATGAGTGGGTATGGATAAAA  931

seq1  ACTGGAAAATCAGTATTGGGAGGAGACTTACATGTGCAGTGGGGAAGGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAAATCAGTATTGGGAGGAGACTTACATGTGCAGTGGGGAAGGTA  981

seq1  ATAGAACACACATCATGAGCAGGTGGAATTC  1031
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAACACACATCATGAGCAGGTGGAATTC  1012


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |