BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307A18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 92,625,987 - 92,774,834
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVdp, U90926, Ppef2, Asahl, Sdad1, Cxcl9
Upstream geneBtc, 9130213B05Rik, EG665860, LOC665864, LOC100040506, Ppia-ps5_892.1, Rchy1, Thap6, Gm1045, Cdkl2, LOC100040574, G3bp2, LOC100040605
Downstream geneCxcl10, Cxcl11, LOC100040228, Art3, Nup54, Scarb2, Gm1381, D5Ertd593e, 4932413O14Rik, Shroom3, LOC623798, Ankrd56, Sept11, Ccni, LOC100040826, 2010109A12Rik, Ccng2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307A18.bB6Ng01-307A18.g
ACCGA099922GA099923
length1,0671,093
definitionB6Ng01-307A18.b B6Ng01-307A18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,773,767 - 92,774,834)(92,625,987 - 92,627,078)
sequence
gaattcccatggggctcagcaggtgcaggcacctgacaaagtctgaagac
cctgagttcagtccccaggacccgaggacataaatgtcctcatacctgca
tcccatgggatgtgtgcacattccctacctcaactcactgcacgcgcgcg
cgcgcgcacacacacacacacacacacacacacacagagtaaaaaatcta
aacaattctcacagataaaatcagaccagcagttgaaaaatagtaagaat
ttcacagaaggtaaaaaaaaataacaaaaaacaaaaagcacagcccctga
tccctgatgggagaagatgcttgagttcgtttcccatgaaggaaatgtgc
acccagatccctaaagacttcatttcattaagttggtaaccctgaccgca
agaaaatagagccacgaggaagggccctccacagtcagtgggaatgggta
gccacgacttgtgtaggaaacagtctgacactaacttaggaaactggaca
cctgctcatgatctagtgattctgctaccacagggtaattcatctcttgc
aaaggagccacacggcgatattacatcagcgctggctgatcatcagagcc
agcgggaagagtctccactgaagacaccagacactgcaatcgggctggaa
gcttcctcctgctggctaacccgtcagagtgctggagcatgctgaggctg
ctgggggaagaagaaccacaagcaaaagtcccacctaagcaatactatca
agagcaggtaaggtgtgcccattcatgcaatagctgcaggtctacttgag
aataaccagacgctctctggtgggatctaaggcccactctgcaggagcaa
atcattgtctgctcctgagaacccactgggagacccatggctggggatat
tgaagggcctagggggactatctatgtccattttttgctaagtggacatg
atatgtccatcaaattgcctctgggtaactcttcctacctgtggattgct
gctgctgtcaggttactgagaaaagctgctctctgcagttaggagcagaa
actacaagggctcatct
gaattccccaggcaatttcagaggagaatccctgctaatgaacggagtct
ctcatatttctcggagcccagaagctatctggtcattatggactttgacc
ttaattagcagagtgttctcatactgtgtaggggcaggggagatggctca
gtaagtaaatatgcttgcttacacaagcatgagaacttgactttgaatcc
ccagcacccatgtaagagaaaggcagacatgttatcacatacctgtaagg
cagctggatcctagggatggctttccagacagtctagccaaaacagctcc
aggatcagtgagcagctgtctcagaagtaaagtggagagcaagtggagga
cacccggtgccagtgtctggcctccacacaggcctccaaggcgacatcat
cgcccaccctatatatatgcaccacagacacacagaagggaaataaagac
aagaacaaaatgatcggtactatcacactccgcatactcttgttgataat
tgacagtaggaagtaattagagaagagactgtactcgatggatggttgat
gcattatgcacctccccatgcattatgcattatgcatgtccccaatcatt
gcctgaggggaaggagcatcactgggggagctgcattttcattgcttttc
tgtcactgtacttggtgggaggaggtgctgagcgtcagaacgtccagcag
tgtagcagcagcttcttccctgtctccccagcactgctactgccgtgcga
gggccctgaccttgagctggcctgctttgagttgcaagcgccaagcctgt
aggcttgagcggggagtagcaagggtgtgagctctggcagggatctgatg
gctctctcagaaataagacattgaagcagcctcagtgcttagaccccatt
agctgttcttgtaacatcctaatggtaccaggaaaggtacagctttcatg
tgactcaggtgccagctttggctttctctggtggtcagctccaggtctcc
tagtggggttttcaagtctcagtgtttcctgagactcactttctctattt
cttgtccctgtggcctgcctgctgcctgcttgcctgccatgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_92773767_92774834
seq2: B6Ng01-307A18.b_49_1115 (reverse)

seq1  AGATGAGCCCTTGTAGTTTCTGCTTCTAACTGCAGAGAGCAGCTTTTCTC  50
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGCCCTTGTAGTTTCTGCTCCTAACTGCAGAGAGCAGCTTTTCTC  50

seq1  AGTAAACCTGACAGCAGCAGCAATCCACAGGTAGAAAGAGTTACCAAGAG  100
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  AGT-AACCTGACAGCAGCAGCAATCCACAGGTAGGAAGAGTTACCCAGAG  99

seq1  GCAATTTGATGGACATATCATGTCCACTTAGCAAAAAATGGACATAGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTGATGGACATATCATGTCCACTTAGCAAAAAATGGACATAGATA  149

seq1  GTCCCCCTAGGCCCTTCAATATCCCCAGCCATGGGTCTCCCAGTGGGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCCTAGGCCCTTCAATATCCCCAGCCATGGGTCTCCCAGTGGGTTC  199

seq1  TCAGGAGCAGACAATGATTTGCTCCTGCAGAGTGGGCCTTAGATCCCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGCAGACAATGATTTGCTCCTGCAGAGTGGGCCTTAGATCCCACC  249

seq1  AGAGAGCGTCTGGTTATTCTCAAGTAGACCTGCAGCTATTGCATGAATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCGTCTGGTTATTCTCAAGTAGACCTGCAGCTATTGCATGAATGG  299

seq1  GCACACCTTACCTGCTCTTGATAGTATTGCTTAGGTGGGACTTTTGCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCTTACCTGCTCTTGATAGTATTGCTTAGGTGGGACTTTTGCTTG  349

seq1  TGGTTCTTCTTCCCCCAGCAGCCTCAGCATGCTCCAGCACTCTGACGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTTCTTCCCCCAGCAGCCTCAGCATGCTCCAGCACTCTGACGGGT  399

seq1  TAGCCAGCAGGAGGAAGCTTCCAGCCCGATTGCAGTGTCTGGTGTCTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGCAGGAGGAAGCTTCCAGCCCGATTGCAGTGTCTGGTGTCTTCA  449

seq1  GTGGAGACTCTTCCCGCTGGCTCTGATGATCAGCCAGCGCTGATGTAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGACTCTTCCCGCTGGCTCTGATGATCAGCCAGCGCTGATGTAATA  499

seq1  TCGCCGTGTGGCTCCTTTGCAAGAGATGAATTACCCTGTGGTAGCAGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCGTGTGGCTCCTTTGCAAGAGATGAATTACCCTGTGGTAGCAGAAT  549

seq1  CACTAGATCATGAGCAGGTGTCCAGTTTCCTAAGTTAGTGTCAGACTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGATCATGAGCAGGTGTCCAGTTTCCTAAGTTAGTGTCAGACTGTT  599

seq1  TCCTACACAAGTCGTGGCTACCCATTCCCACTGACTGTGGAGGGCCCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACACAAGTCGTGGCTACCCATTCCCACTGACTGTGGAGGGCCCTTC  649

seq1  CTCGTGGCTCTATTTTCTTGCGGTCAGGGTTACCAACTTAATGAAATGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTGGCTCTATTTTCTTGCGGTCAGGGTTACCAACTTAATGAAATGAA  699

seq1  GTCTTTAGGGATCTGGGTGCACATTTCCTTCATGGGAAACGAACTCAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTAGGGATCTGGGTGCACATTTCCTTCATGGGAAACGAACTCAAGC  749

seq1  ATCTTCTCCCATCAGGGATCAGGGGCTGTGCTTTTTGTTTTTTGTTATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTCCCATCAGGGATCAGGGGCTGTGCTTTTTGTTTTTTGTTATTT  799

seq1  TTTTTTACCTTCTGTGAAATTCTTACTATTTTTCAACTGCTGGTCTGATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTACCTTCTGTGAAATTCTTACTATTTTTCAACTGCTGGTCTGATT  849

seq1  TTATCTGTGAGAATTGTTTAGATTTTTTACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGTGAGAATTGTTTAGATTTTTTACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTG  899

seq1  TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGCGTGCAGTGAGTTGAGGTAGGGAATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGCGTGCAGTGAGTTGAGGTAGGGAATG  949

seq1  TGCACACATCCCATGGGATGCAGGTATGAGGACATTTATGTCCTCGGGTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACATCCCATGGGATGCAGGTATGAGGACATTTATGTCCTCGGGTC  999

seq1  CTGGGGACTGAACTCAGGGTCTTCAGACTTTGTCAGGTGCCTGCACCTGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGACTGAACTCAGGGTCTTCAGACTTTGTCAGGTGCCTGCACCTGC  1049

seq1  TGAGCCCCATGGGAATTC  1068
      ||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCCCATGGGAATTC  1067

seq1: chr5_92625987_92627078
seq2: B6Ng01-307A18.g_65_1157

seq1  GAATTCCCCAGGCAATTTCAGAGGAGAATCCCTGCTAATGAACGGAGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCAGGCAATTTCAGAGGAGAATCCCTGCTAATGAACGGAGTCT  50

seq1  CTCATATTTCTCGGAGCCCAGAAGCTATCTGGTCATTATGGACTTTGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATTTCTCGGAGCCCAGAAGCTATCTGGTCATTATGGACTTTGACC  100

seq1  TTAATTAGCAGAGTGTTCTCATACTGTGTAGGGGCAGGGGAGATGGCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAGCAGAGTGTTCTCATACTGTGTAGGGGCAGGGGAGATGGCTCA  150

seq1  GTAAGTAAATATGCTTGCTTACACAAGCATGAGAACTTGACTTTGAATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTAAATATGCTTGCTTACACAAGCATGAGAACTTGACTTTGAATCC  200

seq1  CCAGCACCCATGTAAGAGAAAGGCAGACATGTTATCACATACCTGTAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACCCATGTAAGAGAAAGGCAGACATGTTATCACATACCTGTAAGG  250

seq1  CAGCTGGATCCTAGGGATGGCTTTCCAGACAGTCTAGCCAAAACAGCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGATCCTAGGGATGGCTTTCCAGACAGTCTAGCCAAAACAGCTCC  300

seq1  AGGATCAGTGAGCAGCTGTCTCAGAAGTAAAGTGGAGAGCAAGTGGAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCAGTGAGCAGCTGTCTCAGAAGTAAAGTGGAGAGCAAGTGGAGGA  350

seq1  CACCCGGTGCCAGTGTCTGGCCTCCACACAGGCCTCCAAGGCGACATCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCGGTGCCAGTGTCTGGCCTCCACACAGGCCTCCAAGGCGACATCAT  400

seq1  CGCCCACCCTATATATATGCACCACAGACACACAGAAGGGAAATAAAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCACCCTATATATATGCACCACAGACACACAGAAGGGAAATAAAGAC  450

seq1  AAGAACAAAATGATCGGTACTATCACACTCCGCATACTCTTGTTGATAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACAAAATGATCGGTACTATCACACTCCGCATACTCTTGTTGATAAT  500

seq1  TGACAGTAGGAAGTAATTAGAGAAGAGACTGTACTCGATGGATGGTTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTAGGAAGTAATTAGAGAAGAGACTGTACTCGATGGATGGTTGAT  550

seq1  GCATTATGCACCTCCCCATGCATTATGCATTATGCATGTCCCCAATCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTATGCACCTCCCCATGCATTATGCATTATGCATGTCCCCAATCATT  600

seq1  GCCTGAGGGGAAGGAGCATCACTGGGGGAGCTGCATTTTCATTGCTTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGGGGAAGGAGCATCACTGGGGGAGCTGCATTTTCATTGCTTTTC  650

seq1  TGTCACTGTACTTGGTGGGAGGAGGTGCTGAGCGTCAGAACGTCCAGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTGTACTTGGTGGGAGGAGGTGCTGAGCGTCAGAACGTCCAGCAG  700

seq1  TGTAGCAGCAGCTTCTTCCCTGTCTCCCCAGCACTGCTACTGCCGTGCGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCAGCAGCTTCTTCCCTGTCTCCCCAGCACTGCTACTGCCGTGCGA  750

seq1  GGGCCCTGACCTTGAGCTGGCCTGCTTTGAGTTGCAAGCGCCAAGCCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCTGACCTTGAGCTGGCCTGCTTTGAGTTGCAAGCGCCAAGCCTGT  800

seq1  AGGCTTGAGCGGGGAGTAGC-AGGGTGTGAGCTCTGGCAGGGATCTGATG  849
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGAGCGGGGAGTAGCAAGGGTGTGAGCTCTGGCAGGGATCTGATG  850

seq1  GCTCTCTCAGAAATAAGACATTGAAGCAGCCCTCAGTGCTTAGACCCCAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTCAGAAATAAGACATTGAAGCAG-CCTCAGTGCTTAGACCCCAT  899

seq1  TAGCTGTTCTTGTAACATCCTAATGGTACCAGG-AAGGTACAGCTTTCAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAGCTGTTCTTGTAACATCCTAATGGTACCAGGAAAGGTACAGCTTTCAT  949

seq1  GTGACTCAGGTGCCAGCTTT-GCTTTCTCT-GTGGTCAGCCTCCAGGTCT  996
      |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  GTGACTCAGGTGCCAGCTTTGGCTTTCTCTGGTGGTCAG-CTCCAGGTCT  998

seq1  CCTAGGTGGGTTTTC-AGTCTCCAGTGTTTCCTGAAGACTCACTTTCTCT  1045
      |||||  |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTAGTGGGGTTTTCAAGTCT-CAGTGTTTCCTG-AGACTCACTTTCTCT  1046

seq1  ATTTTCTTGTCCCTGT-GCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGCC-TGCC  1092
      | |||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||
seq2  A-TTTCTTGTCCCTGTGGCCTGCCTG-CTGCCTGCTTGCCTGCCATGCC  1093