BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310M15
Chromosome5 (Build37)
Map Location 31,002,049 - 31,107,236
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpysl5
Upstream geneUbe3c, LOC100039363, EG332993, Dnajb6, EG433865, LOC100039405, LOC100034662, LOC100039369, Il6, Tyms, EG242914, Gm444, Hadha, Hadhb, Gpr113, EG384325, D5Wsu178e, Gm1060, Otof, 1700001C02Rik, 1700041E20Rik, Kcnk3, 4930471M23Rik, Cenpa
Downstream geneMapre3, 1110039B18Rik, 9430057O19Rik, 2310016E02Rik, Emilin1, Khk, Cgref1, Abhd1, Preb, Tcf23, Slc5a6, 0610007C21Rik, Cad, Slc30a3, Dnajc5g, Trim54, Ucn, Mpv17, Gtf3c2, Eif2b4, Snx17, Zfp513, Ppm1g, ENSMUSG00000055424, Nrbp1, Krtcap3, Ift172, Fndc4, Gckr, Zfp512, 4930548H24Rik, Xab1, Supt7l, Slc4a1ap, Mrpl33, Rbks, LOC100040000, Bre
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310M15.bB6Ng01-310M15.g
ACCGA102671GA102672
length1,1261,179
definitionB6Ng01-310M15.b B6Ng01-310M15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,106,103 - 31,107,236)(31,002,049 - 31,003,230)
sequence
gaattctctttcatttatttaggttttttaaacatttccaacagttccat
gtgtttcagagcacaattgtacctgtatcaataaacactttatagtttat
aagtttaaaaatatttactttacctgtatgtgtgcacaactgtatgtgca
tatctgtaggcaaccattgtagggtgtcatattccctcaacctgctgtcc
catgtggtttcaagctgccccactggggctggggactgaatctgggtcct
ctctgagagaagccagtgccactgggtcatctttccagccctcaccttct
tctttttgatgctactctgactggaattgctttcttaatttcacttttga
attggacaagtctcattctacaccagaaggaaaggaccttgcatgcaccc
ttcacacagatatgtgcttctacgctgtatgtaaggtcccgtgtgtgcac
acattgctgaaaaagttctccctccatggtagacagtcttgcacataaca
gacaagaagatgtgtgtattatatcttaaaaacttactgttgagagacag
agacaagacaaagtgtatgccttgtgtgagtccatgaattagtgttcaac
tcaagacaatgctcatttttcggggacatagttattatccatggggtggg
ggcactgatacgacaggagagtcacagagctgatttcccaggccctggca
gtgttctgtctccagctgtacattggtttagtacagatttatcaagttgt
gaacttagatctggcaggttgtttgtataacttacacgcagacatttgag
agaacgatgtcatggaaacaggttaagactggactacatcattgaatacc
tgacccatcagatgtagtgtgtcaacaaccattcccagactctttctgaa
tttccttttagccacaatgcccacttccttttgcaagtaccctttccttg
agttttaaaatggtccgtttctccacccaccacaagatatttcctggaga
ggggcttagtttacatcctaggtataacagaaaggctatatattgatata
aagaatgaaggtgtaacaggtgattagctctactgctgtgcctcttgtct
ggcattgactcagtcggatctacaag
gaattccctcacagatgcagccagaggtgtgtcttctcggtcccaccaaa
tccagttgacaggagactagtcccctcacacacctccaagccagaacttc
tccagaatacgcagaacactaatccctacaaaacacataaagtgcccaca
gtgtctaactgtaaaactacatagccagtattctatagcccttggaatta
agtagtccatggctactaattaactattagattttagcctaaggttttaa
actacctaaatatcatgataaaaatatttaagattacatctacagaatcc
taatgccgtcagtgtgaaagctcagtattgttgacatgtagattcacaga
cacatacagcacttggaatagcttttgtgacagagcaagagtgcacggag
gggctgacatgtaactcagtgggcagaacagttacctcaagtgcaccaat
ctttggtgctacctggttgattgatcggttgcttggttggttgattgcat
gttgagcgggagcttgactccagaaccttgtacgtaccaggctggtgctc
ctccgctaagctccaaccccagcccaatgcttaaggccccagttccatca
ccagcatctcaaaaaaaaaattatacttaattattttaatgatgattaaa
accatgcaaaatgcaccagttctgaggtcaaagagttttccttcccagta
ggcatgattgtctccattgatttgtgcccaaaacagccacataaacaaaa
gaaagtgtgcctttctacagtagaaaaacaagttctatcatccatgtgtg
gaggctctcaaacgctcatgctgtaaacacacacacatttgccaagtcct
tgttatcactaggggtgcaggcctgctgggcatgagaagacaacagtctg
caaagagggctgatgaaggagaatcctgtcagttcagttcttgcttggga
tctatggtttggataggtgtgttcccacaggctcgtgtgactgacagatg
gtagcactgacttaccgggttctgaaacctttggacatggacgtagctgt
gagaatacagcctgtgcagcttgctttgctggaatattctactctatcca
gtctagactatctccctgacctatcagaccgaagcgtcatggccctcaac
gtccgtgtgtcactgtccagaaagagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_31106103_31107236
seq2: B6Ng01-310M15.b_48_1173 (reverse)

seq1  CTTGTAGATCTGACTGAAGTTCAAAATG-CAGACAGAGGGGCCACAGCAA  49
      |||||||||| ||||| |||    |||| |||||| || || |||||| |
seq2  CTTGTAGATCCGACTG-AGT---CAATGCCAGACA-AGAGG-CACAGC-A  43

seq1  GTAGAAGCCTAATCA-CTGTTACACTTCAATTCTTTAATTATCAAATATA  98
      |||||   ||||||| ||||||||| |  ||||||||  |||| ||||||
seq2  GTAGA--GCTAATCACCTGTTACACCTTCATTCTTTA--TATC-AATATA  88

seq1  TAGCCTTTCTGTTATACCT-GGGTGTAAACTAAGCCCCTCTCCAGGAAAT  147
      ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTTTCTGTTATACCTAGGATGTAAACTAAGCCCCTCTCCAGGAAAT  138

seq1  ATCTTGTGGTGGGTGGAGAAACGGACCATTTTAAAACTCAAGG-AAGGGT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATCTTGTGGTGGGTGGAGAAACGGACCATTTTAAAACTCAAGGAAAGGGT  188

seq1  ACTTGCAAAAGGAAGTGGGCATTGTGGCTAAAAGGAAATTCAGAAAGAGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCAAAAGGAAGTGGGCATTGTGGCTAAAAGGAAATTCAGAAAGAGT  238

seq1  CTGGGAATGGTTGTTGACACACTACATCTGATGGGTCAGGTATTCAATGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAATGGTTGTTGACACACTACATCTGATGGGTCAGGTATTCAATGA  288

seq1  TGTAGTCCAGTCTTAACCTGTTTCCATGACATCGTTCTCTCAAATGTCTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCCAGTCTTAACCTGTTTCCATGACATCGTTCTCTCAAATGTCTG  338

seq1  CGTGTAAGTTATACAAACAACCTGCCAGATCTAAGTTCACAACTTGATAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTAAGTTATACAAACAACCTGCCAGATCTAAGTTCACAACTTGATAA  388

seq1  ATCTGTACTAAACCAATGTACAGCTGGAGACAGAACACTGCCAGGGCCTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTACTAAACCAATGTACAGCTGGAGACAGAACACTGCCAGGGCCTG  438

seq1  GGAAATCAGCTCTGTGACTCTCCTGTCGTATCAGTGCCCCCACCCCATGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCAGCTCTGTGACTCTCCTGTCGTATCAGTGCCCCCACCCCATGG  488

seq1  ATAATAACTATGTCCCCGAAAAATGAGCATTGTCTTGAGTTGAACACTAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAACTATGTCCCCGAAAAATGAGCATTGTCTTGAGTTGAACACTAA  538

seq1  TTCATGGACTCACACAAGGCATACACTTTGTCTTGTCTCTGTCTCTCAAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGACTCACACAAGGCATACACTTTGTCTTGTCTCTGTCTCTCAAC  588

seq1  AGTAAGTTTTTAAGATATAATACACACATCTTCTTGTCTGTTATGTGCAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTTTTTAAGATATAATACACACATCTTCTTGTCTGTTATGTGCAA  638

seq1  GACTGTCTACCATGGAGGGAGAACTTTTTCAGCAATGTGTGCACACACGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTCTACCATGGAGGGAGAACTTTTTCAGCAATGTGTGCACACACGG  688

seq1  GACCTTACATACAGCGTAGAAGCACATATCTGTGTGAAGGGTGCATGCAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTACATACAGCGTAGAAGCACATATCTGTGTGAAGGGTGCATGCAA  738

seq1  GGTCCTTTCCTTCTGGTGTAGAATGAGACTTGTCCAATTCAAAAGTGAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTTCCTTCTGGTGTAGAATGAGACTTGTCCAATTCAAAAGTGAAA  788

seq1  TTAAGAAAGCAATTCCAGTCAGAGTAGCATCAAAAAGAAGAAGGTGAGGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAAGCAATTCCAGTCAGAGTAGCATCAAAAAGAAGAAGGTGAGGG  838

seq1  CTGGAAAGATGACCCAGTGGCACTGGCTTCTCTCAGAGAGGACCCAGATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAAGATGACCCAGTGGCACTGGCTTCTCTCAGAGAGGACCCAGATT  888

seq1  CAGTCCCCAGCCCCAGTGGGGCAGCTTGAAACCACATGGGACAGCAGGTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCCAGCCCCAGTGGGGCAGCTTGAAACCACATGGGACAGCAGGTT  938

seq1  GAGGGAATATGACACCCTACAATGGTTGCCTACAGATATGCACATACAGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAATATGACACCCTACAATGGTTGCCTACAGATATGCACATACAGT  988

seq1  TGTGCACACATACAGGTAAAGTAAATATTTTTAAACTTATAAACTATAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACACATACAGGTAAAGTAAATATTTTTAAACTTATAAACTATAAA  1038

seq1  GTGTTTATTGATACAGGTACAATTGTGCTCTGAAACACATGGAACTGTTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTATTGATACAGGTACAATTGTGCTCTGAAACACATGGAACTGTTG  1088

seq1  GAAATGTTTAAAAAACCTAAATAAATGAAAGAGAATTC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTTTAAAAAACCTAAATAAATGAAAGAGAATTC  1126

seq1: chr5_31002049_31003230
seq2: B6Ng01-310M15.g_65_1243

seq1  GAATTCCCTCACAGATGCAGCCAGAGGTGTGTCTTCTCGGTCCCACCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCACAGATGCAGCCAGAGGTGTGTCTTCTCGGTCCCACCAAA  50

seq1  TCCAGTTGACAGGAGACTAGTCCCCTCACACACCTCCAAGCCAGAACTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTGACAGGAGACTAGTCCCCTCACACACCTCCAAGCCAGAACTTC  100

seq1  TCCAGAATACGCAGAACACTAATCCCTACAAAACACATAAAGTGCCCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAATACGCAGAACACTAATCCCTACAAAACACATAAAGTGCCCACA  150

seq1  GTGTCTAACTGTAAAACTACATAGCCAGTATTCTATAGCCCTTGGAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTAACTGTAAAACTACATAGCCAGTATTCTATAGCCCTTGGAATTA  200

seq1  AGTAGTCCATGGCTACTAATTAACTATTAGATTTTAGCCTAAGGTTTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTCCATGGCTACTAATTAACTATTAGATTTTAGCCTAAGGTTTTAA  250

seq1  ACTACCTAAATATCATGATAAAAATATTTAAGATTACATCTACAGAATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCTAAATATCATGATAAAAATATTTAAGATTACATCTACAGAATCC  300

seq1  TAATGCCGTCAGTGTGAAAGCTCAGTATTGTTGACATGTAGATTCACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCCGTCAGTGTGAAAGCTCAGTATTGTTGACATGTAGATTCACAGA  350

seq1  CACATACAGCACTTGGAATAGCTTTTGTGACAGAGCAAGAGTGCACGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACAGCACTTGGAATAGCTTTTGTGACAGAGCAAGAGTGCACGGAG  400

seq1  GGGCTGACATGTAACTCAGTGGGCAGAACAGTTACCTCAAGTGCACCAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGACATGTAACTCAGTGGGCAGAACAGTTACCTCAAGTGCACCAAT  450

seq1  CTTTGGTGCTACCTGGTTGATTGATCGGTTGCTTGGTTGGTTGATTGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTGCTACCTGGTTGATTGATCGGTTGCTTGGTTGGTTGATTGCAT  500

seq1  GTTGAGCGGGAGCTTGACTCCAGAACCTTGTACGTACCAGGCTGGTGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGCGGGAGCTTGACTCCAGAACCTTGTACGTACCAGGCTGGTGCTC  550

seq1  CTCCGCTAAGCTCCAACCCCAGCCCAATGCTTAAGGCCCCAGTTCCATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGCTAAGCTCCAACCCCAGCCCAATGCTTAAGGCCCCAGTTCCATCA  600

seq1  CCAGCATCTCAAAAAAAAAATTATACTTAATTATTTTAATGATGATTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATCTCAAAAAAAAAATTATACTTAATTATTTTAATGATGATTAAA  650

seq1  ACCATGCAAAATGCACCAGTTCTGAGGTCAAAGAGTTTTCCTTCCCAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCAAAATGCACCAGTTCTGAGGTCAAAGAGTTTTCCTTCCCAGTA  700

seq1  GGCATGATTGTCTCCATTGATTTGTGCCCAAAACAGCCACATAAACAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGATTGTCTCCATTGATTTGTGCCCAAAACAGCCACATAAACAAAA  750

seq1  GAAAGTGTGCCTTTCTACAGTAGAAAAACAAGTTCTATCATCCATGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGTGCCTTTCTACAGTAGAAAAACAAGTTCTATCATCCATGTGTG  800

seq1  GAGGCTCTCAAACGCTCATGCTGTAAACACACACACATTTGCCAAGTCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCTCAAACGCTCATGCTGTAAACACACACACATTTGCCAAGTCCT  850

seq1  TGTTATCACTAGGGGTGCAGGCCTGCTGGGCATGAGAAGACAACAGTCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATCACTAGGGGTGCAGGCCTGCTGGGCATGAGAAGACAACAGTCTG  900

seq1  CAAAGAGGGCTGATGAAGGAGAATCCTGTCAGGTTCAGTTCTTGCTTGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGGGCTGATGAAGGAGAATCCTGTCA-GTTCAGTTCTTGCTTGGG  949

seq1  ATCTTATGGTTTGGATTAGGTGTGTTCCCACAGGCTCGTGTGACTGACAG  1000
      ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATC-TATGGTTTGGA-TAGGTGTGTTCCCACAGGCTCGTGTGACTGACAG  997

seq1  ATGGTAGCACTGACTTACCGGGTTCTGAAACCTTTGGGACATGGGACGTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  ATGGTAGCACTGACTTACCGGGTTCTGAAACCTTT-GGACAT-GGACGTA  1045

seq1  GCTGTGAG-ATACAGGCTGTGCAGGCTGGCTTTTGCTGGATATA-TCTAC  1098
      |||||||| |||||| ||||||| ||| || ||||||||| ||| |||| 
seq2  GCTGTGAGAATACAGCCTGTGCA-GCTTGC-TTTGCTGGA-ATATTCTA-  1091

seq1  CTCTAATCCCAGTCTAGACCTATCTCCCTGACCTATCAAGACGGGAAGCG  1148
      |||||   |||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||
seq2  CTCTA--TCCAGTCTAGA-CTATCTCCCTGACCTATC-AGAC-CGAAGCG  1136

seq1  TCACTG-CCTCAACGGC--TGTGTCACTG--CAGAGAGA----  1182
      |||  | |||||||| |  ||||||||||  |||| |||    
seq2  TCATGGCCCTCAACGTCCGTGTGTCACTGTCCAGAAAGAGAGA  1179