BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311F02
Chromosome5 (Build37)
Map Location 27,608,980 - 27,736,508
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpp6
Upstream gene4930584F24Rik, B930011P16Rik
Downstream geneSpeer4b, Paxip1, Htr5a, EG433862, LOC231069, Insig1, En2, Cnpy1, Prr8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311F02.bB6Ng01-311F02.g
ACCGA103067GA103068
length649798
definitionB6Ng01-311F02.b B6Ng01-311F02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,735,860 - 27,736,508)(27,608,980 - 27,609,775)
sequence
gaattctccttagctcctagctgtagtctgttgacagttgtcagttgcta
gagaaagggagtcagctttgtttaaaggtgtgacccatggtaggtcatct
atgctccagtgaatagctctatctcatgcatgtatgggcagcatgagttg
gaaaatatgagggtaaaaagatgacataagactggggtggtggtgaaggg
tgactaggatcaaaagatactgcatgcatacatgaaatctcaacgaatta
gtcaaatagtatattaaaaaagaaaatttaagttaaaacttatcagcccc
caagttagtatatatatgcagaaaatatacccagagtattagattaaaaa
caaagccaggggctgaaggatggctgagctactaagagcacccatagctc
ttccagagtactgagtttggttcccagcaaccattgctagctcataactg
tctgtaactgtagttctaagagatctgacatctggtttgggcctctatag
atgctgcacgcatgtgtgttgcagtcagtcacacagatacacacaaataa
aagtaaattaaaaagttgagagaaaataatgccaaacttgtccaaatctt
ccagctaatcatcctgttgttgtttttgttgttgttgttgttgttgttg

gaattcagaactcagaaactctgttgttggttccgacagccacccttcct
ctgtgatctgtgtggctctggtatggctttgctggccaggagggagctgc
tctgagcctgctgataatttgctgaaggaatctcattagccctggctgtt
gcatctgttttgatataagtggaaatctgaactcctcagagccattcctg
gcatgttagcactctgaagggaggaggctagctagagttgacttcctgga
atcctctgtcagaggcagtcttccctggcctgtgagctcaggctaattga
tctcaaaaccacatcagcagccagtgtctaaagaagagggaatcacaatc
cacacagtgccatgctccttccctgatatcacaggggtggtgagaacctg
gaagatcacacaacagaactgtggccctcagaaacccaatggattttctg
gttctaaattccagttccactttggaaagaaaagctgtgctattttctca
acattattcgaagacatgtagtaaacattactccacaggaaaataagaaa
tagaaatcagaacagacttcaaatggcagtggcatagaagattttatctt
attttccatgtcaatcccaggaaatggcttatcatagaaagagatgggag
agagtaagtgagaaagttgtaagccagaggaacaggaagtttgatgggag
gtagtgtcttctatataatatcaacaacacgaccacctaaacaaggccca
aataagaacaatgtcacctgagatgctcaggggatgggggtggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_27735860_27736508
seq2: B6Ng01-311F02.b_47_695 (reverse)

seq1  CAACAACAACAACAACAACAACAAAAACAACAACAGGATGATTAGCTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACAACAACAACAACAACAAAAACAACAACAGGATGATTAGCTGGA  50

seq1  AGATTTGGACAAGTTTGGCATTATTTTCTCTCAACTTTTTAATTTACTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGGACAAGTTTGGCATTATTTTCTCTCAACTTTTTAATTTACTTT  100

seq1  TATTTGTGTGTATCTGTGTGACTGACTGCAACACACATGCGTGCAGCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTGTGTATCTGTGTGACTGACTGCAACACACATGCGTGCAGCATC  150

seq1  TATAGAGGCCCAAACCAGATGTCAGATCTCTTAGAACTACAGTTACAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAGGCCCAAACCAGATGTCAGATCTCTTAGAACTACAGTTACAGAC  200

seq1  AGTTATGAGCTAGCAATGGTTGCTGGGAACCAAACTCAGTACTCTGGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGAGCTAGCAATGGTTGCTGGGAACCAAACTCAGTACTCTGGAAG  250

seq1  AGCTATGGGTGCTCTTAGTAGCTCAGCCATCCTTCAGCCCCTGGCTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGGGTGCTCTTAGTAGCTCAGCCATCCTTCAGCCCCTGGCTTTGT  300

seq1  TTTTAATCTAATACTCTGGGTATATTTTCTGCATATATATACTAACTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATCTAATACTCTGGGTATATTTTCTGCATATATATACTAACTTGG  350

seq1  GGGCTGATAAGTTTTAACTTAAATTTTCTTTTTTAATATACTATTTGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGATAAGTTTTAACTTAAATTTTCTTTTTTAATATACTATTTGACT  400

seq1  AATTCGTTGAGATTTCATGTATGCATGCAGTATCTTTTGATCCTAGTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCGTTGAGATTTCATGTATGCATGCAGTATCTTTTGATCCTAGTCAC  450

seq1  CCTTCACCACCACCCCAGTCTTATGTCATCTTTTTACCCTCATATTTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCACCACCACCCCAGTCTTATGTCATCTTTTTACCCTCATATTTTCC  500

seq1  AACTCATGCTGCCCATACATGCATGAGATAGAGCTATTCACTGGAGCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATGCTGCCCATACATGCATGAGATAGAGCTATTCACTGGAGCATA  550

seq1  GATGACCTACCATGGGTCACACCTTTAAACAAAGCTGACTCCCTTTCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACCTACCATGGGTCACACCTTTAAACAAAGCTGACTCCCTTTCTCT  600

seq1  AGCAACTGACAACTGTCAACAGACTACAGCTAGGAGCTAAGGAGAATTC  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTGACAACTGTCAACAGACTACAGCTAGGAGCTAAGGAGAATTC  649


seq1: chr5_27608980_27609775
seq2: B6Ng01-311F02.g_67_863

seq1  GAATTCAGAACTCAGAAACTCTGTTGTTGGTTCCGACAGCCACCCTTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAACTCAGAAACTCTGTTGTTGGTTCCGACAGCCACCCTTCCT  50

seq1  CTGTGATCTGTGTGGCTCTGGTATGGCTTTGCTGGCCAGGAGGGAGCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATCTGTGTGGCTCTGGTATGGCTTTGCTGGCCAGGAGGGAGCTGC  100

seq1  TCTGAGCCTGCTGATAATTTGCTGAAGGAATCTCATTAGCCCTGGCTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCCTGCTGATAATTTGCTGAAGGAATCTCATTAGCCCTGGCTGTT  150

seq1  GCATCTGTTTTGATATAAGTGGAAATCTGAACTCCTCAGAGCCATTCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGTTTTGATATAAGTGGAAATCTGAACTCCTCAGAGCCATTCCTG  200

seq1  GCATGTTAGCACTCTGAAGGGAGGAGGCTAGCTAGAGTTGACTTCCTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTTAGCACTCTGAAGGGAGGAGGCTAGCTAGAGTTGACTTCCTGGA  250

seq1  ATCCTCTGTCAGAGGCAGTCTTCCCTGGCCTGTGAGCTCAGGCTAATTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTGTCAGAGGCAGTCTTCCCTGGCCTGTGAGCTCAGGCTAATTGA  300

seq1  TCTCAAAACCACATCAGCAGCCAGTGTCTAAAGAAGAGGGAATCACAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAACCACATCAGCAGCCAGTGTCTAAAGAAGAGGGAATCACAATC  350

seq1  CACACAGTGCCATGCTCCTTCCCTGATATCACAGGGGTGGTGAGAACCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGTGCCATGCTCCTTCCCTGATATCACAGGGGTGGTGAGAACCTG  400

seq1  GAAGATCACACAACAGAACTGTGGCCCTCAGAAACCCAATGGATTTTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATCACACAACAGAACTGTGGCCCTCAGAAACCCAATGGATTTTCTG  450

seq1  GTTCTAAATTCCAGTTCCACTTTGGAAAGAAAAGCTGTGCTATTTTCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAAATTCCAGTTCCACTTTGGAAAGAAAAGCTGTGCTATTTTCTCA  500

seq1  ACATTATTCGAAGACATGTAGTAAACATTACTCCACAGGAAAATAAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATTCGAAGACATGTAGTAAACATTACTCCACAGGAAAATAAGAAA  550

seq1  TAGAAATCAGAACAGACTTCAAATGGCAGTGGCATAGAAGATTTTATCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATCAGAACAGACTTCAAATGGCAGTGGCATAGAAGATTTTATCTT  600

seq1  ATTTTCCATGTCAATCCCAGGAAATGGCTTATCATAGAAAGAGATGGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCATGTCAATCCCAGGAAATGGCTTATCATAGAAAGAGATGGGAG  650

seq1  AGAGTAAGTGAGAAAGTTGTAAGCCAGAGGAACAGGAAGTTTGATGGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAGTGAGAAAGTTGTAAGCCAGAGGAACAGGAAGTTTGATGGGAG  700

seq1  GTAGTGTCTTCTATATAATATCAACAACACGACCACCTAAACAAGGCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGTCTTCTATATAATATCAACAACACGACCACCTAAACAAGGCCCA  750

seq1  AATAAGAACAATGTCACCTGAGATGCTCAGGGGAT-GGGGTGGGGGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATAAGAACAATGTCACCTGAGATGCTCAGGGGATGGGGGTGGGGGG  797


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |