BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315G08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 19,812,739 - 19,954,234
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi2
Upstream genenone
Downstream geneLOC100041850, Phtf2, LOC622367, Tmem60, Rsbn1l, Ptpn12, EG626903, A530088I07Rik, Fgl2, AI847670
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315G08.bB6Ng01-315G08.g
ACCGA106059GA106060
length1,1281,149
definitionB6Ng01-315G08.b B6Ng01-315G08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,953,117 - 19,954,234)(19,812,739 - 19,813,893)
sequence
gaattctagaaactgaaaaccaagtatctaatccattaaattaaatgatc
ctaaaagtgaacagtacttagctggtgtataggtctgatggttccttcaa
gtgcacatgagcagtactgggcaggttttcctcttgagccaagagagcaa
ggatttatactgttttgtctgaactcattatagctatgagagcttcaggg
caaaggagtgcttcgggtgttgataagtatgggtgtggacacatgcagac
acacaaatgcagacacacacacacacacacacacacatagacacacacgg
acacacacacatagacacacacagacaaagacacacacatagacacatac
agacacattcacagacatacacagacatacaaatatatacacacaaatac
acatacacacacacacacacggacacacatatagacacacacagagacat
acacagacatacaaatatatacacacaaatacacacacacacacacacac
aaatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acaccagtctgtgatttattttctctccttatacagagatctacacagaa
tccacagcttaggcgtttccaaggccagttcacacctatccattttgttc
agctcctacctggctctttcctttcctgcttcccatgaaggtgccctagg
ggcagttaatttaaggatgcagttcacctacttgctaaagttttatgcct
gatgttcaaactggactcttagcctgacttaatgtacttttaaagaatca
gtttctggttcattttggacatcagaaaacgaaaaatgtaggcagttcta
ttaaagaaaaataattagaaacacatgctgcccccctctcggctgtttta
cccctggggagctttagcatatagtattacttaatggaactggtgctgct
ctgcccagatccagccatggtttaagctgaaagaaagaaacaagcctgtc
ccccagactactactgttcccttgtcttcaagaagctgcctgatgtcagc
acaagtggtgtgatcagtcctttagaaataaacttctgaagtgtttattt
cgttttcaagtttcttctctgaagtgat

gaattctccagacagaactccactttggggctgtgttgtgactgatgaac
agcactggcaggcatccctgactcttaccgtggtgagcttgcagcagaaa
gcatcaatgttctgccttctcctgcctctgccttcttccctgccctttca
agccactcccttctgtgaactgatccctgctaatttacaatattaagatg
gagttacctatttgtgggcatttgtttcttttgaaagttattgcttatga
aaaaaattaaaatttctgccattcttctagttatgaatgctcgtttcatg
ctgcttttctattgccacttcttttgcattgacaataaattttgtgtcag
agcaaatcccagtgtaatcttttggaagacattttaaatagcagttaagc
tgggtctattgccagccatgtttttcactcaacttgagggaaaataccat
gtagagagcaatgcgaatttcctcaatcacacaagagcaggagcatatca
gagatgcgtgtcaggctgaattttgtgtttgaggctagcctgagctacat
agtgagattccatttaaaagaaaaataaaacttgctccaaagttaaaata
cattcttttcaggactctgtgtatgtacatgtatgtgcaaatatgtgttc
aaaaatatgcatgtatacatacactagcgatcaatctgaagtgtcattcc
tcagaagccatccaccttgcttttggagacaaggtctcccgttgacatga
aacccaccagtagcctaggctagtcatccagccagccccagagaccaacc
tgcctgtgtcttccttcccagtgctgggatttcaagtgagctgtagctat
ctatagctataagcaagatcctcatgcttgcatggaaagccatttatagg
cttagctatcgccccagccccagctttagaactttaaatatgacaaagaa
aatttgatatcaaagtgtatatgatataaacgattttatctaacccctac
aattgaagtctgtgtgactgtcaacaatatagcaacatattggagccagc
tcctaattaggacatacacataggtctgcctccacgatgccttggtgttg
acaaagaacataggcaatggaaattgatcaacatttatcagatcctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_19953117_19954234
seq2: B6Ng01-315G08.b_48_1175 (reverse)

seq1  ATCACCTCAGAGAAGAAAACTATGAAACGAATATAACACTTCAGAAGT--  48
      ||||| ||||||||| |||||   |||||||   ||||||||||||||  
seq2  ATCACTTCAGAGAAG-AAACTTGAAAACGAAATAAACACTTCAGAAGTTT  49

seq1  -TATCTAAA-GACTGATCCACA-CAC-TGTGCTGACATCCAGCCAGCCTC  94
       | |||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||| ||| |||| ||
seq2  ATTTCTAAAGGACTGAT-CACACCACTTGTGCTGACAT-CAGGCAGCTTC  97

seq1  -TGAAGACAA-GGAACAGTAGTAGTCT-GGGGACAGGGCTTG-TTCTTTC  140
       ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||
seq2  TTGAAGACAAGGGAACAGTAGTAGTCTGGGGGACA-GGCTTGTTTCTTTC  146

seq1  -TTCAGCTTAAACCATGGCTGGATCTGGGCAGAGCAGCACCCAGTCCA-T  188
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |
seq2  TTTCAGCTTAAACCATGGCTGGATCTGGGCAGAGCAGCACCAGTTCCATT  196

seq1  AAGTAATACTATATGCTAAAGCTCCCCAGGGGTAAAACAGCCGAGA-GGG  237
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAGTAATACTATATGCTAAAGCTCCCCAGGGGTAAAACAGCCGAGAGGGG  246

seq1  GGCAGCATGTGTTTCTAATTATTTTTCTTTAATAGAACTGCCTACA-TTT  286
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGCAGCATGTGTTTCTAATTATTTTTCTTTAATAGAACTGCCTACATTTT  296

seq1  TCGTTTTCTGATGTCCAAAATGAACCAGAAACTGATTCTTTAAAAGTACA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTTTCTGATGTCCAAAATGAACCAGAAACTGATTCTTTAAAAGTACA  346

seq1  TTAAGTCAGGCTAAGAGTCCAGTTTGAACATCAGGCATAAAACTTTAGCA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCAGGCTAAGAGTCCAGTTTGAACATCAGGCATAAAACTTTAGCA  396

seq1  AGTAGGTGAACTGCATCCTTAAATTAACTGCCCCTAGGGCACCTTCATGG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTGAACTGCATCCTTAAATTAACTGCCCCTAGGGCACCTTCATGG  446

seq1  GAAGCAGGAAAGGAAAGAGCCAGGTAGGAGCTGAACAAAATGGATAGGTG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGGAAAGGAAAGAGCCAGGTAGGAGCTGAACAAAATGGATAGGTG  496

seq1  TGAACTGGCCTTGGAAACGCCTAAGCTGTGGATTCTGTGTAGATCTCTGT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTGGCCTTGGAAACGCCTAAGCTGTGGATTCTGTGTAGATCTCTGT  546

seq1  ATAAGGAGAGAAAATAAATCACAGACTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGAGAGAAAATAAATCACAGACTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  596

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  646

seq1  GTATTTGTGTGTATATATTTGTATGTCTGTGTATGTCTCTGTGTGTGTCT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTGTGTGTATATATTTGTATGTCTGTGTATGTCTCTGTGTGTGTCT  696

seq1  ATATGTGTGTCCGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATTTGTGTGTATATAT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTGTCCGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATTTGTGTGTATATAT  746

seq1  TTGTATGTCTGTGTATGTCTGTGAATGTGTCTGTATGTGTCTATGTGTGT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATGTCTGTGTATGTCTGTGAATGTGTCTGTATGTGTCTATGTGTGT  796

seq1  GTCTTTGTCTGTGTGTGTCTATGTGTGTGTGTCCGTGTGTGTCTATGTGT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGTCTGTGTGTGTCTATGTGTGTGTGTCCGTGTGTGTCTATGTGT  846

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGCATTTGTGTGTCTGCATGTGTCCACAC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGCATTTGTGTGTCTGCATGTGTCCACAC  896

seq1  CCATACTTATCAACACCCGAAGCACTCCTTTGCCCTGAAGCTCTCATAGC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTTATCAACACCCGAAGCACTCCTTTGCCCTGAAGCTCTCATAGC  946

seq1  TATAATGAGTTCAGACAAAACAGTATAAATCCTTGCTCTCTTGGCTCAAG  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATGAGTTCAGACAAAACAGTATAAATCCTTGCTCTCTTGGCTCAAG  996

seq1  AGGAAAACCTGCCCAGTACTGCTCATGTGCACTTGAAGGAACCATCAGAC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAACCTGCCCAGTACTGCTCATGTGCACTTGAAGGAACCATCAGAC  1046

seq1  CTATACACCAGCTAAGTACTGTTCACTTTTAGGATCATTTAATTTAATGG  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACACCAGCTAAGTACTGTTCACTTTTAGGATCATTTAATTTAATGG  1096

seq1  ATTAGATACTTGGTTTTCAGTTTCTAGAATTC  1118
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGATACTTGGTTTTCAGTTTCTAGAATTC  1128


seq1: chr5_19812739_19813893
seq2: B6Ng01-315G08.g_68_1216

seq1  GAATTCTCCAGACAGAACTCCACTTTGGGGCTGTGTTGTGACTGATGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGACAGAACTCCACTTTGGGGCTGTGTTGTGACTGATGAAC  50

seq1  AGCACTGGCAGGCATCCCTGACTCTTACCGTGGTGAGCTTGCAGCAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGGCAGGCATCCCTGACTCTTACCGTGGTGAGCTTGCAGCAGAAA  100

seq1  GCATCAATGTTCTGCCTTCTCCTGCCTCTGCCTTCTTCCCTGCCCTTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAATGTTCTGCCTTCTCCTGCCTCTGCCTTCTTCCCTGCCCTTTCA  150

seq1  AGCCACTCCCTTCTGTGAACTGATCCCTGCTAATTTACAATATTAAGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTCCCTTCTGTGAACTGATCCCTGCTAATTTACAATATTAAGATG  200

seq1  GAGTTACCTATTTGTGGGCATTTGTTTCTTTTGAAAGTTATTGCTTATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTACCTATTTGTGGGCATTTGTTTCTTTTGAAAGTTATTGCTTATGA  250

seq1  AAAAAATTAAAATTTCTGCCATTCTTCTAGTTATGAATGCTCGTTTCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTAAAATTTCTGCCATTCTTCTAGTTATGAATGCTCGTTTCATG  300

seq1  CTGCTTTTCTATTGCCACTTCTTTTGCATTGACAATAAATTTTGTGTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTTCTATTGCCACTTCTTTTGCATTGACAATAAATTTTGTGTCAG  350

seq1  AGCAAATCCCAGTGTAATCTTTTGGAAGACATTTTAAATAGCAGTTAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATCCCAGTGTAATCTTTTGGAAGACATTTTAAATAGCAGTTAAGC  400

seq1  TGGGTCTATTGCCAGCCATGTTTTTCACTCAACTTGAGGGAAAATACCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCTATTGCCAGCCATGTTTTTCACTCAACTTGAGGGAAAATACCAT  450

seq1  GTAGAGAGCAATGCGAATTTCCTCAATCACACAAGAGCAGGAGCATATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGAGCAATGCGAATTTCCTCAATCACACAAGAGCAGGAGCATATCA  500

seq1  GAGATGCGTGTCAGGCTGAATTTTGTGTTTGAGGCTAGCCTGAGCTACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGCGTGTCAGGCTGAATTTTGTGTTTGAGGCTAGCCTGAGCTACAT  550

seq1  AGTGAGATTCCATTTAAAAGAAAAATAAAACTTGCTCCAAAGTTAAAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGATTCCATTTAAAAGAAAAATAAAACTTGCTCCAAAGTTAAAATA  600

seq1  CATTCTTTTCAGGACTCTGTGTATGTACATGTATGTGCAAATATGTGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTTTCAGGACTCTGTGTATGTACATGTATGTGCAAATATGTGTTC  650

seq1  AAAAATATGCATGTATACATACACTAGCGATCAATCTGAAGTGTCATTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATGCATGTATACATACACTAGCGATCAATCTGAAGTGTCATTCC  700

seq1  TCAGAAGCCATCCACCTTGCTTTTGGAGACAAGGTCTCCCGTTGACATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGCCATCCACCTTGCTTTTGGAGACAAGGTCTCCCGTTGACATGA  750

seq1  AACCCACCAGTAGCCTAGGCTAGTCATCCAGCCAGCCCCAGAGACCAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCACCAGTAGCCTAGGCTAGTCATCCAGCCAGCCCCAGAGACCAACC  800

seq1  TGCCTGTGTCTTCCTTCCCAGTGCTGGGATTTCAAGTGAGCTGTAGCTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTGTCTTCCTTCCCAGTGCTGGGATTTCAAGTGAGCTGTAGCTAT  850

seq1  CTATAGCTATAAGCAAGATCCTCATGCTTGCATGGAAAGCCATTTATAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCTATAAGCAAGATCCTCATGCTTGCATGGAAAGCCATTTATAGG  900

seq1  CTTAGCTATCGCCCCAGCCCCAGCTTTAGAACTTTAAATATGACAAAGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCTATCGCCCCAGCCCCAGCTTTAGAACTTTAAATATGACAAAGAA  950

seq1  AATTTGATATCAAAGTGTATATGATATAAACGATTTTAATCTAAACCCTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  AATTTGATATCAAAGTGTATATGATATAAACGATTTT-ATCTAACCCCTA  999

seq1  CAATTGAAGTCTGTGTGACTGTCAACAATATAGCCAACATATTGGAGCCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAATTGAAGTCTGTGTGACTGTCAACAATATAG-CAACATATTGGAGCCA  1048

seq1  GCTTCCTAATTAGAAACATAAACACAATAAGGTCTG-CTCCACGGATGC-  1098
      || ||||||||||  ||||| |||     ||||||| |||||| ||||| 
seq2  GC-TCCTAATTAG-GACATACACA----TAGGTCTGCCTCCAC-GATGCC  1091

seq1  -TTGTGTTGACAAAG-ACATAGCAAATGAAAATGAGTCAACATTTATCAA  1146
       | |||||||||||| ||||||  |||| ||||   |||||||||||| |
seq2  TTGGTGTTGACAAAGAACATAGGCAATGGAAATTGATCAACATTTATC-A  1140

seq1  GATCCTCTG  1155
      |||||||||
seq2  GATCCTCTG  1149


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |