BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317J17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 118,261,891 - 118,400,199
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNos1
Upstream geneGm1684, LOC665073, Suds3, Taok3, Pebp1, LOC100042313, LOC100039359, BC023744, LOC667175, Wsb2, Rfc5, Ksr2
Downstream geneFbxo21, Tesc, Fbxw8, Hrk, Tmem118, 2410131K14Rik, LOC665162, Thrap2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317J17.bB6Ng01-317J17.g
ACCGA107708GA107709
length1,019345
definitionB6Ng01-317J17.b B6Ng01-317J17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,399,178 - 118,400,199)(118,261,891 - 118,262,235)
sequence
gaattcaacagtgatccacctgcctctgcctccagagagctgggattaaa
gatgtgcaccacaacgtggtgggtgagccttttcatgaagtgccaaccat
atgaaatcatttgctcaggggtgcaggaagcactgagctaggattgcatc
cataaaactccccacaggcccagtgtcattttcatactagaacctataac
tatattgactgtgtgtacctgcatgcctgccttcctgtctgtctctgtct
ccggatcgaggctaggtgcaaccccagttataaggtcagatggactcccc
gagttacggtacaggttggaagagaggaaacttctggacgctggttgcca
gctgtcactcaccctcagcctgctgatgaacacaccagcatcctcctccg
agagtttcccctgctgggtcattatgcgctggatggctttgaggacatca
gcggccatggtaacgtccccgcagacataaatatggcctccttgctcctt
cagggcgcggtacacagactcggccagctgttcctgcagcacgtcctgta
catatttctgcagaagcagaggacagtgagctgtggcccctctgagaggc
ttctggctccacccaccaggaagcaagggcttgtgggtagggcttctgtg
ctccattcacaaggaagtatggtgcaggggcttgtgggtagggagctgtt
ttgtgagctaagctcaggggaatgggccgagggactagaaagagtgaaat
aggaccaaactaccatcatgtgtgaatgggctgatttcagccttgggcag
ctggagcttggctgctgaggaccctctggggagccttgagagtactccct
agaactggggggagtgctccctagataaccttcattgggagcacccagaa
ttatatgactatcaacttgataaacccttgagtcatctaggagacaaatt
tggggtgtgtccatgaggagtctctagactgagttagtgagggtagttag
ccagtctaaaaaatgggtg
ccaacagcacgtggctcatccctccacagcccatctgagtgtcacctcct
ccagaagactgatcctcattcctaggctcgggactccattttccctcaaa
cctggtgctccgtgagagctgggttctgccggggttgagctgagagagta
aggatgccttcaccattggctccctgagctggctcaatgtgtgatatgca
gaggttgttgctagtttctgaatgagtgaaaaggataaattagtagggat
gagtgaacgacagatgtgtagatgtatggactgatggatggactgacagg
caggaggatggacagaaggaggggttgatgagtggatggatggac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_118399178_118400199
seq2: B6Ng01-317J17.b_49_1067 (reverse)

seq1  CACCCATTTTTTAGACTGGGCTTAACTACCCTCACTAACTCAGTCTAGAG  50
      |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATTTTTTAGACTGG--CTAACTACCCTCACTAACTCAGTCTAGAG  48

seq1  ACTCCCTCATGGACACACCCCAAATTTTGTCTCCTAGATGACTCAAGGTT  100
      ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACT-CCTCATGGACACACCCCAAA-TTTGTCTCCTAGATGACTCAAGGGT  96

seq1  TTATCAAGTTGATAGTCATAT-ATTCTGGGGTGCTCCCAATGAAGGTTAT  149
      ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAAGTTGATAGTCATATAATTCT-GGGTGCTCCCAATGAAGGTTAT  145

seq1  CTAGGGAGCACT-CCCCCAGTTCTAGGGAGTACTCTCAAGGCTCCCCAGA  198
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGAGCACTCCCCCCAGTTCTAGGGAGTACTCTCAAGGCTCCCCAGA  195

seq1  GGGTCCTCAGCAGCCAAGCTCCAGCTGCCCAAGGCTGAAATCAGCCCATT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCTCAGCAGCCAAGCTCCAGCTGCCCAAGGCTGAAATCAGCCCATT  245

seq1  CACACATGATGGTAGTTTGGTCCTATTTCACTCTTTCTAGTCCCTCGGCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGATGGTAGTTTGGTCCTATTTCACTCTTTCTAGTCCCTCGGCC  295

seq1  CATTCCCCTGAGCTTAGCTCACAAAACAGCTCCCTACCCACAAGCCCCTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCCTGAGCTTAGCTCACAAAACAGCTCCCTACCCACAAGCCCCTG  345

seq1  CACCATACTTCCTTGTGAATGGAGCACAGAAGCCCTACCCACAAGCCCTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATACTTCCTTGTGAATGGAGCACAGAAGCCCTACCCACAAGCCCTT  395

seq1  GCTTCCTGGTGGGTGGAGCCAGAAGCCTCTCAGAGGGGCCACAGCTCACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGGTGGGTGGAGCCAGAAGCCTCTCAGAGGGGCCACAGCTCACT  445

seq1  GTCCTCTGCTTCTGCAGAAATATGTACAGGACGTGCTGCAGGAACAGCTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCTGCTTCTGCAGAAATATGTACAGGACGTGCTGCAGGAACAGCTG  495

seq1  GCCGAGTCTGTGTACCGCGCCCTGAAGGAGCAAGGAGGCCATATTTATGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAGTCTGTGTACCGCGCCCTGAAGGAGCAAGGAGGCCATATTTATGT  545

seq1  CTGCGGGGACGTTACCATGGCCGCTGATGTCCTCAAAGCCATCCAGCGCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGGGGACGTTACCATGGCCGCTGATGTCCTCAAAGCCATCCAGCGCA  595

seq1  TAATGACCCAGCAGGGGAAACTCTCGGAGGAGGATGCTGGTGTGTTCATC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGACCCAGCAGGGGAAACTCTCGGAGGAGGATGCTGGTGTGTTCATC  645

seq1  AGCAGGCTGAGGGTGAGTGACAGCTGGCAACCAGCGTCCAGAAGTTTCCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCTGAGGGTGAGTGACAGCTGGCAACCAGCGTCCAGAAGTTTCCT  695

seq1  CTCTTCCAACCTGTACCGTAACTCGGGGAGTCCATCTGACCTTATAACTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCAACCTGTACCGTAACTCGGGGAGTCCATCTGACCTTATAACTG  745

seq1  GGGTTGCACCTAGCCTCGATCCGGAGACAGAGACAGACAGGAAGGCAGGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGCACCTAGCCTCGATCCGGAGACAGAGACAGACAGGAAGGCAGGC  795

seq1  ATGCAGGTACACACAGTCAATATAGTTATAGGTTCTAGTATGAAAATGAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGGTACACACAGTCAATATAGTTATAGGTTCTAGTATGAAAATGAC  845

seq1  ACTGGGCCTGTGGGGAGTTTTATGGATGCAATCCTAGCTCAGTGCTTCCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGCCTGTGGGGAGTTTTATGGATGCAATCCTAGCTCAGTGCTTCCT  895

seq1  GCACCCCTGAGCAAATGATTTCATATGGTTGGCACTTCATGAAAAGGCTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCCTGAGCAAATGATTTCATATGGTTGGCACTTCATGAAAAGGCTC  945

seq1  ACCCACCACGTTGTGGTGCACATCTTTAATCCCAGCTCTCTGGAGGCAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCACGTTGTGGTGCACATCTTTAATCCCAGCTCTCTGGAGGCAGA  995

seq1  GGCAGGTGGATCACTGTTGAATTC  1022
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTGGATCACTGTTGAATTC  1019

seq1: chr5_118261891_118262235
seq2: B6Ng01-317J17.g_74_418

seq1  CCAACAGCACGTGGCTCATCCCTCCACAGCCCATCTGAGTGTCACCTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAGCACGTGGCTCATCCCTCCACAGCCCATCTGAGTGTCACCTCCT  50

seq1  CCAGAAGACTGATCCTCATTCCTAGGCTCGGGACTCCATTTTCCCTCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGACTGATCCTCATTCCTAGGCTCGGGACTCCATTTTCCCTCAAA  100

seq1  CCTGGTGCTCCGTGAGAGCTGGGTTCTGCCGGGGTTGAGCTGAGAGAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGCTCCGTGAGAGCTGGGTTCTGCCGGGGTTGAGCTGAGAGAGTA  150

seq1  AGGATGCCTTCACCATTGGCTCCCTGAGCTGGCTCAATGTGTGATATGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCCTTCACCATTGGCTCCCTGAGCTGGCTCAATGTGTGATATGCA  200

seq1  GAGGTTGTTGCTAGTTTCTGAATGAGTGAAAAGGATAAATTAGTAGGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTGTTGCTAGTTTCTGAATGAGTGAAAAGGATAAATTAGTAGGGAT  250

seq1  GAGTGAACGACAGATGTGTAGATGTATGGACTGATGGATGGACTGACAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAACGACAGATGTGTAGATGTATGGACTGATGGATGGACTGACAGG  300

seq1  CAGGAGGATGGACAGAAGGAGGGGTTGATGAGTGGATGGATGGAC  345
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGATGGACAGAAGGAGGGGTTGATGAGTGGATGGATGGAC  345