BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318G21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 30,692,065 - 30,838,357
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOtof, 1700001C02Rik, 1700041E20Rik
Upstream geneLmbr1, EG620572, Gm1040, Hlxb9, LOC619355, Ube3c, LOC100039363, EG332993, Dnajb6, EG433865, LOC100039405, LOC100034662, LOC100039369, Il6, Tyms, EG242914, Gm444, Hadha, Hadhb, Gpr113, EG384325, D5Wsu178e, Gm1060
Downstream geneKcnk3, 4930471M23Rik, Cenpa, Dpysl5, Mapre3, 1110039B18Rik, 9430057O19Rik, 2310016E02Rik, Emilin1, Khk, Cgref1, Abhd1, Preb, Tcf23, Slc5a6, 0610007C21Rik, Cad, Slc30a3, Dnajc5g, Trim54, Ucn, Mpv17, Gtf3c2, Eif2b4, Snx17, Zfp513, Ppm1g, ENSMUSG00000055424, Nrbp1, Krtcap3, Ift172, Fndc4, Gckr, Zfp512, 4930548H24Rik, Xab1, Supt7l, Slc4a1ap
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318G21.bB6Ng01-318G21.g
ACCGA108320GA108321
length9921,112
definitionB6Ng01-318G21.b B6Ng01-318G21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,837,372 - 30,838,357)(30,692,065 - 30,693,183)
sequence
gaattcttcacttagtcacatggcactaaatcccactgactaaaatccat
ctgagtttatctggtgcggctgtcaatggagggactgtgaattattcact
ccagaatgtgaattaaattgcttgctcccagcactcagctgagattagat
gctagagaaaggcaaaatagagagggagtagaggaaaggtggataatgtt
gaaacccaaggaggatgataaaagaggctggtgggcagggagatgactta
gcaagtaaggtgtctgctaccaagcctggaaggctgagttagaaaaccgg
gcacgcatggtaggaagaataaattcctgaaagttgtctttgacatccat
gagcacacaacggcatgtgctcgtgttggggggcatgtgctcgtgttggg
gggcatgtgctcgtgttggggggcatgtgctcgtgttggggggcatgtgc
tcgtgttggagggcatgtgctcgtgttggggggcatgtgctcgtgttggg
ggggcatgtgctcgtgttggggggcatgtgctcatgttggggggcatgtg
cttatgcatgtgtgctcactcacatttacacatacatgcatgtgcacaca
ctaaataaaaatgcaatgataaggaagaggctggaaagaaggcctgagtg
aggtgagtgggctccctccgttatcacctagcttgaagttgtacagcagc
agaggtaccatgtgcctgatgcacaggagaacaacccaggggagataggg
actttggtctatccagatataaagaacatgcttttaaacatattatagtt
acaccctaacatacacacaaagcatgcacatacacattcatctacacact
tccttttcacttacactgagcttgtaccacaagagaggtaatggtgggct
ttttatccaaatgatgaagctaaaggcttcaaaagcataaaccaagttgc
ccaagatcacacagtgttgccggggtctgctgtcttgccctc
gaattctgggttcagaccactctacaagcttcctttgggggaactttgtg
ttcaggtctctaggggagatggagcctcacccttcaatgtcgtcctcatc
cgtctcgttggccttgtggggtgtcttgatgttgtctcccttgcccacca
cagcgacatcacactttacataacccttcaacccagcagagatgtcatcg
gggtctgacaggatggcccatttgtgatggaactggtgttctgcagaggt
ggaagggcattgcatttaccatctatcccaggattccacagggcgtccaa
gctcagtgcttgctagggcttgcaagctcaaggctgcaggctcaggagac
tcaaggccatggctctggttgcattcagccagtgaagacagagggcctct
gcaggcagagggctgagcgagaccctgcccaggagcaagtgtcaggactc
cgaattgcttccaagtcagtttcacagcttgcagtctctgctgtggtccc
tgctacagctggccccacatagctgctagatagggcctactataatagag
gctttacctatcatgttcttcctttcagcccttctgagtctctccgtgtc
ttgaggtgaagccaaacatgtggcaatgctactctcttccctgcttggtc
ccaccaccccaggactgtccaggcaaagtacccattgcttcctgagctta
cacagagccaaactctaggtcattgtgtctgctccgaatgtcctcgcctt
cttcctcctccttagttagctggaaaacggatcattttatccaagagtct
cctcttccatgcagcgtcccctgaccccttcagaggaataggccctgacc
tctcagtgctcacagggttcccgtgtgcatgccccccaccacagaaatca
cctacgcaatgcctgtctccatgttgagactggtgcagagattagcagtg
tgccttctggtgtccccaggccacaggacagtgtagagaaatgtacagtg
tcagcaaggagcattttagagatttgtcctccactgggtgatttaagttt
agtgaatacgttaccaagttgggagacttgctaaccgttctgcaggatgg
gaatctgcaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_30837372_30838357
seq2: B6Ng01-318G21.b_48_1039 (reverse)

seq1  GAGGGC-AGACAGCAGA-CCCGGCAACACTGTGTGATCTTGGGCAACTTG  48
      |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCAAGACAGCAGACCCCGGCAACACTGTGTGATCTTGGGCAACTTG  50

seq1  GTTTATGCTTTTG-AGCC-TTAGCTTCATCATTTGGATAAAAAG-CCACC  95
      ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTTTATGCTTTTGAAGCCTTTAGCTTCATCATTTGGATAAAAAGCCCACC  100

seq1  ATTACCTCTCTTGTGGTACAAGCTCAGTGTAAGTG-AAAGGAAGTGTGTA  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATTACCTCTCTTGTGGTACAAGCTCAGTGTAAGTGAAAAGGAAGTGTGTA  150

seq1  GATGAATGTGTATGTGCATGC-TTGTGTGTATGTTAGGGTGTAACTATAA  193
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATGTGTATGTGCATGCTTTGTGTGTATGTTAGGGTGTAACTATAA  200

seq1  TATGTTTAAAAGCATGTTCTTTATATCTGGATAGACCAAAGTCCCTATCT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTAAAAGCATGTTCTTTATATCTGGATAGACCAAAGTCCCTATCT  250

seq1  CCCCTGGGTTGTTCTCCTGTGCATCAGGCACATGGTACCTTCTGCTGCTG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCCCTGGGTTGTTCTCCTGTGCATCAGGCACATGGTACC-TCTGCTGCTG  299

seq1  TACAACTTCAAGCTAGGTGATAACGGAGGGAGCCCACTCACCTCACTCAG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACTTCAAGCTAGGTGATAACGGAGGGAGCCCACTCACCTCACTCAG  349

seq1  GCCTTCTTTCCAGCCTCTTCCTTATCATTGCATTTTTATTTAGTGTGTGC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTTTCCAGCCTCTTCCTTATCATTGCATTTTTATTTAGTGTGTGC  399

seq1  ACATGCATGTATGTGTAAATGTGAGTGAGCACACATGCATAAGCACATGC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCATGTATGTGTAAATGTGAGTGAGCACACATGCATAAGCACATGC  449

seq1  CCCCCAACATGAGCACATGCCCCCCAACACGAGCACATGCCCCCCCAACA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAACATGAGCACATGCCCCCCAACACGAGCACATGCCCCCCCAACA  499

seq1  CGAGCACATGCCCCCCAACACGAGCACATGCCCTCCAACACGAGCACATG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCACATGCCCCCCAACACGAGCACATGCCCTCCAACACGAGCACATG  549

seq1  CCCCCCAACACGAGCACATGCCCCCCAACACGAGCACATGCCCCCCAACA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCAACACGAGCACATGCCCCCCAACACGAGCACATGCCCCCCAACA  599

seq1  CGAGCACATGCCCCCCAACACGAGCACATGCCGTTGTGTGCTCATGGATG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCACATGCCCCCCAACACGAGCACATGCCGTTGTGTGCTCATGGATG  649

seq1  TCAAAGACAACTTTCAGGAATTTATTCTTCCTACCATGCGTGCCCGGTTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGACAACTTTCAGGAATTTATTCTTCCTACCATGCGTGCCCGGTTT  699

seq1  TCTAACTCAGCCTTCCAGGCTTGGTAGCAGACACCTTACTTGCTAAGTCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTCAGCCTTCCAGGCTTGGTAGCAGACACCTTACTTGCTAAGTCA  749

seq1  TCTCCCTGCCCACCAGCCTCTTTTATCATCCTCCTTGGGTTTCAACATTA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTGCCCACCAGCCTCTTTTATCATCCTCCTTGGGTTTCAACATTA  799

seq1  TCCACCTTTCCTCTACTCCCTCTCTATTTTGCCTTTCTCTAGCATCTAAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTTTCCTCTACTCCCTCTCTATTTTGCCTTTCTCTAGCATCTAAT  849

seq1  CTCAGCTGAGTGCTGGGAGCAAGCAATTTAATTCACATTCTGGAGTGAAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTGAGTGCTGGGAGCAAGCAATTTAATTCACATTCTGGAGTGAAT  899

seq1  AATTCACAGTCCCTCCATTGACAGCCGCACCAGATAAACTCAGATGGATT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACAGTCCCTCCATTGACAGCCGCACCAGATAAACTCAGATGGATT  949

seq1  TTAGTCAGTGGGATTTAGTGCCATGTGACTAAGTGAAGAATTC  986
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCAGTGGGATTTAGTGCCATGTGACTAAGTGAAGAATTC  992

seq1: chr5_30692065_30693183
seq2: B6Ng01-318G21.g_65_1176

seq1  GAATTCTGGGTTCAGACCACTCTACAAGCTTCCTTTGGGGGAACTTTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGTTCAGACCACTCTACAAGCTTCCTTTGGGGGAACTTTGTG  50

seq1  TTCAGGTCTCTAGGGGAGATGGAGCCTCACCCTTCAATGTCGTCCTCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTCTCTAGGGGAGATGGAGCCTCACCCTTCAATGTCGTCCTCATC  100

seq1  CGTCTCGTTGGCCTTGTGGGGTGTCTTGATGTTGTCTCCCTTGCCCACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTCGTTGGCCTTGTGGGGTGTCTTGATGTTGTCTCCCTTGCCCACCA  150

seq1  CAGCGACATCACACTTTACATAACCCTTCAACCCAGCAGAGATGTCATCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGACATCACACTTTACATAACCCTTCAACCCAGCAGAGATGTCATCG  200

seq1  GGGTCTGACAGGATGGCCCATTTGTGATGGAACTGGTGTTCTGCAGAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTGACAGGATGGCCCATTTGTGATGGAACTGGTGTTCTGCAGAGGT  250

seq1  GGAAGGGCATTGCATTTACCATCTATCCCAGGATTCCACAGGGCGTCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGCATTGCATTTACCATCTATCCCAGGATTCCACAGGGCGTCCAA  300

seq1  GCTCAGTGCTTGCTAGGGCTTGCAAGCTCAAGGCTGCAGGCTCAGGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTGCTTGCTAGGGCTTGCAAGCTCAAGGCTGCAGGCTCAGGAGAC  350

seq1  TCAAGGCCATGGCTCTGGTTGCATTCAGCCAGTGAAGACAGAGGGCCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCCATGGCTCTGGTTGCATTCAGCCAGTGAAGACAGAGGGCCTCT  400

seq1  GCAGGCAGAGGGCTGAGCGAGACCCTGCCCAGGAGCAAGTGTCAGGACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCAGAGGGCTGAGCGAGACCCTGCCCAGGAGCAAGTGTCAGGACTC  450

seq1  CGAATTGCTTCCAAGTCAGTTTCACAGCTTGCAGTCTCTGCTGTGGTCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATTGCTTCCAAGTCAGTTTCACAGCTTGCAGTCTCTGCTGTGGTCCC  500

seq1  TGCTACAGCTGGCCCC-CATAGCTGCTAGATAGGGCCTACTATAATAGAG  549
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACAGCTGGCCCCACATAGCTGCTAGATAGGGCCTACTATAATAGAG  550

seq1  GCTTTACCTATCATGTTCTTCCTTTCAGCCCTTCTGAGTCTCTCCGTGTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTACCTATCATGTTCTTCCTTTCAGCCCTTCTGAGTCTCTCCGTGTC  600

seq1  TTGAGGTGAAGCCAAACATGTGGCAATGCTACTCTCTTCCCTGCTTGGTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTGAAGCCAAACATGTGGCAATGCTACTCTCTTCCCTGCTTGGTC  650

seq1  CCACCACCCCAGGACTGTCCAGGCAAAGTACCCATTGCTTCCTGAGCTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACCCCAGGACTGTCCAGGCAAAGTACCCATTGCTTCCTGAGCTTA  700

seq1  CACAGAGCCAAACTCTAGGTCATTGTGTCTGCTCCGAATGTCCTCGCCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGCCAAACTCTAGGTCATTGTGTCTGCTCCGAATGTCCTCGCCTT  750

seq1  CTTCCTCCTCCTTAGTTAGCTGGAAAACGGATCATTTTATCCAAGAGTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCCTCCTTAGTTAGCTGGAAAACGGATCATTTTATCCAAGAGTCT  800

seq1  CCTCTTCCATGCAGCGTCCCCTGACCCCTTCAGAGGAATAGGCCCTGACC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCCATGCAGCGTCCCCTGACCCCTTCAGAGGAATAGGCCCTGACC  850

seq1  TCTCAGTGCTCACAGGG-TCCCGTGTGCATGCCCCCCACCACAGAAATCA  898
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTGCTCACAGGGTTCCCGTGTGCATGCCCCCCACCACAGAAATCA  900

seq1  CCTACGCAATGCCTGTCTCCATGTTGAGACTGGTGCAGAGATTAGCAGTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACGCAATGCCTGTCTCCATGTTGAGACTGGTGCAGAGATTAGCAGTG  950

seq1  TGCCTTCTGGTGTCCCCAGGCCACAGGACAGTGTAGAGAAAGGTACAAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
seq2  TGCCTTCTGGTGTCCCCAGGCCACAGGACAGTGTAGAGAAATGTAC-AGT  999

seq1  GTCAGCAAAGGAGGCATTTTAGGAAGATTTGTCC-CCACTGGGTTGATTT  1047
      |||||| ||||| |||||||||  |||||||||| |||||||| ||| ||
seq2  GTCAGC-AAGGA-GCATTTTAG--AGATTTGTCCTCCACTGGG-TGA-TT  1043

seq1  TAAAGTTAGTG-ATAAGGTACGAGGTGGGGAGACCTGCTTAACAGTTTCC  1096
      |||  |||||| ||| | ||| | || ||||||| ||| |||| |||  |
seq2  TAAGTTTAGTGAATACGTTACCAAGTTGGGAGACTTGC-TAACCGTT--C  1090

seq1  TGCAGGAATTGAAATCTGCAGGG  1119
      |||||| || | |||||||||||
seq2  TGCAGG-ATGGGAATCTGCAGGG  1112