BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321A15
Chromosome5 (Build37)
Map Location 131,479,054 - 131,551,020
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWbscr17
Upstream geneAsl, Crcp, Tpst1, Kctd7, Rabgef1, 0610007L01Rik, EG625540, Sbds, Tyw1, A330070K13Rik, Caln1
Downstream geneAuts2, 4930563F08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321A15.bB6Ng01-321A15.g
ACCGA110256GA110257
length1,1181,133
definitionB6Ng01-321A15.b B6Ng01-321A15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,549,912 - 131,551,020)(131,479,054 - 131,480,188)
sequence
gaattcctaagacactatgtaagaaaataggtggctttgttggtttgggc
ttggaaggaggaggaaggaggtagattcctgggagtctgtggccagccag
cctaggcaactttattagcttcatgttcaatgaaagagcctgtctccaaa
tacaaggtagatggtatcataaaggatacctgaggttgacctatggcttc
cacaagcatgagcacacacatataaaatgcacctgcacgctacattcaag
tgtgtgtgcacacgtgaatacaattcttttgaatgaactaaatcctattt
gtcttaacattatgtagatgtacatggaaaatcagccaaatgagagcaga
gagagagcacatatctatcctcgaggactctaaactgggtgcaccatgaa
tttataaatgctggctcagtccagcagctgaattccagagctgtcaactt
tacatctgctgatctgagcatctctttccagctgtgggacccccctcccc
agactcttaccaggagaggaccagaaacatgtgctggtatggtgtctgaa
gggagaatttcactgcaccttgcttttggaacctcatctgagcacctcac
taggcatctcctgtgagttgacagcgggacctccctgttctgtgttaggt
gaccttgtaattagtgacactgctcgttaataaccaattcaagatgatga
gtaacaattagcaatccttaatccaacatgtaatttcaggataaattata
aggtacgggagtgtcagagcctgtgagcatcgttgagttgaaagaattgc
cctggatgtgcagagctgctgagatttcacattctgtgctaagatatatg
gaaaggggagaaaggctacttttctctcccgagagggggaacatgacagg
cttacacaagaggaacccttcaagtgacaaagcagcttttttttcttttt
ggctttaaaatatatatttttttctatgtatcagcatatatattttaagc
attaactaagctcagctttatggtaggtactttcacggggacagtcctgg
gttagatgataggattcttaccctgaaagagtttgcagaactgagcctgg
gggaggttgcctgggggc

gaattcttgacactaaagatatattgaaagatacagatcctttacaacgt
ggttgcaaatataaagcaacaggactgatagaaggaggtacctgggaggc
tgaggcaagattatgtttgaggctagccaggtctacccaaagagctgggg
agggggagtgttaacctggtcttcccagagagacattgtgtcaggaaaca
aaaaagaggtgaagaggtggctcagtggtagagtgcttgcccaaagtgca
ccacactgtggctcccattttcaatacagtggagctcaagtatggtggtg
cacacctatagccacagtacttgggaggcagaagcaggaagaccaggagt
tcaaggtcatccccaagtacatagtggttccatgtacatcctgatctaca
tgatacccttcctctgaatgaataaataaacaaataaaagaagatgaata
ttttccaaactctagagatgatagagaaaacatcataaccagcttccagg
ggcaacttggcacaaactttgagaaactcaggaagaggaaactaaaaaat
catctccattagattggtccacgggtgcatctatgtgacattttcctgac
tgctgattgaggtaggagggcctggcccactgtgggcagtgacatccact
ccctaggcaggtgagcctggaatgtgtaaggatgctaaatgtgaacctgt
gggcaagccagttctcaatgctcctccatggcctctgctccatgtcttgg
cttccctagatgacagacatgtaatctattcgccaaataaaccatccaaa
ttgtatttgctctatcatagcaaaagaaacaaaactcagacagatgaatg
ggaaaaaaatgtaagccgaggcatgtgtaagtaggaggtgctgggtatga
atggctcagcagttaagattgcttgctgctcttcagtggggcgggaggtt
ggttttcagcactactttaagcagtacataactgcctattatattcccag
ctccaggattgactccctcttctggctctacaggcactattatgtgtatg
tttttgccacagaatagacaggtggccacacaaacatatcttataaaaca
aagaatcaagttaggaacacattccagtgatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_131549912_131551020
seq2: B6Ng01-321A15.b_50_1167 (reverse)

seq1  GCCCCCA-GCAACCTCCCC--AGCTCAG-TCTGCAAACTCTTTCAGGGTA  46
      ||||||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCAGGCAACCTCCCCCAGGCTCAGTTCTGCAAACTCTTTCAGGGTA  50

seq1  AGAATCCTATCATCTAA-CCAGGACTGTCCCCGTGGAAGTACCTACCATA  95
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGAATCCTATCATCTAACCCAGGACTGTCCCCGTGAAAGTACCTACCATA  100

seq1  AAGCTGAGCTTAGTTAATGCTTAAAATATATATGCTGATACATAG-AAAA  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGCTGAGCTTAGTTAATGCTTAAAATATATATGCTGATACATAGAAAAA  150

seq1  AATATATATTTTAAAGCCAAAAAG-AAAAAAAGCTGCTTTGTCACTTGAA  193
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATATTTTAAAGCCAAAAAGAAAAAAAAGCTGCTTTGTCACTTGAA  200

seq1  GGGTTCCTCTTGTGTAAGCCTGTCATGTTCCCCCTCTCGGGAGAGAAAAG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCCTCTTGTGTAAGCCTGTCATGTTCCCCCTCTCGGGAGAGAAAAG  250

seq1  TAGCC-TTCTCCCC-TTCCATATATCTTAGCACAGAATGTGAAATCTCAG  291
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTTTCTCCCCTTTCCATATATCTTAGCACAGAATGTGAAATCTCAG  300

seq1  CAGCTCTGCACATCCAGGGCAATTCTTTCAACTCAACGATGCTCACAGGC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTGCACATCCAGGGCAATTCTTTCAACTCAACGATGCTCACAGGC  350

seq1  TCTGACACTCCCGTACCTTATAATTTATCCTGAAATTACATGTTGGATTA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACACTCCCGTACCTTATAATTTATCCTGAAATTACATGTTGGATTA  400

seq1  AGGATTGCTAATTGTTACTCATCATCTTGAATTGGTTATTAACGAGCAGT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGCTAATTGTTACTCATCATCTTGAATTGGTTATTAACGAGCAGT  450

seq1  GTCACTAATTACAAGGTCACCTAACACAGAACAGGGAGGTCCCGCTGTCA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTAATTACAAGGTCACCTAACACAGAACAGGGAGGTCCCGCTGTCA  500

seq1  ACTCACAGGAGATGCCTAGTGAGGTGCTCAGATGAGGTTCCAAAAGCAAG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAGGAGATGCCTAGTGAGGTGCTCAGATGAGGTTCCAAAAGCAAG  550

seq1  GTGCAGTGAAATTCTCCCTTCAGACACCATACCAGCACATGTTTCTGGTC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTGAAATTCTCCCTTCAGACACCATACCAGCACATGTTTCTGGTC  600

seq1  CTCTCCTGGTAAGAGTCTGGGGAGGGGGGTCCCACAGCTGGAAAGAGATG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTGGTAAGAGTCTGGGGAGGGGGGTCCCACAGCTGGAAAGAGATG  650

seq1  CTCAGATCAGCAGATGTAAAGTTGACAGCTCTGGAATTCAGCTGCTGGAC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATCAGCAGATGTAAAGTTGACAGCTCTGGAATTCAGCTGCTGGAC  700

seq1  TGAGCCAGCATTTATAAATTCATGGTGCACCCAGTTTAGAGTCCTCGAGG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCAGCATTTATAAATTCATGGTGCACCCAGTTTAGAGTCCTCGAGG  750

seq1  ATAGATATGTGCTCTCTCTCTGCTCTCATTTGGCTGATTTTCCATGTACA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATATGTGCTCTCTCTCTGCTCTCATTTGGCTGATTTTCCATGTACA  800

seq1  TCTACATAATGTTAAGACAAATAGGATTTAGTTCATTCAAAAGAATTGTA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACATAATGTTAAGACAAATAGGATTTAGTTCATTCAAAAGAATTGTA  850

seq1  TTCACGTGTGCACACACACTTGAATGTAGCGTGCAGGTGCATTTTATATG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACGTGTGCACACACACTTGAATGTAGCGTGCAGGTGCATTTTATATG  900

seq1  TGTGTGCTCATGCTTGTGGAAGCCATAGGTCAACCTCAGGTATCCTTTAT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCTCATGCTTGTGGAAGCCATAGGTCAACCTCAGGTATCCTTTAT  950

seq1  GATACCATCTACCTTGTATTTGGAGACAGGCTCTTTCATTGAACATGAAG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCATCTACCTTGTATTTGGAGACAGGCTCTTTCATTGAACATGAAG  1000

seq1  CTAATAAAGTTGCCTAGGCTGGCTGGCCACAGACTCCCAGGAATCTACCT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAAGTTGCCTAGGCTGGCTGGCCACAGACTCCCAGGAATCTACCT  1050

seq1  CCTTCCTCCTCCTTCCAAGCCCAAACCAACAAAGCCACCTATTTTCTTAC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTCCTCCTTCCAAGCCCAAACCAACAAAGCCACCTATTTTCTTAC  1100

seq1  ATAGTGTCTTAGGAATTC  1109
      ||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGTCTTAGGAATTC  1118


seq1: chr5_131479054_131480188
seq2: B6Ng01-321A15.g_65_1197

seq1  GAATTCTTGACACTAAAGATATATTGAAAGATACAGATCCTTTACAACGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGACACTAAAGATATATTGAAAGATACAGATCCTTTACAACGT  50

seq1  GGTTGCAAATATAAAGCAACAGGACTGATAGAAGGAGGTACCTGGGAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCAAATATAAAGCAACAGGACTGATAGAAGGAGGTACCTGGGAGGC  100

seq1  TGAGGCAAGATTATGTTTGAGGCTAGCCAGGTCTACCCAAAGAGCTGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCAAGATTATGTTTGAGGCTAGCCAGGTCTACCCAAAGAGCTGGGG  150

seq1  AGGGGGAGTGTTAACCTGGTCTTCCCAGAGAGACATTGTGTCAGGAAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGAGTGTTAACCTGGTCTTCCCAGAGAGACATTGTGTCAGGAAACA  200

seq1  AAAAAGAGGTGAAGAGGTGGCTCAGTGGTAGAGTGCTTGCCCAAAGTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAGGTGAAGAGGTGGCTCAGTGGTAGAGTGCTTGCCCAAAGTGCA  250

seq1  CCACACTGTGGCTCCCATTTTCAATACAGTGGAGCTCAAGTATGGTGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACTGTGGCTCCCATTTTCAATACAGTGGAGCTCAAGTATGGTGGTG  300

seq1  CACACCTATAGCCACAGTACTTGGGAGGCAGAAGCAGGAAGACCAGGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTATAGCCACAGTACTTGGGAGGCAGAAGCAGGAAGACCAGGAGT  350

seq1  TCAAGGTCATCCCCAAGTACATAGTGGTTCCATGTACATCCTGATCTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTCATCCCCAAGTACATAGTGGTTCCATGTACATCCTGATCTACA  400

seq1  TGATACCCTTCCTCTGAATGAATAAATAAACAAATAAAAGAAGATGAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACCCTTCCTCTGAATGAATAAATAAACAAATAAAAGAAGATGAATA  450

seq1  TTTTCCAAACTCTAGAGATGATAGAGAAAACATCATAACCAGCTTCCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAAACTCTAGAGATGATAGAGAAAACATCATAACCAGCTTCCAGG  500

seq1  GGCAACTTGGCACAAACTTTGAGAAACTCAGGAAGAGGAAACTAAAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACTTGGCACAAACTTTGAGAAACTCAGGAAGAGGAAACTAAAAAAT  550

seq1  CATCTCCATTAGATTGGTCCACGGGTGCATCTATGTGACATTTTCCTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCATTAGATTGGTCCACGGGTGCATCTATGTGACATTTTCCTGAC  600

seq1  TGCTGATTGAGGTAGGAGGGCCTGGCCCACTGTGGGCAGTGACATCCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGATTGAGGTAGGAGGGCCTGGCCCACTGTGGGCAGTGACATCCACT  650

seq1  CCCTAGGCAGGTGAGCCTGGAATGTGTAAGGATGCTAAATGTGAACCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGGCAGGTGAGCCTGGAATGTGTAAGGATGCTAAATGTGAACCTGT  700

seq1  GGGCAAGCCAGTTCTCAATGCTCCTCCATGGCCTCTGCTCCATGTCTTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAGCCAGTTCTCAATGCTCCTCCATGGCCTCTGCTCCATGTCTTGG  750

seq1  CTTCCCTAGATGACAGACATGTAATCTATTCGCCAAATAAACCATCCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTAGATGACAGACATGTAATCTATTCGCCAAATAAACCATCCAAA  800

seq1  TTGTATTTGCTCTATCATAGCAAAAGAAACAAAACTCAGACAGATGAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTGCTCTATCATAGCAAAAGAAACAAAACTCAGACAGATGAATG  850

seq1  GGAAAAAAATGTAAGCCGAGGCATGTGTAAGTAGGAGGTGCTGGGTATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAAATGTAAGCCGAGGCATGTGTAAGTAGGAGGTGCTGGGTATGA  900

seq1  ATGGCTCAGCAGTTAAGATTGCTTGCTGCTCTTTCAGTGGGGC-GGAGGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  ATGGCTCAGCAGTTAAGATTGCTTGCTGCTC-TTCAGTGGGGCGGGAGGT  949

seq1  TGGTTTTCAGCACTAACTTTAAGCAGTACATAACTGCCTA-TATATTCCC  998
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGGTTTTCAGCACT-ACTTTAAGCAGTACATAACTGCCTATTATATTCCC  998

seq1  AGCTCCAAGGGATTTGACTCCCTCTTCTGGCCTCTACAGGCACCTATATG  1048
      |||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||
seq2  AGCTCCA--GGA-TTGACTCCCTCTTCTGG-CTCTACAGGCACTATTATG  1044

seq1  TGTATGTTTT--GCACAG-ATAGACAAGTGGGCACACAAACATATCTATA  1095
      ||||||||||   ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||   
seq2  TGTATGTTTTTGCCACAGAATAGACAGGTGGCCACACAAACATATCTTAT  1094

seq1  AAAACAAAGAAATCCAAGTAGGGACACATTCCAGTGATGG  1135
      ||||||||| |||| |  |||| |||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAG-AATCAAGTTAGGAACACATTCCAGTGATGG  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |