BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321J18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 46,725,959 - 46,912,040
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666103
Upstream geneQdpr, EG624224, Lap3, LOC100040762, Med28, 9630031F12Rik, 9630001P10Rik, 1600023N17Rik, Lcorl, LOC100041576
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321J18.bB6Ng01-321J18.g
ACCGA110668GA110669
length4281,048
definitionB6Ng01-321J18.b B6Ng01-321J18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,911,607 - 46,912,040)(46,725,959 - 46,727,015)
sequence
atcaagtagtctctcagttctcattagtcagtactttcattactaatgca
tcaggttattccatgtatgcaggtagatttctggtttgggtccaatttta
agagcaattgtctgagaaacttaatctaagcattgctaagaatgagacat
ccctccctgacacatatgtatgactttttatataagtttagtagcactgg
ttccaatgatatgccccttaccatgtgtaatagtgtcttcatggtccatt
tattttggcacaccttataattaaagatctaatcacagaactcaaatctc
ctgtgtttctaacaacttacacaagcaatatcactattttacagagaaat
aaaaattatttaaataaacgtatagattaaaatgtactgcatttgacatg
gggggagggagctagggggagggagaga

gaattcactaaaatgcacatgagcaacagtaactaacaaaacatacatgt
tctgagatctggataactaggtgtcactttacaactggcaacagaaaagt
ctccatgcagctgggggtttttaaatgttcttgagcttgtgttctttgat
ctggaggtagagcacggccaagaggcacagcagctgggtcccacagccat
gccatcttaccttatccaggacatagggaatcagcctgtctctccaggcc
ctcctcattgccctctggatagaacatcaaccaaagtacccagtgatata
gttctttctacagctattgtcataggcctgtgttccaagttactctggaa
gctgaggcaggaggattgaaagctccaggtcagagtgggcaacttgtggt
gccttctctcaaaataaaagagtctgtgcagcacatgaaaaaatataaag
gactctggcataacacaccatatgaattagatctcataataacccatgag
gtaggtcatatcatttctagttgctaaatgaagttaacaagagggtatac
caccagaatcttcaaaactggtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
aaggttcaattgtatttggccattcaaggtctaaacttctttcatgttct
aaacttcattcagtagcagcttccaggtaacacagcgaacgaacagagaa
gatcatctgtgggctcagatttggaaatatgcccgtcccagttttaatgt
taagatggtctaattgcctaacacagcttagaagtatacagaacttgttt
tatttcttacaaacattctgaagtatgtaccatgtgagcataaatgagaa
atcattggacccaagtcttgattttaatttatttttgaaagatttaattg
tgtatgtaaaggtgttttccccgtgtatatgtctatgcaacatctacatt
cctcatggagaccagaaagatcattgggtccctgtaactggagtcactga
tgtgtgagctgcatagggtgcagtgctcttaatgctgtagtcatgatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_46911607_46912040
seq2: B6Ng01-321J18.b_44_477 (reverse)

seq1  TCTCTCCCTCCCCCTAGCTCCCTCCCCCCATGTCAAATGCAGTACATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCCTCCCCCTAGCTCCCTCCCCCCATGTCAAATGCAGTACATTTT  50

seq1  AATCTATACGTTTATTTAAATAATTTTTATTTCTCTGTAAAATAGTGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATACGTTTATTTAAATAATTTTTATTTCTCTGTAAAATAGTGATA  100

seq1  TTGCTTGTGTAAGTTGTTAGAAACACAGGAGATTTGAGTTCTGTGATTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGTGTAAGTTGTTAGAAACACAGGAGATTTGAGTTCTGTGATTAG  150

seq1  ATCTTTAATTATAAGGTGTGCCAAAATAAATGGACCATGAAGACACTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAATTATAAGGTGTGCCAAAATAAATGGACCATGAAGACACTATT  200

seq1  ACACATGGTAAGGGGCATATCATTGGAACCAGTGCTACTAAACTTATATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGGTAAGGGGCATATCATTGGAACCAGTGCTACTAAACTTATATA  250

seq1  AAAAGTCATACATATGTGTCAGGGAGGGATGTCTCATTCTTAGCAATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCATACATATGTGTCAGGGAGGGATGTCTCATTCTTAGCAATGCT  300

seq1  TAGATTAAGTTTCTCAGACAATTGCTCTTAAAATTGGACCCAAACCAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTAAGTTTCTCAGACAATTGCTCTTAAAATTGGACCCAAACCAGAA  350

seq1  ATCTACCTGCATACATGGAATAACCTGATGCATTAGTAATGAAAGTACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACCTGCATACATGGAATAACCTGATGCATTAGTAATGAAAGTACTG  400

seq1  ACTAATGAGAACTGAGAGACTACTTGATGAATTC  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGAGAACTGAGAGACTACTTGATGAATTC  434


seq1: chr5_46725959_46727015
seq2: B6Ng01-321J18.g_65_1112

seq1  GAATTCACTAAAATGCACATGAGCAACAGTAACTAACAAAACATACATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAAAATGCACATGAGCAACAGTAACTAACAAAACATACATGT  50

seq1  TCTGAGATCTGGATAACTAGGTGTCACTTTACAACTGGCAACAGAAAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGATCTGGATAACTAGGTGTCACTTTACAACTGGCAACAGAAAAGT  100

seq1  CTCCATGCAGCTGGGGGTTTTTAAATGTTCTTGAGCTTGTGTTCTTTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGCAGCTGGGGGTTTTTAAATGTTCTTGAGCTTGTGTTCTTTGAT  150

seq1  CTGGAGGTAGAGCACGGCCAAGAGGCACAGCAGCTGGGTCCCACAGCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGTAGAGCACGGCCAAGAGGCACAGCAGCTGGGTCCCACAGCCAT  200

seq1  GCCATCTTACCTTATCCAGGACATAGGGAATCAGCCTGTCTCTCCAGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTTACCTTATCCAGGACATAGGGAATCAGCCTGTCTCTCCAGGCC  250

seq1  CTCCTCATTGCCCTCTGGATAGAACATCAACCAAAGTACCCAGTGATATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCATTGCCCTCTGGATAGAACATCAACCAAAGTACCCAGTGATATA  300

seq1  GTTCTTTCTACAGCTATTGTCATAGGCCTGTGTTCCAAGTTACTCTGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTCTACAGCTATTGTCATAGGCCTGTGTTCCAAGTTACTCTGGAA  350

seq1  GCTGAGGCAGGAGGATTGAAAGCTCCAGGTCAGAGTGGGCAACTTGTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGCAGGAGGATTGAAAGCTCCAGGTCAGAGTGGGCAACTTGTGGT  400

seq1  GCCTTCTCTCAAAATAAAAGAGTCTGTGCAGCACATGAAAAAATATAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTCTCAAAATAAAAGAGTCTGTGCAGCACATGAAAAAATATAAAG  450

seq1  GACTCTGGCATAACACACCATATGAATTAGATCTCATAATAACCCATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGGCATAACACACCATATGAATTAGATCTCATAATAACCCATGAG  500

seq1  GTAGGTCATATCATTTCTAGTTGCTAAATGAAGTTAACAAGAGGGTATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTCATATCATTTCTAGTTGCTAAATGAAGTTAACAAGAGGGTATAC  550

seq1  CACCAGAATCTTCAAAACTGGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAATCTTCAAAACTGGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  600

seq1  AAGGTTCAATTGTATTTGGCCATTCAAGGTCTAAACTTCTTTCATGTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTCAATTGTATTTGGCCATTCAAGGTCTAAACTTCTTTCATGTTCT  650

seq1  AAACTTCATTCAGTAGCAGCTTCCAGGTAACACAGCGAACGAACAGAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCATTCAGTAGCAGCTTCCAGGTAACACAGCGAACGAACAGAGAA  700

seq1  GATCATCTGTGGGCTCAGATTTGGAAATATGCCCGTCCCAGTTTTAATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATCTGTGGGCTCAGATTTGGAAATATGCCCGTCCCAGTTTTAATGT  750

seq1  TAAGATGGTCTAATTGCCTAACACAGCTTAGAAGTATACAGAACTTGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGGTCTAATTGCCTAACACAGCTTAGAAGTATACAGAACTTGTTT  800

seq1  TATTTCTTACAAACATTCTGAAGTATGTACCATGTGAGCATAAATGAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTTACAAACATTCTGAAGTATGTACCATGTGAGCATAAATGAGAA  850

seq1  ATCATTGGACCCAAGTCTTGATTTTAATTTATTTTTGAAAGATTTAATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTGGACCCAAGTCTTGATTTTAATTTATTTTTGAAAGATTTAATTG  900

seq1  TGTATGTAAGGGTGTTTTCCCCGTGTATATGTCTATGCAACATCTACATT  950
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTAAAGGTGTTTTCCCCGTGTATATGTCTATGCAACATCTACATT  950

seq1  CCTCATGGAGACCAGAAAAGATCATTGGGTTCCCTGTAACTGGAGTCACT  1000
      ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATGGAGACCAG-AAAGATCATTGGG-TCCCTGTAACTGGAGTCACT  998

seq1  GATGGTTGTGAGCTGCCATAGGGTTGCAAGTGCTCTTAATGCCTGTAGTT  1050
      ||||  ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||| |
seq2  GATG--TGTGAGCTG-CATAGGG-TGC-AGTGCTCTTAATG-CTGTAG-T  1041

seq1  CATGATT  1057
      |||||||
seq2  CATGATT  1048


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |