BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-323M16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 49,237,679 - 49,338,101
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnip4
Upstream geneLOC100040876, Slit2, 4933428G09Rik
Downstream geneLOC100041668, LOC100041659, EG433885, LOC666223
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-323M16.bB6Ng01-323M16.g
ACCGA112278GA112279
length1,004943
definitionB6Ng01-323M16.b B6Ng01-323M16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,337,102 - 49,338,101)(49,237,679 - 49,238,620)
sequence
gaattccagtgctagtgcttgctttgtccacactttatgaccctagagac
tcaacagagatattttctgtggaattggctgctgatggggggaatttgtt
tttccctgttttatgggtgggaaaatatagatgacctgaccctgaatgat
ccaccattaagaagccagaagttggagggtatataactccttggcagatc
taccatgttcaagactcttgtttagtgctctcataccagggagaagaaaa
gaacacagaagtatccaagggtctgacgatggtctatactaatctgaagg
ttgataagagcataggaaggtgataggaatctcaatgatttgtgagggca
attagattcattgcattgataagactgcatttgctaagccaggattccct
tatctctactctccttactgcttcattaaaggtttgtaaaagtctgaatg
acatagtgcatgcagccattaaaaattagtactgttggttccctgacaat
caaacatccccagcgattcttctggttgagcagaacatctcaacctcagg
ctataattcaaacacttcatattctcactcattttactcttctgcctccc
tatatcagttattcttgaaaggatgaagagataatataatagtagctgga
tgttgactgagcagtttagaacattctagattgttcgtgtgccgttaatt
tcctggatgaacttgtaatattcctaatttgatatttaagaaattaagct
tgagggatatgatcaatagcacttctcgaattggtaagtggagaaactaa
aagtcatctcttgatatattgccataaagtctgggttttaatattgcact
gtttttaatccctgctttgtaagaagaagcctgctccctctttcccatca
taacataagtaaacaaagctactgcgctggcgatcacgatgcatgctttg
acacattatttttactgcgtccagctctgaccagattatcacacactata
tttt
gaattctcagaaccaagcaaaaaacactcctcaggctgagattgcttctt
gccagtgttatctgtctctctttgctttgaaacctaaaacatttccccat
gcacagtggaatgccttttagcctatcagactcataataatgaaacctcc
ctgcataggtacaagggcacagaatattcagtcagctcctgaaatccctt
gcccattctcactccagttggagatccttatacagaactgtgtgtggagg
agggggccattcctattgacattaaagatctgagaacttattgctgctat
tgctgctgctgctaataaatataaccaatatttttgaacccttatgatat
ttcaggtcttgggttatttaagtcattagtgatgttgtggagctcggtaa
ggtaggcacaactgctgtcctaatttcagagatggtaattaaaatgttca
gaatttgaatagtttccaaatacctttgtatacttgaagcaccccactaa
actgaaatgtgaatgcagggagagcaaattctcaaacttctagtacaaaa
cactttgaactcctaaggaggcagaagctggaagatgggagggatgctat
gattttctgtgctctgaacaaaacatggctctttcactcaagaacttaca
gtagctatgtttgtctgcacagaccagcataggggataaagtcagtcaca
atcccagcttgtatggtagtggagttcacgagtctctccatcagtatctt
agaaagaattgacatttgatggtgacttgggaagcggttgtcactctttg
ggtgtgtgagccctcacaggttacctatgatccagtggatgatcccttcc
cacgcatgtacaaggagggagcacttattagactcaatgggatgtattca
tatgtgaatatatttagaggacaggaggtaggggtgggaagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_49337102_49338101
seq2: B6Ng01-323M16.b_41_1044 (reverse)

seq1  AAAATATAGTTGGTTTTGATAACCTGGTCAGAGCTGG-CCCAGT-AAAAT  48
      ||||||||||    | |||||| |||||||||||||| | |||| |||||
seq2  AAAATATAGT---GTGTGATAATCTGGTCAGAGCTGGACGCAGTAAAAAT  47

seq1  AA-GTGT-AAAGCATGCA-CCTG-TTGCCAGGGCAGT-GCTTTG-TTAAT  92
      || |||| |||||||||| | || | ||||| ||||| |||||| ||| |
seq2  AATGTGTCAAAGCATGCATCGTGATCGCCAGCGCAGTAGCTTTGTTTACT  97

seq1  TATGTTATGTTGGGAAAGAGGGAGCAGGCTTCTTCCTACAAAGCAGGGAT  142
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TATGTTATGATGGGAAAGAGGGAGCAGGCTTCTTCTTACAAAGCAGGGAT  147

seq1  TAAAAACAGTGCAATATTAAAAACCCAGACTTTATGGCAATATATCAAGA  192
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACAGTGCAATATT-AAAACCCAGACTTTATGGCAATATATCAAGA  196

seq1  GATAACTTTTAGTTTCTCCACTTACCAATTCAAGAAGTGCTATTGATCAT  242
      ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GATGACTTTTAGTTTCTCCACTTACCAATTCGAGAAGTGCTATTGATCAT  246

seq1  ATCCCTCAAGCTTAATTTCTTAAATATCAAATTAGGAATATTACAAGTTC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTCAAGCTTAATTTCTTAAATATCAAATTAGGAATATTACAAGTTC  296

seq1  ATCCAGGAAATTAACGGCACACGAACAATCTAGAATGTTCTAAACTGCTC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGAAATTAACGGCACACGAACAATCTAGAATGTTCTAAACTGCTC  346

seq1  AGTCAACATCCAGCTACTATTATATTATCTCTTCATCCTTTCAAGAATAA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAACATCCAGCTACTATTATATTATCTCTTCATCCTTTCAAGAATAA  396

seq1  CTGATATAGGGAGGCAGAAGAGTAAAATGAGTGAGAATATGAAGTGTTTG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATAGGGAGGCAGAAGAGTAAAATGAGTGAGAATATGAAGTGTTTG  446

seq1  AATTATAGCCTGAGGTTGAGATGTTCTGCTCAACCAGAAGAATCGCTGGG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATAGCCTGAGGTTGAGATGTTCTGCTCAACCAGAAGAATCGCTGGG  496

seq1  GATGTTTGATTGTCAGGGAACCAACAGTACTAATTTTTAATGGCTGCATG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTGATTGTCAGGGAACCAACAGTACTAATTTTTAATGGCTGCATG  546

seq1  CACTATGTCATTCAGACTTTTACAAACCTTTAATGAAGCAGTAAGGAGAG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATGTCATTCAGACTTTTACAAACCTTTAATGAAGCAGTAAGGAGAG  596

seq1  TAGAGATAAGGGAATCCTGGCTTAGCAAATGCAGTCTTATCAATGCAATG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATAAGGGAATCCTGGCTTAGCAAATGCAGTCTTATCAATGCAATG  646

seq1  AATCTAATTGCCCTCACAAATCATTGAGATTCCTATCACCTTCCTATGCT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAATTGCCCTCACAAATCATTGAGATTCCTATCACCTTCCTATGCT  696

seq1  CTTATCAACCTTCAGATTAGTATAGACCATCGTCAGACCCTTGGATACTT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCAACCTTCAGATTAGTATAGACCATCGTCAGACCCTTGGATACTT  746

seq1  CTGTGTTCTTTTCTTCTCCCTGGTATGAGAGCACTAAACAAGAGTCTTGA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTCTTTTCTTCTCCCTGGTATGAGAGCACTAAACAAGAGTCTTGA  796

seq1  ACATGGTAGATCTGCCAAGGAGTTATATACCCTCCAACTTCTGGCTTCTT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTAGATCTGCCAAGGAGTTATATACCCTCCAACTTCTGGCTTCTT  846

seq1  AATGGTGGATCATTCAGGGTCAGGTCATCTATATTTTCCCACCCATAAAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGGATCATTCAGGGTCAGGTCATCTATATTTTCCCACCCATAAAA  896

seq1  CAGGGAAAAACAAATTCCCCCCATCAGCAGCCAATTCCACAGAAAATATC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAAAACAAATTCCCCCCATCAGCAGCCAATTCCACAGAAAATATC  946

seq1  TCTGTTGAGTCTCTAGGGTCATAAAGTGTGGACAAAGCAAGCACTAGCAC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGAGTCTCTAGGGTCATAAAGTGTGGACAAAGCAAGCACTAGCAC  996

seq1  TGGAATTC  1000
      ||||||||
seq2  TGGAATTC  1004

seq1: chr5_49237679_49238620
seq2: B6Ng01-323M16.g_66_1008

seq1  GAATTCTCAGAACCAAGCAAAAAACACTCCTCAGGCTGAGATTGCTTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGAACCAAGCAAAAAACACTCCTCAGGCTGAGATTGCTTCTT  50

seq1  GCCAGTGTTATCTGTCTCTCTTTGCTTTGAAACCTAAAACATTTCCCCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGTTATCTGTCTCTCTTTGCTTTGAAACCTAAAACATTTCCCCAT  100

seq1  GCACAGTGGAATGCCTTTTAGCCTATCAGACTCATAATAATGAAACCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTGGAATGCCTTTTAGCCTATCAGACTCATAATAATGAAACCTCC  150

seq1  CTGCATAGGTACAAGGGCACAGAATATTCAGTCAGCTCCTGAAATCCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATAGGTACAAGGGCACAGAATATTCAGTCAGCTCCTGAAATCCCTT  200

seq1  GCCCATTCTCACTCCAGTTGGAGATCCTTATACAGAACTGTGTGTGGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATTCTCACTCCAGTTGGAGATCCTTATACAGAACTGTGTGTGGAGG  250

seq1  AGGGGGCCATTCCTATTGACATTAAAGATCTGAGAACTTATTGCTGCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGCCATTCCTATTGACATTAAAGATCTGAGAACTTATTGCTGCTAT  300

seq1  TGCTGCTGCTGCTAATAAATATAACCAATATTTTTGAACCCTTATGATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGCTGCTAATAAATATAACCAATATTTTTGAACCCTTATGATAT  350

seq1  TTCAGGTCTTGGGTTATTTAAGTCATTAGTGATGTTGTGGAGCTCGGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTCTTGGGTTATTTAAGTCATTAGTGATGTTGTGGAGCTCGGTAA  400

seq1  GGTAGGCACAACTGCTGTCCTAATTTCAGAGATGGTAATTAAAATGTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGCACAACTGCTGTCCTAATTTCAGAGATGGTAATTAAAATGTTCA  450

seq1  GAATTTGAATAGTTTCCAAATACCTTTGTATACTTGAAGCACCCCACTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGAATAGTTTCCAAATACCTTTGTATACTTGAAGCACCCCACTAA  500

seq1  ACTGAAATGTGAATGCAGGGAGAGCAAATTCTCAAACTTCTAGTACAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAATGTGAATGCAGGGAGAGCAAATTCTCAAACTTCTAGTACAAAA  550

seq1  CACTTTGAACTCCTAAGGAGGCAGAAGCTGGAAGATGGGAGGGATGCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGAACTCCTAAGGAGGCAGAAGCTGGAAGATGGGAGGGATGCTAT  600

seq1  GATTTTCTGTGCTCTGAACAGAACATGGCTCTTTCACTCAAGAACTTACA  650
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTCTGTGCTCTGAACAAAACATGGCTCTTTCACTCAAGAACTTACA  650

seq1  GTAGCTATGTTTGTCTGCACAGACCAGCATAGGGGATAAAGTCAGTCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTATGTTTGTCTGCACAGACCAGCATAGGGGATAAAGTCAGTCACA  700

seq1  ATCCCAGCTTGTATGGTAGTGGAGTTCACGAGTCTCTCCATCAGTATCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCTTGTATGGTAGTGGAGTTCACGAGTCTCTCCATCAGTATCTT  750

seq1  AGAAAGAATTGACATTTGATGGTGACTTGGGAAGCGGTTGTCACTCTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAATTGACATTTGATGGTGACTTGGGAAGCGGTTGTCACTCTTTG  800

seq1  GGTGTGTGAGCCCTCACAGGTTACCTATGATCCAGTGGATGATCCCTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTGAGCCCTCACAGGTTACCTATGATCCAGTGGATGATCCCTTCC  850

seq1  CACGCATGTACAAGGAGGGAGCACTTATTAGACTCAATGGGATGTATTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCATGTACAAGGAGGGAGCACTTATTAGACTCAATGGGATGTATTCA  900

seq1  TATGTGAATATATTTAGAGGACAGGAGGTA-GGGTGGGAAGTC  942
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATGTGAATATATTTAGAGGACAGGAGGTAGGGGTGGGAAGTC  943