BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-323P02
Chromosome5 (Build37)
Map Location 133,396,861 - 133,595,345
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAuts2
Downstream geneLOC100039731, LOC666038, LOC100039750, Gats
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-323P02.bB6Ng01-323P02.g
ACCGA112387GA112388
length6191,008
definitionB6Ng01-323P02.b B6Ng01-323P02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,594,727 - 133,595,345)(133,396,861 - 133,397,716)
sequence
gaattcttttcatttctcttttgtggtaaatggaatggcgttatctccaa
ggtggtgagcaatattccctttggtgagtcccatgagaagcatccagtca
tccatgcaagagcacattcttacactccatcttgacatcaaagctttatc
cttcaacatcatccactcctcaccttcacgctgccccttcacatgtctgt
gtgggtttgaggaatgggaatatacataatttagtgtgcgtgtgagaatg
tgtatacatgtatgtgctgcaaatgcatgtgtctgcaggtgcagatgtgt
gtggagtacagatgacaaccttcagtgtgactctccaggagccaagcatt
tatttgttggttggtttgtttgcatgtttctgtatgtgtgtgtaaatata
ccatgatacacatgtggaagtcataggacaacttgtaggaatcagttctc
tttttccatcatattggtccttagggattgaatccatgccatcagcaatc
ttgacttgagcagccctatcttgattttgagacatgcctttaactggcct
gaagctctccaaacgggttaagtttggagttaatactttagtttgatttc
tgttgctgggggggggggg

gaattcttggagctccttggctagccagtctggacaaatcagtaaggtgc
aggtttaaagacctcatctcaaaataaagcccccaacatggaagagaagt
gatagaaaaagaacctaaagttaatctatgatcttcacatgcttatgcac
acatatgtaagcacacacatgcgtgcacgcacacacacgcacatatatgc
tggccttaactttatgagttccttctgctttagcctcccaaatgctggga
tgacaggactaagccatcatgcctggtagtcaactggattctgctcacta
atcacaggccattcaacaggaatgggtgcttcaaaaatatgtatcagata
ttaattaactgtgtgtttgtgtatgcacacacatgtgccacaatgcatgt
gcaagtcataggatgattttcaggatttagttctcacctaccacttcagt
cacagggattgaactcagatctgtagcctcagcaacaggagtctctaccc
actgagccacagtgctggcacagaccttgttaataaatgatttggggaca
gctggatatttgtatacaaagaaataaatctataactacactttacatct
tacgtgaaaatgacttgaaacaggaaggaagtatcaattcaatttaaact
accatttaaagccaaaacctgttttcgttcagtggttctcaacctttcta
atgctgtgaccctttaatacagctcctcatgttgggatgactcccaacca
taaaattattttgttgctacttcaaaattgtaatttgctactgttatgaa
ttgtaatgtaaatatctgatatgtgatccgcaacaggtggagaaccacag
gttgagaagtgctgttttagaagaaaaaaaaagtctttgtggcatgggtt
tggggaaaggagccatttatccttaaactgaagcatgacccatgaaaaac
acattggtaagattgattctattaaagtataagtgctctatgggaaacat
gcggaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_133594727_133595345
seq2: B6Ng01-323P02.b_47_665 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCCCAGCAACAGAAATCAAACTAAAGTATTAACTCCAAACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCCAGCAACAGAAATCAAACTAAAGTATTAACTCCAAACTT  50

seq1  AACCCGTTTGGAGAGCTTCAGGCCAGTTAAAGGCATGTCTCAAAATCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCGTTTGGAGAGCTTCAGGCCAGTTAAAGGCATGTCTCAAAATCAAG  100

seq1  ATAGGGCTGCTCAAGTCAAGATTGCTGATGGCATGGATTCAATCCCTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGCTGCTCAAGTCAAGATTGCTGATGGCATGGATTCAATCCCTAAG  150

seq1  GACCAATATGATGGAAAAAGAGAACTGATTCCTACAAGTTGTCCTATGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAATATGATGGAAAAAGAGAACTGATTCCTACAAGTTGTCCTATGAC  200

seq1  TTCCACATGTGTATCATGGTATATTTACACACACATACAGAAACATGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACATGTGTATCATGGTATATTTACACACACATACAGAAACATGCAA  250

seq1  ACAAACCAACCAACAAATAAATGCTTGGCTCCTGGAGAGTCACACTGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACCAACCAACAAATAAATGCTTGGCTCCTGGAGAGTCACACTGAAG  300

seq1  GTTGTCATCTGTACTCCACACACATCTGCACCTGCAGACACATGCATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCATCTGTACTCCACACACATCTGCACCTGCAGACACATGCATTTG  350

seq1  CAGCACATACATGTATACACATTCTCACACGCACACTAAATTATGTATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACATACATGTATACACATTCTCACACGCACACTAAATTATGTATAT  400

seq1  TCCCATTCCTCAAACCCACACAGACATGTGAAGGGGCAGCGTGAAGGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTCCTCAAACCCACACAGACATGTGAAGGGGCAGCGTGAAGGTGA  450

seq1  GGAGTGGATGATGTTGAAGGATAAAGCTTTGATGTCAAGATGGAGTGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGATGATGTTGAAGGATAAAGCTTTGATGTCAAGATGGAGTGTAA  500

seq1  GAATGTGCTCTTGCATGGATGACTGGATGCTTCTCATGGGACTCACCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGCTCTTGCATGGATGACTGGATGCTTCTCATGGGACTCACCAAA  550

seq1  GGGAATATTGCTCACCACCTTGGAGATAACGCCATTCCATTTACCACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATATTGCTCACCACCTTGGAGATAACGCCATTCCATTTACCACAAA  600

seq1  AGAGAAATGAAAAGAATTC  619
      |||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAATGAAAAGAATTC  619


seq1: chr5_133396861_133397716
seq2: B6Ng01-323P02.g_66_920

seq1  GAATTCTTGGAGCTCCTTGGCTAGCCAGTCTGGACAAATCAGTAAGGTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGAGCTCCTTGGCTAGCCAGTCTGGACAAATCAGTAAGGTGC  50

seq1  AGGTTTAAAGACCTCATCTCAAAATAAAGCCCCCAACATGGAAGAGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTAAAGACCTCATCTCAAAATAAAGCCCCCAACATGGAAGAGAAGT  100

seq1  GATAGAAAAAGAACCTAAAGTTAATCTATGATCTTCACATGCTTATGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAAAAAGAACCTAAAGTTAATCTATGATCTTCACATGCTTATGCAC  150

seq1  ACATATGTAAGCACACACATGCGTGCACGCACACACACGCACATATATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGTAAGCACACACATGCGTGCACGCACACACACGCACATATATGC  200

seq1  TGGCCTTAACTTTATGAGTTCCTTCTGCTTTAGCCTCCCAAATGCTGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTAACTTTATGAGTTCCTTCTGCTTTAGCCTCCCAAATGCTGGGA  250

seq1  TGACAGGACTAAGCCATCATGCCTGGTAGTCAACTGGATTCTGCTCACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGACTAAGCCATCATGCCTGGTAGTCAACTGGATTCTGCTCACTA  300

seq1  ATCACAGGCCATTCAACAGGAATGGGTGCTTCAAAAATATGTATCAGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGGCCATTCAACAGGAATGGGTGCTTCAAAAATATGTATCAGATA  350

seq1  TTAATTAACTGTGTGTTTGTGTATGCACACACATGTGCCACAATGCATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAACTGTGTGTTTGTGTATGCACACACATGTGCCACAATGCATGT  400

seq1  GCAAGTCATAGGATGATTTTCAGGATTTAGTTCTCACCTACCACTTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTCATAGGATGATTTTCAGGATTTAGTTCTCACCTACCACTTCAGT  450

seq1  CACAGGGATTGAACTCAGATCTGTAGCCTCAGCAACAGGAGTCTCTACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGGATTGAACTCAGATCTGTAGCCTCAGCAACAGGAGTCTCTACCC  500

seq1  ACTGAGCCACAGTGCTGGCACAGACCTTGTTAATAAATGATTTGGGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCCACAGTGCTGGCACAGACCTTGTTAATAAATGATTTGGGGACA  550

seq1  GCTGGATATTTGTATACAAAGAAATAAATCTATAACTACACTTTACATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGATATTTGTATACAAAGAAATAAATCTATAACTACACTTTACATCT  600

seq1  TACGTGAAAATGACTTGAAACAGGAAGGAAGTATCAATTCAATTTAAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGAAAATGACTTGAAACAGGAAGGAAGTATCAATTCAATTTAAACT  650

seq1  ACCATTTAAAGCCAAAACCTGTTTTCGTTCAGTGGTTCTCAACCTTTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTTAAAGCCAAAACCTGTTTTCGTTCAGTGGTTCTCAACCTTTCTA  700

seq1  ATGCTGTGACCCTTTAATACAGCTCCTCATGTTGGGATGACTCCCAACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTGACCCTTTAATACAGCTCCTCATGTTGGGATGACTCCCAACCA  750

seq1  TAAAATTATTTTGTTGCTACTTCAAAATTGTAATTTGCTACTGTTATGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTATTTTGTTGCTACTTCAAAATTGTAATTTGCTACTGTTATGAA  800

seq1  TTGTAATGTAAATATCTGATATGTGATCCGCAACAGGGTGGAGAACCACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTGTAATGTAAATATCTGATATGTGATCCGCAACA-GGTGGAGAACCACA  849

seq1  GGTTGA  856
      ||||||
seq2  GGTTGA  855


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |