BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-324G14
Chromosome5 (Build37)
Map Location 22,427,734 - 22,490,685
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLhfpl3, EG625219
Upstream geneReln, Dnaja1-ps, LOC100041982, Orc5l, LOC100042049, LOC668232, LOC100042067, LOC671222, LOC625174
Downstream geneLOC100042101, LOC100042082, 4930580E04Rik, BC050254, Srpk2, Pus7, Rint1, 4933427G23Rik, Tomm7, LOC671410, Drctnnb1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-324G14.bB6Ng01-324G14.g
ACCGA112733GA112734
length1,1971,174
definitionB6Ng01-324G14.b B6Ng01-324G14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,427,734 - 22,428,949)(22,489,489 - 22,490,685)
sequence
gaattcaagaaaggcacagtgtagatgtgagcatttgattcgtgaagctc
ataaccattcattttctaaccatagttcgttaaatttaacagttgtacga
cgctgaattcacaagcaacaacatcgacatattttacaataaattactag
ctgctttaaggaacagagctgatttcacattgtattgtggaatagtaata
gaagcactggagactgtctttctacctccaacgggtttgttttaaaggtt
tagattgcaacaataaacattccctaatctttctctgtgcaagtgagtcc
actttctgaagcatccattggcttgcctggtaataaacagtaatttatga
tatgtgatattgacttacatctgtgatttctctctatggcaggggcataa
tgctctttgattattctagtggaaagtgctttacaattgcctcacatcta
aaacaaaatattgctggtattttaaaaataaacaaagctctgccagttgg
atctgggcctgggataggcctgagctatgaagtgctggttagcaccaaaa
gatgcccagttaacatttgctttttgagctaaatgccaccaacatacatt
ttatgataagtattgcatttttttcatttaatgttatttatatcagaaat
taggggctttgccttccctccacatctctttcccatcctaagagcatcca
ggcagattggttccattaactcataagtataggatataagcagccattgc
atgcggataaccacagcatctattaacccactaaacaaaataggagttgg
aaaggcccacaaggtctgaactggttattttcttagtgagatagttaaat
ttctgctggttaacacaatgcagattctgattaactttctagcttgatac
ttatataattgtgctattgatcttagactaataatcttactgtcaattac
tcttcaagatagcattgtttttatttgggttctaagatccccacaaaggc
agtctactctactctgtttggagccacactattttttcagatttcccagg
gttgcatccaggcatatcacagagggatcatgatgcagtagtgtacacag
atataactcgtagtactggaagctaattcctgattttctggttacagtta
ctcactgacattgaaatcatgggtgattttgctaagcttcagctaag
gaattcttcctgtgaattttgaaaaagataatttttgcaggctacccaaa
cctaggttttatttcaccaaagatacatgagttaaacagctgaagataac
agaatcacattcattaaaagttattccagagaatgcccattatgggcatc
actcacacttggaatggaaattggaaagagagatcacagtggagtttgga
atactgagtgtctcaagaaaaattatcaatattgtctttcaacaattctg
gttttgagtgtgtttcactgtgatattccttttccaattcgtatctgttc
tatctggaggaggtaggagagcaggatgaagagctacaggctcagtgaga
ttaaatgataacttttataagcattgggaaggataagagaatcccatgta
acttgggaatgctatcaaagaattccatagactatgtggcagaactgttg
gaatgttggttagggttatttagcatagccatatcaactaaattcatgtg
aattctgaaatgtcggaatagaaacagaaatatctatgaatgaaagactt
taacataagtagttttaagagtaatttatcataagcagtgcttttaaaag
attcatcttacttaatgtgtatatgtgttttgccttcatgtgtatacgtt
cattatatgcatgattgtgcccattggccaagggcattgatttccctagc
actagagttacagaaggttgttagctaccatataagtgatggaaactgag
cctggatcgtctatgagagcagcaagtgcacttcaaggctgcttcatctc
tctagcccctaggcagtggctttgtgtgcatgtctgtgtgtagcaagtct
taatctgttgaatgagttgactaagggtgtttattaaataaccaaatata
agcaaacatgttgagaggggaactgttggctagcacttgaaagtctctaa
tctaaatcctccattttggaggtatccatccaagaatttcagctccctca
tctcagaccacacagatggcatggtattagaggttgtacttatacatgct
tgcataggcaagttagttctgttcagatgtgggtgagtgatgtacaattg
actatgctatatatttttatgtaagttcgattaatttttgtgagtaatat
agaatctatttccggaatagtttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_22427734_22428949
seq2: B6Ng01-324G14.b_44_1240

seq1  GAATTCAAGAAAGGCACAGTGTAGATGTGAGCATTTGATTCGTGAAGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAAAGGCACAGTGTAGATGTGAGCATTTGATTCGTGAAGCTC  50

seq1  ATAACCATTCATTTTCTAACCATAGTTCGTTAAATTTAACAGTTGTACGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCATTCATTTTCTAACCATAGTTCGTTAAATTTAACAGTTGTACGA  100

seq1  CGCTGAATTCACAAGCAACAACATCGACATATTTTACAATAAATTACTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGAATTCACAAGCAACAACATCGACATATTTTACAATAAATTACTAG  150

seq1  CTGCTTTAAGGAACAGAGCTGATTTCACATTGTATTGTGGAATAGTAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTAAGGAACAGAGCTGATTTCACATTGTATTGTGGAATAGTAATA  200

seq1  GAAGCACTGGAGACTGTCTTTCTACCTCCAACGGGTTTGTTTTAAAGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCACTGGAGACTGTCTTTCTACCTCCAACGGGTTTGTTTTAAAGGTT  250

seq1  TAGATTGCAACAATAAACATTCCCTAATCTTTCTCTGTGCAAGTGAGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGCAACAATAAACATTCCCTAATCTTTCTCTGTGCAAGTGAGTCC  300

seq1  ACTTTCTGAAGCATCCATTGGCTTGCCTGGTAATAAACAGTAATTTATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTGAAGCATCCATTGGCTTGCCTGGTAATAAACAGTAATTTATGA  350

seq1  TATGTGATATTGACTTACATCTGTGATTTCTCTCTATGGCAGGGGCATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGATATTGACTTACATCTGTGATTTCTCTCTATGGCAGGGGCATAA  400

seq1  TGCTCTTTGATTATTCTAGTGGAAAGTGCTTTACAATTGCCTCACATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTTGATTATTCTAGTGGAAAGTGCTTTACAATTGCCTCACATCTA  450

seq1  AAACAAAATATTGCTGGTATTTTAAAAATAAACAAAGCTCTGCCAGTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAATATTGCTGGTATTTTAAAAATAAACAAAGCTCTGCCAGTTGG  500

seq1  ATCTGGGCCTGGGATAGGCCTGAGCTATGAAGTGCTGGTTAGCACCAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGCCTGGGATAGGCCTGAGCTATGAAGTGCTGGTTAGCACCAAAA  550

seq1  GATGCCCAGTTAACATTTGCTTTTTGAGCTAAATGCCACCAACATACATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCCAGTTAACATTTGCTTTTTGAGCTAAATGCCACCAACATACATT  600

seq1  TTATGATAAGTATTGCATTTTTTTCATTTAATGTTATTTATATCAGAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATAAGTATTGCATTTTTTTCATTTAATGTTATTTATATCAGAAAT  650

seq1  TAGGGGCTTTGCCTTCCCTCCACATCTCTTTCCCATCCTAAGAGCATCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCTTTGCCTTCCCTCCACATCTCTTTCCCATCCTAAGAGCATCCA  700

seq1  GGCAGATTGGTTCCATTAACTCATAAGTATAGGATATAAGCAGCCATTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGATTGGTTCCATTAACTCATAAGTATAGGATATAAGCAGCCATTGC  750

seq1  ATGCGGATAACCACAGCATCTATTAACCCACTAAACAAAATAGGAGTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGGATAACCACAGCATCTATTAACCCACTAAACAAAATAGGAGTTGG  800

seq1  AAAGGCCCACAAGGTCTGAACTGGTTATTTTCTTAGTGAGATAGTTAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCCCACAAGGTCTGAACTGGTTATTTTCTTAGTGAGATAGTTAAAT  850

seq1  TTCTGCTGGTTAACACAATGCAGATTCTGATTAACTTTCTAGCTTGATAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTGGTTAACACAATGCAGATTCTGATTAACTTTCTAGCTTGATAC  900

seq1  TTATATAATTGTGCTATTGATCTTAGACTAATAATCTTACTGTCAATTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAATTGTGCTATTGATCTTAGACTAATAATCTTACTGTCAATTAC  950

seq1  TCTTCAAGATAGCATTG-TTTTATTT-GGTTCTAAGATCCCCACAAAGGC  998
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAGATAGCATTGTTTTTATTTGGGTTCTAAGATCCCCACAAAGGC  1000

seq1  AGTCTACTCTACTCTGTTTGGAGCCACACTATTTTTTCAGGATTTCCCCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  
seq2  AGTCTACTCTACTCTGTTTGGAGCCACACTATTTTTTCA-GATTTCCC--  1047

seq1  AGGGTTGCATCCAGGCATATCACAGAGGGATCATGATGCAGTAAGTGTAC  1098
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGGGTTGCATCCAGGCATATCACAGAGGGATCATGATGCAGT-AGTGTAC  1096

seq1  ACAAGGAATTATAAACTCGAAAGTACTGGAGGCATAATATTTCTGAATTT  1148
      |||  ||  ||| ||||||  ||||||||| || ||  ||| ||||  ||
seq2  ACA--GA--TAT-AACTCG-TAGTACTGGAAGC-TA--ATTCCTGA--TT  1135

seq1  TTCTGTTAACAGTTTACATCCAACTTTGACAAATTGAAATCAT-GGTGGT  1197
      ||||| | |||| |||| ||  ||  ||||  ||||||||||| |||| |
seq2  TTCTGGTTACAG-TTAC-TC--AC--TGAC--ATTGAAATCATGGGTGAT  1177

seq1  TTTGCTAAGGTTCAG-TAAG  1216
      ||||||||| ||||| ||||
seq2  TTTGCTAAGCTTCAGCTAAG  1197

seq1: chr5_22489489_22490685
seq2: B6Ng01-324G14.g_66_1239 (reverse)

seq1  CAAACTA-TCAGAAAATAGTATCTATTATTACTCAGAAAATAAAAATTAA  49
      ||||||| || | ||||||  |||| ||||||||     | |||||||||
seq2  CAAACTATTCCGGAAATAGATTCTA-TATTACTC-----ACAAAAATTAA  44

seq1  TTTGGAACTTTACATAAAAATATTATAGCATAGTCAATATGTACAACCAC  99
        | |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||
seq2  --TCGAAC-TTACATAAAAATA-TATAGCATAGTCAAT-TGTAC-ATCAC  88

seq1  TTCCAACCCACATCTTGAACAGAACTAACTTTGCCTATGCAAAGCATGTA  149
      |    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  T---CACCCACATC-TGAACAGAACTAAC-TTGCCTATGC-AAGCATGTA  132

seq1  TAGGTACAACCCTCTAATTACCATGCCATCTGGTGTTGGTCTGAGATGAG  199
      || |||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| 
seq2  TAAGTACAA-CCTCTAA-TACCATGCCATCT-GTG-TGGTCTGAGATGA-  177

seq1  GGGAGCTG-AATTCTTGGATTGGATACCTCCAAAATGGAGGATTTAGATT  248
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCTGAAATTCTTGGA-TGGATACCTCCAAAATGGAGGATTTAGATT  226

seq1  AGAGACTTTCAAGTGCTAGCCAACAGTTCCCCTCTCAACATGTTTGCTTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGAGACTTTCAAGTGCTAGCCAACAGTTCCCCTCTCAACATGTTTGC-TT  275

seq1  ATATTTGGTTATTTAATAAACACCCTTAGTCAACTCATTCAACAGATTAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGGTTATTTAATAAACACCCTTAGTCAACTCATTCAACAGATTAA  325

seq1  GACTTGCTACACACAGACATGCACACAAAGCCACTGCCTAGGGGCTAGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGCTACACACAGACATGCACACAAAGCCACTGCCTAGGGGCTAGAG  375

seq1  AGATGAAGCAGCCTTGAAGTGCACTTGCTGCTCTCATAGACGATCCAGGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAGCAGCCTTGAAGTGCACTTGCTGCTCTCATAGACGATCCAGGC  425

seq1  TCAGTTTCCATCACTTATATGGTAGCTAACAACCTTCTGTAACTCTAGTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTCCATCACTTATATGGTAGCTAACAACCTTCTGTAACTCTAGTG  475

seq1  CTAGGGAAATCAATGCCCTTGGCCAATGGGCACAATCATGCATATAATGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGAAATCAATGCCCTTGGCCAATGGGCACAATCATGCATATAATGA  525

seq1  ACGTATACACATGAAGGCAAAACACATATACACATTAAGTAAGATGAATC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTATACACATGAAGGCAAAACACATATACACATTAAGTAAGATGAATC  575

seq1  TTTTAAAAGCACTGCTTATGATAAATTACTCTTAAAACTACTTATGTTAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAGCACTGCTTATGATAAATTACTCTTAAAACTACTTATGTTAA  625

seq1  AGTCTTTCATTCATAGATATTTCTGTTTCTATTCCGACATTTCAGAATTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTCATTCATAGATATTTCTGTTTCTATTCCGACATTTCAGAATTC  675

seq1  ACATGAATTTAGTTGATATGGCTATGCTAAATAACCCTAACCAACATTCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAATTTAGTTGATATGGCTATGCTAAATAACCCTAACCAACATTCC  725

seq1  AACAGTTCTGCCACATAGTCTATGGAATTCTTTGATAGCATTCCCAAGTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTCTGCCACATAGTCTATGGAATTCTTTGATAGCATTCCCAAGTT  775

seq1  ACATGGGATTCTCTTATCCTTCCCAATGCTTATAAAAGTTATCATTTAAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGATTCTCTTATCCTTCCCAATGCTTATAAAAGTTATCATTTAAT  825

seq1  CTCACTGAGCCTGTAGCTCTTCATCCTGCTCTCCTACCTCCTCCAGATAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGAGCCTGTAGCTCTTCATCCTGCTCTCCTACCTCCTCCAGATAG  875

seq1  AACAGATACGAATTGGAAAAGGAATATCACAGTGAAACACACTCAAAACC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATACGAATTGGAAAAGGAATATCACAGTGAAACACACTCAAAACC  925

seq1  AGAATTGTTGAAAGACAATATTGATAATTTTTCTTGAGACACTCAGTATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGTTGAAAGACAATATTGATAATTTTTCTTGAGACACTCAGTATT  975

seq1  CCAAACTCCACTGTGATCTCTCTTTCCAATTTCCATTCCAAGTGTGAGTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTCCACTGTGATCTCTCTTTCCAATTTCCATTCCAAGTGTGAGTG  1025

seq1  ATGCCCATAATGGGCATTCTCTGGAATAACTTTTAATGAATGTGATTCTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCATAATGGGCATTCTCTGGAATAACTTTTAATGAATGTGATTCTG  1075

seq1  TTATCTTCAGCTGTTTAACTCATGTATCTTTGGTGAAATAAAACCTAGGT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTCAGCTGTTTAACTCATGTATCTTTGGTGAAATAAAACCTAGGT  1125

seq1  TTGGGTAGCCTGCAAAAATTATCTTTTTCAAAATTCACAGGAAGAATTC  1197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTAGCCTGCAAAAATTATCTTTTTCAAAATTCACAGGAAGAATTC  1174