BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325H20
Chromosome5 (Build37)
Map Location 114,548,489 - 114,691,717
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsp30, Alkbh2, Ung, Acacb
Upstream gene2900026A02Rik, Gm854, Rutbc2, Aym1, C530024P05Rik, Cmklr1, LOC381707, D5Ertd40e, Sart3, LOC100041786, Iscu, Tmem119, Selplg, Coro1c, Ssh1, Dao1, Svop
Downstream geneFoxn4, Myo1h, Kctd10, Ube3b, Mmab, Mvk, BC057022, Trpv4, Gltp, Tchp, Git2, 4930515G01Rik, Ankrd13a, 1500011B03Rik, 2610524H06Rik, LOC664895, 4930519G04Rik, Oasl2, Oasl1, 2210016L21Rik, Tcf1, Sppl3, Acads, AA407659, 2410014A08Rik, Cabp1, Pop5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325H20.bB6Ng01-325H20.g
ACCGA113535GA113536
length1,1251,048
definitionB6Ng01-325H20.b B6Ng01-325H20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,548,489 - 114,549,610)(114,690,665 - 114,691,717)
sequence
gaattcacacagcacagatgttgaatccataaggatagaagatgaaatag
acatcacggagagaaagaaacaaaagatccctgtttaatatgtgtgattc
ctgactggggaatttaaacgttctatagggaatgtcagtacgttgctcac
actgctgagcttcatacttataaactgggccagtgagataggtcagcagg
gagtggtgcttgctgccaaacatgataacctgggtttgaacacgcatggt
ggaaggagagaacagaattcctgaggctggtctctgacctccacatgcaa
gtcatgacacatgcctccccaataattttttaaattggctaaagattgta
agatggttccgttgctgtggaaaacaatctagaagtgtctaaaaaaaaag
aattagcatataaatctataatctcattacttgatatatatctggaaggg
ctgaaaacaagaccagaaagagagggttatgtgcccgagtttattgccaa
gaagtggaaacaacctgaatgtccattgagacatggacaggagagagaaa
ctagtacttacaatggaatattactttcctgtaaaaaaagactttatgcc
aagtgagctaagacagtcaccaaagaactctgagcgactcctgtcctgag
acagccaacctcaacctcacaggaatagaaatagaatggaaattactaga
acagaagacaggaagggggagttactcaacacacacagttcggctttgag
aagagaaatggtataaagatctgcagcacatacagcagcatgcccacaca
agagaggaatctaaaaattctaacaccttttttattgtatgtatgacaga
gggagatttgcagctgataaatatctagtttgtttccatgttttgctgtt
ttaaagagtgaattcacaaacatttgtgtgggactgtttaggactttgta
taaacctaatagaaacagatttctaagacactgcattttaatttattgca
tttgtgtgtctgtgcacttgtgtatgcatgtgtatatatgtgtgcacatg
tgcatgcaagtgtatgtgcatgtgtttgcaatgtatttgtaatgtatctg
cagttctataggtgtgtgctgtgtg
gaattcatttctgggggtattcaaactccctccaagtgctcatataatgc
cagacgtgctgacaccccatacacagccccagatgcccctcctcagaggt
ggcagggttagaaaatgccttctccccacaaggtgagattccaggaaggg
accatcaaccttggaaccttattctggcccactggctacagctcagtatc
cctgagaggaagcaggccacctcgtgtcccagagagacacacggtcacat
tggtactgcagccagagctggggttggggaccatggtggggacaaatggc
tgtcattctgacaagaactgcaaggcctggcagcaggggactcaagggca
cagtagaggttggatgcctgggaacggaatctcctgcttcagcctctgac
ttgggactcagggctgacttgacaggacacagcacacagtgggagatacc
gctggagggagagctctatgaaacaaagaagccatggggatccttctgct
gtggagaggcccttgtctgcacaactacacagctgaaggcacatgaacat
ctagacctgggccagggatgacaggacagttcagccttcccatctgggcg
atcctcgtaatagagcatacctctaagagacaaaggtattccccgtggag
ggagaaaacgtgcgtgcatgtgcgtgcacaatgatgtcatatgtgtatgt
gaaagaagccactctccctcgtgaagtctagccagagggaaagaggcagg
agggaggtggcatcactgagcacttagggagggaagacctcgccagcact
gaactcaaacccttggctccagacactgagctgtttgcaagccgtactgg
tccatggcccaggaaaagcccagagtccagtctccagtcctgcctttgac
ctcacacatacccaccccctgttgggagatgggaaatacataaacacttc
catcaaagaggccctttacggtagatccactaagagccccaggtcttggg
gtccccttccccccccccccgggacaacttagggacttacttggtgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_114548489_114549610
seq2: B6Ng01-325H20.b_48_1172

seq1  GAATTCACACAGCACAGATGTTGAATCCATAAGGATAGAAGATGAAATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACAGCACAGATGTTGAATCCATAAGGATAGAAGATGAAATAG  50

seq1  ACATCACGGAGAGAAAGAAACAAAAGATCCCTGTTTAATATGTGTGATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACGGAGAGAAAGAAACAAAAGATCCCTGTTTAATATGTGTGATTC  100

seq1  CTGACTGGGGAATTTAAACGTTCTATAGGGAATGTCAGTACGTTGCTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGGGGAATTTAAACGTTCTATAGGGAATGTCAGTACGTTGCTCAC  150

seq1  ACTGCTGAGCTTCATACTTATAAACTGGGCCAGTGAGATAGGTCAGCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGAGCTTCATACTTATAAACTGGGCCAGTGAGATAGGTCAGCAGG  200

seq1  GAGTGGTGCTTGCTGCCAAACATGATAACCTGGGTTTGAACACGCATGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGTGCTTGCTGCCAAACATGATAACCTGGGTTTGAACACGCATGGT  250

seq1  GGAAGGAGAGAACAGAATTCCTGAGGCTGGTCTCTGACCTCCACATGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAGAGAACAGAATTCCTGAGGCTGGTCTCTGACCTCCACATGCAA  300

seq1  GTCATGACACATGCCTCCCCAATAATTTTTTAAATTGGCTAAAGATTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGACACATGCCTCCCCAATAATTTTTTAAATTGGCTAAAGATTGTA  350

seq1  AGATGGTTCCGTTGCTGTGGAAAACAATCTAGAAGTGTCTAAAAAAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTTCCGTTGCTGTGGAAAACAATCTAGAAGTGTCTAAAAAAAAAG  400

seq1  AATTAGCATATAAATCTATAATCTCATTACTTGATATATATCTGGAAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGCATATAAATCTATAATCTCATTACTTGATATATATCTGGAAGGG  450

seq1  CTGAAAACAAGACCAGAAAGAGAGGGTTATGTGCCCGAGTTTATTGCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAACAAGACCAGAAAGAGAGGGTTATGTGCCCGAGTTTATTGCCAA  500

seq1  GAAGTGGAAACAACCTGAATGTCCATTGAGACATGGACAGGAGAGAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGAAACAACCTGAATGTCCATTGAGACATGGACAGGAGAGAGAAA  550

seq1  CTAGTACTTACAATGGAATATTACTTTCCTGTAAAAAAAGACTTTATGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTACTTACAATGGAATATTACTTTCCTGTAAAAAAAGACTTTATGCC  600

seq1  AAGTGAGCTAAGACAGTCACCAAAGAACTCTGAGCGACTCCTGTCCTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGCTAAGACAGTCACCAAAGAACTCTGAGCGACTCCTGTCCTGAG  650

seq1  ACAGCCAACCTCAACCTCACAGGAATAGAAATAGAATGGAAATTACTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAACCTCAACCTCACAGGAATAGAAATAGAATGGAAATTACTAGA  700

seq1  ACAGAAGACAGGAAGGGGGAGTTACTCAACACACACAGTTCGGCTTTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGACAGGAAGGGGGAGTTACTCAACACACACAGTTCGGCTTTGAG  750

seq1  AAGAGAAATGGTATAAAGATCTGCAGCACATACAGCAGCATGCCCACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAATGGTATAAAGATCTGCAGCACATACAGCAGCATGCCCACACA  800

seq1  AGAGAGGAATCTAAAAATTCTAACACCTTTTTTATTGTATGTATGACAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGAATCTAAAAATTCTAACACCTTTTTTATTGTATGTATGACAGA  850

seq1  GGGAGATTTGCAGCTGATAAATATCTAGTTTGTTTCCATGTTTTGCTGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATTTGCAGCTGATAAATATCTAGTTTGTTTCCATGTTTTGCTGTT  900

seq1  TTAAAGAGTGAATTCACAAACATTTGTGTGGGACTGTTTAGGACTTTGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAGTGAATTCACAAACATTTGTGTGGGACTGTTTAGGACTTTGTA  950

seq1  TAAACCTAATAGAAACAGATTTCTAAGACACTGCATTTTAATTTATTGCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTAATAGAAACAGATTTCTAAGACACTGCATTTTAATTTATTGCA  1000

seq1  TTTGTGTGTCTGTGCACTTGTGTATGCATGTGTATATATGTGTGCACATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGTCTGTGCACTTGTGTATGCATGTGTATATATGTGTGCACATG  1050

seq1  TGCATGCAAGTGTATGTGCATGTGTTTGC-ATGTATTTGT-ATGTATCTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  TGCATGCAAGTGTATGTGCATGTGTTTGCAATGTATTTGTAATGTATCTG  1100

seq1  TATGTTTATAGGTGTGTG-TGTGTG  1122
       |  | |||||||||||| ||||||
seq2  CAGTTCTATAGGTGTGTGCTGTGTG  1125

seq1: chr5_114690665_114691717
seq2: B6Ng01-325H20.g_67_1114 (reverse)

seq1  CTCACCCAAGTAAGTCCCTAAGTTTGTTCCCGGGGGGGGGGGGAAGGGGA  50
      |||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCA-CCAAGTAAGTCCCTAAGTT--GTCCCGGGGGGGGGGGGAAGGGG-  46

seq1  ACCCCCAGACTTGGGGCTCTTTAGTGGATCTACCGTAAAGGGCCTCTTTG  100
      ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAAGACCTGGGGCTC-TTAGTGGATCTACCGTAAAGGGCCTCTTTG  95

seq1  ATGGAAGTGTTTATGTATTTCCCATCTCCCAACAGGGGGTGGGTATGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGTGTTTATGTATTTCCCATCTCCCAACAGGGGGTGGGTATGTGT  145

seq1  GAGGTCAAAGGCAGGACTGGAGACTGGACTCTGGGCTTTTCCTGGGCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAAAGGCAGGACTGGAGACTGGACTCTGGGCTTTTCCTGGGCCAT  195

seq1  GGACCAGTACGGCTTGCAAACAGCTCAGTGTCTGGAGCCAAGGGTTTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAGTACGGCTTGCAAACAGCTCAGTGTCTGGAGCCAAGGGTTTGAG  245

seq1  TTCAGTGCTGGCGAGGTCTTCCCTCCCTAAGTGCTCAGTGATGCCACCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGCTGGCGAGGTCTTCCCTCCCTAAGTGCTCAGTGATGCCACCTC  295

seq1  CCTCCTGCCTCTTTCCCTCTGGCTAGACTTCACGAGGGAGAGTGGCTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGCCTCTTTCCCTCTGGCTAGACTTCACGAGGGAGAGTGGCTTCT  345

seq1  TTCACATACACATATGACATCATTGTGCACGCACATGCACGCACGTTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATACACATATGACATCATTGTGCACGCACATGCACGCACGTTTTC  395

seq1  TCCCTCCACGGGGAATACCTTTGTCTCTTAGAGGTATGCTCTATTACGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCACGGGGAATACCTTTGTCTCTTAGAGGTATGCTCTATTACGAG  445

seq1  GATCGCCCAGATGGGAAGGCTGAACTGTCCTGTCATCCCTGGCCCAGGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGCCCAGATGGGAAGGCTGAACTGTCCTGTCATCCCTGGCCCAGGTC  495

seq1  TAGATGTTCATGTGCCTTCAGCTGTGTAGTTGTGCAGACAAGGGCCTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGTTCATGTGCCTTCAGCTGTGTAGTTGTGCAGACAAGGGCCTCTC  545

seq1  CACAGCAGAAGGATCCCCATGGCTTCTTTGTTTCATAGAGCTCTCCCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAGAAGGATCCCCATGGCTTCTTTGTTTCATAGAGCTCTCCCTCC  595

seq1  AGCGGTATCTCCCACTGTGTGCTGTGTCCTGTCAAGTCAGCCCTGAGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGTATCTCCCACTGTGTGCTGTGTCCTGTCAAGTCAGCCCTGAGTCC  645

seq1  CAAGTCAGAGGCTGAAGCAGGAGATTCCGTTCCCAGGCATCCAACCTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCAGAGGCTGAAGCAGGAGATTCCGTTCCCAGGCATCCAACCTCTA  695

seq1  CTGTGCCCTTGAGTCCCCTGCTGCCAGGCCTTGCAGTTCTTGTCAGAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCCTTGAGTCCCCTGCTGCCAGGCCTTGCAGTTCTTGTCAGAATG  745

seq1  ACAGCCATTTGTCCCCACCATGGTCCCCAACCCCAGCTCTGGCTGCAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCATTTGTCCCCACCATGGTCCCCAACCCCAGCTCTGGCTGCAGTA  795

seq1  CCAATGTGACCGTGTGTCTCTCTGGGACACGAGGTGGCCTGCTTCCTCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTGACCGTGTGTCTCTCTGGGACACGAGGTGGCCTGCTTCCTCTC  845

seq1  AGGGATACTGAGCTGTAGCCAGTGGGCCAGAATAAGGTTCCAAGGTTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATACTGAGCTGTAGCCAGTGGGCCAGAATAAGGTTCCAAGGTTGAT  895

seq1  GGTCCCTTCCTGGAATCTCACCTTGTGGGGAGAAGGCATTTTCTAACCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCTTCCTGGAATCTCACCTTGTGGGGAGAAGGCATTTTCTAACCCT  945

seq1  GCCACCTCTGAGGAGGGGCATCTGGGGCTGTGTATGGGGTGTCAGCACGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCTCTGAGGAGGGGCATCTGGGGCTGTGTATGGGGTGTCAGCACGT  995

seq1  CTGGCATTATATGAGCACTTGGAGGGAGTTTGAATACCCCCAGAAATGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATTATATGAGCACTTGGAGGGAGTTTGAATACCCCCAGAAATGAA  1045

seq1  TTC  1053
      |||
seq2  TTC  1048