BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325P19
Chromosome5 (Build37)
Map Location 125,587,686 - 125,777,621
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNcor2, Scarb1
Upstream genePitpnm2, Mphosph9, 2810006K23Rik, Cdk2ap1, Sbno1, Setd8, BC003324, LOC606492, 6330548G22Rik, 2900002H16Rik, Rpl32-ps5c, Tmed2, Ddx55, Eif2b1, Gtf2h3, 4432405B04Rik, Atp6v0a2, Atp6v0a2, Dnahc10, Ccdc92, Zfp664, 3110032G18Rik
Downstream geneUbc, Dhx37, Bri3bp, Aacs, Tmem132b, EG231736, LOC100039178, LOC665760
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325P19.bB6Ng01-325P19.g
ACCGA113908GA113909
length1,180963
definitionB6Ng01-325P19.b B6Ng01-325P19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,587,686 - 125,588,874)(125,776,660 - 125,777,621)
sequence
gaattcaagactccacgggaagccaatgcctaatgtgacctacagagggc
gccatgagtgcgatcagcgcacggtccactctgcttactatgtgcattca
gcgagcatgttcggtcacacaggaacagagttttatggcccgggaaacaa
ggagatgatgaggcaggaacaatcagcactgaggccagaagagccaagct
gccttggtcctgcagtgacccctggtggcagctctcacagatcagcccaa
aaaataaataaataaagacaaaaaaccaggaagtctaaggagtagagaag
gtgaaagggtgaagaccaatgtcttggctacagccctgaccagacagcac
acctctcagcctgaagtcagactttcattccatcgcccagggttctagag
tcactgcgcctctctgaccctcagcatcttcctcagtgtgacctggcagt
cacccacactcccataacggtgactggaagatccaaaaccacactgcaca
acagtcctggtgagcacagagctgtaaggagcccggcttcacacaaccct
caaccgcacgctacacagtcagcgatgagccccaagccactacagtctgg
aaacagcactggtgagaacctggaagagcagcagccctcatgagcagaga
gggtgaggggcgggagaaccagggacagtcactcaagcacacaagaaagc
ataccacagccacatggtcgaataccacttctccatgaagagattcgact
atgccctgtgaaccctaaaagttccttatgctgagcacacaaggcagaga
cacgaaaggcaaatggatgtgagtccatgtacgtgaggtgtccagaaagc
agctccacagactgtcacaggggtgactctgggctaggagatggggcatc
gctaaatagctctgcgtctgtcgggacaggcggaggaagtggaagccgta
tgattcggtctactgccagtgaactgcagactttaaaatgattcatttac
acttgggaattctagttttgtagatgaggagcgttgtggagagacacagt
cagttggtattgatggtgtacggactgctcttgcaagtccttggttcggt
ctccagcgcccacgctggacactcaacacctgtaactccacctcagatgt
ctgaattcttttcagaccctctaaggcacc
gaattcttcagcccggaggcatgcaggtaagccctgtgtagggactccct
gcctcctaccaggaaactctgcttctgagatggttcagggtccactcagg
tagctccctggaagtgtgctcaaagtgtctggccttctgtgtactatgcc
tcaatggtttttcttgtcactgtgacaagatacctgacagaggtgacttg
cgaggtgtctggggactcagtcatggtggcagtggtgaagggtactggta
ggaaagtgttaaagtcttgtagcttgggctccaccatccccagggtccta
actgtggcctaggaagacatggtgggtcttcagagacccatttccaggtg
gtgccctagcctgtgcatccattctggccacaccagagatgactctggcc
tggggactcactgggctgatctttgagccctcttcctctctagctcacac
aggcagccatgcttcatgccaggtgtgaacacagccacgacggggtgagc
aaagtctgtgtgctctggtggactttcaaaagcagaacttcgggtttggt
tttgttttgtttttacattttatttattactggttttttaattttgtgta
tctgtgtgtgtgcacatgagtgcaggtgcctgaggaggccagcagagggc
gtcagatcacctggagctcctgtaagaggtggctgtgagctgccctacga
ggatgctgggactcaaacgttttgttttgttttgttttgttttttgagac
agggtttctctgtatagtcctggctgtcctggaactcactttgtagacca
ggccggcctcgaactcagaatccgcctgcctctgcctcccaagtgctggg
attaaaaggtgtgctgcgccaccacgcccggctgctgggactcgaactta
agtgttgcttctaactactgaggccacctctccagcccatttatttgtgt
gtgtgagtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_125587686_125588874
seq2: B6Ng01-325P19.b_46_1225

seq1  GAATTCAAGACTCCACGGGAAGCCAATGCCTAATGTGACCTACAGAGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGACTCCACGGGAAGCCAATGCCTAATGTGACCTACAGAGGGC  50

seq1  GCCATGAGTGCGATCAGCGCACGGTCCACTCTGCTTACTATGTGCATTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGAGTGCGATCAGCGCACGGTCCACTCTGCTTACTATGTGCATTCA  100

seq1  GCGAGCATGTTCGGTCACACAGGAACAGAGTTTTATGGCCCGGGAAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGCATGTTCGGTCACACAGGAACAGAGTTTTATGGCCCGGGAAACAA  150

seq1  GGAGATGATGAGGCAGGAACAATCAGCACTGAGGCCAGAAGAGCCAAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGATGAGGCAGGAACAATCAGCACTGAGGCCAGAAGAGCCAAGCT  200

seq1  GCCTTGGTCCTGCAGTGACCCCTGGTGGCAGCTCTCACAGATCAGCCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGTCCTGCAGTGACCCCTGGTGGCAGCTCTCACAGATCAGCCCAA  250

seq1  AAAATAAATAAATAAAGACAAAAAACCAGGAAGTCTAAGGAGTAGAGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATAAATAAAGACAAAAAACCAGGAAGTCTAAGGAGTAGAGAAG  300

seq1  GTGAAAGGGTGAAGACCAATGTCTTGGCTACAGCCCTGACCAGACAGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGGGTGAAGACCAATGTCTTGGCTACAGCCCTGACCAGACAGCAC  350

seq1  ACCTCTCAGCCTGAAGTCAGACTTTCATTCCATCGCCCAGGGTTCTAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCAGCCTGAAGTCAGACTTTCATTCCATCGCCCAGGGTTCTAGAG  400

seq1  TCACTGCGCCTCTCTGACCCTCAGCATCTTCCTCAGTGTGACCTGGCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCGCCTCTCTGACCCTCAGCATCTTCCTCAGTGTGACCTGGCAGT  450

seq1  CACCCACACTCCCATAACGGTGACTGGAAGATCCAAAACCACACTGCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACACTCCCATAACGGTGACTGGAAGATCCAAAACCACACTGCACA  500

seq1  ACAGTCCTGGTGAGCACAGAGCTGTAAGGAGCCCGGCTTCACACAACCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCTGGTGAGCACAGAGCTGTAAGGAGCCCGGCTTCACACAACCCT  550

seq1  CAACCGCACGCTACACAGTCAGCGATGAGCCCCAAGCCACTACAGTCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCGCACGCTACACAGTCAGCGATGAGCCCCAAGCCACTACAGTCTGG  600

seq1  AAACAGCACTGGTGAGAACCTGGAAGAGCAGCAGCCCTCATGAGCAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCACTGGTGAGAACCTGGAAGAGCAGCAGCCCTCATGAGCAGAGA  650

seq1  GGGTGAGGGGCGGGAGAACCAGGGACAGTCACTCAAGCACACAAGAAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAGGGGCGGGAGAACCAGGGACAGTCACTCAAGCACACAAGAAAGC  700

seq1  ATACCACAGCCACATGGTCGAATACCACTTCTCCATGAAGAGATTCGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCACAGCCACATGGTCGAATACCACTTCTCCATGAAGAGATTCGACT  750

seq1  ATGCCCTGTGAACCCTAAAAGTTCCTTATGCTGAGCACACAAGGCAGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTGTGAACCCTAAAAGTTCCTTATGCTGAGCACACAAGGCAGAGA  800

seq1  CACGAAAGGCAAATGGATGTGAGTCCATGTACGTGAGGTGTCCAGAAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGAAAGGCAAATGGATGTGAGTCCATGTACGTGAGGTGTCCAGAAAGC  850

seq1  AGCTCCACAGACTGTCACAGGGGTGACTCTGGGCTAGGAGATGGGGCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCACAGACTGTCACAGGGGTGACTCTGGGCTAGGAGATGGGGCATC  900

seq1  GCTAAATAGCTCTGCGTCTGTCGGGACAGGCGGAGGAAGTGGAAGCCGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATAGCTCTGCGTCTGTCGGGACAGGCGGAGGAAGTGGAAGCCGTA  950

seq1  TGATTCGGTCTACTGCCAGTGAACTGCAGACTTTAAAATGATTCATTTAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCGGTCTACTGCCAGTGAACTGCAGACTTTAAAATGATTCATTTAC  1000

seq1  ACTTGGGAATTCTAGTTTTGTAGGAATGAGGAGCG-TGTGGAGAGACACA  1049
      |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACTTGGGAATTCTAGTTTTGTAG--ATGAGGAGCGTTGTGGAGAGACACA  1048

seq1  GGTCAG-TGGTTATGAGTGTGTACGGACTGCTCTTGCAAAGGCCCTGGGT  1098
       ||||| ||||  |||  |||||||||||||||||||||  | ||| |||
seq2  -GTCAGTTGGTATTGATGGTGTACGGACTGCTCTTGCAA--GTCCTTGGT  1095

seq1  TCGGTTCTCAGCGCCCACGCTGGACAACTCACAACCACCTGTAACTCCAC  1148
      |||||   ||||||||||||||||| ||||   | |||||||||||||||
seq2  TCGGTCTCCAGCGCCCACGCTGGAC-ACTC---AACACCTGTAACTCCAC  1141

seq1  CTCCAGGATGTCTGAAATCCTCTTCAG-GCCTCTAAGGCACC  1189
      |||   |||||||| ||| || |||||  |||||||||||||
seq2  CTC--AGATGTCTG-AATTCTTTTCAGACCCTCTAAGGCACC  1180

seq1: chr5_125776660_125777621
seq2: B6Ng01-325P19.g_67_1029 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACAAATAAATGGGCTGGAGAGGTGG-CTCAGTAGT  49
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CACACACTCACACACACAAATAAATGGGCTGGAGAGGTGGCCTCAGTAGT  50

seq1  TTAGAGCAACACTTAAGTTCGAGTCCCAGCAGCCGGGCGTGGTGGCGCAG  99
      |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCAACACTTAAGTTCGAGTCCCAGCAGCCGGGCGTGGTGGCGCAG  100

seq1  CACACC-TTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGA  148
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CACACCTTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGA-TTCTGA  149

seq1  GTTCGAGGCCGGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGACTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGAGGCCGGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGACTA  199

seq1  TACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACGTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACGTTT  249

seq1  GAGTCCCAGCATCCTCGTAGGGCAGCTCACAGCCACCTCTTACAGGAGCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCAGCATCCTCGTAGGGCAGCTCACAGCCACCTCTTACAGGAGCT  299

seq1  CCAGGTGATCTGACGCCCTCTGCTGGCCTCCTCAGGCACCTGCACTCATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGATCTGACGCCCTCTGCTGGCCTCCTCAGGCACCTGCACTCATG  349

seq1  TGCACACACACAGATACACAAAATTAAAAAACCAGTAATAAATAAAATGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACACACAGATACACAAAATTAAAAAACCAGTAATAAATAAAATGT  399

seq1  AAAAACAAAACAAAACCAAACCCGAAGTTCTGCTTTTGAAAGTCCACCAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAAACAAAACCAAACCCGAAGTTCTGCTTTTGAAAGTCCACCAG  449

seq1  AGCACACAGACTTTGCTCACCCCGTCGTGGCTGTGTTCACACCTGGCATG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACACAGACTTTGCTCACCCCGTCGTGGCTGTGTTCACACCTGGCATG  499

seq1  AAGCATGGCTGCCTGTGTGAGCTAGAGAGGAAGAGGGCTCAAAGATCAGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGGCTGCCTGTGTGAGCTAGAGAGGAAGAGGGCTCAAAGATCAGC  549

seq1  CCAGTGAGTCCCCAGGCCAGAGTCATCTCTGGTGTGGCCAGAATGGATGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAGTCCCCAGGCCAGAGTCATCTCTGGTGTGGCCAGAATGGATGC  599

seq1  ACAGGCTAGGGCACCACCTGGAAATGGGTCTCTGAAGACCCACCATGTCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTAGGGCACCACCTGGAAATGGGTCTCTGAAGACCCACCATGTCT  649

seq1  TCCTAGGCCACAGTTAGGACCCTGGGGATGGTGGAGCCCAAGCTACAAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGCCACAGTTAGGACCCTGGGGATGGTGGAGCCCAAGCTACAAGA  699

seq1  CTTTAACACTTTCCTACCAGTACCCTTCACCACTGCCACCATGACTGAGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACACTTTCCTACCAGTACCCTTCACCACTGCCACCATGACTGAGT  749

seq1  CCCCAGACACCTCGCAAGTCACCTCTGTCAGGTATCTTGTCACAGTGACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGACACCTCGCAAGTCACCTCTGTCAGGTATCTTGTCACAGTGACA  799

seq1  AGAAAAACCATTGAGGCATAGTACACAGAAGGCCAGACACTTTGAGCACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAACCATTGAGGCATAGTACACAGAAGGCCAGACACTTTGAGCACA  849

seq1  CTTCCAGGGAGCTACCTGAGTGGACCCTGAACCATCTCAGAAGCAGAGTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGGGAGCTACCTGAGTGGACCCTGAACCATCTCAGAAGCAGAGTT  899

seq1  TCCTGGTAGGAGGCAGGGAGTCCCTACACAGGGCTTACCTGCATGCCTCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTAGGAGGCAGGGAGTCCCTACACAGGGCTTACCTGCATGCCTCC  949

seq1  GGGCTGAAGAATTC  962
      ||||||||||||||
seq2  GGGCTGAAGAATTC  963