BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326M12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 83,183,634 - 83,333,479
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLphn3, EG433912
Downstream geneLOC100039434, Srd5a2l2, LOC100039608, LOC231368
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326M12.bB6Ng01-326M12.g
ACCGA114507GA114508
length1,1531,168
definitionB6Ng01-326M12.b B6Ng01-326M12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,183,634 - 83,184,791)(83,332,313 - 83,333,479)
sequence
gaattctttctttatttgatatttaaaactttcctcaaatgtcagcagat
gggagggttggtcttatgctctgtgtacgcagatgttgatttctgtactg
agaccaggttgcatatcagtctagatgctagtattgttgtgattattgag
ccgtctcctgtatcaatgatgtataagtaatattcccctaatgtctctga
ttggttaataaagagctgatgatcaactatgtgatgagtagagaaggcag
gacttcctgttcagggaaagagttccaaattgggacaggaaggaagagaa
gagttggctataaaacaaaggatccaatgaggaggagtaattaattatta
ggataccaaggggttcaccatggagacatacatggagcagagcaagccag
tgtgaaattcagattgaagtacttgtccgtgtgtctaggaaatagatagc
ttagaaggtcagaacctagttatggtgcttaaaacttattagtaatctta
atagtctttgtgtcaatctttttttagctagaatgggaaaagataatcta
tcaaccttatattactgactatagtcagccttacgtggatactttgtttc
atagaacagtatcttgcattaatcatatatttccttttcctttaggcata
caaaatttgtttgcttgtcattatgactatgaaccaggacaacataactg
aggtctaatggtttagatgaggacttgtgatagatatcaatgatacactt
ctatgattctgtctagtcctttcccatctcagatgatgctgtcagggtta
tcttgaagctttgcttggtaggggaaccctagatacaatgggagaacaca
ccatctgggtaatgactcaagtataacctctttatcatccctacccttca
tcccatcaccttccaaacaacataaacagtgagtgagtaaataaatatgt
ttgtcttgtaaattatctcaacttttgacttaaaatcaagagctgatatt
tgataatcagaagattagcaatggatcttcagatagaaacagtcaaggca
aagtttattgattaggaacactgaaaattaactaaatataatttaatata
taacaatataggttatatatgtataactataaatttaataaaggaatgcc
aat
tttccagcacaatatgtcagctcaaaactgtatatactttaaattctgat
gacctcaaccctttagacatgcatgcatacatgcagacaaaacacaccag
tgcacataaaataaaaataaatacatcttaaaaaataggtccattaaaat
gctagattctgtggggggaaaacaaacctcaaatacagaaaccagaaaat
atgtaggaaaataactaaaggcaaaaggattgtgatttgaataataaaag
aaaaaatgcgtgctttcttaattttggtttagatactgaattatctcaca
caacgtcacatattttataaatatacttaaggatgtaagagagacaacag
ataaaccaggtccaattaaggattaattttaaagaaatatccaccttcat
tcctatcatacaaaaataaaacacttactgcttccccacagtgttaagtt
ggtaaaatattcactgtgccaacaaggatttaatttagaccttgattgct
gactgaaaggacttctgcttcatgcatgcgatccttacatgagaactagt
cagcttaatcaactgttggcagagtcttcatgctctggagttgcacttat
gataactacaataatgagcagcggacaacaggagttagaaaacgtggaat
gtaaaaactgagtacaagtaagattgcccagaagtgtaggattccatgct
ccccagtggtgcgtaagctatgatggaattagttattcaacttgatggaa
tcaacactcagagattcagaatttcattttcaaggtaactttgtattctt
tattttcagtattttatttttggaaaattttcacatttaggatgggatat
tatatttactaataatttccctgacctgtgtcatcacttcccttcccaac
ttccttaacctttatttatttatttgttatttatttatttatgagccact
aaattcatttgttgtcacacacatagtgtgatgtaaagacaatattggag
catggaacatcataaatgacttttttttagtgacttgacataaatcacta
aagaattattctcttgttccaggaaaacatttgcccatgctctttacatg
ggggtgagaccttacgatactactacatttcagctgtgtaacctttgcct
tagaatccattttgtgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_83183634_83184791
seq2: B6Ng01-326M12.b_48_1200

seq1  GAATTCTTTCTTTATTTGATATTTAAAACTTTCCTCAAATGTCAGCAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTTATTTGATATTTAAAACTTTCCTCAAATGTCAGCAGAT  50

seq1  GGGAGGGTTGGTCTTATGCTCTGTGTACGCAGATGTTGATTTCTGTACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGTTGGTCTTATGCTCTGTGTACGCAGATGTTGATTTCTGTACTG  100

seq1  AGACCAGGTTGCATATCAGTCTAGATGCTAGTATTGTTGTGATTATTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGGTTGCATATCAGTCTAGATGCTAGTATTGTTGTGATTATTGAG  150

seq1  CCGTCTCCTGTATCAATGATGTATAAGTAATATTCCCCTAATGTCTCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCTCCTGTATCAATGATGTATAAGTAATATTCCCCTAATGTCTCTGA  200

seq1  TTGGTTAATAAAGAGCTGATGATCAACTATGTGATGAGTAGAGAAGGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTAATAAAGAGCTGATGATCAACTATGTGATGAGTAGAGAAGGCAG  250

seq1  GACTTCCTGTTCAGGGAAAGAGTTCCAAATTGGGACAGGAAGGAAGAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCTGTTCAGGGAAAGAGTTCCAAATTGGGACAGGAAGGAAGAGAA  300

seq1  GAGTTGGCTATAAAACAAAGGATCCAATGAGGAGGAGTAATTAATTATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGGCTATAAAACAAAGGATCCAATGAGGAGGAGTAATTAATTATTA  350

seq1  GGATACCAAGGGGTTCACCATGGAGACATACATGGAGCAGAGCAAGCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACCAAGGGGTTCACCATGGAGACATACATGGAGCAGAGCAAGCCAG  400

seq1  TGTGAAATTCAGATTGAAGTACTTGTCCGTGTGTCTAGGAAATAGATAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAATTCAGATTGAAGTACTTGTCCGTGTGTCTAGGAAATAGATAGC  450

seq1  TTAGAAGGTCAGAACCTAGTTATGGTGCTTAAAACTTATTAGTAATCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGGTCAGAACCTAGTTATGGTGCTTAAAACTTATTAGTAATCTTA  500

seq1  ATAGTCTTTGTGTCAATCTTTTTTTAGCTAGAATGGGAAAAGATAATCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTTTGTGTCAATCTTTTTTTAGCTAGAATGGGAAAAGATAATCTA  550

seq1  TCAACCTTATATTACTGACTATAGTCAGCCTTACGTGGATACTTTGTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTTATATTACTGACTATAGTCAGCCTTACGTGGATACTTTGTTTC  600

seq1  ATAGAACAGTATCTTGCATTAATCATATATTTCCTTTTCCTTTAGGCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAACAGTATCTTGCATTAATCATATATTTCCTTTTCCTTTAGGCATA  650

seq1  CAAAATTTGTTTGCTTGTCATTATGACTATGAACCAGGACAACATAACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTTGTTTGCTTGTCATTATGACTATGAACCAGGACAACATAACTG  700

seq1  AGGTCTAATGGTTTAGATGAGGACTTGTGATAGATATCAATGATACACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTAATGGTTTAGATGAGGACTTGTGATAGATATCAATGATACACTT  750

seq1  CTATGATTCTGTCTAGTCCTTTCCCATCTCAGATGATGCTGTCAGGGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATTCTGTCTAGTCCTTTCCCATCTCAGATGATGCTGTCAGGGTTA  800

seq1  TCTTGAAGCTTTGCTTGGTAGGGGAACCCTAGATACAAGGGGAGAACACA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCTTGAAGCTTTGCTTGGTAGGGGAACCCTAGATACAATGGGAGAACACA  850

seq1  CCATCTGGGTAATGACTCAAGTATAACCTCTTTATCATCCCTACCCTTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGGGTAATGACTCAAGTATAACCTCTTTATCATCCCTACCCTTCA  900

seq1  TCCCATCACCTTCCAAACAACATAAACAGTGAGGTGAGTAAATAAATATG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCCCATCACCTTCCAAACAACATAAACAGTGA-GTGAGTAAATAAATATG  949

seq1  TTTGTCTTGTAAATTATCTCCAACTTTTGACTTAAAATCAAGAGCTGATA  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTGTAAATTATCT-CAACTTTTGACTTAAAATCAAGAGCTGATA  998

seq1  TTTGATAATCAGGAAGATTAGCAATGGAATCTTCAGATAGAAACAGTCAA  1050
      ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  TTTGATAATCA-GAAGATTAGCAATGG-ATCTTCAGATAGAAACAGTC-A  1045

seq1  AGCCAAAGTTTAATTGATTAGGAACACTGAAAAATTAACTAAATATAAAT  1100
      || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  AGGCAAAGTTT-ATTGATTAGGAACACTG-AAAATTAACTAAATAT-AAT  1092

seq1  TTAATATATA--CATATA-GTTATATATGTATAACTATAAATTTAATAAA  1147
      ||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATATAACAATATAGGTTATATATGTATAACTATAAATTTAATAAA  1142

seq1  GGAATGCCAAT  1158
      |||||||||||
seq2  GGAATGCCAAT  1153

seq1: chr5_83332313_83333479
seq2: B6Ng01-326M12.g_74_1241 (reverse)

seq1  AACACAAAATGAAT--CAAGCCAA--GT--CACAGCTGAAATGTAGTAGG  44
      ||||||||||| ||   ||| |||  ||  ||||||||||||||||||| 
seq2  AACACAAAATGGATTCTAAGGCAAAGGTTACACAGCTGAAATGTAGTAG-  49

seq1  TTATCTGTAA-GTCTCACCCCATGGTAAGGAGCCATGGGC-AATGGTTTC  92
       |||| |||| ||||||||||   |||| ||| ||||||| |||| ||||
seq2  -TATC-GTAAGGTCTCACCCCCATGTAAAGAG-CATGGGCAAATGTTTTC  96

seq1  TTGGGAACAGAGAATTATTCTTTAGTGATTTTATGTCAAGTCACT-AAAA  141
       ||| |  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  CTGGAACAAGAGAATAATTCTTTAGTGA-TTTATGTCAAGTCACTAAAAA  145

seq1  AAAGTCATTTATGATGTTCCATGCTCCAATATTTGTCTTTACATTCACAC  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  AAAGTCATTTATGATGTTCCATGCTCCAATA-TTGTCTTTACA-TCACAC  193

seq1  TATGTGTGTGACAACAAATGAATTTAGTGGCTCATAAATAAATAAATAAA  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TATGTGTGTGACAACAAATGAATTTAGTGGCTCATAAATAAATAAAT-AA  242

seq1  CAAATAAATAAATAAAGGTTAAGGAAGTTGGGAAGGGAAGTGATGACACA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAATAAATAAAGGTTAAGGAAGTTGGGAAGGGAAGTGATGACACA  292

seq1  GGTCAGGGAAATTATTAGTAAATATAATATCCCATCCTAAATGTGAAAAT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGGGAAATTATTAGTAAATATAATATCCCATCCTAAATGTGAAAAT  342

seq1  TTTCCAAAAATAAAATACTGAAAATAAAGAATACAAAGTTACCTTGAAAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAAAATAAAATACTGAAAATAAAGAATACAAAGTTACCTTGAAAA  392

seq1  TGAAATTCTGAATCTCTGAGTGTTGATTCCATCAAGTTGAATAACTAATT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTCTGAATCTCTGAGTGTTGATTCCATCAAGTTGAATAACTAATT  442

seq1  CCATCATAGCTTACGCACCACTGGGGAGCATGGAATCCTACACTTCTGGG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATAGCTTACGCACCACTGGGGAGCATGGAATCCTACACTTCTGGG  492

seq1  CAATCTTACTTGTACTCAGTTTTTACATTCCACGTTTTCTAACTCCTGTT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTACTTGTACTCAGTTTTTACATTCCACGTTTTCTAACTCCTGTT  542

seq1  GTCCGCTGCTCATTATTGTAGTTATCATAAGTGCAACTCCAGAGCATGAA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGCTGCTCATTATTGTAGTTATCATAAGTGCAACTCCAGAGCATGAA  592

seq1  GACTCTGCCAACAGTTGATTAAGCTGACTAGTTCTCATGTAAGGATCGCA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGCCAACAGTTGATTAAGCTGACTAGTTCTCATGTAAGGATCGCA  642

seq1  TGCATGAAGCAGAAGTCCTTTCAGTCAGCAATCAAGGTCTAAATTAAATC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGAAGCAGAAGTCCTTTCAGTCAGCAATCAAGGTCTAAATTAAATC  692

seq1  CTTGTTGGCACAGTGAATATTTTACCAACTTAACACTGTGGGGAAGCAGT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGGCACAGTGAATATTTTACCAACTTAACACTGTGGGGAAGCAGT  742

seq1  AAGTGTTTTATTTTTGTATGATAGGAATGAAGGTGGATATTTCTTTAAAA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTTTATTTTTGTATGATAGGAATGAAGGTGGATATTTCTTTAAAA  792

seq1  TTAATCCTTAATTGGACCTGGTTTATCTGTTGTCTCTCTTACATCCTTAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCTTAATTGGACCTGGTTTATCTGTTGTCTCTCTTACATCCTTAA  842

seq1  GTATATTTATAAAATATGTGACGTTGTGTGAGATAATTCAGTATCTAAAC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATTTATAAAATATGTGACGTTGTGTGAGATAATTCAGTATCTAAAC  892

seq1  CAAAATTAAGAAAGCACGCATTTTTTCTTTTATTATTCAAATCACAATCC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTAAGAAAGCACGCATTTTTTCTTTTATTATTCAAATCACAATCC  942

seq1  TTTTGCCTTTAGTTATTTTCCTACATATTTTCTGGTTTCTGTATTTGAGG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCTTTAGTTATTTTCCTACATATTTTCTGGTTTCTGTATTTGAGG  992

seq1  TTTGTTTTCCCCCCACAGAATCTAGCATTTTAATGGACCTATTTTTTAAG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTCCCCCCACAGAATCTAGCATTTTAATGGACCTATTTTTTAAG  1042

seq1  ATGTATTTATTTTTATTTTATGTGCACTGGTGTGTTTTGTCTGCATGTAT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTATTTTTATTTTATGTGCACTGGTGTGTTTTGTCTGCATGTAT  1092

seq1  GCATGCATGTCTAAAGGGTTGAGGTCATCAGAATTTAAAGTATATACAGT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCATGTCTAAAGGGTTGAGGTCATCAGAATTTAAAGTATATACAGT  1142

seq1  TTTGAGCTGACATATTGTGCTGGAAA  1167
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCTGACATATTGTGCTGGAAA  1168