BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327B03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 126,456,899 - 126,545,253
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665760
Upstream gene3110032G18Rik, Ncor2, Scarb1, Ubc, Dhx37, Bri3bp, Aacs, Tmem132b, EG231736, LOC100039178
Downstream geneLOC100040327
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327B03.bB6Ng01-327B03.g
ACCGA114711GA114712
length9651,076
definitionB6Ng01-327B03.b B6Ng01-327B03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(126,544,295 - 126,545,253)(126,456,899 - 126,457,966)
sequence
ctggtcttcactcctgctcctgggttattccagcatagcatccactctga
ggctctggtcccatcctgtaggtagcagagaggtgctgccctagcatgac
tggttcctacctgtctctccttatgcttcttccaccttgggatgctatcc
ttaggttgtgatttagcctggccagccatcccatcctgcttgagactcca
tccattttgacacaaaagaacctccatcttgggtaacacaggaagtcagt
gttgtaaccgaaaccaaccatttcacatctcagtgcatgctaagccagaa
caaacactgctcaaatataggagagtagagaaagatggagccctcatggc
agacaaggagagctcaggagccgtttgcaaggcaatgtcctccttgactg
aaggaagcctggaggttttatttgggagcctatatctttttttggtacgg
gctgagcacattcctgaacatgcttggtatgatgtcgtagaacacgtgtt
gaacaagttacattgacagatgaggacacttctaagcatgcccaggttac
agcacaaagatggcagacaaggatatctctgggcatttttggcttatgcc
ataaagttttagctgataggaagtggaagggcacagtgaagagacatgaa
agatccaggactcacttagcaactaacagttaccctaacccagcttgtct
attgttctccatatcaagttgcttctcttgaaaatttcccccatccttcc
ctttatacaaaacactactattcatcatgaaaagaattaggctttgaaca
tagagtttcttacttatgccttggagcaagaagaatagacttctatagga
gaaagacaaagttttgtgtttttttcttttttgttttaaaagtgtgtgca
agtatacatgtgtatgtgcttttctctctctctctctctctctctctctc
tctctctctctgaga

gaattcaaaagcagcccagtttttgagtttataggtcagggcaagaatgt
gagtgtgaaagaagtttttactctgtaactaaactgaaagctatcattta
atagctgtgccaccttggagtagttactaaaccttgctgggccgtgattt
cttcacaattacaaataatcagagcttcaaaaatcacatagactctcaga
agcgggatgttgggactctttggaagggtatatcaatcagagttcaaaag
gaaaaaaaatagcacgtacaaaaggaatcatggggacaatttaaggagga
aagatttgattgggtatggccaaaacgtagagaaccagtaagatctactg
aaacactgctgaggattgcttccagaagggattccagctccaggctggaa
gagcacaggaggagcattgccacacccagggagagctgtgacctctcaga
ggagcagagatgtcatccatccatggccagtagggagggaacgagagaat
gttgattctgtcttccacagctcttcccgggccctgatgggctctgtctc
atcagatgccatgtaggaaaggaaagcccagcagctacaggaccaagagc
tgagtcattctccaagacagagcaagcgaaggtgagcgagggaaaggagg
gtaggggaggatggacacagtcagcataaaaagatgaagagaatctcatc
cacgcactgtcttctctctaatgcaaaatttgcttagtgggttaaagtga
actgtgtggtcatgccctgtgggtggtttgaatatgcttggcccagggag
tggcactatttggagatatggccttgttagagtaggtatgtcactgtgga
catggggtttaagacccttgtcccagccacctggagaagaagccagttct
tcttcttagcctgcctttgggacaaggaggtagaagttttcagctcttcc
tgcaccatgcctgcctggaatgctgccatatttcctgccttgatgatatt
ggactgaccttcgaacctgtagccagccccaatggaatgtggccttttat
gaaaagtccgcctcggttcacggtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_126544295_126545253
seq2: B6Ng01-327B03.b_50_1010 (reverse)

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAGCACATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAGCACATAC  50

seq1  ACATGTATACTTGCACACACTTTTAAAACAAAAAAG-AAAAAACAC-AAA  98
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  ACATGTATACTTGCACACACTTTTAAAACAAAAAAGAAAAAAACACAAAA  100

seq1  CTTTGTCTTTCTCCTATAGAAGTCTATTCTTCTTGCTCCAAGGCATAAGT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCTTTCTCCTATAGAAGTCTATTCTTCTTGCTCCAAGGCATAAGT  150

seq1  AAGAAACTCTATGTTCAAAGCCTAATTCTTTTCATGATGAATAGTAGTGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACTCTATGTTCAAAGCCTAATTCTTTTCATGATGAATAGTAGTGT  200

seq1  TTTGTATAAAGGGAAGGATGGGGGAAATTTTCAAGAGAAGCAACTTGATA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATAAAGGGAAGGATGGGGGAAATTTTCAAGAGAAGCAACTTGATA  250

seq1  TGGAGAACAATAGACAAGCTGGGTTAGGGTAACTGTTAGTTGCTAAGTGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAACAATAGACAAGCTGGGTTAGGGTAACTGTTAGTTGCTAAGTGA  300

seq1  GTCCTGGATCTTTCATGTCTCTTCACTGTGCCCTTCCACTTCCTATCAGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGGATCTTTCATGTCTCTTCACTGTGCCCTTCCACTTCCTATCAGC  350

seq1  TAAAACTTTATGGCATAAGCCAAAAATGCCCAGAGATATCCTTGTCTGCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTTTATGGCATAAGCCAAAAATGCCCAGAGATATCCTTGTCTGCC  400

seq1  ATCTTTGTGCTGTAACCTGGGCATGCTTAGAAGTGTCCTCATCTGTCAAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGTGCTGTAACCTGGGCATGCTTAGAAGTGTCCTCATCTGTCAAT  450

seq1  GTAACTTGTTCAACACGTGTTCTACGACATCATACCAAGCATGTTCAGGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTGTTCAACACGTGTTCTACGACATCATACCAAGCATGTTCAGGA  500

seq1  ATGTGCTCAGCCCGTACCAAAAAAAGATATAGGCTCCCAAATAAAACCTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTCAGCCCGTACCAAAAAAAGATATAGGCTCCCAAATAAAACCTC  550

seq1  CAGGCTTCCTTCAGTCAAGGAGGACATTGCCTTGCAAACGGCTCCTGAGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTCCTTCAGTCAAGGAGGACATTGCCTTGCAAACGGCTCCTGAGC  600

seq1  TCTCCTTGTCTGCCATGAGGGCTCCATCTTTCTCTACTCTCCTATATTTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTGTCTGCCATGAGGGCTCCATCTTTCTCTACTCTCCTATATTTG  650

seq1  AGCAGTGTTTGTTCTGGCTTAGCATGCACTGAGATGTGAAATGGTTGGTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGTTTGTTCTGGCTTAGCATGCACTGAGATGTGAAATGGTTGGTT  700

seq1  TCGGTTACAACACTGACTTCCTGTGTTACCCAAGATGGAGGTTCTTTTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTTACAACACTGACTTCCTGTGTTACCCAAGATGGAGGTTCTTTTGT  750

seq1  GTCAAAATGGATGGAGTCTCAAGCAGGATGGGATGGCTGGCCAGGCTAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAATGGATGGAGTCTCAAGCAGGATGGGATGGCTGGCCAGGCTAAA  800

seq1  TCACAACCTAAGGATAGCATCCCAAGGTGGAAGAAGCATAAGGAGAGACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACCTAAGGATAGCATCCCAAGGTGGAAGAAGCATAAGGAGAGACA  850

seq1  GGTAGGAACCAGTCATGCTAGGGCAGCACCTCTCTGCTACCTACAGGATG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGAACCAGTCATGCTAGGGCAGCACCTCTCTGCTACCTACAGGATG  900

seq1  GGACCAGAGCCTCAGAGTGGATGCTATGCTGGAATAACCCAGGAGCAGGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAGAGCCTCAGAGTGGATGCTATGCTGGAATAACCCAGGAGCAGGA  950

seq1  GTGAAGACCAG  959
      |||||||||||
seq2  GTGAAGACCAG  961


seq1: chr5_126456899_126457966
seq2: B6Ng01-327B03.g_66_1141

seq1  GAATTCAAAAGCAGCCCAGTTTTTGAGTTTATAGGTCAGGGCAAGAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAGCAGCCCAGTTTTTGAGTTTATAGGTCAGGGCAAGAATGT  50

seq1  GAGTGTGAAAGAAGTTTTTACTCTGTAACTAAACTGAAAGCTATCATTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGAAAGAAGTTTTTACTCTGTAACTAAACTGAAAGCTATCATTTA  100

seq1  ATAGCTGTGCCACCTTGGAGTAGTTACTAAACCTTGCTGGGCCGTGATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTGTGCCACCTTGGAGTAGTTACTAAACCTTGCTGGGCCGTGATTT  150

seq1  CTTCACAATTACAAATAATCAGAGCTTCAAAAATCACATAGACTCTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACAATTACAAATAATCAGAGCTTCAAAAATCACATAGACTCTCAGA  200

seq1  AGCGGGATGTTGGGACTCTTTGGAAGGGTATATCAATCAGAGTTCAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGGATGTTGGGACTCTTTGGAAGGGTATATCAATCAGAGTTCAAAAG  250

seq1  GAAAAAAAATAGCACGTACAAAAGGAATCATGGGGACAATTTAAGGAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAATAGCACGTACAAAAGGAATCATGGGGACAATTTAAGGAGGA  300

seq1  AAGATTTGATTGGGTATGGCCAAAACGTAGAGAACCAGTAAGATCTACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTGATTGGGTATGGCCAAAACGTAGAGAACCAGTAAGATCTACTG  350

seq1  AAACACTGCTGAGGATTGCTTCCAGAAGGGATTCCAGCTCCAGGCTGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTGCTGAGGATTGCTTCCAGAAGGGATTCCAGCTCCAGGCTGGAA  400

seq1  GAGCACAGGAGGAGCATTGCCACACCCAGGGAGAGCTGTGACCTCTCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAGGAGGAGCATTGCCACACCCAGGGAGAGCTGTGACCTCTCAGA  450

seq1  GGAGCAGAGATGTCATCCATCCATGGCCAGTAGGGAGGGAACGAGAGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGAGATGTCATCCATCCATGGCCAGTAGGGAGGGAACGAGAGAAT  500

seq1  GTTGATTCTGTCTTCCACAGCTCTTCCCGGGCCCTGATGGGCTCTGTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATTCTGTCTTCCACAGCTCTTCCCGGGCCCTGATGGGCTCTGTCTC  550

seq1  ATCAGATGCCATGTAGGAAAGGAAAGCCCAGCAGCTACAGGACCAAGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATGCCATGTAGGAAAGGAAAGCCCAGCAGCTACAGGACCAAGAGC  600

seq1  TGAGTCATTCTCCAAGACAGAGCAAGCGAAGGTGAGCGAGGGAAAGGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCATTCTCCAAGACAGAGCAAGCGAAGGTGAGCGAGGGAAAGGAGG  650

seq1  GTAGGGGAGGATGGACACAGTCAGCATAAAAAGATGAAGAGAATCTCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGGAGGATGGACACAGTCAGCATAAAAAGATGAAGAGAATCTCATC  700

seq1  CACGCACTGTCTTCTCTCTAATGCAAAATTTGCTTAGTGGGTTAAAGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCACTGTCTTCTCTCTAATGCAAAATTTGCTTAGTGGGTTAAAGTGA  750

seq1  ACTGTGTGGTCATGCCCTGT-GGTGGTTTGAATATGCTTGGCCCAGGGAG  799
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTGGTCATGCCCTGTGGGTGGTTTGAATATGCTTGGCCCAGGGAG  800

seq1  TGGCACTATTTGGAGATATGGCCTTGTTAGAGTAGGTATGTCACTGTGGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTATTTGGAGATATGGCCTTGTTAGAGTAGGTATGTCACTGTGGA  850

seq1  CATGGGGTTTAAGACCCTTGTCCCAGCCACCTGGAGAAGAAGCCAG-TCT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CATGGGGTTTAAGACCCTTGTCCCAGCCACCTGGAGAAGAAGCCAGTTCT  900

seq1  TC-TCCTAG-CTGCCTTTGGGACAA-GAGGTAGAAG-TTTCAGCTCTTCC  944
      || || ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTTCTTAGCCTGCCTTTGGGACAAGGAGGTAGAAGTTTTCAGCTCTTCC  950

seq1  TGCACCATGCCTGCCTGG-ATGCTGCCATATTTCCTGCCTTGATGATAAT  993
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGCACCATGCCTGCCTGGAATGCTGCCATATTTCCTGCCTTGATGATATT  1000

seq1  GGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATGAAATGTTGGCCTTT  1043
      |||||| ||||  |||||||| |||||||||||||| ||||| | | |||
seq2  GGACTG-ACCTTCGAACCTGT-AGCCAGCCCCAATGGAATGTGGCCTTTT  1048

seq1  ATG-AGAGT-CGCCTCGG-TCACGGTGT  1068
      ||| | ||| |||||||| |||||||||
seq2  ATGAAAAGTCCGCCTCGGTTCACGGTGT  1076


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |