BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328J01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 49,303,828 - 49,402,547
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041668
Upstream geneLOC100040876, Slit2, 4933428G09Rik, Kcnip4
Downstream geneLOC100041659, EG433885, LOC666223, Gpr125
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328J01.bB6Ng01-328J01.g
ACCGA115793GA115794
length9691,167
definitionB6Ng01-328J01.b B6Ng01-328J01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,303,828 - 49,304,793)(49,401,387 - 49,402,547)
sequence
gaattcaatattaaaaataatattactttgtagtaatagtctttcaaaat
catcttaatcatattaaggaataacaaaataatgtcattagcttatggtc
agtcccattgattagtatggcccataatggaatgctattaagtacaataa
atatgtgaatgttttacaaattaaaatgatattagttcgtaaaatctttt
actagttatatttactgtattttgggcatgttgatagtcatgactgaaaa
tgtatttcttgctgtagttcatcattaaaaagtttgtttggggctatatg
actaaacagtgataattcaatacacataatatgcagatgataaggtctga
gctgagaggaaaaagtttgtcttttcaggagttagtctacccagcagcta
gctcctcaggagtaagattgctctgcagcatacttaaattaccctgcgga
gcagcagatagcttgcctcaggtgatagggtagatacttgcttaggagat
aagatgctgaaaatacagtctgatgagaagataacatggctaagaagtag
ctcactcaggagctcacctgaacagaagataacctactcagtagctagct
taataaaaactattaatggcttgcttggggcttagcaagggtctagatta
gcatttgcttgttcagaaactagcctactcaggtactggcagactcagga
gttactgctcaggtgtgctggaaagtgaaaaaatctagagactatagaga
aggggcttgcttgtgtgactgctatattagttattattccaagatcagtg
aggtgagttgaggtatttgtttttatacctattactaagttattttagtg
ggttatctagggaggaaaatacaaggagatacttactctaaagtaccatt
tgtgtgttgtcacctcactctagcctgtaccttgttcaaggggaagaatt
attaaagttattatgtgtg

gaattccttctgctctcactagctttcttagtaaatcactagaattcaac
cctccacctgcttgctggatttctctaattttatccacctgccaaagtgc
cccttttccaaacaggtgttctagatatgttttctcctccataattgctc
aagacaggagatgaacacaacaggaatttcagaaggaacaatgttaaata
gcagcacactctttcctcagttaagaaggcatacacagcatttctccatg
actatatttagttcagcagaattgtaacttagtaagacttgatatgatgg
tgtatccacttaattccagcacttgggaggctgcagcaagaagaccatta
gttcaggactaacttcagtgacacagagtttagagtcagcctggattgta
caacctgtccctgtctcattttttaagtacccatttgtgatgaatgaata
tatttaagctattttacttaggtgagtgtttcaaagtttcattatttcaa
ctcaattaataaaaaatgataataaaatatctcacactcatttttgtgcc
aagggtttaatatctgtcatatcttttatacaattcaggttatatactat
taatttaaaagaaaattttatttagttttcttttgagctacatgaactgt
ctacagactttacaaaatttataattcactgaaggataatagattcacaa
gcatatcacaaggataacagtacttccaaaatacttcacagttgaccaaa
ctaaattgcatattcatttgtttacttaaacttaatatcataatatgatt
ttcagtcctccttaccacatttcaatagacagtggcaataattaactgat
atataccatatgaaatagagaaaactcaaataaattttggaaaataaata
aataaatttgtgatgttgcctggctataagctgactttcctacataatgt
cagaatagtggagggaaataagctcgtcccactctatagggaataaaact
caactgagttccacaacagccattgcaacaaatgctatatcatgtttgct
tcttgaccagttacctaacagtggctcctacaccttaaaagaacatggta
aattgcaggtgctagtaattccaaatggtaaggtttatagtccacaggat
tgtaatttcactcatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_49303828_49304793
seq2: B6Ng01-328J01.b_46_1014

seq1  GAATTCAATATTAAAAATAATATTACTTTGTAGTAATAGTCTTTCAAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATATTAAAAATAATATTACTTTGTAGTAATAGTCTTTCAAAAT  50

seq1  CATCTTAATCATATTAAGGAATAACAAAATAATGTCATTAGCTTATGGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTAATCATATTAAGGAATAACAAAATAATGTCATTAGCTTATGGTC  100

seq1  AGTCCCATTGATTAGTATGGCCCATAATGGAATGCTATTAAGTACAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCATTGATTAGTATGGCCCATAATGGAATGCTATTAAGTACAATAA  150

seq1  ATATGTGAATGTTTTACAAATTAAAATGATATTAGTTCGTAAAATCTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGAATGTTTTACAAATTAAAATGATATTAGTTCGTAAAATCTTTT  200

seq1  ACTAGTTATATTTACTGTATTTTGGGCATGTTGATAGTCATGACTGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTTATATTTACTGTATTTTGGGCATGTTGATAGTCATGACTGAAAA  250

seq1  TGTATTTCTTGCTGTAGTTCATCATTAAAAAGTTTGTTTGGGGCTATATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTCTTGCTGTAGTTCATCATTAAAAAGTTTGTTTGGGGCTATATG  300

seq1  ACTAAACAGTGATAATTCAATACACATAATATGCAGATGATAAGGTCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAACAGTGATAATTCAATACACATAATATGCAGATGATAAGGTCTGA  350

seq1  GCTGAGAGGAAAAAGTTTGTCTTTTCAGGAGTTAGTCTACCCAGCAGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAGGAAAAAGTTTGTCTTTTCAGGAGTTAGTCTACCCAGCAGCTA  400

seq1  GCTCCTCAGGAGTAAGATTGCTCTGCAGCATACTTAAATTACCCTGCGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCAGGAGTAAGATTGCTCTGCAGCATACTTAAATTACCCTGCGGA  450

seq1  GCAGCAGATAGCTTGCCTCAGGTGATAGGGTAGATACTTGCTTAGGAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGATAGCTTGCCTCAGGTGATAGGGTAGATACTTGCTTAGGAGAT  500

seq1  AAGATGCTGAAAATACAGTCTGATGAGAAGATAACATGGCTAAGAAGTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCTGAAAATACAGTCTGATGAGAAGATAACATGGCTAAGAAGTAG  550

seq1  CTCACTCAGGAGCTCACCTGAACAGAAGATAACCTACTCAGTAGCTAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCAGGAGCTCACCTGAACAGAAGATAACCTACTCAGTAGCTAGCT  600

seq1  TAATAAAAACTATTAATGGCTTGCTTGGGGCTTAGCAAGGGTCTAGATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAAACTATTAATGGCTTGCTTGGGGCTTAGCAAGGGTCTAGATTA  650

seq1  GCATTTGCTTGTTCAGAAACTAGCCTACTCAGGTACTGGCAGACTCAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGCTTGTTCAGAAACTAGCCTACTCAGGTACTGGCAGACTCAGGA  700

seq1  GTTACTGCTCAGGTGTGCTGGAAAGTGAAAAAATCTAGAGACTATAGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGCTCAGGTGTGCTGGAAAGTGAAAAAATCTAGAGACTATAGAGA  750

seq1  AGGGGCTTGCTTGTGTGACTGCTATATTAGTTATTATTCCAAGATCAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCTTGCTTGTGTGACTGCTATATTAGTTATTATTCCAAGATCAGTG  800

seq1  AGGTGAGTTGAGGTATTTGTTTTTATACCTATTACTAAGTTATTTTAGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGTTGAGGTATTTGTTTTTATACCTATTACTAAGTTATTTTAGTG  850

seq1  GGTTATCTAGGGAGGAAAATACAAGGAGATACTTACTCTAAAGTACCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATCTAGGGAGGAAAATACAAGGAGATACTTACTCTAAAGTACCATT  900

seq1  TGTGTGTTGTCACCTCACTCTAGCCTGTACCTTGTTCAAGGGGAAGAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTGTCACCTCACTCTAGCCTGTACCTTGTTCAAGGGGAAGAATT  950

seq1  ATT-AAGT--ATATGTGTG  966
      ||| ||||   ||||||||
seq2  ATTAAAGTTATTATGTGTG  969


seq1: chr5_49401387_49402547
seq2: B6Ng01-328J01.g_68_1234 (reverse)

seq1  GTATGAGTGTAAATACAAT-CTGTGGACTATAAA-CTTACCATTT-GATA  47
      ||||||||| || |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||  
seq2  GTATGAGTGAAATTACAATCCTGTGGACTATAAACCTTACCATTTGGAAT  50

seq1  TACTAGCACTTGCAATT--ACATG-TCTTTT-AGGTGTAGGAGCCAACTT  93
      ||||||||| |||||||   |||| |||||| ||||||||||||| ||| 
seq2  TACTAGCACCTGCAATTTACCATGTTCTTTTAAGGTGTAGGAGCC-ACTG  99

seq1  GTAGGT-ACTGGTC-AGAAGCAAACATGATATAGCATTTGTTGCAATGGC  141
       ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTAGGTAACTGGTCAAGAAGCAAACATGATATAGCATTTGTTGCAATGG-  148

seq1  CTGTTGTGGAACTCAGTTGAGTTTTATTCCCTATAGAGTGGGACGAGCTT  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTGGAACTCAGTTGAGTTTTATTCCCTATAGAGTGGGACGAGCTT  198

seq1  ATTTTCCCTCCACTATTCTGACATTATGTAGGAAAGTCAGCTTATAGCCA  241
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTTCCCTCCACTATTCTGACATTATGTAGGAAAGTCAGCTTATAGCCA  247

seq1  GGCAACATCACAAATTTATTTATTTATTTTCCAAAATTTATTTGAGTTTT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACATCACAAATTTATTTATTTATTTTCCAAAATTTATTTGAGTTTT  297

seq1  CTCTATTTCATATGGTATATATCAGTTAATTATTGCCACTGTCTATTGAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTTCATATGGTATATATCAGTTAATTATTGCCACTGTCTATTGAA  347

seq1  ATGTGGTAAGGAGGACTGAAAATCATATTATGATATTAAGTTTAAGTAAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTAAGGAGGACTGAAAATCATATTATGATATTAAGTTTAAGTAAA  397

seq1  CAAATGAATATGCAATTTAGTTTGGTCAACTGTGAAGTATTTTGGAAGTA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGAATATGCAATTTAGTTTGGTCAACTGTGAAGTATTTTGGAAGTA  447

seq1  CTGTTATCCTTGTGATATGCTTGTGAATCTATTATCCTTCAGTGAATTAT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATCCTTGTGATATGCTTGTGAATCTATTATCCTTCAGTGAATTAT  497

seq1  AAATTTTGTAAAGTCTGTAGACAGTTCATGTAGCTCAAAAGAAAACTAAA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTGTAAAGTCTGTAGACAGTTCATGTAGCTCAAAAGAAAACTAAA  547

seq1  TAAAATTTTCTTTTAAATTAATAGTATATAACCTGAATTGTATAAAAGAT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTTCTTTTAAATTAATAGTATATAACCTGAATTGTATAAAAGAT  597

seq1  ATGACAGATATTAAACCCTTGGCACAAAAATGAGTGTGAGATATTTTATT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGATATTAAACCCTTGGCACAAAAATGAGTGTGAGATATTTTATT  647

seq1  ATCATTTTTTATTAATTGAGTTGAAATAATGAAACTTTGAAACACTCACC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTTTTATTAATTGAGTTGAAATAATGAAACTTTGAAACACTCACC  697

seq1  TAAGTAAAATAGCTTAAATATATTCATTCATCACAAATGGGTACTTAAAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAAAATAGCTTAAATATATTCATTCATCACAAATGGGTACTTAAAA  747

seq1  AATGAGACAGGGACAGGTTGTACAATCCAGGCTGACTCTAAACTCTGTGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGACAGGGACAGGTTGTACAATCCAGGCTGACTCTAAACTCTGTGT  797

seq1  CACTGAAGTTAGTCCTGAACTAATGGTCTTCTTGCTGCAGCCTCCCAAGT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAGTTAGTCCTGAACTAATGGTCTTCTTGCTGCAGCCTCCCAAGT  847

seq1  GCTGGAATTAAGTGGATACACCATCATATCAAGTCTTACTAAGTTACAAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAATTAAGTGGATACACCATCATATCAAGTCTTACTAAGTTACAAT  897

seq1  TCTGCTGAACTAAATATAGTCATGGAGAAATGCTGTGTATGCCTTCTTAA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGAACTAAATATAGTCATGGAGAAATGCTGTGTATGCCTTCTTAA  947

seq1  CTGAGGAAAGAGTGTGCTGCTATTTAACATTGTTCCTTCTGAAATTCCTG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAAAGAGTGTGCTGCTATTTAACATTGTTCCTTCTGAAATTCCTG  997

seq1  TTGTGTTCATCTCCTGTCTTGAGCAATTATGGAGGAGAAAACATATCTAG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTCATCTCCTGTCTTGAGCAATTATGGAGGAGAAAACATATCTAG  1047

seq1  AACACCTGTTTGGAAAAGGGGCACTTTGGCAGGTGGATAAAATTAGAGAA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCTGTTTGGAAAAGGGGCACTTTGGCAGGTGGATAAAATTAGAGAA  1097

seq1  ATCCAGCAAGCAGGTGGAGGGTTGAATTCTAGTGATTTACTAAGAAAGCT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGCAAGCAGGTGGAGGGTTGAATTCTAGTGATTTACTAAGAAAGCT  1147

seq1  AGTGAGAGCAGAAGGAATTC  1161
      ||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAGCAGAAGGAATTC  1167


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |