BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329E16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 38,004,772 - 38,126,621
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStk32b
Upstream geneLOC100040278, LOC100040825, Cno, Mrfap1, Man2b2, Ppp2r2c, Wfs1, Jakmip1, EG330070, Gm1043, LOC100040936, Crmp1, Evc, Evc2, LOC100040355, LOC100040988
Downstream geneCytl1, Msx1, Stx18, Nsg1, LOC100040397, Zfp509, Lyar, Tmem128, Otop1, Drd5, 4930487D11Rik, Slc2a9, Wdr1, 4930421P07Rik, 6820424L24Rik, Clnk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329E16.bB6Ng01-329E16.g
ACCGA116297GA116298
length1,1701,119
definitionB6Ng01-329E16.b B6Ng01-329E16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,125,456 - 38,126,621)(38,004,772 - 38,005,879)
sequence
gaattctttcagaaagaagctgtaatgagggggcgggtgcatagttgggg
ggctggaggtacctagaaaggaagcaggcattcactttccaccaggaatt
tctgtcaagacagaaagagcagttgagagggtcagagaggaagcagggag
agatggaagaatgggagactggattagaggccaggaagggcagtgttgcc
cctgggccagagagggaactgcttcctaagactggctgatctcctggagc
agaattcggggtaaaggaggactagggtgcccctaatccttcaagtctgc
tgggcaggacaatatgtagggttggggtccaccagactgcatatagtcat
gcatagagcagccactaaacatgatggagactgttggatgaagctctggg
tctggaggcgaagcttcctctgaacctctggctctctgctgtgtggccac
cactgagtccccactgcaggctccagaggacagagagggaaaagcttgta
tctttttagggctgaaacagtatcgaaggggaaagcactgtactcagata
cggaggggcagactgtgtctatcccctttctggccatagccttggatcaa
tttctttattcatcttcacttcccttaccaagtgcaatgggctgacaagt
atccccagctcaggccacagtatagaagagtcaggttgctgcatgggcca
gcagagcttgtgccaggagcattgccacaccaggagtcaccaagacttct
gagctaatgttatggcctctgccaaagcctgatcctgccataggaggcaa
agtgttccaaggggtgagggtggtactctcaggaccctgatggttgctta
gataccagcacccatcagggtaaccacagatgcaggtgccatgtttcaca
gtaaagcagcgtggtgtgtggttaactctagtccctagaacaagtagagg
gtctctgtagagtatgatagcgggtagtggtgcacaactttagaccatgt
ctggatctgcctggcataaagcttccagctttcagagaacttggctgagc
tgcccatgtggtgatctcagtgacaagaaaacagagcatagcgtcttggg
atgccagctagacttgaagtaagctcacaaagcatgggatgaatacctgt
cctggcttgtgggaaagccc
gaattcagagcaagggatcataattccgaatagaagaagccttggaaggg
agagcaggaagtatagacccataagcattcaggaagtaaggggcacttca
gctggccaagtggcaggagccaccaggcactggcaccttaatctgagaac
tggacatgattcctatttcatacattctgcaaacgagactcggtgcattg
tctaaagtcctgaggttcagatctgagcctcttgtctgcagttctctact
cacagggcaccaggcagcctccctgctgtggctttctccttccttgctgc
ttccttgaagccagaaggcagagaggatgactgagtgaattaacatcctg
ttactatagcaaaggccaaggcccttggagaagaaagagaaaaaggttgt
tattgaggctccggtgcatggtaagtcagtcccgttgctttgtggcagga
gggtcatggggggccaaggcactgaaaaaaagcccagttcacaaggagga
agaggcatggtaaaggcagggactagagtcccacagtcctatcaagactc
tgccctggtaacacaaaggcatctcacctggtcccacctctggtaggtat
cttgacctagttgaagacctggacctgagtttggcccctcagcattcaca
taagaagtcaggcatgaaattcaagaagaacgaagaccaaagtctggaca
ctttaccctttcttagaaatgggaacaaaacacccatagaaaggagttac
agagacaaaatttggagctgtgacgaaaggatggaccatctagtgactgc
catatgcagggatccatcccataatcagctttccaaatgctgacaccatt
gcatacactagcaagattttgctggaaaggacccagttatagctctctct
gtgagactatgcccggggccctagcaaacacagaagtggatgattcacag
tcagctattgggatgggtcacacggctccctaaatggaggagctagaaga
aattacccaaggagctaaaggaactgcaccctataggtgaacatacaata
tgaactaaccagtaccccggagacctctttgtctttagctgcattgttat
cagaagatggccttagtcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_38125456_38126621
seq2: B6Ng01-329E16.b_46_1215 (reverse)

seq1  GGGCTTCTCCCACAAACACGGGGCCAGGTATTCAT-CCAT-CCTTGTG-G  47
      |||||| ||||||||   |  || ||||||||||| |||| | ||||| |
seq2  GGGCTT-TCCCACAA--GCCAGGACAGGTATTCATCCCATGCTTTGTGAG  47

seq1  C-TACCTCAGTTCT-GCCTGCAT-CCAAGACGCTATGCTCTGTTT--CTG  92
      | ||| |||  ||| ||  |||| |||||||||||||||||||||   ||
seq2  CTTACTTCAAGTCTAGCTGGCATCCCAAGACGCTATGCTCTGTTTTCTTG  97

seq1  TCACTGAGGTCACCACATGGGCAGCTCAGCCAAG-TCTCTGAAAGCTGGA  141
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCACTGAGATCACCACATGGGCAGCTCAGCCAAGTTCTCTGAAAGCTGGA  147

seq1  AGCTTTGGTGCCAGGCAGATCCAGACATGGGTCTAAAGTTGTGGCACCAC  191
      ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  AGCTTT-ATGCCAGGCAGATCCAGACAT-GGTCTAAAGTTGT-GCACCAC  194

seq1  TACCCGCTATCATACTCTACAGAGACCCTCTACTTG-TCTAGGGACTAGA  240
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TACCCGCTATCATACTCTACAGAGACCCTCTACTTGTTCTAGGGACTAGA  244

seq1  GTTAACCACACACCACGCTGCTTTACTGTGAAACATGGCACCTGCATCTG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACCACACACCACGCTGCTTTACTGTGAAACATGGCACCTGCATCTG  294

seq1  TGGTTACCCTGATGGGTGCTGGTATCTAAGCAACCATCAGGGTCCTGAGA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTACCCTGATGGGTGCTGGTATCTAAGCAACCATCAGGGTCCTGAGA  344

seq1  GTACCACCCTCACCCCTTGGAACACTTTGCCTCCTATGGCAGGATCAGGC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCACCCTCACCCCTTGGAACACTTTGCCTCCTATGGCAGGATCAGGC  394

seq1  TTTGGCAGAGGCCATAACATTAGCTCAGAAGTCTTGGTGACTCCTGGTGT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCAGAGGCCATAACATTAGCTCAGAAGTCTTGGTGACTCCTGGTGT  444

seq1  GGCAATGCTCCTGGCACAAGCTCTGCTGGCCCATGCAGCAACCTGACTCT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATGCTCCTGGCACAAGCTCTGCTGGCCCATGCAGCAACCTGACTCT  494

seq1  TCTATACTGTGGCCTGAGCTGGGGATACTTGTCAGCCCATTGCACTTGGT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATACTGTGGCCTGAGCTGGGGATACTTGTCAGCCCATTGCACTTGGT  544

seq1  AAGGGAAGTGAAGATGAATAAAGAAATTGATCCAAGGCTATGGCCAGAAA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAGTGAAGATGAATAAAGAAATTGATCCAAGGCTATGGCCAGAAA  594

seq1  GGGGATAGACACAGTCTGCCCCTCCGTATCTGAGTACAGTGCTTTCCCCT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATAGACACAGTCTGCCCCTCCGTATCTGAGTACAGTGCTTTCCCCT  644

seq1  TCGATACTGTTTCAGCCCTAAAAAGATACAAGCTTTTCCCTCTCTGTCCT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATACTGTTTCAGCCCTAAAAAGATACAAGCTTTTCCCTCTCTGTCCT  694

seq1  CTGGAGCCTGCAGTGGGGACTCAGTGGTGGCCACACAGCAGAGAGCCAGA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCCTGCAGTGGGGACTCAGTGGTGGCCACACAGCAGAGAGCCAGA  744

seq1  GGTTCAGAGGAAGCTTCGCCTCCAGACCCAGAGCTTCATCCAACAGTCTC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAGAGGAAGCTTCGCCTCCAGACCCAGAGCTTCATCCAACAGTCTC  794

seq1  CATCATGTTTAGTGGCTGCTCTATGCATGACTATATGCAGTCTGGTGGAC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGTTTAGTGGCTGCTCTATGCATGACTATATGCAGTCTGGTGGAC  844

seq1  CCCAACCCTACATATTGTCCTGCCCAGCAGACTTGAAGGATTAGGGGCAC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACCCTACATATTGTCCTGCCCAGCAGACTTGAAGGATTAGGGGCAC  894

seq1  CCTAGTCCTCCTTTACCCCGAATTCTGCTCCAGGAGATCAGCCAGTCTTA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTCCTCCTTTACCCCGAATTCTGCTCCAGGAGATCAGCCAGTCTTA  944

seq1  GGAAGCAGTTCCCTCTCTGGCCCAGGGGCAACACTGCCCTTCCTGGCCTC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAGTTCCCTCTCTGGCCCAGGGGCAACACTGCCCTTCCTGGCCTC  994

seq1  TAATCCAGTCTCCCATTCTTCCATCTCTCCCTGCTTCCTCTCTGACCCTC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCAGTCTCCCATTCTTCCATCTCTCCCTGCTTCCTCTCTGACCCTC  1044

seq1  TCAACTGCTCTTTCTGTCTTGACAGAAATTCCTGGTGGAAAGTGAATGCC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGCTCTTTCTGTCTTGACAGAAATTCCTGGTGGAAAGTGAATGCC  1094

seq1  TGCTTCCTTTCTAGGTACCTCCAGCCCCCCAACTATGCACCCGCCCCCTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCTTTCTAGGTACCTCCAGCCCCCCAACTATGCACCCGCCCCCTC  1144

seq1  ATTACAGCTTCTTTCTGAAAGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGCTTCTTTCTGAAAGAATTC  1170

seq1: chr5_38004772_38005879
seq2: B6Ng01-329E16.g_68_1186

seq1  GAATTCAGAGCAAGGGATCATAATTCCGAATAGAAGAAGCCTTGGAAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGCAAGGGATCATAATTCCGAATAGAAGAAGCCTTGGAAGGG  50

seq1  AGAGCAGGAAGTATAGACCCATAAGCATTCAGGAAGTAAGGGGCACTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGGAAGTATAGACCCATAAGCATTCAGGAAGTAAGGGGCACTTCA  100

seq1  GCTGGCCAAGTGGCAGGAGCCACCAGGCACTGGCACCTTAATCTGAGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCAAGTGGCAGGAGCCACCAGGCACTGGCACCTTAATCTGAGAAC  150

seq1  TGGACATGATTCCTATTTCATACATTCTGCAAACGAGACTCGGTGCATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATGATTCCTATTTCATACATTCTGCAAACGAGACTCGGTGCATTG  200

seq1  TCTAAAGTCCTGAGGTTCAGATCTGAGCCTCTTGTCTGCAGTTCTCTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGTCCTGAGGTTCAGATCTGAGCCTCTTGTCTGCAGTTCTCTACT  250

seq1  CACAGGGCACCAGGCAGCCTCCCTGCTGTGGCTTTCTCCTTCCTTGCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGGCACCAGGCAGCCTCCCTGCTGTGGCTTTCTCCTTCCTTGCTGC  300

seq1  TTCCTTGAAGCCAGAAGGCAGAGAGGATGACTGAGTGAATTAACATCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGAAGCCAGAAGGCAGAGAGGATGACTGAGTGAATTAACATCCTG  350

seq1  TTACTATAGCAAAGGCCAAGGCCCTTGGAGAAGAAAGAGAAAAAGGTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTATAGCAAAGGCCAAGGCCCTTGGAGAAGAAAGAGAAAAAGGTTGT  400

seq1  TATTGAGGCTCCGGTGCATGGTAAGTCAGTCCCGTTGCTTTGTGGCAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGGCTCCGGTGCATGGTAAGTCAGTCCCGTTGCTTTGTGGCAGGA  450

seq1  GGGTCATGGGGGGCCAAGGCACTGAAAAAAAGCCCAGTTCACAAGGAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATGGGGGGCCAAGGCACTGAAAAAAAGCCCAGTTCACAAGGAGGA  500

seq1  AGAGGCATGGTAAAGGCAGGGACTAGAGTCCCACAGTCCTATCAAGACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCATGGTAAAGGCAGGGACTAGAGTCCCACAGTCCTATCAAGACTC  550

seq1  TGCCCTGGTAACACAAAGGCATCTCACCTGGTCCCACCTCTGGTAGGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGGTAACACAAAGGCATCTCACCTGGTCCCACCTCTGGTAGGTAT  600

seq1  CTTGACCTAGTTGAAGACCTGGACCTGAGTTTGGCCCCTCAGCATTCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACCTAGTTGAAGACCTGGACCTGAGTTTGGCCCCTCAGCATTCACA  650

seq1  TAAGAAGTCAGGCATGAAATTCAAGAAGAACGAAGACCAAAGTCTGGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGTCAGGCATGAAATTCAAGAAGAACGAAGACCAAAGTCTGGACA  700

seq1  CTTTACCCTTTCTTAGAAATGGGAACAAAACACCCATAG-AAGGAGTTAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTTACCCTTTCTTAGAAATGGGAACAAAACACCCATAGAAAGGAGTTAC  750

seq1  AGAGACAAAATTTGGAGCTGTGACGAAAGGATGGACCATCTAGTGACTGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAAAATTTGGAGCTGTGACGAAAGGATGGACCATCTAGTGACTGC  800

seq1  CATATGCAGGGATCCATCCCATAATCAGC-TTCCAAATGCTGACACCATT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCAGGGATCCATCCCATAATCAGCTTTCCAAATGCTGACACCATT  850

seq1  GCATACACTAGCAAGATTTTGCT-GAAAGGACCCAGTTATAGCTCTCTCT  897
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCATACACTAGCAAGATTTTGCTGGAAAGGACCCAGTTATAGCTCTCTC-  899

seq1  TGTGAGACTATGCC--GGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGA-TCACA  944
      ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTGAGACTATGCCCGGGGCCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGATTCACA  949

seq1  GTCAGCTATT-GGATGGGTCACACGGC-CCCT-AATGGAGGAGCTAG-AG  990
      |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||
seq2  GTCAGCTATTGGGATGGGTCACACGGCTCCCTAAATGGAGGAGCTAGAAG  999

seq1  AAATTACCCAAGGAGCTAAAGGGAACTGCAACCCTATAGGTGGAACA-AC  1039
      |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||
seq2  AAATTACCCAAGGAGCTAAA-GGAACTGC-ACCCTATAGGT-GAACATAC  1046

seq1  AATATGAACTAACCAGTACCCCGGAG--CTC-TTGTCTTTAGCTGCATAT  1086
      ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||  
seq2  AATATGAACTAACCAGTACCCCGGAGACCTCTTTGTCTTTAGCTGCATTG  1096

seq1  GTATCAAAAGATGGCC-TAGTCG  1108
       ||||| ||||||||| ||||||
seq2  TTATCAGAAGATGGCCTTAGTCG  1119