BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329L06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 117,482,998 - 117,589,691
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665073, Suds3, Taok3
Upstream geneLOC545798, Ccdc60, 4930562A09Rik, Hspb8, 1500001A10Rik, LOC433943, Gm1684
Downstream genePebp1, LOC100042313, LOC100039359, BC023744, LOC667175, Wsb2, Rfc5, Ksr2, Nos1, Fbxo21, Tesc, Fbxw8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329L06.bB6Ng01-329L06.g
ACCGA116589GA116590
length1,144464
definitionB6Ng01-329L06.b B6Ng01-329L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,588,549 - 117,589,691)(117,482,998 - 117,483,330)
sequence
gaattccagcactcatgattgtctgtaacttcaaagccagggagtgcgcg
ctctcgctctctctctctctctctctctcacacacacacacacacacaca
gcaatgcatatgtggatgctcacatcaatgttacgatcagcaatggaaac
acctcaagtgcccatcaactgatgaacacacaggagacagtgtcaccggc
atgcactgctggtcttaaaagggaatggagtattgacccaggtggcacat
gatacaacatggatgagtctagaaaatatcatgcaaagtggagggctctc
acatactcacacagtgccacatggggtctgatcccacacataatgaaatg
tccacaatcagacagaaagttagtgactgtccagcgctggagtctatgag
agcaagtgacgtgggcacacacagttttgttcattggtttaatacattaa
aaaccacctggaagccaagcctggtggtggcacacgcctttaaacttcca
gcactcaggaggtagaggcaggtggatctctgggagttcaaaggcagcct
gatctacaacataggaggagttctaggcgggtccggactatgtagtaaga
gcttgggggaaatcctagtgtttaggaggtagagtcaggagaattcaagg
ccagctttgatgacccagggagccatcaggttgagctacatgaaaccttg
gctcagcaaaaagacagcagaaataggcaggggaaaagtcaaacaggaag
tgagcctgacactgggcttgaaaagaaggtaaagtctgagagctagagat
acttttggtgaaataacaagcactggtaccagtggtgagcctggaacatc
tgactgactgcaaaggagctgaagggaccgcccgcccgcctgcccgccca
agagcagaggaagtgaggctggataaacactctggggacagattagcaag
ggcgtgggagaacctcgcagtggaaaagtgggaaacctcagaggcccagt
catgcagagtcagtgctgagtggcaatttgaagaagcctgtgcaagcagg
cgtggcggtgcatgccctccagcccagcacttgagaggaccaagcagaag
atgggagtgttcagtcaagcctggccagccacagtgggaccctg
gaattcagaatagatacagagcaaacacgttcgtactctgtgccagagtc
gacagagacagagatggtacatcccagaccagcctcatcttaaactattc
tctctgtgtaacttatttccatcctgctgcacaaaatgtctgcccaaggt
aatttaaggaaggaagggcttattcggactcactgttcagagcccgccat
ggtggggagagcatgatagcaatggcttccagacagctggttacatgtat
ttatgtacatgtgagtgtgtatgtgtgcatgaatatatgtgtggtatgtg
tgtgaaagagagtgtatgcattgtgtgtagtgtggcgtgcgccaccacgc
ccggctgaaataaatgaacctttaaaagaaagaaagaaagaaagaaagaa
agaaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaagaaagaaag
aaagaaagaaagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_117588549_117589691
seq2: B6Ng01-329L06.b_45_1188 (reverse)

seq1  CAGGGTCTCACTGTGTGCTGGCCAGGCTGGCCTTGAACACT-CCATCTTC  49
      ||||||| ||||||| |||||||||||| | | |||||||| ||||||||
seq2  CAGGGTCCCACTGTG-GCTGGCCAGGCTTGAC-TGAACACTCCCATCTTC  48

seq1  TGGCTGGGTCTCTCCAGTGCTGGGGTTGGAGGCATGCACCGCCACGCCCT  99
      ||  |||  ||||| ||||||||| | |  |||||||||||||||| |||
seq2  TGCTTGGTCCTCTCAAGTGCTGGGCTGGAGGGCATGCACCGCCACG-CCT  97

seq1  GC-TGCACAGCCTTCTTCAAA-TGCCACTTCCAGCACTGAACTCTGCATG  147
      || ||||||| |||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||
seq2  GCTTGCACAGGCTTCTTCAAATTGCCACT--CAGCACTG-ACTCTGCATG  144

seq1  -CTGGGCCTCTGAGG-TTCCCAC-TTTCCACTGCGAGGTTCT-CCACGCC  193
       |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACTGGGCCTCTGAGGTTTCCCACTTTTCCACTGCGAGGTTCTCCCACGCC  194

seq1  CTTGCTAATCTGTCCCCAGAGTGTTTATCCAGCCTCACTTCCTCTGCTCT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTAATCTGTCCCCAGAGTGTTTATCCAGCCTCACTTCCTCTGCTCT  244

seq1  TGGGCGGGCAGGCGGGCGGGCGGTCCCTTCAGCTCCTTTGCAGTCAGTCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCGGGCAGGCGGGCGGGCGGTCCCTTCAGCTCCTTTGCAGTCAGTCA  294

seq1  GATGTTCCAGGCTCACCACTGGTACCAGTGCTTGTTATTTCACCAAAAGT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTCCAGGCTCACCACTGGTACCAGTGCTTGTTATTTCACCAAAAGT  344

seq1  ATCTCTAGCTCTCAGACTTTACCTTCTTTTCAAGCCCAGTGTCAGGCTCA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAGCTCTCAGACTTTACCTTCTTTTCAAGCCCAGTGTCAGGCTCA  394

seq1  CTTCCTGTTTGACTTTTCCCCTGCCTATTTCTGCTGTCTTTTTGCTGAGC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTTTGACTTTTCCCCTGCCTATTTCTGCTGTCTTTTTGCTGAGC  444

seq1  CAAGGTTTCATGTAGCTCAACCTGATGGCTCCCTGGGTCATCAAAGCTGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTTCATGTAGCTCAACCTGATGGCTCCCTGGGTCATCAAAGCTGG  494

seq1  CCTTGAATTCTCCTGACTCTACCTCCTAAACACTAGGATTTCCCCCAAGC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAATTCTCCTGACTCTACCTCCTAAACACTAGGATTTCCCCCAAGC  544

seq1  TCTTACTACATAGTCCGGACCCGCCTAGAACTCCTCCTATGTTGTAGATC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTACATAGTCCGGACCCGCCTAGAACTCCTCCTATGTTGTAGATC  594

seq1  AGGCTGCCTTTGAACTCCCAGAGATCCACCTGCCTCTACCTCCTGAGTGC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGCCTTTGAACTCCCAGAGATCCACCTGCCTCTACCTCCTGAGTGC  644

seq1  TGGAAGTTTAAAGGCGTGTGCCACCACCAGGCTTGGCTTCCAGGTGGTTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTTTAAAGGCGTGTGCCACCACCAGGCTTGGCTTCCAGGTGGTTT  694

seq1  TTAATGTATTAAACCAATGAACAAAACTGTGTGTGCCCACGTCACTTGCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTATTAAACCAATGAACAAAACTGTGTGTGCCCACGTCACTTGCT  744

seq1  CTCATAGACTCCAGCGCTGGACAGTCACTAACTTTCTGTCTGATTGTGGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAGACTCCAGCGCTGGACAGTCACTAACTTTCTGTCTGATTGTGGA  794

seq1  CATTTCATTATGTGTGGGATCAGACCCCATGTGGCACTGTGTGAGTATGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCATTATGTGTGGGATCAGACCCCATGTGGCACTGTGTGAGTATGT  844

seq1  GAGAGCCCTCCACTTTGCATGATATTTTCTAGACTCATCCATGTTGTATC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCCTCCACTTTGCATGATATTTTCTAGACTCATCCATGTTGTATC  894

seq1  ATGTGCCACCTGGGTCAATACTCCATTCCCTTTTAAGACCAGCAGTGCAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCACCTGGGTCAATACTCCATTCCCTTTTAAGACCAGCAGTGCAT  944

seq1  GCCGGTGACACTGTCTCCTGTGTGTTCATCAGTTGATGGGCACTTGAGGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGTGACACTGTCTCCTGTGTGTTCATCAGTTGATGGGCACTTGAGGT  994

seq1  GTTTCCATTGCTGATCGTAACATTGATGTGAGCATCCACATATGCATTGC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCATTGCTGATCGTAACATTGATGTGAGCATCCACATATGCATTGC  1044

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGAG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGAG  1094

seq1  CGCGCACTCCCTGGCTTTGAAGTTACAGACAATCATGAGTGCTGGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGCACTCCCTGGCTTTGAAGTTACAGACAATCATGAGTGCTGGAATTC  1144

seq1: chr5_117482998_117483330
seq2: B6Ng01-329L06.g_67_399

seq1  GAATTCAGAATAGATACAGAGCAAACACGTTCGTACTCTGTGCCAGAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAATAGATACAGAGCAAACACGTTCGTACTCTGTGCCAGAGTC  50

seq1  GACAGAGACAGAGATGGTACATCCCAGACCAGCCTCATCTTAAACTATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGACAGAGATGGTACATCCCAGACCAGCCTCATCTTAAACTATTC  100

seq1  TCTCTGTGTAACTTATTTCCATCCTGCTGCACAAAATGTCTGCCCAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTAACTTATTTCCATCCTGCTGCACAAAATGTCTGCCCAAGGT  150

seq1  AATTTAAGGAAGGAAGGGCTTATTCGGACTCACTGTTCAGAGCCCGCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAGGAAGGAAGGGCTTATTCGGACTCACTGTTCAGAGCCCGCCAT  200

seq1  GGTGGGGAGAGCATGATAGCAATGGCTTCCAGACAGCTGGTTACATGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGAGAGCATGATAGCAATGGCTTCCAGACAGCTGGTTACATGTAT  250

seq1  TTATGTACATGTGAGTGTGTATGTGTGCATGAATATATGTGTGGTATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTACATGTGAGTGTGTATGTGTGCATGAATATATGTGTGGTATGTG  300

seq1  TGTGAAAGAGAGTGTATGCATTGTGTGTAGTGT  333
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAAGAGAGTGTATGCATTGTGTGTAGTGT  333