BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329M02
Chromosome5 (Build37)
Map Location 79,799,644 - 79,920,586
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039398, Mthfr-ps1, EG384187
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329M02.bB6Ng01-329M02.g
ACCGA116625GA116626
length1,1581,138
definitionB6Ng01-329M02.b B6Ng01-329M02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,919,412 - 79,920,586)(79,799,644 - 79,800,780)
sequence
gaattcagctcagaaatggttaaagtttttataaaaattgtggtgatctg
aaaaaatctggcccccatagactcatatgtttaaatgcttggctctttga
gaatagcatcatcagaaggtgtggccttattggaggaagtgtgtcacttg
gtggtgggctttatggtctcctctggtcaggctctgcccggtgtagaatc
taataaccttatgctgacgatggatcaagatgtagaactgtcacctcctt
ttccagcaccacgtctgcctggaccctgccatgcttcctgccatgataat
aataaagtaaatttctgaaactctaagcaagccctaattaaaagttactt
aaagaattgccttggtcatgtctcttcacaactatacaatgtttgctaag
acacaaatgatatgactttggggtttcaaattgtcaaaataggctaaata
atactattatagtatatctggaacattataaaaatatgaatttgaatatt
atggagatgttatgtaagtataatctgtatatgtgtcgtactactaggtt
tatctaaagtaatagaattgaagtatgaatacatgtagttgtgtataaat
atatacatatatatttaaattattgtatcatatatccattatatattaca
atattttattcaatatattaaaattgattcatttgcttagattactaatt
tccatctggatattccagcaatgactgtctcccaagcatctggtctctag
tctccattgaacattcaatgaactagattctattacagcataaaaggact
gaagcatcagcataatagatgagcttgccagagagagtgaaggcaagcaa
gaaaaatgcaaaagcttcctttgtcttgtatttttatgtgggctgccacc
agaaggtgtgtcccagatttagagtttatcttctgacctcaactacctca
attaagaaagcctctcataggtattcctagctgcttggtgtttaggttat
tccatatgttgccaccttaaaattagacatcattgcctggtggtactttg
cttgctttatcatgtaaaatatttttgatattttatctacgaaataattc
tcattgttagtacacccagcttgacatgctacagtagtgtaatctgtgta
atactatc

gaattcagacatataaatggagataacagaagtgaactaaagtgaaaaga
gggggtttcacacaaaagaaaactttgaaaatgagaacaaaactagggat
tcatgatgaagggaagagcagcgtgaagtgtgtgtggataagacagaata
tgtatttttaaatccgaaaggctgctcagattctgaacaacccttaagtc
agtgtaacttatttttattttatgtgaatatagtaatatattaatgattt
cagccattcaatcaggaactatcagattcaacataaatgagctgtgaact
agtgagcacattagaataaactttcaatgatacagaaaatacataaagct
ttgatgcattatttccttatatttataaatttctatataaaccttggaag
cctgaatgatttttgctaaagaccttgagtattgatgaaggcaaataata
ttggtggatactacatggagaaatcgatctttaagacacagtgcaagcac
gtgggaaagagaggaagcagatgctttccctttcagcttccagattgttt
aggtttttcaaaacacaaatccaattacatcaggacaagaacatttggaa
ttttataaaaagaaatggagtaaatacttagcaaacaataatcaaacaaa
agtaaaatgtgtgaagtaaaatataaaatgactcaaaaatatcacagcca
ttcttttgttcatgttatacttatttcaatgttatcaaaaggacatctaa
caatttaggatagtgctgttcattttttttaaataaaatttattttgata
aatacaaaagacccatttaactgagcctaccctggtatcatgactagtac
tttgtccagagaaaaacaatctattacttgtatgtttgtatgaatatatt
ctgtttctctgtccaatacacatgtatgtgcgtataacatgtgtacatta
tgaatatattacatatctatgtatagagagttaggaaaagaaaaaggaag
gcagacataaagagagagattattgttataaggattgtttacctacaagt
cttcaaggttttttttgtgaatacagtattaaactgatagttatgggcct
tcaatattctgccttgatgtaagacagaatagctatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_79919412_79920586
seq2: B6Ng01-329M02.b_44_1201 (reverse)

seq1  GATAGTAATTACACAGGATTTACACTAACTGGTAGGCATGTCAAGGCCTT  50
      |||||| |||||||||   ||||||| ||| ||| ||||||||||  || 
seq2  GATAGT-ATTACACAG--ATTACACT-ACT-GTA-GCATGTCAAG--CTG  42

seq1  GGGGTGGTTAACTAAACATGAG-ATTATTTCCTTAAGAT-AAATATTCAA  98
      || ||     |||||  ||||| |||||||| |  |||| ||||||  ||
seq2  GGTGT-----ACTAACAATGAGAATTATTTCGT--AGATAAAATATCAAA  85

seq1  AATATTTTACATGATAAAGCCAAGCAAAAGTACCA-CAGGCAATGATGGT  147
      ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||
seq2  AATATTTTACATGATAAAG-CAAGC-AAAGTACCACCAGGCAATGAT-GT  132

seq1  CTTAATTTTTAAGGTGGCAACATATGGAATAACCTAAACACCAAGCAGCT  197
      ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CT--AATTTTAAGGTGGCAACATATGGAATAACCTAAACACCAAGCAGCT  180

seq1  AGGAATACCTATGAGAGGCTTTCTTAATTGAGGTAGTTGAGGTCAGAAGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATACCTATGAGAGGCTTTCTTAATTGAGGTAGTTGAGGTCAGAAGA  230

seq1  TAAACTCTAAATCTGGGACACACCTTCTGGTGGCAGCCCACATAAAAATA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTCTAAATCTGGGACACACCTTCTGGTGGCAGCCCACATAAAAATA  280

seq1  CAAGACAAAGGAAGCTTTTGCATTTTTCTTGCTTGCCTTCACTCTCTCTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACAAAGGAAGCTTTTGCATTTTTCTTGCTTGCCTTCACTCTCTCTG  330

seq1  GCAAGCTCATCTATTATGCTGATGCTTCAGTCCTTTTATGCTGTAATAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTCATCTATTATGCTGATGCTTCAGTCCTTTTATGCTGTAATAGA  380

seq1  ATCTAGTTCATTGAATGTTCAATGGAGACTAGAGACCAGATGCTTGGGAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGTTCATTGAATGTTCAATGGAGACTAGAGACCAGATGCTTGGGAG  430

seq1  ACAGTCATTGCTGGAATATCCAGATGGAAATTAGTAATCTAAGCAAATGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCATTGCTGGAATATCCAGATGGAAATTAGTAATCTAAGCAAATGA  480

seq1  ATCAATTTTAATATATTGAATAAAATATTGTAATATATAATGGATATATG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTTTAATATATTGAATAAAATATTGTAATATATAATGGATATATG  530

seq1  ATACAATAATTTAAATATATATGTATATATTTATACACAACTACATGTAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATAATTTAAATATATATGTATATATTTATACACAACTACATGTAT  580

seq1  TCATACTTCAATTCTATTACTTTAGATAAACCTAGTAGTACGACACATAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACTTCAATTCTATTACTTTAGATAAACCTAGTAGTACGACACATAT  630

seq1  ACAGATTATACTTACATAACATCTCCATAATATTCAAATTCATATTTTTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTATACTTACATAACATCTCCATAATATTCAAATTCATATTTTTA  680

seq1  TAATGTTCCAGATATACTATAATAGTATTATTTAGCCTATTTTGACAATT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTCCAGATATACTATAATAGTATTATTTAGCCTATTTTGACAATT  730

seq1  TGAAACCCCAAAGTCATATCATTTGTGTCTTAGCAAACATTGTATAGTTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACCCCAAAGTCATATCATTTGTGTCTTAGCAAACATTGTATAGTTG  780

seq1  TGAAGAGACATGACCAAGGCAATTCTTTAAGTAACTTTTAATTAGGGCTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGACATGACCAAGGCAATTCTTTAAGTAACTTTTAATTAGGGCTT  830

seq1  GCTTAGAGTTTCAGAAATTTACTTTATTATTATCATGGCAGGAAGCATGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGAGTTTCAGAAATTTACTTTATTATTATCATGGCAGGAAGCATGG  880

seq1  CAGGGTCCAGGCAGACGTGGTGCTGGAAAAGGAGGTGACAGTTCTACATC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTCCAGGCAGACGTGGTGCTGGAAAAGGAGGTGACAGTTCTACATC  930

seq1  TTGATCCATCGTCAGCATAAGGTTATTAGATTCTACACCGGGCAGAGCCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCCATCGTCAGCATAAGGTTATTAGATTCTACACCGGGCAGAGCCT  980

seq1  GACCAGAGGAGACCATAAAGCCCACCACCAAGTGACACACTTCCTCCAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGAGGAGACCATAAAGCCCACCACCAAGTGACACACTTCCTCCAAT  1030

seq1  AAGGCCACACCTTCTGATGATGCTATTCTCAAAGAGCCAAGCATTTAAAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCACACCTTCTGATGATGCTATTCTCAAAGAGCCAAGCATTTAAAC  1080

seq1  ATATGAGTCTATGGGGGCCAGATTTTTTCAGATCACCACAATTTTTATAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGTCTATGGGGGCCAGATTTTTTCAGATCACCACAATTTTTATAA  1130

seq1  AAACTTTAACCATTTCTGAGCTGAATTC  1175
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTAACCATTTCTGAGCTGAATTC  1158


seq1: chr5_79799644_79800780
seq2: B6Ng01-329M02.g_65_1202

seq1  GAATTCAGACATATAAATGGAGATAACAGAAGTGAACTAAAGTGAAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACATATAAATGGAGATAACAGAAGTGAACTAAAGTGAAAAGA  50

seq1  GGGGGTTTCACACAAAAGAAAACTTTGAAAATGAGAACAAAACTAGGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTTTCACACAAAAGAAAACTTTGAAAATGAGAACAAAACTAGGGAT  100

seq1  TCATGATGAAGGGAAGAGCAGCGTGAAGTGTGTGTGGATAAGACAGAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATGAAGGGAAGAGCAGCGTGAAGTGTGTGTGGATAAGACAGAATA  150

seq1  TGTATTTTTAAATCCGAAAGGCTGCTCAGATTCTGAACAACCCTTAAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTTTAAATCCGAAAGGCTGCTCAGATTCTGAACAACCCTTAAGTC  200

seq1  AGTGTAACTTATTTTTATTTTATGTGAATATAGTAATATATTAATGATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAACTTATTTTTATTTTATGTGAATATAGTAATATATTAATGATTT  250

seq1  CAGCCATTCAATCAGGAACTATCAGATTCAACATAAATGAGCTGTGAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATTCAATCAGGAACTATCAGATTCAACATAAATGAGCTGTGAACT  300

seq1  AGTGAGCACATTAGAATAAACTTTCAATGATACAGAAAATACATAAAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCACATTAGAATAAACTTTCAATGATACAGAAAATACATAAAGCT  350

seq1  TTGATGCATTATTTCCTTATATTTATAAATTTCTATATAAACCTTGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGCATTATTTCCTTATATTTATAAATTTCTATATAAACCTTGGAAG  400

seq1  CCTGAATGATTTTTGCTAAAGACCTTGAGTATTGATGAAGGCAAATAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAATGATTTTTGCTAAAGACCTTGAGTATTGATGAAGGCAAATAATA  450

seq1  TTGGTGGATACTACATGGAGAAATCGATCTTTAAGACACAGTGCAAGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGATACTACATGGAGAAATCGATCTTTAAGACACAGTGCAAGCAC  500

seq1  GTGGGAAAGAGAGGAAGCAGATGCTTTCCCTTTCAGCTTCCAGATTGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAAGAGAGGAAGCAGATGCTTTCCCTTTCAGCTTCCAGATTGTTT  550

seq1  AGGTTTTTCAAAACACAAATCCAATTACATCAGGACAAGAACATTTGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTTCAAAACACAAATCCAATTACATCAGGACAAGAACATTTGGAA  600

seq1  TTTTATAAAAAGAAATGGAGTAAATACTTAGCAAACAATAATCAAACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAAAAAGAAATGGAGTAAATACTTAGCAAACAATAATCAAACAAA  650

seq1  AGTAAAATGTGTGAAGTAAAATATAAAATGACTCAAAAATATCACAGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAATGTGTGAAGTAAAATATAAAATGACTCAAAAATATCACAGCCA  700

seq1  TTCTTTTGTTCATGTTATACTTATTTCAATGTTATCAAAAGGACATCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTGTTCATGTTATACTTATTTCAATGTTATCAAAAGGACATCTAA  750

seq1  CAATTTAGGATAGTGCTGTTCATTTTTTTTAAATAAAATTTATTTTGATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTAGGATAGTGCTGTTCATTTTTTTTAAATAAAATTTATTTTGATA  800

seq1  AATACAAAAGACCCATTTAACTGAGCCTACCCTGGTATCATGACTAGTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAAAAGACCCATTTAACTGAGCCTACCCTGGTATCATGACTAGTAC  850

seq1  TTTGTCCAGAGAAAAACAATCTATTACTTGTATGTTTGTATGAATATATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCCAGAGAAAAACAATCTATTACTTGTATGTTTGTATGAATATATT  900

seq1  CTGTTTCTCTGTCCAATACACATGTATGTGCGTATAACATGTGTACATTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTCTGTCCAATACACATGTATGTGCGTATAACATGTGTACATTA  950

seq1  TGAATATATTACATATCTATGTATAGAGAGTTAGGAAAAGAAAAAGGAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATATTACATATCTATGTATAGAGAGTTAGGAAAAGAAAAAGGAAG  1000

seq1  GCAGACATAAAGAGAGAGATTATTGTTATAAGGA-TGTTTACCTTACAAG  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  GCAGACATAAAGAGAGAGATTATTGTTATAAGGATTGTTTACC-TACAAG  1049

seq1  TCTTCCAGGGTTTTTTTGTG-ATACAGTATTAAAACTGATAGTTATGGCC  1098
      ||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  TCTTCAAGGTTTTTTTTGTGAATACAGTATT-AAACTGATAGTTATGGGC  1098

seq1  CT--CATATTCTGCTTTGGATGT-AGACAGAATAGTTTATGC  1137
      ||   ||||||||| || ||||| |||||||||||  |||||
seq2  CTTCAATATTCTGCCTT-GATGTAAGACAGAATAG-CTATGC  1138


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |