BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330A03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 102,480,067 - 102,615,539
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdfy3, EG666515, EG666527
Upstream geneLOC100041888, LOC100040902, Cycs-ps2, LOC100040920, Nkx6-1, Cds1
Downstream geneLOC625780, Arhgap24, Mapk10, LOC666563
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330A03.bB6Ng01-330A03.g
ACCGA116808GA116809
length858969
definitionB6Ng01-330A03.b B6Ng01-330A03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,614,682 - 102,615,539)(102,480,067 - 102,481,033)
sequence
gaattcattaaggatagtctatgtctaaaaatgttcaccatgtaaatgag
acacctgttccaaggctgactccccaaggttcaggaaacatcacacacag
gaggtaagactgcacccaccgtaggatggagagaagttgctggaatgttc
tctgttatcttctggacatggtggttgtatgtatgaacccacgaaagctg
cccgggtccacaccaaatcaagccaggttaaaataccaacttgaatggag
aggaactaccaataccccattcttagctaactatctgctggcagttgatg
accactggtggaaggagagtcacttttctttatgaaggtggccactgata
agctgttcctgccccagtggatgattgcacagccatatactcatgcacat
aagagcagtgcttattggactcagtattattattggacaataataatagt
aataataattataaagaggtcataaacttaggagggacatctgttgggat
attggaacctcccagggagattggaagagagaattcatgtatcataaaca
taggtatgaagttttcaaagaacagataactattattaagaacatttaaa
ggaaactaagtcatttccctactgtaacagagaatctgatatagcattgc
taaaattttaccacttaactaatttagattttgtaaatagtacaacaata
tgctgaggaccttcagtacgatattggtgtggatgggtgttatcacatgc
atagcacttggcttgtattagaacatagccccgtctgtgacccttgggac
tgctctttcagattaaaccccgctacaatgttttgtgcatatgtgaacag
aggaattg
gaattcatctctgtctcccaactacagatacagggtggctggctttctca
tgctcccggcaccctgcctatgaccaccaaaattaacaatgtctactctt
taaaaagcacttatataattaaaaagactctataaactgggagaaaataa
ttgtgaaacatgtgacaaactgatatttgttatatataacaaaatttcta
ctcaatttaacagcaagcaaacaagcatgtgtttggtgtgtaagtacaca
tgaattgttgtgtgcacataggcacctgcggagagaggccacaggtcaag
aatgggtgccttgtcagttgtctgactggctatctatctatctatctatc
tatcttgtggaaggtctccaaaggaacctgaagtttactgtctgtctgtc
tgtctatctattgtctgtctatctctcttgtggcatccatctatctatct
gtctatctatctagtggcaggtctcgaatacaacctggagctcgctgatg
aaagtagacctgctggtcaacctgaccttggaatcccactccctttgcct
acctaatactgggattactgcccctattttgatacctactctttcacaca
ggtgctaggaacccaacgtgacaccccactcctactcatctgacacttca
ccaactgaaccatcgttcaaaagggataaaatgccaccacatacagagat
gagagaaagaaactacatacatgaactgggtaagctgccttctctgacta
ctaagagaaagctatcctctgtaccgtaagtctggggaagaccatgaaga
agcctctgtagattgcacaactgacctagcctgctagggacatggaccca
tcataacccaaaactgtagtcagagagcagtcatggagtctagaaataaa
ctgcttttggacttgcatgacagacccctgagggcttcagctaccacttc
ctactggtcatagaacttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_102614682_102615539
seq2: B6Ng01-330A03.b_45_902 (reverse)

seq1  CAATTCCCCTGTTCACATCTGCACAAAA-GTTCTAGCCTGGGTTTACAAC  49
      ||||||| |||||||||| |||||||||  || ||| | ||||||| | |
seq2  CAATTCCTCTGTTCACATATGCACAAAACATTGTAG-CGGGGTTTA-ATC  48

seq1  TGAAAGAGCAGTCCCAAGGGTCACAGCTGGGGCTCTGTTCTAATACAGAC  99
      ||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||  |
seq2  TGAAAGAGCAGTCCCAAGGGTCACAGACGGGGCTATGTTCTAATACAAGC  98

seq1  CAAGTTCTATGCATGTGATAACACCCATCCACACCAATATTGTACTGAAG  149
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAAGTGCTATGCATGTGATAACACCCATCCACACCAATATCGTACTGAAG  148

seq1  GTCCTCAGCATATTGTTGTACTATTTACAAAATCTAAATTAGTTAAGTGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCAGCATATTGTTGTACTATTTACAAAATCTAAATTAGTTAAGTGG  198

seq1  TAAAATTTTAGCAATGCTATATCTGATTCTCTGTTACAGTAGGGAAATGA  249
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTTAGCAATGCTATATCAGATTCTCTGTTACAGTAGGGAAATGA  248

seq1  CTTAGTTTCCTTTAAATGTTTTTAATAATAGTTATCTGTTCTTTGAAAAC  299
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTTCCTTTAAATGTTCTTAATAATAGTTATCTGTTCTTTGAAAAC  298

seq1  TTCATACCTATGTTTATGATACATGAATTCTCTCTTCCAATCTCCCTGGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATACCTATGTTTATGATACATGAATTCTCTCTTCCAATCTCCCTGGG  348

seq1  AGGTTCCAATATCCCAACAGATGTCCCTCCTAAGTTTATGACCTCTTTAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCAATATCCCAACAGATGTCCCTCCTAAGTTTATGACCTCTTTAT  398

seq1  AATTATTATTACTATTATTATTGTCCAATAATAATACTGAGTCCAATAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTATTACTATTATTATTGTCCAATAATAATACTGAGTCCAATAAG  448

seq1  CACTGCTCTTATGTGCATGAGTATATGGCTGTGCAATCATCCACTGGGGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTCTTATGTGCATGAGTATATGGCTGTGCAATCATCCACTGGGGC  498

seq1  AGGAACAGCTTATCAGTGGCCACCTTCATAAAGAAAAGTGACTCTCCTTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACAGCTTATCAGTGGCCACCTTCATAAAGAAAAGTGACTCTCCTTC  548

seq1  CACCAGTGGTCATCAACTGCCAGCAGATACTTAGCTAAGAATGGGGTATT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGTGGTCATCAACTGCCAGCAGATAGTTAGCTAAGAATGGGGTATT  598

seq1  GGTAGTTCCTCTCCACTCAAGTTGGTATTTTAACCTGGCTTGATCTGGTG  649
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGTAGTTCCTCTCCATTCAAGTTGGTATTTTAACCTGGCTTGATTTGGTG  648

seq1  TGGACACGGGCAGCTTTTGTGGGTTCATACATACAACCACCATGTCCAGA  699
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCCGGGCAGCTTTCGTGGGTTCATACATACAACCACCATGTCCAGA  698

seq1  AGATAACAGAGAACATTCCAGCAACTTCTCTCCATCCTACGGTGGGTGCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACAGAGAACATTCCAGCAACTTCTCTCCATCCTACGGTGGGTGCA  748

seq1  GTCTTACCTCCTGTGTGTGATGTTTCCTGAACCTTGGGGAGTCAGCCTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTACCTCCTGTGTGTGATGTTTCCTGAACCTTGGGGAGTCAGCCTTG  798

seq1  GAACAGGTGTCTCATTTAC-TGGTGAACATTTTTAGACATAGACTATCCT  848
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGGTGTCTCATTTACATGGTGAACATTTTTAGACATAGACTATCCT  848

seq1  TAATGAATTC  858
      ||||||||||
seq2  TAATGAATTC  858

seq1: chr5_102480067_102481033
seq2: B6Ng01-330A03.g_65_1033

seq1  GAATTCATCTCTGTCACCCAACTACAGATACAGGGTGGCTGGCTTTCTCA  50
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTCTGTCTCCCAACTACAGATACAGGGTGGCTGGCTTTCTCA  50

seq1  TGCTCCCGGCACCCTGCCTATGACCACCAAAATTAACAATGTCTACTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCGGCACCCTGCCTATGACCACCAAAATTAACAATGTCTACTCTT  100

seq1  TAAAAAGCACTTATATAATTAAGAAGACGCTATAAACTGGGAGAAAATAA  150
      |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGCACTTATATAATTAAAAAGACTCTATAAACTGGGAGAAAATAA  150

seq1  TTGTGAAACATGTGACAAACTGGTATTTGTTATATATAACAAAATTTCTA  200
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAAACATGTGACAAACTGATATTTGTTATATATAACAAAATTTCTA  200

seq1  CTCAATTTAACAGCAAGCAAACAAGCATGTGTTTGGTGTGTAAGTACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTTAACAGCAAGCAAACAAGCATGTGTTTGGTGTGTAAGTACACA  250

seq1  GTAATTGTTGTGTGCACATAGGCACCTGCAGAGAGAGGCCAGAGGTCAAG  300
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  TGAATTGTTGTGTGCACATAGGCACCTGCGGAGAGAGGCCACAGGTCAAG  300

seq1  AATGGGTGCCTTGTCAGTTGTCTGACTGGCTATCTATCTATCTATCTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTGCCTTGTCAGTTGTCTGACTGGCTATCTATCTATCTATCTATC  350

seq1  TATCTTGTGGAAGGTCTCCAAAGGAACCTGAAGTTTACTGTCTGTCTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTGTGGAAGGTCTCCAAAGGAACCTGAAGTTTACTGTCTGTCTGTC  400

seq1  TGTCTATCTATTGTCTGTCTATCTATCTTGTGGCATCTATCTATCTATCT  450
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTCTATCTATTGTCTGTCTATCTCTCTTGTGGCATCCATCTATCTATCT  450

seq1  ATCTATCTATCTAGTGGCAGGTCTCGAATAGAACCTGGAGCTCGCTGATG  500
       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTCTATCTATCTAGTGGCAGGTCTCGAATACAACCTGGAGCTCGCTGATG  500

seq1  AAGGTAGACCAGTTGGCCAACCTGACCTTGGAATCCCACTCCCTTTGCCT  550
      || ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGACCTGCTGGTCAACCTGACCTTGGAATCCCACTCCCTTTGCCT  550

seq1  ACCTAATACTGGGATTACTGCCCCTATTTTGATACCTACTCTTTCACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAATACTGGGATTACTGCCCCTATTTTGATACCTACTCTTTCACACA  600

seq1  GGTGCTAGGAACCCAACGTGACACCCCACTCCTACACATCAGACACTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  GGTGCTAGGAACCCAACGTGACACCCCACTCCTACTCATCTGACACTTCA  650

seq1  CCAACAAAACCATCTTTTAAAAGGGATAAAATGCCACCACATACAGAGAT  700
      |||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTGAACCATCGTTCAAAAGGGATAAAATGCCACCACATACAGAGAT  700

seq1  AAGAGAAAGTAAGTACATACAGGAACTGGGTAAGCTGCCTTCTCTGACTA  750
       |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAAGAAACTACATACATGAACTGGGTAAGCTGCCTTCTCTGACTA  750

seq1  CTAAGGGAAAGCTATCCTCTGTACCCTGAGTCT-GGGAAGACCAAGAAGA  799
      ||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||
seq2  CTAAGAGAAAGCTATCCTCTGTACCGTAAGTCTGGGGAAGACCATGAAGA  800

seq1  AGCCTCTGTGGATTGAAGAACTGACCTAGCCTGCTAGGGACATGG--CCC  847
      ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||  || 
seq2  AGCCTCTGTAGATTGCACAACTGACCTAGCCTGCTAGGGACATGGACCCA  850

seq1  TCATAAGCCAAAACCGTAG-CAGAGAGCAAGTCATGGAGTCT-GGAATAA  895
      |||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| | |||||
seq2  TCATAACCCAAAACTGTAGTCAGAGAGC-AGTCATGGAGTCTAGAAATAA  899

seq1  ACTGCTTTTGGATTTGCAAGGACAGACACCTGAGGGCTTCAGCCACCACT  945
      |||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTGCTTTTGGACTTGC-ATGACAGACCCCTGAGGGCTTCAGCTACCACT  948

seq1  TCCTTACTGGTCACTAG-ACTTT  967
      ||| ||||||||| ||| |||||
seq2  TCC-TACTGGTCA-TAGAACTTT  969